文章題目(mu)：Analysis of brain and blood single-cell transcriptomics in acute and subacute phases after experimental stroke

中文(wen)題(ti)目：腦卒中急(ji)性期和(he)亞急(ji)性期腦和(he)血液單細胞轉錄組學分析

DOI：10.1038/s41590-023-01711-x.

簡介：腦(nao)缺血(xue)會引發外周白細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)和(he)腦(nao)駐留(liu)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)的強(qiang)烈(lie)炎(yan)癥反應，這(zhe)些(xie)炎(yan)癥反應有助于組(zu)(zu)織損傷(shang)和(he)修復。然(ran)(ran)而(er)，人們對它們的變化(hua)和(he)多樣性(xing)仍然(ran)(ran)知之甚少。因此，作(zuo)者(zhe)對小(xiao)鼠(shu)(shu)缺血(xue)性(xing)中(zhong)風(feng)后2天或14天的大(da)腦(nao)和(he)血(xue)液(ye)樣本進(jin)行了單(dan)(dan)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)轉錄(lu)(lu)組(zu)(zu)測序。作(zuo)者(zhe)觀察到缺血(xue)后小(xiao)膠質(zhi)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)、單(dan)(dan)核細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)來源(yuan)的巨噬細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)和(he)中(zhong)性(xing)粒細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)隨著時(shi)間(jian)的推移(yi)出(chu)現(xian)了強(qiang)烈(lie)的分化(hua)，而(er)內皮細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)和(he)腦(nao)相關巨噬細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)在中(zhong)風(feng)后2天轉錄(lu)(lu)特征發生改(gai)變。軌(gui)跡分析(xi)(xi)推測血(xue)液(ye)中(zhong)的單(dan)(dan)核細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)第2天和(he)第14天原位分化(hua)為巨噬細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)，而(er)中(zhong)性(xing)粒細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)則(ze)是不斷從血(xue)液(ye)中(zhong)重新招募。雌(ci)性(xing)和(he)雄性(xing)老年小(xiao)鼠(shu)(shu)的腦(nao)組(zu)(zu)織單(dan)(dan)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)轉錄(lu)(lu)表達譜與年輕雄性(xing)小(xiao)鼠(shu)(shu)相似(si)，但(dan)老年和(he)年輕小(xiao)鼠(shu)(shu)的大(da)腦(nao)免(mian)疫細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)組(zu)(zu)成不同(tong)。盡管血(xue)液(ye)淋巴細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)分析(xi)(xi)也(ye)顯示(shi)缺血(xue)性(xing)卒(zu)中(zhong)后轉錄(lu)(lu)表達譜發生改(gai)變，但(dan)腦(nao)浸潤性(xing)白細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)比循環白細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)表現(xian)出(chu)更高的轉錄(lu)(lu)差異，這(zhe)表明表型(xing)多樣化(hua)發生在缺血(xue)性(xing)卒(zu)中(zhong)的早期和(he)恢(hui)復階(jie)段。作(zuo)者(zhe)提供了一個門戶(//anratherlab.shinyapps.io/strokevis/)，允許用戶訪問(wen)作(zuo)者(zhe)的數據。

圖1 小膠質細胞(bao)亞群(qun)的單細胞(bao)轉錄圖譜

文章題目：Increased expression of CXCL6 in secretory cells drives fibroblast collagen synthesis and is associated with increased mortality in idiopathic pulmonary fibrosis

中(zhong)文題目(mu)：分泌細胞中CXCL6的表達(da)增加驅動成纖(xian)維細胞膠原合成，并與特發(fa)性肺纖(xian)維化死亡率增加相關

DOI：10.1183/13993003.00088-2023.

