2024-05-11
一、比較組增加或調整順序(xu) A、在 兩兩比較差異分析(xi) 里調整(zheng)比較組結果： 1、在(zai) 單變(bian)量統計(ji)分析 的(de)分析設(she)置里(li)選擇(ze)比(bi)較(jiao)方案，重(zhong)新(xin)設(she)置比(bi)較(jiao)組(zu)，再運行。 2、在 多元統計OPLS-DA分(fen)析 的(de)分(fen)析設(she)置里選擇之前創建的(de)比(bi)較(jiao)方(fang)案(an)，再運行。 備注：因為代謝(xie)組篩選(xuan)差異的是 單變(bian)量統計分(fen)(fen)析里的p值 和 OPLS-DA 里的VIP值，所以這兩部(bu)分(fen)(fen)最(zui)重要。PCA和PLS-DA調整(zheng)也和本節調整(zheng)流程(cheng)一(yi)致。 3、在 差異(yi)物(wu)質篩選(xuan) 的分析(xi)設置里選(xuan)擇前(qian)二(er)步生成的新(xin)的分析(xi)記錄(lu)號，再運行。 備(bei)注：代(dai)謝(xie)組通(tong)常(chang)以嚴格(ge)的 OPLS-DA VIP>1 和 P value < 0.05 為顯著(zhu)性(xing)差異代(dai)謝(xie)物篩(shai)選標準(zhun)。 4、后(hou)面幾節，都是(shi)只需要在分(fen)析(xi)設置里選擇(ze) 差異(yi)物質篩選 生成的(de)新的(de)分(fen)析(xi)記錄號，再運(yun)行即可(ke)。 備注：KEGG富集需要選擇物(wu)種，也可以(yi)選物(wu)種大類。 備注：分析完(wan)后查看，需要選擇新的分析記(ji)錄號(hao)，origin是原始的結果。 B、在(zai) 多組(zu)(zu)比(bi)(bi)較(jiao)(jiao)差異分(fen)析(xi)里(li)調整比(bi)(bi)較(jiao)(jiao)組(zu)(zu)結果(guo)（備注：如果(guo)分(fen)組(zu)(zu)表表中沒有多組(zu)(zu)比(bi)(bi)較(jiao)(jiao)設置的(de)話，在(zai)超過三(san)個組(zu)(zu)情況下，我們(men)會隨機(ji)選擇(ze)一個三(san)組(zu)(zu)比(bi)(bi)較(jiao)(jiao)進(jin)行分(fen)析(xi)，如果(guo)需要更(geng)改多組(zu)(zu)比(bi)(bi)較(jiao)(jiao)，可以參考這里(li)）： 1、在 多組比(bi)較分析 的分析設(she)置里選擇比(bi)較方案(an)，重新設(she)置比(bi)較組，再運行。 備注：因(yin)為多組(zu)比(bi)(bi)較代謝組(zu)篩(shai)選差異的(de)是 多組(zu)比(bi)(bi)較分(fen)析里的(de)p值，所以(yi)這一部(bu)分(fen)最重要(yao)。PCA和PLS-DA調整也(ye)參考本節(jie)調整流(liu)程（多組(zu)比(bi)(bi)較做不了OPLS-DA）。 2、在(zai) 差異物(wu)質篩選(xuan) 的分(fen)析設置里選(xuan)擇前一步生成的新(xin)的分(fen)析記錄號，再運(yun)行。 3、后(hou)面幾(ji)節，都(dou)是只需要在分析設置(zhi)里選擇 差(cha)異物質篩選 生成的(de)新的(de)分析記錄號，再(zai)運行即可。 備注(zhu)：KEGG富集需要選(xuan)擇物種，也可(ke)以選(xuan)物種大類。 二、剔除樣本分析 直接(jie)在 分(fen)析(xi)設置 里將不(bu)需要的樣品(pin)（離群樣品(pin)）點掉，然后運(yun)行。 備注：需要(yao)在 單變量/多元統計 中都點掉離群樣本再運行，然后(hou)參考 一、比較組增加或調(diao)(diao)整順序 對后(hou)續章(zhang)節進行調(diao)(diao)整（即基于新(xin)的分(fen)析(xi)記錄(lu)號先重新(xin)分(fen)析(xi) 差(cha)異物(wu)質篩選 ，再基于 差(cha)異物(wu)質篩選 新(xin)的記錄(lu)號分(fen)析(xi) 差(cha)異物(wu)質venn-富集分(fen)析(xi) 章(zhang)節）。
