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群落多樣性組成譜測序

群落多樣性組成譜測序

群落多(duo)樣性(xing)組(zu)成(cheng)譜測序(xu)以細菌(jun)(jun) / 古菌(jun)(jun) 16S rRNA 基(ji)因(yin)可(ke)變區(qu)、真菌(jun)(jun) 18S r RNA 基(ji)因(yin)可(ke)變區(qu)或真菌(jun)(jun) ITS(Internal transcribed  spacer)內轉(zhuan)錄(lu)間隔區(qu)等(deng)微生物(wu)特(te)征(zheng)序(xu)列(lie)(lie)(Signature sequence)為靶(ba)點,通過檢測序(xu)列(lie)(lie)的變異和數量,反映(ying)群落 中(zhong)各類(lei)微生物(wu)物(wu)種的身份(fen)和豐度,從而(er)快速解析(xi)群落物(wu)種分(fen)布特(te)征(zheng),闡明樣本間多(duo)樣性(xing)和組(zu)成(cheng)差異,進而(er)發(fa)現差異相(xiang) 關物(wu)種。


產品特點

1. 直接對群落樣本中的微(wei)生物(wu)特征序列進(jin)行擴增(zeng)檢測,簡單快(kuai)速,并(bing)克(ke)服(fu)了大部分微(wei)生物(wu)無法

純培養的難題;

2. 自動化(hua)、專(zhuan)業的 DNA 提(ti)取流程,配合高保(bao)真 DNA 聚合酶進(jin)行 PCR 擴增,并(bing)嚴(yan)格把控擴增循環數(shu),確保(bao)

群落組成客觀真實;

3. 使(shi)用 Illumina NovaSeq/MiSeq 和 PacBio Sequel II 進行(xing)測序, 2×250 bp、2×300 bp、>1 kb 的多(duo)種長

度(du)均可適配,每個樣本(ben)都能(neng)一次性(xing)獲(huo)得(de)數萬(wan)條(tiao)序列,即使低(di)豐度(du)物種也能(neng)定量;

4. 采(cai)用 QIIME 2 分析流程, DADA2、物(wu)種(zhong)注釋、PICRUSt2 功(gong)能潛能預(yu)測等(deng)方(fang)法覆(fu)蓋(gai);

5. 提供分析結(jie)果(guo),和(he)發表等級的動態交互可視化效果(guo)。



項(xiang)目流程

微生物組總DNA提取→目標片段PCR擴增→擴增產物檢測定量→測序文庫制備→上機進行高通量測序→生信分析


分(fen)析內容

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