2024-05-21
真(zhen)菌(jun)作(zuo)為一(yi)類(lei)廣泛存在于自然界中的(de)(de)微(wei)生物，具有(you)極高的(de)(de)生物多樣性。通過(guo)對其進(jin)行基(ji)因組(zu)組(zu)裝，我們(men)可以(yi)獲得完整的(de)(de)遺(yi)傳(chuan)信(xin)息，進(jin)而(er)理解其生命活動的(de)(de)分子機制。染(ran)色(se)體(ti)/T2T水平的(de)(de)基(ji)因組(zu)組(zu)裝能夠提供更(geng)高精(jing)度的(de)(de)數據(ju)，確保基(ji)因組(zu)的(de)(de)完整性，更(geng)深入地了解真(zhen)菌(jun)的(de)(de)遺(yi)傳(chuan)特性、代謝途徑(jing)、生態(tai)功能等信(xin)息。今天，小派隆重地宣布，即日(ri)起(qi)推(tui)出染(ran)色(se)體(ti)級別和(he)T2T級別真(zhen)菌(jun)基(ji)因組(zu)組(zu)裝項目，讓我們(men)一(yi)起(qi)打開一(yi)個充(chong)滿無限可能的(de)(de)真(zhen)菌(jun)新世(shi)界吧。
1、產品介紹 真菌Denovo-染(ran)色(se)(se)體(ti)：通過(guo)采用二代，三代加HiC的(de)(de)測序策(ce)略，不依賴已知(zhi)的(de)(de)參考基因組(zu)序列(lie)，實現染(ran)色(se)(se)體(ti)級(ji)別的(de)(de)真菌精細圖(tu)組(zu)裝。 真菌(jun)Denovo-T2T：在(zai)常規(gui)染色體級別(bie)基因(yin)組測序策略上增加超長ONT，輕松(song)跨越(yue)復雜結構，實現端粒和著絲粒的(de)分析，得到高質量(liang)的(de)0 gap 基因(yin)組。
2、產品優勢 相對于傳(chuan)統的(de)(de)真(zhen)菌(jun)產品，真(zhen)菌(jun)Denovo-染色體和真(zhen)菌(jun)Denovo-T2T擁有更強的(de)(de)完整性(xing)(xing)，更高的(de)(de)準確(que)性(xing)(xing)，更好的(de)(de)連續(xu)性(xing)(xing)！ 項目類型 組裝結果 完(wan)整(zheng)性 準確(que)性 連續(xu)性 真菌框架圖 Scaffold水平 中等 中(zhong)等 差 真菌近(jin)完成圖 近染色體(ti)水平 好 高 好 ☆真菌Denovo-染色(se)體 染色(se)體(ti)水平 較好 較高 較好 ☆真菌Denovo-T2T 0 GAP基因(yin)組 最(zui)好 最高 最好
3、測序策略 針對不同需求，采用不同測序策(ce)略~ 項目(mu)類型 測序平臺 測序數據量 真菌Denovo-染色體 (<40M) Illumina Novaseq 4G Pacbio Revio/ONT 4G HiC 4G 真(zhen)菌Denovo-T2T (<40M) Illumina Novaseq 4G Pacbio Revio/ONT 4G HiC 4G 超長ONT 1個cell
4、技術路線 完善(shan)的組裝流(liu)程 + 全面的分析內容 真菌Denovo-染色體 真菌(jun)Denovo-T2T
5、部分分析內容(rong)展示 Hi-C 組(zu)裝染色體互做熱(re)圖 著絲(si)粒與端粒分布(bu)圖 k-mer深度(du)分(fen)布圖 染色(se)體 gap 統計 KEGG分類(lei)圖 GO分類圖 CAZy分類圖(tu) eggNOG功能分(fen)類圖 TCDB分類圖(tu) 基(ji)因組圈圖
6、派森諾案例分(fen)享 【IF = 8.2】高質(zhi)量染色體級別銀耳基因組助(zhu)力(li)巖藻多糖(TPS)的合成(cheng)途徑研究 文章題目：A chromosome-scale genome and proteome draft of Tremella fuciformis 發表期刊(kan)：International Journal of Biological Macromolecules 測序平臺：Illumina + Pacbio + HiC 分析內容：真菌染(ran)色體級別基(ji)因組組裝，ANI分析，共線性(xing)分析，差異(yi)基(ji)因表(biao)達分析等(deng) 技(ji)術路線 結果展(zhan)示 銀耳基(ji)因組圈圖 ANI分析(xi) 比較基因組圈圖 研究結論 本研(yan)究(jiu)首次組裝了(le)一個染(ran)(ran)色(se)體水平的(de)銀(yin)耳(er)基(ji)因(yin)(yin)(yin)組，共10條(tiao)染(ran)(ran)色(se)體，基(ji)因(yin)(yin)(yin)組大小為(wei)27.38Mb。利(li)用鳥槍法蛋(dan)(dan)白(bai)質組學(xue)發(fa)現了(le)68.1%的(de)蛋(dan)(dan)白(bai)編碼(ma)基(ji)因(yin)(yin)(yin)。研(yan)究(jiu)還獲(huo)得了(le)TPS生物合成相關基(ji)因(yin)(yin)(yin)，并(bing)通(tong)過比較(jiao)轉錄組學(xue)和蛋(dan)(dan)白(bai)質組學(xue)揭示了(le)它們在DM和FBMds中的(de)差異表達。本研(yan)究(jiu)為(wei)銀(yin)耳(er)屬的(de)生物學(xue)和遺傳學(xue)的(de)進一步(bu)探索奠(dian)定基(ji)礎。
