Oligo DNA的(de)(de)人(ren)工化學(xue)合(he)成(cheng)(cheng)(cheng)始于50年(nian)代初(chu)期,1980年(nian),全(quan)自動的(de)(de)固相(xiang)DNA合(he)成(cheng)(cheng)(cheng)儀面(mian)市后,使(shi)得快速合(he)成(cheng)(cheng)(cheng)Oligo DNA成(cheng)(cheng)(cheng)為(wei)可能,這推(tui)動了生(sheng)物(wu)工程技術的(de)(de)蓬勃(bo)發(fa)展。隨(sui)著生(sheng)物(wu)工程技術發(fa)展,人(ren)工合(he)成(cheng)(cheng)(cheng)Oligo DNA的(de)(de)需(xu)求量(liang)越來越大(da),已(yi)經成(cheng)(cheng)(cheng)為(wei)分(fen)子生(sheng)物(wu)學(xue)實(shi)驗(yan)中基礎的(de)(de)試劑之一(yi)。而合(he)成(cheng)(cheng)(cheng)Oligo DNA的(de)(de)質(zhi)量(liang),將會(hui)直(zhi)接影響科研(yan)人(ren)員實(shi)驗(yan)計劃(hua)的(de)(de)順利進行。因此, 使(shi)用高(gao)質(zhi)量(liang)的(de)(de)合(he)成(cheng)(cheng)(cheng)Oligo DNA制(zhi)品變得尤(you)為(wei)重要。
引物合成Oligo DNA制品有如下特點:
1、合成(cheng)高質量的DNA制品。
2、推出脫鹽純化(hua)(hua)、PAGE純化(hua)(hua)、HPLC純化(hua)(hua)三(san)種級別(bie)制品,客戶可根據實驗需要(yao)選擇。我們對每個制品都進行嚴(yan)格(ge)的質(zhi)量管理。
3、制品(pin)包裝中附有(you)制品(pin)相關的多種數(shu)據,包括(kuo):合成的原始數(shu)據,A、G、C、T各堿(jian)基的分(fen)(fen)布情況,分(fen)(fen)子(zi)量,OD數(shu),nmol數(shu)等(deng),使(shi)用(yong)方便。
引物合(he)成(cheng)(cheng)現在一(yi)般都采(cai)用亞磷(lin)酰胺化學合(he)成(cheng)(cheng)Oligo DNA片段(duan),具有快速偶聯以及起(qi)始(shi)反(fan)應(ying)物比較穩定的(de)(de)特點。該方法(fa)是在固相載(zai)體上(shang)完(wan)成(cheng)(cheng)DNA鏈的(de)(de)合(he)成(cheng)(cheng)的(de)(de),合(he)成(cheng)(cheng)時從3"→5"方向(xiang)進行,通(tong)常(chang)3"端的(de)(de)第一(yi)個(ge)堿基結合(he)在Glass擔體(Controlled Pore Glass,CPG)上(shang)。Oligo DNA合(he)成(cheng)(cheng)的(de)(de)原(yuan)理基本(ben)相同,主要(yao)差別在于合(he)成(cheng)(cheng)產率的(de)(de)高低、試劑消耗量和單(dan)個(ge)循環用時的(de)(de)不同。我公司采(cai)用的(de)(de)合(he)成(cheng)(cheng)儀主要(yao)機型為ABI3900高通(tong)量合(he)成(cheng)(cheng)儀。
合成的詳細過程見圖1,現(xian)簡(jian)要說明如下(xia):
圖(tu)1 Oligo DNA合(he)成原理圖(tu)。N1代表(biao)第一(yi)個堿(jian)(jian)基(ji),N2代表(biao)第二(er)個堿(jian)(jian)基(ji),依次(ci)類推。
第一步 | 三氯乙酸和預先(xian)連(lian)接在固(gu)相載體(CPG)上的第一個(ge)核(he)苷(gan)酸反應(其(qi)活性(xing)基團處于被保護狀態),脫去核(he)苷(gan)酸5‘-羥(qian)基的保護基團DMT,獲得游離(li)的5‘-羥(qian)基; |
第二步(bu) | 活(huo)化新的堿(jian)基(ji)單體(Phosphoramidite),準備與第一(yi)個堿(jian)基(ji)進(jin)行反應; |
