宏基因組(zu)測序研究
宏基(ji)因組學(Metagenomics)研(yan)究通過全基(ji)因組鳥(niao)槍法(fa)(Whole Genome Shotgun，WGS)測序(xu)策略，將提取獲得(de)的(de)微生物(wu)組總DNA隨機打斷為短片(pian)段，并構建合適長度的(de)插入片(pian)段文(wen)庫，對這些文(wen)庫進(jin)行雙端(duan)(Paired-end，PE)高(gao)通量測序(xu)，從而能(neng)精細地展示整個菌群的(de)功能(neng)代(dai)謝(xie)譜和(he)物(wu)種精細組成譜，進(jin)而在組成和(he)功能(neng)水平分別(bie)挖掘關鍵生物(wu)
標記物，從原(yuan)理上闡明微(wei)生物群落(luo)在生態(tai)系(xi)統中發揮作(zuo)用的根本機制。
宏基因組(zu)測序項目流程
微(wei)生物(wu)組總(zong)DNA提取(qu)→DNA片段(duan)化→連接接頭序(xu)列(lie)→純化、富集DNA片段(duan)→測序(xu)文庫定量(liang)→上機進行高通量(liang)測序(xu)→生信分析
1、直接對(dui)群(qun)落樣本中的基(ji)因片段進行測序(xu)，真實(shi)再現群(qun)落復雜而精密的生態功能(neng)；
2、樣本(ben)類(lei)型涵蓋各類(lei)生境，微量提取(qu)成功率高；
3、使用Illumina NovaSeq超(chao)高(gao)通(tong)量測序平臺(tai)，速度更快周期更短；
4、功能(neng)+物(wu)種(zhong)，雙管(guan)齊下(xia)；拼(pin)接+不拼(pin)接，各取(qu)所長，實現對物(wu)種(zhong)和功能(neng)的“高分辨(bian)率”定量；
5、根據樣本、數據特征(zheng)，自動(dong)選擇分析流程，多種功(gong)能注釋數據庫可(ke)選，優化宏基因組功(gong)能代(dai)謝譜注釋；
6、通過多種多變量(liang)統(tong)(tong)計分(fen)析和(he)機器學(xue)習(xi)方法(fa)，系統(tong)(tong)、深入地(di)挖掘宏(hong)基(ji)因組大(da)數(shu)據(ju)中差異相關的關鍵物(wu)種和(he)關鍵功能，識別關鍵生物(wu)標記(ji)物(wu)。