簡(jian)介：最(zui)近研(yan)究發(fa)現(xian)，特發(fa)性肺纖(xian)(xian)維(wei)化(hua)(IPF)中(zhong)(zhong)定位在(zai)遠(yuan)端氣道的(de)(de)上(shang)(shang)皮(pi)細(xi)胞(bao)可能驅動病理(li)形成(cheng)。因(yin)此作者(zhe)想探究在(zai)這些異位氣道上(shang)(shang)皮(pi)細(xi)胞(bao)中(zhong)(zhong)表(biao)達的(de)(de)趨化(hua)因(yin)子是否(fou)可能與(yu)IPF的(de)(de)發(fa)病機(ji)制(zhi)有關(guan)。通過全肺組織的(de)(de)轉錄(lu)組學、蛋白和(he)BAL分(fen)析(xi)，作者(zhe)發(fa)現(xian)CXCL6(白細(xi)胞(bao)介素-8家族成(cheng)員)在(zai)IPF患者(zhe)中(zhong)(zhong)升(sheng)高。兩組IPF患者(zhe)BAL中(zhong)(zhong)CXCL6水平(ping)升(sheng)高與(yu)生存(cun)不良相關(guan)。通過免疫染色(se)和(he)單(dan)細(xi)胞(bao)RNA測序(xu)，在(zai)分(fen)泌細(xi)胞(bao)中(zhong)(zhong)檢(jian)測到CXCL6。給對照組和(he)博來(lai)霉素誘(you)導的(de)(de)特發(fa)性肺纖(xian)(xian)維(wei)化(hua)小鼠注射mCXCL5 (LIX，小鼠CXCL6同源物)發(fa)現(xian)膠(jiao)原(yuan)(yuan)合成(cheng)都有增(zeng)(zeng)加(jia)。CCXCL6使供體和(he)IPF成(cheng)纖(xian)(xian)維(wei)細(xi)胞(bao)中(zhong)(zhong)I型膠(jiao)原(yuan)(yuan)水平(ping)分(fen)別(bie)增(zeng)(zeng)加(jia)4.4倍(bei)和(he)1.7倍(bei)。CXCR1/2的(de)(de)沉默和(he)化(hua)學抑制(zhi)都阻斷了CXCL6對膠(jiao)原(yuan)(yuan)的(de)(de)作用，而CXCR2的(de)(de)過表(biao)達使IPF成(cheng)纖(xian)(xian)維(wei)細(xi)胞(bao)中(zhong)(zhong)膠(jiao)原(yuan)(yuan)I水平(ping)增(zeng)(zeng)加(jia)4.5倍(bei)。因(yin)此，IPF中(zhong)(zhong)氣道上(shang)(shang)皮(pi)細(xi)胞(bao)異位定位導致分(fen)泌細(xi)胞(bao)中(zhong)(zhong)CXCL6的(de)(de)表(biao)達增(zeng)(zeng)加(jia)并(bing)驅動成(cheng)纖(xian)(xian)維(wei)細(xi)胞(bao)膠(jiao)原(yuan)(yuan)合成(cheng)，并(bing)與(yu)特發(fa)性肺纖(xian)(xian)維(wei)化(hua)死亡率增(zeng)(zeng)加(jia)相關(guan)。

圖2 對照和IPF肺組織的單細胞轉錄圖譜

中(zhong)文題目：衰老獼猴眼(yan)流(liu)出液組織的單細胞轉錄組圖譜

DOI：10.1093/procel/pwad067.

