2024-05-28
空(kong)間(jian)(jian)轉(zhuan)錄組(zu)(zu)(zu)測(ce)(ce)序是(shi)一(yi)項將組(zu)(zu)(zu)織病(bing)理學與(yu)轉(zhuan)錄組(zu)(zu)(zu)學相結合，還原組(zu)(zu)(zu)織中(zhong)各個空(kong)間(jian)(jian)位點細胞(bao)(bao)信(xin)息(xi)、基(ji)因表達信(xin)息(xi)的技(ji)(ji)術(shu)(shu)，結合顯微(wei)成像和測(ce)(ce)序技(ji)(ji)術(shu)(shu)在(zai)獲(huo)得基(ji)因表達數據的同時最大程度(du)地(di)保(bao)留(liu)樣本的空(kong)間(jian)(jian)位置信(xin)息(xi)，這(zhe)讓科研工作者更(geng)好(hao)地(di)了(le)解發(fa)育和疾病(bing)過(guo)程中(zhong)細胞(bao)(bao)相互(hu)作用的復雜(za)性。利(li)用10x Genomics空(kong)間(jian)(jian)轉(zhuan)錄組(zu)(zu)(zu)技(ji)(ji)術(shu)(shu)發(fa)表的文獻已有(you)500+，但基(ji)于55μm spot檢(jian)測(ce)(ce)的分辨(bian)率(lv)無法達到單個細胞(bao)(bao)的水平。為了(le)更(geng)精確地(di)區分和表征組(zu)(zu)(zu)織內的細胞(bao)(bao)多(duo)樣性和疾病(bing)狀態，科研工作者亟需(xu)空(kong)間(jian)(jian)分辨(bian)率(lv)更(geng)高的技(ji)(ji)術(shu)(shu)。下面來(lai)跟小派一(yi)起回顧下10x Genomics Visium HD~ 【】
10× Visium HD介紹(shao) Visium HD空間(jian)基(ji)因表(biao)達(da)玻片包含兩個(ge)6.5mm×6.5mm的(de)(de)捕獲(huo)(huo)區(qu)域，每個(ge)捕獲(huo)(huo)區(qu)域內包含1100萬個(ge)2 x 2 μm帶有空間(jian)位(wei)置(zhi)標簽的(de)(de)小(xiao)方格(ge)，小(xiao)方格(ge)連續(xu)排列“無間(jian)隙”，實現全(quan)組(zu)織(zhi)覆蓋，更(geng)加還原組(zu)織(zhi)的(de)(de)空間(jian)結(jie)構(gou)信息，獲(huo)(huo)得數據(ju)可根據(ju)不同細(xi)(xi)胞(bao)大小(xiao)選擇合適(shi)的(de)(de)最小(xiao)分(fen)析單位(wei)（10×官(guan)方推薦合并為(wei)8 μm × 8 μm，也可以根據(ju)細(xi)(xi)胞(bao)大小(xiao)調(diao)整分(fen)析單位(wei)），實現單細(xi)(xi)胞(bao)水平的(de)(de)空間(jian)組(zu)織(zhi)結(jie)構(gou)分(fen)析。 Visium HD 空間基因(yin)表達玻(bo)片示意(yi)圖
10× Visium HD內測數據(ju)質(zhi)控解讀 迄今，10x Genomics官方(fang)近(jin)期(qi)釋放了4例Visium HD 內測數據，分(fen)別(bie)是人(ren)類肺癌、人(ren)類結腸癌、小(xiao)(xiao)鼠大(da)腦和小(xiao)(xiao)鼠小(xiao)(xiao)腸，具體見官方(fang)鏈接（Datasets - 10x Genomics），小(xiao)(xiao)派(pai)分(fen)析(xi)了其中的小(xiao)(xiao)鼠小(xiao)(xiao)腸FFPE樣本(ben)Visium HD 數據，如下： 該樣本8 μm的(de)(de)bin為單位，組織覆蓋到的(de)(de) Bin（spots ）為 351817個，每個 Bin 平均捕(bu)獲(huo)到的(de)(de) reads 數為922.7個，每個 Bin 平均捕(bu)獲(huo)到的(de)(de) UMI 數為392.4，捕(bu)獲(huo)到的(de)(de)總的(de)(de)基因數目(mu)為19029個（小鼠探針(zhen)總基因數為19059個，實際檢測(ce)到了19029個，證(zheng)明Visium HD探針(zhen)在小鼠樣本中(zhong)捕(bu)獲(huo)效率非(fei)常高！）
降(jiang)維(wei)聚類(lei)分析：Spaceranger 對小鼠小腸樣(yang)本分別進行 Bin 8μm 和 Bin 16μm 的降(jiang)維(wei)聚類(lei)以及差(cha)異(yi)分析，并展示了降(jiang)維(wei)聚類(lei)圖和差(cha)異(yi)基(ji)因列表(biao)。 小(xiao)(xiao)鼠小(xiao)(xiao)腸(chang)Bin 8μm 和 Bin 16μm 降(jiang)維(wei)聚類數據 10× Visium HD送樣(yang)要求和質控要求 送樣要求 目前僅限(xian)人和小鼠的(de)FFPE樣本，即(ji)可送石蠟包埋塊，也(ye)可送貼好的(de)切片或HE 染(ran)色的(de)片子 石蠟包埋塊：大(da)小≤ 6.5×6.5mm，厚度大(da)于 3 mm； 貼好的(de)切片(pian) & HE 染色的(de)片(pian)子：至(zhi)少需(xu)要送15-20 張 4-5μm 的(de)切片(pian)； 石蠟包埋/切片樣本，均需避光(guang)常溫運輸，如遇(yu)天氣炎熱，可放 2-4 個(ge)冰袋。 質控要求 DV200（長度大于(yu)200bp的RNA 片段占比）＞30% & HE染色結構(gou)符合客戶要求 現在(zai)10× Visium HD買一(yi)送一(yi)活動正在(zai)火(huo)熱進行中(zhong)()，感(gan)興(xing)趣(qu)的老師可以聯系我們當地(di)銷售同事咨詢(xun)~~
