宏转录组测序研究
宏转(zhuan)录(lu)组学(Metatranscriptomics)的(de)研究对象是微生(sheng)(sheng)物组mRNA，在获取微生(sheng)(sheng)物组总RNA并去(qu)除rRNA之(zhi)后，反转(zhuan)录(lu)为cDNA，并构建合适长度的(de)插(cha)入片段(duan)文(wen)库，对这些文(wen)库进行双端(Paired-end，PE)高通量测序，从而(er)能精确定(ding)量整个(ge)菌(jun)群中具(ju)有活(huo)性的(de)物种精细组成(cheng)及其对应(ying)功能的(de)表(biao)达水平，进而(er)锁(suo)定(ding)菌(jun)群中的(de)关键生(sheng)(sheng)物标记(ji)物、阐明其生(sheng)(sheng)物学意(yi)义。
1、直接对群落样本中(zhong)的转录本进行测序，真实再现(xian)群落的活性功能(neng)；
2、业界公认的总RNA 提取方法和rRNA 去(qu)除技术，稳定(ding)；
3、使(shi)用Illumina NovaSeq高(gao)通量(liang)测(ce)序(xu)平台(tai)，速度更(geng)快周期更(geng)短；
4、功(gong)能+物种，双管齐下；拼(pin)接+不拼(pin)接，各取所长，实现对物种和功(gong)能的“高分辨(bian)率(lv)”精确定量；
5、根据(ju)样本、数(shu)据(ju)特征(zheng)，自(zi)动选择分析流程，多种功能(neng)注释(shi)数(shu)据(ju)库可选，优化(hua)宏基因(yin)组(zu)功能(neng)代谢谱注释(shi)；
6、通过(guo)多(duo)(duo)种多(duo)(duo)变量统(tong)计分析和(he)(he)机器学习方(fang)法(fa)，系统(tong)、深入地挖掘(jue)宏(hong)转录组大数据中差异相关(guan)(guan)(guan)的关(guan)(guan)(guan)键物(wu)种和(he)(he)关(guan)(guan)(guan)键功(gong)能，识别关(guan)(guan)(guan)键生物(wu)标记物(wu)。
实验流程(cheng)
微生物组总RNA提取→核糖体RNA去除→mRNA片段化→反转录cDNA→构建cDNA文库并定量→上机进行高通量测序→生信分析(xi)
