2024-03-26
空(kong)間(jian)轉錄組(zu)測序通(tong)過將組(zu)織切片的(de)高通(tong)量轉錄組(zu)分析和(he)形態學背(bei)景結合，讓科研(yan)工(gong)作者更好的(de)了(le)解發育和(he)疾病過程中細胞與細胞的(de)相互(hu)作用關系。目前，派森諾為廣大科研(yan)工(gong)作者提供了(le)多種空(kong)間(jian)轉錄組(zu)解決方(fang)案，適用于不同物種、場(chang)景和(he)研(yan)究(jiu)方(fang)向，下面就跟(gen)隨小派一(yi)起(qi)領略一(yi)下10×Genomics空(kong)間(jian)轉錄組(zu)學隊伍的(de)精神風貌和(he)作戰特征！
1.Visium Visium 空間(jian)(jian)(jian)基因表達玻(bo)片包含四個6.5mm×6.5mm的(de)捕獲區域，每個捕獲區域內包含約5000個55 μm直徑(jing)的(de)帶有空間(jian)(jian)(jian)位(wei)置標(biao)簽的(de)圓形spot點，spot點之間(jian)(jian)(jian)間(jian)(jian)(jian)隔45 μm，在組織切片上原位(wei)捕獲mRNA。 實驗原理(li) 項目(mu)流程 2.Visium Cytassist Visium Cytassist空(kong)間(jian)基因表達玻片(pian)包(bao)含兩(liang)個6.5mm×6.5mm的捕獲區(qu)域，每個捕獲區(qu)域內包(bao)含約5000個55 μm直徑的帶有空(kong)間(jian)位置標簽的圓(yuan)形spot點，spot點之間(jian)間(jian)隔45 μm。 實(shi)驗原(yuan)理 針(zhen)對人和(he)小鼠的(de)約18000 個基因(yin)設計了基因(yin)探(tan)針(zhen)，設計位點在基因(yin)編碼區，盡可(ke)能保守（每一個基因(yin)都有(you)(you)至少一對probe以(yi)靶定RNA的(de)特定序列，probe之間沒有(you)(you)堿基間隔，一對probe的(de)設計可(ke)以(yi)有(you)(you)效降低假陽(yang)性(xing)）。 項目流程 3.Visium Cytassist（HD） Visium Cytassist HD空間(jian)基因表達玻片包(bao)含(han)兩個6.5mm×6.5mm的捕獲區(qu)域，每(mei)個捕獲區(qu)域內(nei)包(bao)含(han)數百萬個2 x 2 μm帶有空間(jian)位置標簽(qian)的小方格(ge)，小方格(ge)連續排列“無間(jian)隙”，實現了單個細胞的分辨率。 實驗原理 項目流程(cheng) 4.Xenium 通(tong)過靶(ba)向(xiang)探針與強大的(de)光學元(yuan)件(jian)、數據采(cai)集和精確(que)解碼技術相(xiang)結(jie)合，能夠以(yi)亞細胞分辨(bian)率(lv)在整張切片(pian)上快速(su)檢測(ce)大量靶(ba)點的(de)組(zu)(zu)織(zhi)原(yuan)位表達水平；將FF或(huo)FFPE組(zu)(zu)織(zhi)切片(pian)置于(yu)Xenium載玻片(pian)上， FF樣本進行固定和透化、FFPE樣本進行脫蠟和解交聯(lian)；利用可環(huan)化的(de)DNA探針與切片(pian)中互補(bu)的(de)靶(ba)RNA雜交。 實驗(yan)原理 過(guo)量的(de)(de)(de)，未結(jie)合(he)(he)的(de)(de)(de)探(tan)針在(zai)雜(za)交(jiao)后的(de)(de)(de)清洗(xi)步驟中被沖走(zou)，在(zai)去(qu)除(chu)未結(jie)合(he)(he)的(de)(de)(de)探(tan)針后，添加(jia)一個(ge)連接(jie)酶將探(tan)針進(jin)行(xing)連接(jie)，并(bing)進(jin)行(xing)滾環式擴(kuo)(kuo)增；進(jin)行(xing)自身熒(ying)(ying)光(guang)淬滅(mie)和DAPI染(ran)色。組(zu)織原位(wei)的(de)(de)(de)特異性擴(kuo)(kuo)增產物經過(guo)多輪熒(ying)(ying)光(guang)探(tan)針雜(za)交(jiao)，成(cheng)(cheng)像和探(tan)針去(qu)除(chu)，形(xing)成(cheng)(cheng)原位(wei)熒(ying)(ying)光(guang)信號序列，儀器(qi)解(jie)碼(ma)這個(ge)熒(ying)(ying)光(guang)序列即可獲得該(gai)位(wei)置(zhi)所屬基因。 5.送樣(yang)要求