第三步 | 合(he)(he)成(cheng)DNA的(de)(de)(de)原料(亞磷酰胺保(bao)護(hu)的(de)(de)(de)核苷酸單體)與(yu)活化(hua)劑(ji)四氮唑(zuo)混合(he)(he),得到(dao)核苷亞磷酸活化(hua)中間體,它(ta)的(de)(de)(de)3‘端被(bei)活化(hua),5‘-羥(qian)基(ji)仍然被(bei)DMT保(bao)護(hu),與(yu)溶液中游離的(de)(de)(de)5‘-羥(qian)基(ji)發生縮(suo)合(he)(he)反應; |
第四步 | 帶帽(mao)(capping)反應,縮合反應中可(ke)能有(you)少數5‘-羥(qian)基沒有(you)參加反應(少于2%),用乙酸酐和1-甲基咪唑(zuo)終止(zhi)其后繼續(xu)發生反應,這種短(duan)片段可(ke)以在(zai)純(chun)化時分(fen)離掉; |
第五步 | 在氧(yang)化劑碘的作用下,亞磷(lin)酰(xian)形式(shi)轉變為更穩(wen)定(ding)的磷(lin)酸三酯。(即將(jiang)三價磷(lin)氧(yang)化成五價磷(lin)) (重復進(jin)行Step1~Step5的循環,直至(zhi)合成完所需的Oligo DNA序列) |
第六步 | 合成結(jie)束后,將Oligo DNA分(fen)子從CPG上切下,再進行進一步的純化。 |
引(yin)物(wu)合成過程中可以(yi)觀察TCA處理階段的顏色判(pan)定(ding)合成效率。連接在(zai)CPG上(shang)的引(yin)物(wu)被切下來,通過, PAGE等手段純化(hua)引(yin)物(wu),成品(pin)引(yin)物(wu)用C18濃縮、脫鹽,測(ce)定(ding)OD260定(ding)量(liang),根據訂單(dan)要求分(fen)裝。
(一)常規合成(≤60bp)
片(pian)段(duan)長度 | 純化方式 | 規格(ge) | 單價(元/堿基) | 發(fa)貨周期(qi)(工作日) |
15-40bp | OPC | 2-5 OD | ¥1.20 | 2 |
10 OD | ¥1.80 | 2 | ||
30 OD | ¥4.00 | 3 | ||
50 OD | ¥8.00 | 3 | ||
15-60bp | PAGE | 2 OD | ¥1.60 | 3 |
5 OD | ¥1.80 | 3 | ||
10 OD | ¥2.20 | 3 |
(二(er))長鏈合成(>60bp)
片段長度(du) | 純化方式 | 規格 | 單價(元/堿基) | 發貨周(zhou)期(qi)(工作日) |
61-80bp | PAGE | 2 OD | ¥4.00 | 3 |
5 OD | ¥6.50 | 3 | ||
10 OD | ¥8.00 | 3 | ||
81-100bp | PAGE | 1 OD | ¥8.00 | 3 |
(三)硫代修飾(shi)(SPO3)
產量(OD) | 發貨時間(工(gong)作日) | 純化(hua)方(fang)式 | 單價(¥) |
2 | 4 | PAGE | 8.00/base |
5 | 4 | PAGE | 12.00/base |
10 | 4 | PAGE | 15.00/base |
30以上 | 待詢 | PAGE | 詢價 |
(四)特殊堿基
種類 | 產量(OD) | 發貨(huo)時(shi)間(jian) | 純(chun)化方式 | 單(dan)價(元/堿(jian)基(ji)) |
dI | 2 | 4 | PAGE | 80 |
5 | 4 | PAGE | 120 | |
dU | 2 | 4 | PAGE | 100 |
5 | 4 | PAGE | 140 | |
5甲基化dC | 2 | 4 | PAGE | 300 |
5溴dU | 2 | 4 | PAGE | 300 |
(五)修飾/標記引物
分類 | 修飾/標記 | 純化方式 | 2 OD | 5 OD | 10 OD |
磷酸基團(Phosphorylation) | 5" PO4 | HPLC | ¥200.00 | ¥300.00 | ¥400.00 |
3" PO4 | HPLC | ¥300.00 | ¥350.00 | ¥500.00 | |
NH2修飾(Amino Linkers) | 5" or 3" NH2 C3 | HPLC | ¥450.00 | 詢價(jia) | 詢價(jia) |
