以(yi)PacBio公司的(de)(de)RS II和(he)Sequel測(ce)序(xu)(xu)系統為代表的(de)(de)第三代測(ce)序(xu)(xu)技(ji)術，通過SMRT單分(fen)子(zi)實時測(ce)序(xu)(xu)技(ji)術（Single molecule real-time sequencing），可以(yi)對DNA序(xu)(xu)列(lie)實現(xian)單分(fen)子(zi)級別的(de)(de)超長(chang)讀(du)長(chang)測(ce)序(xu)(xu)，因而(er)能夠輕易讀(du)取微生物(wu)的(de)(de)rRNA基(ji)因/ITS全(quan)長(chang)序(xu)(xu)列(lie)，不(bu)受制于(yu)短序(xu)(xu)列(lie)的(de)(de)局(ju)限性(xing)；其次，通過PacBio的(de)(de)環形一致性(xing)測(ce)序(xu)(xu)模式（Circular-consensus sequence，CCS），可以(yi)提(ti)高(gao)單堿基(ji)測(ce)序(xu)(xu)的(de)(de)準(zhun)確率，遠超二代測(ce)序(xu)(xu)的(de)(de)準(zhun)確率，從而(er)獲得(de)的(de)(de)rRNA基(ji)因/ITS全(quan)長(chang)序(xu)(xu)列(lie)。

產(chan)品特(te)點

CCS測(ce)序模式基本原(yuan)理(li)

16S rRNA基(ji)因各V區(qu)的(de)(de)序列(lie)保(bao)守性(xing)并(bing)不一致，因而基(ji)于(yu)16S rRNA基(ji)因全長序列(lie)的(de)(de)三代(dai)測序，可以(yi)反映(ying)物(wu)種(zhong)的(de)(de)種(zhong)屬信息。a圖(tu)，以(yi)Salmonella屬為代(dai)表(biao)，全長序列(lie)的(de)(de)種(zhong)間(jian)差異(yi)達到97.4%，但V4區(qu)高(gao)度保(bao)守，二代(dai)測序結(jie)果(guo)將低估(gu)(gu)該(gai)物(wu)種(zhong)的(de)(de)多(duo)樣(yang)(yang)性(xing)；b圖(tu)，某些(xie)物(wu)種(zhong)在V4區(qu)的(de)(de)多(duo)樣(yang)(yang)性(xing)可能高(gao)于(yu)其他V區(qu)，因而二代(dai)測序結(jie)果(guo)將高(gao)估(gu)(gu)相(xiang)關物(wu)種(zhong)的(de)(de)多(duo)樣(yang)(yang)性(xing)。*

兩種(zhong)平臺測序結(jie)果(guo)的(de)精細(xi)比較(jiao)，三代測序的(de)結(jie)果(guo)降低了物種(zhong)分類(lei)信(xin)息的(de)不確定性。*

PacBio和(he)Illumina平(ping)(ping)臺(tai)對菌群16S rRNA基(ji)因測(ce)序(xu)結(jie)果的(de)(de)比較(jiao)，三代測(ce)序(xu)的(de)(de)結(jie)果能提升種(zhong)水平(ping)(ping)的(de)(de)物(wu)種(zhong)檢測(ce)準確(que)性，并大幅改善物(wu)種(zhong)分類信息(xi)的(de)(de)不確(que)定性。

*Singer, E., Bushnell, B., Coleman-Derr, D., Bowman, B., Bowers, R.M., Levy, A., Gies, E.A., Cheng, J.-F., Copeland, A., Klenk, H.-P., et al. (2016). High-resolution phylogenetic microbial community profiling. ISME J 10, 2020-2032.

種水平的精細組(zu)成(cheng)圖(tu)

結合聚類(lei)分析的種水平菌群組(zu)成熱圖(tu)

組間差(cha)異(yi)顯(xian)著的種水平分類單元的豐度分布(bu)小提(ti)琴圖