利用高(gao)通量測(ce)序(xu)檢測(ce)轉座(zuo)酶易接(jie)近的染(ran)色質的技術。在(zai) ATAC-seq 技術中,DNA 探針(作為轉座(zuo)子發揮作用)通過酶促反應(轉座(zuo)酶Tn5)被整合(he)到基(ji)因(yin)組的開放區域,然后通過測(ce)序(xu)來鑒定(ding)這些區域。
ATAC-seq 技術(shu)可(ke)以進行樣(yang)(yang)本之間(jian)差(cha)異的染(ran)(ran)色質開(kai)放(fang)位點的比較。ATAC-seq 技術(shu)作為檢測表(biao)(biao)觀遺傳-染(ran)(ran)色質開(kai)放(fang)狀態現象的方式,與(yu)樣(yang)(yang)本基(ji)因(yin)表(biao)(biao)達譜緊密(mi)相連,從靶標基(ji)因(yin)的表(biao)(biao)觀狀態關(guan)聯(lian)到表(biao)(biao)達水平,具有強大的數據挖掘作用(yong)。此外,通過關(guan)聯(lian)基(ji)因(yin)組(zu)、外顯子,染(ran)(ran)色質免疫共沉淀(組(zu)蛋(dan)白修飾或轉錄因(yin)子結合)測序(xu)信(xin)息,形(xing)成:表(biao)(biao)觀調控-基(ji)因(yin)組(zu)-基(ji)因(yin)表(biao)(biao)達的完整調控鏈。
實驗設計:
實驗組 vs 對照組
測(ce)序(xu)(xu)模(mo)式(shi):用(yong)Illumina Novaseq 6000測(ce)序(xu)(xu),測(ce)序(xu)(xu)策(ce)略為PE150
生(sheng)物學(xue)重復:推(tui)薦細胞系(xi)、模式生(sheng)物做2-3次(ci)生(sheng)物學(xue)重復;人的組織(zhi)可(ke)以做1次(ci)生(sheng)物學(xue)重復。