三、重新設置分組 1、在 分(fen)析設置→分(fen)組(zu)(zu)(zu)方(fang)案 中點(dian)擊+，進入設置界面；新建(jian)組(zu)(zu)(zu)名，點(dian)擊需要放入該組(zu)(zu)(zu)別的(de)樣品，點(dian)擊確(que)認。 2、選中新建的 分(fen)組方(fang)(fang)案 后，在 比較方(fang)(fang)案 中點擊+，進入設置(zhi)界面；設置(zhi)比較組情況，點擊確定；再選中新的 比較方(fang)(fang)案 名稱，運(yun)行。 備注：設置分組(zu)在(zai) 兩(liang)兩(liang)比較差(cha)異(yi)分析/多(duo)組(zu)比較差(cha)異(yi)分析 中的(de) 單變量/多(duo)元(yuan)統計(ji) 中。上兩(liang)步設置完后(hou)可(ke)以參考 一、比較組(zu)增加或調整順序 對后(hou)續章節進行(xing)調整（即(ji)基于新(xin)的(de)分析記錄(lu)號先(xian)重新(xin)分析 差(cha)異(yi)物質(zhi)篩選 ，再基于 差(cha)異(yi)物質(zhi)篩選 新(xin)的(de)記錄(lu)號分析 差(cha)異(yi)物質(zhi)venn-富集分析 章節）。 四、差異閾值調整(zheng) 代謝(xie)組學通(tong)常以嚴格(ge)的(de) OPLS-DA VIP > 1 和 P value < 0.05 為顯著性差(cha)異代謝(xie)物篩選(xuan)(xuan)標準。當差(cha)異代謝(xie)物篩選(xuan)(xuan)到的(de)非(fei)常少/多(duo)的(de)時候(hou)，有時候(hou)也是可以調整篩選(xuan)(xuan)差(cha)異的(de)閾值(zhi)。 在我(wo)們云平臺中(zhong)，提供了一(yi)共三項(xiang)篩選(xuan)指標（顯著(zhu)性(xing)、差異倍(bei)數、VIP）： a、顯(xian)著性(xing)默認是按照pvalue 0.05水平篩選，可以點擊(ji) 顯(xian)著性(xing)檢驗 選擇更(geng)嚴格的(de)padjust， 顯(xian)著性(xing)水平 一般需要滿足0.05，但是在滿足VIP > 1的(de)條(tiao)件下也有放寬到0.1的(de)； b、差異(yi)倍(bei)(bei)數（Foldchange，FC）默認顯示為1，即不(bu)對差異(yi)倍(bei)(bei)數進行限(xian)制，也有調整到2倍(bei)(bei)； c、VIP（變量(liang)權重值(zhi)，由OPLS-DA分析得(de)到(dao)）默認顯示(shi)為1，一般情況下代謝組需要(yao)滿足(zu) VIP > 1，如果不(bu)想對VIP指進行顯示(shi)的話(hua)可以填0（多組比較(jiao)為PLS-DA分析得(de)到(dao)，默認不(bu)限制）。 在 差異物(wu)(wu)質篩選 中可以調整差異篩選的(de)閾值，設置新的(de)閾值后點擊運行(xing)，再基于 差異物(wu)(wu)質篩選 新的(de)記錄號分(fen)析(xi) 差異物(wu)(wu)質venn-富集分(fen)析(xi) 章節。 閾值參考： pvalue < 0.05 + VIP > 1；pvalue < 0.05 + FC 2 + VIP > 1；pvalue < 0.1 + FC 2 + VIP > 1；pvalue <; 0.1 + VIP > 1；FC 2 + VIP > 1等。
