Small RNA ，長度在 18-30nt，主要包括 miRNA、 siRNA 和 piRNA。在基因(yin)表達調(diao)控、生(sheng)物個體(ti)發育(yu)、代謝及疾(ji)病的(de)發生(sheng)等(deng)生(sheng)理過程中起著(zhu)重(zhong)要的(de)作用(yong)(yong)。Small RNA 測序采用(yong)(yong) Illumina 測序平臺，研究(jiu)(jiu)(jiu)某一物種(zhong)特定(ding)組織(zhi)在特定(ding)狀態下的(de)已知 Small RNA，也可發現(xian)新(xin)的(de)物種(zhong)或組織(zhi)特異Small RNA并預測其靶基因(yin)，為(wei)研究(jiu)(jiu)(jiu) Small RNA 的(de)功能(neng)及此物種(zhong)的(de)基因(yin)調(diao)控機制(zhi)提(ti)供了有力工具，已廣泛應用(yong)(yong)于動植物的(de)研究(jiu)(jiu)(jiu)和醫(yi)學領域。
Small RNA 實驗設計思路(lu)為(wei)差異比較(jiao)，常見(jian)的類型為(wei)實驗組(zu)與(yu)對照(zhao)組(zu)（case VS control），進(jin)(jin)(jin)行兩(liang)兩(liang)比較(jiao)；若(ruo)考(kao)慮(lv)時空因(yin)素，如按照(zhao)不同(tong)生(sheng)(sheng)長發育階段或者疾(ji)病(bing)發生(sheng)(sheng)發展整個過程進(jin)(jin)(jin)行比較(jiao)，即進(jin)(jin)(jin)行多重(zhong)比較(jiao)分析，然(ran)后對差異的miRNA 進(jin)(jin)(jin)行靶基因(yin)預測和富(fu)集分析。一組(zu)樣品建議至少 6 個生(sheng)(sheng)物學重(zhong)復(fu)。
