群落多樣性組成譜測序
群落(luo)多樣性組(zu)成(cheng)譜測序(xu)以(yi)細菌(jun) / 古菌(jun) 16S rRNA 基因可變(bian)區(qu)、真(zhen)菌(jun) 18S r RNA 基因可變(bian)區(qu)或真(zhen)菌(jun) ITS(Internal transcribed spacer)內(nei)轉錄間隔區(qu)等微生物(wu)特(te)征序(xu)列(lie)(Signature sequence)為靶(ba)點(dian),通(tong)過(guo)檢測序(xu)列(lie)的變(bian)異和數量(liang),反映群落(luo) 中各類(lei)微生物(wu)物(wu)種的身份和豐度,從而快速(su)解(jie)析群落(luo)物(wu)種分布特(te)征,闡明樣本間多樣性和組(zu)成(cheng)差異,進而發現差異相 關物(wu)種。
產(chan)品特點
1. 直接對(dui)群(qun)落樣(yang)本中的微生物特(te)征序列進行(xing)擴(kuo)增(zeng)檢(jian)測,簡單快(kuai)速,并(bing)克(ke)服了(le)大部分(fen)微生物無(wu)法
純培養的難題;
2. 自動(dong)化、專業的 DNA 提(ti)取流(liu)程,配合高保真(zhen) DNA 聚合酶進行 PCR 擴(kuo)增(zeng),并嚴格把控擴(kuo)增(zeng)循環數(shu),確保
群落組成客觀真實;
3. 使用 Illumina NovaSeq/MiSeq 和(he) PacBio Sequel II 進行測(ce)序, 2×250 bp、2×300 bp、>1 kb 的(de)多種(zhong)長
度(du)均可適配,每個樣本都能一次性獲得數萬條序列,即使低豐度(du)物種也能定量(liang);
4. 采(cai)用 QIIME 2 分析流程, DADA2、物種注釋(shi)、PICRUSt2 功能潛(qian)能預(yu)測(ce)等方法覆蓋(gai);
5. 提供分析結(jie)果,和(he)發(fa)表等級的動態交互可(ke)視化效果。
項目流程
微生物組總DNA提取→目標片段PCR擴增→擴增產物檢測定量→測序文庫制備→上機進行高通量測序→生信(xin)分析
分析(xi)內容