Small RNA測(ce)序，研(yan)究某(mou)一物種(zhong)特(te)定(ding)組織在特(te)定(ding)狀(zhuang)態下的(de)已知SmallRNA，也(ye)可發現新的(de)或(huo)該(gai)物種(zhong)的(de)Small RNA并預(yu)測(ce)其靶基(ji)因，為(wei)研(yan)究Small RNA的(de)功能及此物種(zhong)的(de)基(ji)因調控機(ji)制(zhi)提供(gong)了有力工具。Small RNA主(zhu)要包括(kuo)微RNA（miRNA）、小干擾RNA（siRNA）、與piwi相互作用的(de)RNA（piRNA）三類。

建議客戶做轉錄組測(ce)序，進(jin)行大(da)規模轉錄本的(de)(de)發現(xian)，構建出(chu)目(mu)標物(wu)種的(de)(de)Unigene庫(ku)，在此基(ji)礎上進(jin)行小(xiao)(xiao)RNA測(ce)序，通過注(zhu)釋(shi)得到已知的(de)(de)小(xiao)(xiao)RNA和(he)預測(ce)得到新的(de)(de)miRNA，通過與Unigene庫(ku)中的(de)(de)基(ji)因進(jin)行比(bi)對(dui)，來進(jin)行靶基(ji)因的(de)(de)預測(ce)，最(zui)后完(wan)成靶基(ji)因的(de)(de)功能注(zhu)釋(shi)。

RNA純化方法主(zhu)要包括有機(ji)溶劑(ji)抽(chou)提(ti)+乙醇(chun)沉(chen)淀、硅膠膜離(li)(li)心柱(zhu)等。由于硅膠膜離(li)(li)心柱(zhu)只能(neng)富集200 nt以(yi)上(shang)的RNA分子(zi)，所(suo)以(yi)不(bu)適用(yong)于small RNA的分離(li)(li)純化。有機(ji)溶劑(ji)抽(chou)提(ti)雖然(ran)能(neng)夠(gou)較好的保留(liu)small RNA，但是后期(qi)的沉(chen)淀步驟(zou)非常(chang)繁瑣(suo)。因此，如(ru)果要進行small RNA測(ce)序(xu)，提(ti)取(qu)總RNA時建議(yi)不(bu)要使(shi)用(yong)過(guo)柱(zhu)試劑(ji)盒，也不(bu)要使(shi)用(yong)LiCl沉(chen)淀法，以(yi)免丟失小(xiao)片段RNA。

Small RNA高(gao)通(tong)量(liang)測序(xu)主(zhu)要優勢有(you)：(1) 可(ke)以(yi)(yi)直(zhi)接從核(he)苷酸水平上研(yan)究(jiu)(jiu)Small RNA分(fen)(fen)子，不(bu)存(cun)在傳(chuan)統(tong)芯片雜交的(de)(de)熒光模(mo)擬信(xin)號帶來的(de)(de)交叉反應(ying)和背景噪音問題，利于區分(fen)(fen)相(xiang)同家(jia)族以(yi)(yi)及(ji)(ji)序(xu)列相(xiang)似的(de)(de)不(bu)同Small RNA分(fen)(fen)子；(2) 可(ke)以(yi)(yi)對物種(zhong)(zhong)進(jin)行高(gao)通(tong)量(liang)分(fen)(fen)析，無需(xu)預先的(de)(de)序(xu)列信(xin)息以(yi)(yi)及(ji)(ji)二級(ji)結構信(xin)息；(3) 靈(ling)敏度(du)(du)高(gao)，測序(xu)通(tong)量(liang)大，為(wei)Small RNA分(fen)(fen)子的(de)(de)發現和研(yan)究(jiu)(jiu)提(ti)供了(le)數(shu)據深(shen)度(du)(du)與(yu)覆(fu)蓋率(lv)，能夠檢測豐度(du)(du)低的(de)(de)稀(xi)有(you)轉錄；(4) 測序(xu)產(chan)生(sheng)的(de)(de)原始數(shu)據可(ke)以(yi)(yi)與(yu)多種(zhong)(zhong)分(fen)(fen)析軟件兼容，可(ke)以(yi)(yi)注(zhu)釋Small RNA的(de)(de)基因組信(xin)息，并分(fen)(fen)析其(qi)表達水平，能夠使用Small RNA數(shu)據庫注(zhu)釋已知的(de)(de)Small RNA，還可(ke)以(yi)(yi)進(jin)一步分(fen)(fen)析未匹配的(de)(de)數(shu)據，發現新的(de)(de)Small RNA種(zhong)(zhong)類(lei)及(ji)(ji)異構體(ti)，尋找更深(shen)入的(de)(de)研(yan)究(jiu)(jiu)信(xin)息。