簡(jian)介：在(zai)健康的(de)(de)(de)(de)眼(yan)(yan)(yan)睛中(zhong)，房水(shui)能夠持(chi)續為眼(yan)(yan)(yan)睛提供(gong)營養，并(bing)不斷補充，然(ran)后通過(guo)(guo)組(zu)織(zhi)和(he)細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)網絡排出。小梁網 (TM) 是位(wei)于角(jiao)膜底部附近的(de)(de)(de)(de)組(zu)織(zhi)，可將(jiang)(jiang)眼(yan)(yan)(yan)液引流(liu)到施萊姆氏(shi)管(guan) (SC) 中(zhong)。當(dang)TM處流(liu)出物受阻時，液體(ti)會積聚并(bing)增加(jia)(jia)眼(yan)(yan)(yan)壓(ya)，可能會導致視(shi)神(shen)經受損和(he)視(shi)力喪失。小梁網(TM)的(de)(de)(de)(de)漸(jian)進(jin)性(xing)退化(hua)與(yu)年齡相關(guan)(guan)性(xing)眼(yan)(yan)(yan)病如原發(fa)性(xing)開角(jiao)型(xing)青光眼(yan)(yan)(yan)有關(guan)(guan)。然(ran)而，TM衰(shuai)老(lao)(lao)(lao)過(guo)(guo)程的(de)(de)(de)(de)分子基(ji)礎和(he)生物學意義尚未(wei)完全闡明。本文建立了老(lao)(lao)(lao)年獼猴(hou)TM組(zu)織(zhi)的(de)(de)(de)(de)單細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)轉錄組(zu)圖譜，將(jiang)(jiang)流(liu)出組(zu)織(zhi)的(de)(de)(de)(de)細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)分為12個(ge)(ge)細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)類型(xing)，并(bing)確(que)定線粒體(ti)功能障礙是TM衰(shuai)老(lao)(lao)(lao)的(de)(de)(de)(de)一個(ge)(ge)顯著特征(zheng)。此外(wai)，作者(zhe)將(jiang)(jiang)TM細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)繼續細(xi)(xi)分為13個(ge)(ge)cluster，并(bing)對cluster0進(jin)行了深入分析，該cluster在(zai)兩組(zu)之間具有最高(gao)的(de)(de)(de)(de)衰(shuai)老(lao)(lao)(lao)評分和(he)最顯著的(de)(de)(de)(de)細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)比例變化(hua)。最終，作者(zhe)發(fa)現APOE基(ji)因是衰(shuai)老(lao)(lao)(lao)過(guo)(guo)程中(zhong)cluster0中(zhong)的(de)(de)(de)(de)一個(ge)(ge)重要(yao)差異表達(da)基(ji)因，突顯了細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)遷移和(he)細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)外(wai)基(ji)質調節與(yu)TM功能之間的(de)(de)(de)(de)密切(qie)關(guan)(guan)系。進(jin)一步研究(jiu)發(fa)現，沉默APOE基(ji)因可通過(guo)(guo)釋(shi)放對PI3K-AKT通路的(de)(de)(de)(de)抑制，下(xia)調細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)外(wai)基(ji)質成分的(de)(de)(de)(de)表達(da)，增加(jia)(jia)房水(shui)流(liu)出率(lv)，降低細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)凋亡，從而增加(jia)(jia)房水(shui)流(liu)出率(lv)，維持(chi)正常眼(yan)(yan)(yan)壓(ya)。

圖3 眼流出組織的單細胞轉錄圖譜

文章題目：Cebp1 and Cebpβ transcriptional axis controls eosinophilopoiesis in zebrafish

中文題目：Cebp1和Cebpβ轉錄軸控制斑(ban)馬魚嗜酸性粒細胞生成

DOI：10.1038/s41467-024-45029-0.

