以PacBio公司的(de)(de)(de)RS II和(he)Sequel測(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)系(xi)統為代(dai)表的(de)(de)(de)第三代(dai)測(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)技術(shu)，通過SMRT單(dan)(dan)分子(zi)實(shi)時測(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)技術(shu)（Single molecule real-time sequencing），可以對DNA序(xu)(xu)(xu)(xu)列(lie)實(shi)現單(dan)(dan)分子(zi)級(ji)別的(de)(de)(de)超長(chang)讀(du)(du)長(chang)測(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)，因而能夠輕易讀(du)(du)取微生(sheng)物的(de)(de)(de)rRNA基因/ITS全(quan)長(chang)序(xu)(xu)(xu)(xu)列(lie)，不受制(zhi)于短序(xu)(xu)(xu)(xu)列(lie)的(de)(de)(de)局限性；其次，通過PacBio的(de)(de)(de)環(huan)形(xing)一致性測(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)模式(shi)（Circular-consensus sequence，CCS），可以提(ti)高單(dan)(dan)堿(jian)基測(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)的(de)(de)(de)準確率，遠(yuan)超二代(dai)測(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)的(de)(de)(de)準確率，從而獲得的(de)(de)(de)rRNA基因/ITS全(quan)長(chang)序(xu)(xu)(xu)(xu)列(lie)。

產(chan)品特點

CCS測序模(mo)式(shi)基本原理

16S rRNA基因各V區的(de)(de)序(xu)列(lie)保(bao)守性(xing)并不一(yi)致(zhi)，因而(er)基于16S rRNA基因全長序(xu)列(lie)的(de)(de)三代測(ce)序(xu)，可以反映物(wu)種的(de)(de)種屬信息。a圖，以Salmonella屬為代表，全長序(xu)列(lie)的(de)(de)種間(jian)差異達到97.4%，但V4區高(gao)度(du)保(bao)守，二(er)代測(ce)序(xu)結果(guo)將低估(gu)該物(wu)種的(de)(de)多(duo)樣(yang)性(xing)；b圖，某些物(wu)種在V4區的(de)(de)多(duo)樣(yang)性(xing)可能高(gao)于其他V區，因而(er)二(er)代測(ce)序(xu)結果(guo)將高(gao)估(gu)相關物(wu)種的(de)(de)多(duo)樣(yang)性(xing)。*

兩種平臺測序(xu)結(jie)果的精(jing)細比(bi)較，三代測序(xu)的結(jie)果降(jiang)低了物種分(fen)類信(xin)息(xi)的不確定性。*

PacBio和Illumina平臺對菌群16S rRNA基因測序結(jie)果(guo)的比較，三(san)代測序的結(jie)果(guo)能提升種水(shui)平的物種檢(jian)測準確(que)性(xing)，并大幅改(gai)善物種分類信(xin)息的不確(que)定性(xing)。

*Singer, E., Bushnell, B., Coleman-Derr, D., Bowman, B., Bowers, R.M., Levy, A., Gies, E.A., Cheng, J.-F., Copeland, A., Klenk, H.-P., et al. (2016). High-resolution phylogenetic microbial community profiling. ISME J 10, 2020-2032.

種水平的精細組成圖

結合聚類(lei)分(fen)析(xi)的種水(shui)平菌群組成熱(re)圖

組間(jian)差異顯著的(de)種水平分類單元的(de)豐度(du)分布小提琴圖