5" NH2 C6 | HPLC | ¥200.00 | ¥300.00 | ¥450.00 | |
3" NH2 C7 | HPLC | ¥200.00 | ¥300.00 | ¥450.00 | |
5" NH2 C12 | HPLC | ¥450.00 | ¥600.00 | ¥800.00 | |
5" NH2 C6 dT | HPLC | ¥500.00 | ¥700.00 | ¥1,000.00 | |
3" NH2 C6 dT | HPLC | ¥350.00 | ¥500.00 | ¥800.00 | |
SH 修飾 (Thiolation) | 3" SH C3 | HPLC | ¥350.00 | ¥480.00 | ¥600.00 |
5" SH C6 | HPLC | ¥400.00 | ¥500.00 | ¥800.00 | |
Spacers | Spacer C3 | HPLC | ¥280.00 | ¥350.00 | ¥500.00 |
Spacer C6 | HPLC | ¥280.00 | ¥350.00 | ¥500.00 | |
Spacer 9 | HPLC | ¥280.00 | ¥350.00 | ¥500.00 | |
Spacer 18 | HPLC | ¥400.00 | ¥500.00 | ¥800.00 | |
dSpacer | HPLC | ¥500.00 | ¥700.00 | ¥1,000.00 | |
生(sheng)物素(Biotin) | 5" Biotin | HPLC | ¥300.00 | ¥350.00 | ¥500.00 |
3" Biotin | HPLC | ¥350.00 | ¥400.00 | ¥600.00 | |
5" Biotin TEG | HPLC | ¥700.00 | 詢價(jia) | 詢價 | |
3" Biotin TEG | HPLC | ¥600.00 | 詢價 | 詢價 | |
5" Dual Biotin | HPLC | ¥1,800.00 | 詢價 | 詢價(jia) | |
5" or Internal Biotin dT | HPLC | ¥700.00 | ¥900.00 | ¥1,500.00 | |
5" PC Biotin | HPLC | ¥1,800.00 | 詢價 | 詢價 | |
地高辛(Digoxin) | 5" or 3" Digoxin | HPLC | ¥600.00 | ¥800.00 | ¥1,200.00 |
熒光基團(Fluorophores) | 5" Cy3 | HPLC | ¥1,200.00 | ¥1,500.00 | ¥2,500.00 |
3" Cy3 | HPLC | ¥1,300.00 | ¥1,600.00 | ¥2,600.00 | |
Internal Cy3 | HPLC | ¥1,400.00 | 詢價 | 詢價 | |
5" Cy5 | HPLC | ¥1,100.00 | ¥1,500.00 | ¥2,500.00 | |
3" Cy5 | HPLC | ¥1,000.00 | ¥1,800.00 | ¥2,600.00 | |
Internal Cy5 | HPLC | ¥1,400.00 | 詢價 | 詢(xun)價 | |
5" FAM | HPLC | ¥280.00 | ¥320.00 | ¥450.00 | |
3" FAM | HPLC | ¥300.00 | ¥350.00 | ¥500.00 | |
5" HEX | HPLC | ¥450.00 | ¥600.00 | ¥900.00 | |
5" TET | HPLC | ¥450.00 | ¥600.00 | ¥900.00 | |
5" 6-JOE | HPLC | ¥550.00 | ¥650.00 | ¥900.00 | |
3" 6-JOE | HPLC | ¥550.00 | ¥700.00 | ¥1,000.00 | |
5" Rox | HPLC | ¥500.00 | ¥600.00 | ¥900.00 | |
3" Rox | HPLC | ¥550.00 | ¥700.00 | ¥1000.00 | |
5" TAMRA | HPLC | ¥450.00 | ¥600.00 | ¥850.00 | |
3" TAMRA | HPLC | ¥500.00 | ¥650.00 | ¥950.00 | |
