Small RNA測序(xu)，研究某一物種(zhong)特定(ding)組織在特定(ding)狀態(tai)下(xia)的(de)(de)已知SmallRNA，也可(ke)發現新的(de)(de)或該物種(zhong)的(de)(de)Small RNA并預測其靶基因，為研究Small RNA的(de)(de)功能及此物種(zhong)的(de)(de)基因調控機制提供了有力工具。Small RNA主要包括微RNA（miRNA）、小干擾RNA（siRNA）、與piwi相互作用(yong)的(de)(de)RNA（piRNA）三類。

建議客戶做轉錄(lu)組測序(xu)，進(jin)行大規模轉錄(lu)本的(de)發(fa)現，構建出目標物(wu)種(zhong)的(de)Unigene庫，在此基礎上進(jin)行小RNA測序(xu)，通(tong)過注(zhu)釋(shi)得(de)(de)到已知的(de)小RNA和預測得(de)(de)到新(xin)的(de)miRNA，通(tong)過與(yu)Unigene庫中的(de)基因進(jin)行比(bi)對，來進(jin)行靶基因的(de)預測，最后完成靶基因的(de)功能注(zhu)釋(shi)。

RNA純化方法(fa)主(zhu)要包括有(you)機溶劑抽(chou)提+乙(yi)醇(chun)沉(chen)(chen)淀、硅(gui)膠膜離心(xin)柱等。由于硅(gui)膠膜離心(xin)柱只能(neng)富集200 nt以上(shang)的(de)RNA分子，所以不適用(yong)于small RNA的(de)分離純化。有(you)機溶劑抽(chou)提雖然能(neng)夠較好的(de)保留small RNA，但(dan)是后(hou)期的(de)沉(chen)(chen)淀步驟非常繁瑣。因此，如果要進行(xing)small RNA測序(xu)，提取總RNA時建議(yi)不要使(shi)用(yong)過(guo)柱試劑盒，也不要使(shi)用(yong)LiCl沉(chen)(chen)淀法(fa)，以免(mian)丟失小片(pian)段RNA。

Small RNA高(gao)通量(liang)測(ce)序(xu)主要優(you)勢有(you)：(1) 可(ke)以(yi)(yi)(yi)直接從核(he)苷(gan)酸水(shui)平(ping)上研(yan)究(jiu)Small RNA分(fen)子(zi)，不存在傳統芯片雜交(jiao)的(de)(de)(de)(de)熒光模擬信(xin)號帶來的(de)(de)(de)(de)交(jiao)叉反(fan)應和(he)背景噪音(yin)問題(ti)，利于區分(fen)相同家族以(yi)(yi)(yi)及(ji)序(xu)列相似(si)的(de)(de)(de)(de)不同Small RNA分(fen)子(zi)；(2) 可(ke)以(yi)(yi)(yi)對物種進(jin)行高(gao)通量(liang)分(fen)析(xi)，無需(xu)預先的(de)(de)(de)(de)序(xu)列信(xin)息以(yi)(yi)(yi)及(ji)二級結構信(xin)息；(3) 靈敏(min)度高(gao)，測(ce)序(xu)通量(liang)大，為Small RNA分(fen)子(zi)的(de)(de)(de)(de)發現和(he)研(yan)究(jiu)提(ti)供了(le)數(shu)據深度與(yu)覆蓋率，能夠(gou)檢(jian)測(ce)豐度低的(de)(de)(de)(de)稀有(you)轉錄；(4) 測(ce)序(xu)產生的(de)(de)(de)(de)原始數(shu)據可(ke)以(yi)(yi)(yi)與(yu)多種分(fen)析(xi)軟件(jian)兼容，可(ke)以(yi)(yi)(yi)注(zhu)釋Small RNA的(de)(de)(de)(de)基(ji)因組信(xin)息，并分(fen)析(xi)其表達水(shui)平(ping)，能夠(gou)使用Small RNA數(shu)據庫注(zhu)釋已知(zhi)的(de)(de)(de)(de)Small RNA，還(huan)可(ke)以(yi)(yi)(yi)進(jin)一步(bu)分(fen)析(xi)未匹配的(de)(de)(de)(de)數(shu)據，發現新(xin)的(de)(de)(de)(de)Small RNA種類及(ji)異(yi)構體，尋找(zhao)更深入的(de)(de)(de)(de)研(yan)究(jiu)信(xin)息。