簡介：嗜(shi)(shi)(shi)酸(suan)(suan)(suan)(suan)性(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)粒(li)(li)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)以其保護宿(su)主(zhu)免(mian)受寄生蟲(chong)侵(qin)襲和(he)調(diao)節免(mian)疫功(gong)能(neng)的(de)(de)(de)能(neng)力而聞名(ming)。嗜(shi)(shi)(shi)酸(suan)(suan)(suan)(suan)性(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)粒(li)(li)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)的(de)(de)(de)多種生物學(xue)作(zuo)用(yong)已被越(yue)來越(yue)多地(di)識別，但嗜(shi)(shi)(shi)酸(suan)(suan)(suan)(suan)性(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)粒(li)(li)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)譜(pu)系的(de)(de)(de)發育模(mo)式和(he)調(diao)控(kong)機制仍是(shi)未知的(de)(de)(de)。本文利(li)用(yong)斑(ban)馬(ma)魚模(mo)型(xing)分(fen)(fen)析(xi)嗜(shi)(shi)(shi)酸(suan)(suan)(suan)(suan)性(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)的(de)(de)(de)分(fen)(fen)化(hua)、分(fen)(fen)布和(he)調(diao)控(kong)。通(tong)過(guo)(guo)鑒定eslec作(zuo)為(wei)(wei)嗜(shi)(shi)(shi)酸(suan)(suan)(suan)(suan)性(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)粒(li)(li)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)特異性(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)標志物，作(zuo)者(zhe)(zhe)(zhe)建立了(le)(le)Tg(eslec:eGFP)報告基(ji)因系，它特異性(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)地(di)標記(ji)了(le)(le)從(cong)早期(qi)(qi)到(dao)成(cheng)熟期(qi)(qi)的(de)(de)(de)嗜(shi)(shi)(shi)酸(suan)(suan)(suan)(suan)性(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)粒(li)(li)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)。對eslec+細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)的(de)(de)(de)時空(kong)分(fen)(fen)析(xi)證明(ming)了(le)(le)它們從(cong)早期(qi)(qi)到(dao)成(cheng)熟期(qi)(qi)的(de)(de)(de)器官分(fen)(fen)布。通(tong)過(guo)(guo)單細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)RNA-Seq分(fen)(fen)析(xi)，作(zuo)者(zhe)(zhe)(zhe)破譯了(le)(le)嗜(shi)(shi)(shi)酸(suan)(suan)(suan)(suan)性(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)粒(li)(li)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)從(cong)祖細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)到(dao)成(cheng)熟嗜(shi)(shi)(shi)酸(suan)(suan)(suan)(suan)性(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)粒(li)(li)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)的(de)(de)(de)過(guo)(guo)程。通(tong)過(guo)(guo)進一步的(de)(de)(de)遺傳(chuan)分(fen)(fen)析(xi)，作(zuo)者(zhe)(zhe)(zhe)證明(ming)了(le)(le)Cebp1在(zai)平衡中性(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)粒(li)(li)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)和(he)嗜(shi)(shi)(shi)酸(suan)(suan)(suan)(suan)性(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)粒(li)(li)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)中的(de)(de)(de)作(zuo)用(yong)，以及Cebp1-Cebpβ轉錄軸調(diao)節嗜(shi)(shi)(shi)酸(suan)(suan)(suan)(suan)性(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)粒(li)(li)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)的(de)(de)(de)分(fen)(fen)化(hua)。跨(kua)物種功(gong)能(neng)比(bi)較分(fen)(fen)析(xi)表明(ming)，斑(ban)馬(ma)魚Cebp1和(he)人類C/EBPεP27在(zai)抑制嗜(shi)(shi)(shi)酸(suan)(suan)(suan)(suan)性(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)粒(li)(li)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)生成(cheng)方面具(ju)有功(gong)能(neng)同源(yuan)性(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)。作(zuo)者(zhe)(zhe)(zhe)的(de)(de)(de)研究從(cong)時空(kong)模(mo)式、表達譜(pu)和(he)基(ji)因調(diao)控(kong)等多個維度刻畫了(le)(le)嗜(shi)(shi)(shi)酸(suan)(suan)(suan)(suan)性(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)粒(li)(li)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)的(de)(de)(de)發育特征，為(wei)(wei)更好地(di)理解嗜(shi)(shi)(shi)酸(suan)(suan)(suan)(suan)性(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)(xing)粒(li)(li)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)生成(cheng)提供了(le)(le)幫(bang)助。

圖4嗜酸性粒細胞的單細胞圖譜

文章題目(mu)：Decoding the gene regulatory network of endosperm differentiation in maize

中(zhong)文題目：解碼玉米胚乳分化基(ji)因調控網絡

DOI：10.1038/s41467-023-44369-7.