5" FITC | HPLC | ¥300.00 | |||
3" FITC | HPLC | ¥350.00 | |||
Internal TAMRA | HPLC | ¥1000.00 | 詢價(jia) | 詢價(jia) | |
淬滅基團(tuan)(Quenchers) | 3" DABCYL | HPLC | ¥750.00 | ¥900.00 | ¥1,200.00 |
3" BHQ 1 | HPLC | ¥600.00 | ¥800.00 | ¥1,100.00 | |
3" BHQ 2 | HPLC | ¥600.00 | ¥800.00 | ¥1,100.00 | |
電化學(xue)標記(Electrochemicals) | Ferrocene | HPLC | ¥550.00 | ¥700.00 | ¥1,000.00 |
其它 | 電詢 |
(六)雙標記熒光探(tan)針
分類 | 標記 | 純化(hua)方式(shi) | 2 OD | 5 OD | 10 OD |
3" TAMRA | 5" FAM-3" TAMRA | 2次HPLC純(chun)化 | ¥1,000.00 | ¥1,200.00 | ¥1,800.00 |
5" HEX-3" TAMRA | 2次HPLC純(chun)化 | ¥1,400.00 | ¥1,600.00 | ¥2,000.00 | |
5" TET-3" TAMRA | 2次(ci)HPLC純化 | ¥1,400.00 | ¥1,600.00 | ¥2,000.00 | |
5" JOE-3" TAMRA | 2次HPLC純化 | ¥1,400.00 | 詢價 | 詢(xun)價 | |
3" DABCYL | 5" FAM-3" DABCYL | HPLC | ¥1,000.00 | ¥1,200.00 | ¥1,800.00 |
5" HEX-3" DABCYL | HPLC | ¥1,200.00 | ¥1,400.00 | ¥2,000.00 | |
5" TET-3" DABCYL | HPLC | ¥1,200.00 | ¥1,400.00 | ¥2,000.00 | |
5" JOE-3" DABCYL | HPLC | ¥1,300.00 | 詢(xun)價(jia) | 詢價 | |
5" TAMRA-3" DABCYL | HPLC | ¥1,400.00 | 詢價 | 詢(xun)價 | |
5" Cy5-3" DABCYL | HPLC | ¥1,300.00 | ¥1,600.00 | ¥2,000.00 | |
3" BHQ1 | 5" FAM-3" BHQ1 | HPLC | ¥1,000.00 | ¥1,200.00 | ¥1,450.00 |
5" HEX-3" BHQ1 | HPLC | ¥1,200.00 | ¥1,400.00 | ¥1,800.00 | |
5" JOE-3" BHQ1 | HPLC | ¥1,100.00 | 詢價 | 詢價 | |
BHQ2 | 5" ROX-3" BHQ2 | HPLC | ¥1,000.00 | ¥1,300.00 | ¥1,800.00 |
ECLIPSE | 5" FAM-3" ECLIPSE | HPLC | ¥1,000.00 | ¥1,200.00 | ¥1,800.00 |
5" HEX-3" ECLIPSE | HPLC | ¥1,000.00 | 詢價 | 詢價(jia) | |
5" TET-3" ECLIPSE | HPLC | ¥1,200.00 | 詢價 | 詢價 | |
5" JOE-3" ECLIPSE | HPLC | ¥1,100.00 | 詢價(jia) | 詢價 | |
5" TAMRA-3" ECLIPSE | HPLC | ¥900.00 | ¥1,200.00 | ¥1,800.00 | |
5" Rox-3" ECLIPSE | HPLC | ¥900.00 | ¥1,200.00 | ¥1,800.00 | |
其(qi)它 | 電詢 |
(七(qi))、簡(jian)并堿(jian)基(ji)及代(dai)碼
簡并代碼 | M | R | W | S | Y | K | V | H | D | B | N |
代表堿基 | A/C | A/G | A/T | C/G | C/T | G/T | A/C/G | A/C/T | A/G/T | C/G/T | A/C/G/T |
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