Small RNA ，長度在(zai) 18-30nt，主要包(bao)括(kuo) miRNA、 siRNA 和 piRNA。在(zai)基因(yin)(yin)表達調控、生物(wu)個體(ti)發(fa)育、代謝及疾病的(de)(de)發(fa)生等(deng)生理過程中起著重要的(de)(de)作(zuo)用。Small RNA 測(ce)序采用 Illumina 測(ce)序平(ping)臺，研究某一物(wu)種特(te)定(ding)組(zu)織在(zai)特(te)定(ding)狀態(tai)下的(de)(de)已(yi)知 Small RNA，也可(ke)發(fa)現新(xin)的(de)(de)物(wu)種或組(zu)織特(te)異Small RNA并預測(ce)其靶基因(yin)(yin)，為研究 Small RNA 的(de)(de)功能及此物(wu)種的(de)(de)基因(yin)(yin)調控機制(zhi)提供了(le)有力工(gong)具，已(yi)廣(guang)泛應用于動植物(wu)的(de)(de)研究和醫學領域。
Small RNA 實驗設計思路(lu)為差異比(bi)(bi)較(jiao)，常見(jian)的類(lei)型(xing)為實驗組(zu)與對照組(zu)（case VS control），進(jin)行兩兩比(bi)(bi)較(jiao)；若考慮時空因(yin)素，如按(an)照不同(tong)生長發(fa)育階段或者疾病發(fa)生發(fa)展整個過程進(jin)行比(bi)(bi)較(jiao)，即(ji)進(jin)行多重(zhong)比(bi)(bi)較(jiao)分析，然(ran)后(hou)對差異的miRNA 進(jin)行靶基因(yin)預(yu)測和富集分析。一組(zu)樣品建議至(zhi)少 6 個生物學重(zhong)復。