簡(jian)介(jie)：玉(yu)米胚乳(ru)(ru)是(shi)谷(gu)物(wu)的(de)(de)(de)主要組(zu)(zu)成部分(fen)， 其(qi)發育(yu)過(guo)程涉及(ji)多個基(ji)因(yin)調控(kong)(kong)(kong)網絡(luo)， 揭示其(qi)調控(kong)(kong)(kong)機制有助于(yu)提高谷(gu)物(wu)產量和品質。本(ben)研究(jiu)利(li)用單(dan)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)轉(zhuan)(zhuan)錄(lu)組(zu)(zu)學技術分(fen)析了(le)玉(yu)米胚乳(ru)(ru)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)分(fen)化過(guo)程中的(de)(de)(de)轉(zhuan)(zhuan)錄(lu)組(zu)(zu)學特(te)(te)征(zheng)。通過(guo)對(dui)17022個單(dan)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)的(de)(de)(de)轉(zhuan)(zhuan)錄(lu)組(zu)(zu)學數據(ju)的(de)(de)(de)分(fen)析， 作者(zhe)鑒(jian)定了(le)12個細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)群(qun)(qun)， 分(fen)別對(dui)應5種胚乳(ru)(ru)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)類型(xing)， 并(bing)揭示了(le)其(qi)復雜(za)的(de)(de)(de)轉(zhuan)(zhuan)錄(lu)異(yi)質性。作者(zhe)描繪了(le)授粉(fen)后6～7天的(de)(de)(de)基(ji)因(yin)表達模式(shi)，分(fen)析了(le)161個細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)群(qun)(qun)間差異(yi)表達的(de)(de)(de)轉(zhuan)(zhuan)錄(lu)因(yin)子的(de)(de)(de)基(ji)因(yin)組(zu)(zu)DNA結(jie)合位點(dian)(dian)， 并(bing)通過(guo)結(jie)合單(dan)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)轉(zhuan)(zhuan)錄(lu)組(zu)(zu)學數據(ju)和DNA結(jie)合位點(dian)(dian)構建了(le)基(ji)因(yin)調控(kong)(kong)(kong)網絡(luo)， 鑒(jian)定了(le)181個包含(han)編(bian)碼(ma)轉(zhuan)(zhuan)錄(lu)因(yin)子的(de)(de)(de)基(ji)因(yin)及(ji)其(qi)高置信(xin)度靶標的(de)(de)(de)調控(kong)(kong)(kong)子。此(ci)外， 作者(zhe)將這些調控(kong)(kong)(kong)子與胚乳(ru)(ru)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)群(qun)(qun)進行關聯， 鑒(jian)定了(le)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)群(qun)(qun)特(te)(te)異(yi)性的(de)(de)(de)基(ji)本(ben)調控(kong)(kong)(kong)子， 并(bing)通過(guo)實(shi)驗(yan)驗(yan)證(zheng)了(le)3個預測(ce)的(de)(de)(de)關鍵調控(kong)(kong)(kong)子。本(ben)研究(jiu)為理(li)解(jie)谷(gu)物(wu)胚乳(ru)(ru)的(de)(de)(de)發育(yu)和單(dan)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)功能(neng)提供(gong)了(le)框架。

圖5發育中的玉米胚乳單細胞圖譜

文章題目：A single-cell atlas of Drosophila trachea reveals glycosylation-mediated Notch signaling in cell fate specification

中(zhong)文題目：果蠅(ying)氣管單細胞圖譜揭示了糖基化介(jie)導的Notch信號在細胞狀(zhuang)態命運決定中(zhong)的作用

DOI：10.1038/s41467-024-46455-w.

簡介：果蠅氣管系統是研究氣管管形態發生程序的良好模型。該系統在胚胎中由有絲分裂后的細胞建立，但也經過成體干細胞的重塑。作者使用單細胞RNA測序(scRNA-seq)技術提供了果蠅氣管的全面細胞圖譜。該圖譜記錄了果蠅氣道內氣管母細胞的轉錄表達譜，描繪了9個主要亞型。從數據分析和遺傳研究中獲得的一些額外證據證據強調了一組轉錄因子，其特征是它們具有改變細胞命運的能力。值得注意的是，轉錄因子Pebbled、Blistered、Knirps、Spalt和Cut受Notch信號的影響，并決定氣管細胞的特性。此外，Notch 信號還協調成氣管細胞分化所必需的轉錄活動，并對高糖飲食誘導的蛋白質糖基化做出反應。因此，該研究明確了果蠅氣管的主要細胞類型，不同細胞亞群間的通訊，闡明了糖基化通過調節Notch信號通路的活性進而操控氣管細胞的命運決定，并揭示了上述過程中多個受Notch通路調控的關鍵轉錄因子。

圖(tu)6果蠅(ying)氣管(guan)單細胞圖(tu)譜