2024-07-03
前言(yan)
派森(sen)諾細菌(jun)(jun)基(ji)因(yin)組(zu)在(zai)客戶的(de)(de)寶(bao)貴建議下，持(chi)續煥發著活力，不斷地進行自我革新(xin)與進化。經過精(jing)心打(da)磨與多方智慧的(de)(de)融(rong)合，我們(men)再次實現(xian)了重大(da)的(de)(de)升級與蛻變！全新(xin)的(de)(de)細菌(jun)(jun)框(kuang)架圖與完成圖，以煥然一新(xin)的(de)(de)面貌(mao)驚艷(yan)亮相，它們(men)將以更加精(jing)準(zhun)、清晰的(de)(de)方式，呈現(xian)細菌(jun)(jun)基(ji)因(yin)組(zu)的(de)(de)奧(ao)秘與魅力！！
接(jie)下來，讓我們(men)懷揣著期待與好奇，率先揭開派森諾升級后細菌框架圖(tu)(tu)&完成圖(tu)(tu)的(de)神秘面紗，攜(xie)手(shou)開啟(qi)一(yi)段全新的(de)探索之旅，共同譜寫科學研究(jiu)的(de)嶄新篇章！
一、細菌De novo升級后(hou)分析概況
新升級(ji)的分析(xi)內容，包(bao)括細菌(jun)基(ji)因組(zu)組(zu)裝質量(liang)、分析(xi)項(xiang)目(mu)、數據庫(ku)的升級(ji)等。目(mu)前對細菌(jun)框架圖和(he)完成圖兩個產品都進行了(le)升級(ji)，大家(jia)可根據項(xiang)目(mu)需要進行選擇。
【圖】以完成圖為例的(de)分(fen)析概況
二、升級后全新(xin)亮點
亮點一
Pacbio三(san)代測序由Pacbio Sequel II平臺升級為(wei)Pacbio revio平臺
1.縮短測(ce)(ce)序周(zhou)期：和Sequel IIe相比(bi)，Revio測(ce)(ce)序儀通量提升了15倍(bei);
2.準(zhun)確(que)性(xing)提高：相(xiang)較于(yu)二代數(shu)據(ju)Q31（99.92%），CCS數(shu)據(ju)準(zhun)確(que)性(xing)Q20（99%），HiFi數(shu)據(ju)準(zhun)確(que)性(xing)可達(da)Q33（99.95%）;
3.變異檢出率也會(hui)提高，尤(you)其(qi)是InDel、SV大片(pian)段檢出率。
亮點二
全面的基因(yin)組評估(gu)分析
基(ji)因(yin)(yin)組(zu)評(ping)估(gu)包括：K-mer頻率分(fen)布分(fen)析(xi)、GC_depth分(fen)布、基(ji)因(yin)(yin)組(zu)覆(fu)蓋度(du)分(fen)析(xi)、cherkM軟件對基(ji)因(yin)(yin)組(zu)質量評(ping)估(gu)、GTDB物種分(fen)類分(fen)析(xi)，滿(man)足(zu)在發(fa)文章的(de)(de)時候審(shen)稿(gao)人要求(qiu)自證發(fa)表(biao)的(de)(de)基(ji)因(yin)(yin)組(zu)沒有問題(ti)的(de)(de)要求(qiu)。
【圖(tu)】K-mer深度分布圖(tu)
【圖】GC_depth分布(bu)圖
【圖】基因組覆蓋圖
表(biao)checkM基因組評(ping)估(gu)
亮點三(san)
進行(xing)MLST、cgMLST細菌分型分析
細(xi)(xi)(xi)菌(jun)分型(xing)，作為微生(sheng)物(wu)學領域中的(de)一項關鍵技術，旨在深(shen)入剖析并揭示不同菌(jun)株之間的(de)內(nei)在聯系與差異。細(xi)(xi)(xi)菌(jun)分型(xing)不僅有(you)助于明確(que)病原(yuan)菌(jun)與污(wu)(wu)染(ran)菌(jun)的(de)特(te)定屬性，還能(neng)追溯其來源與演變歷程，為疫(yi)病污(wu)(wu)染(ran)的(de)監(jian)測(ce)與防(fang)(fang)控提(ti)供(gong)堅(jian)(jian)實(shi)的(de)科學依據。在流行病學研究(jiu)的(de)廣(guang)闊(kuo)領域中，細(xi)(xi)(xi)菌(jun)分型(xing)的(de)確(que)立(li)具(ju)有(you)不可估量的(de)價值，它如同構建了(le)一座橋梁，連接著(zhu)病原(yuan)體(ti)的(de)微觀世界與宏(hong)觀的(de)公共衛生(sheng)策略，為深(shen)入探索(suo)病原(yuan)傳播規律、制定有(you)效防(fang)(fang)控措施奠定了(le)堅(jian)(jian)實(shi)的(de)理(li)論基礎。
【圖】MLST分(fen)型示(shi)例圖
【圖(tu)】cgMLST分型最小生成樹示例圖(tu)（群體樣(yang)本分析）
亮點四
構建(jian)16S與核心基因進(jin)化樹，并增加ANI分析
無需老師提供參考基(ji)因(yin)組，根據老師的物(wu)種選擇(ze)同屬20個樣(yang)本進行16S進化樹與核(he)心基(ji)因(yin)進化樹構(gou)建。
【圖】16s進化樹
【圖】核心基因進(jin)化樹(shu)
亮點(dian)五(wu)
增加比(bi)較基因組分析
增加比(bi)較基因(yin)組分析，豐富(fu)文章內容包(bao)括基因(yin)組家族分析，特有(you)基因(yin)GO和(he)KEGG富(fu)集分析。
【圖】基因家族分(fen)析韋(wei)恩圖
【圖】特有基(ji)因(yin)GO富集(ji)
【圖】特有基因KEGG富集
亮點(dian)六
完善(shan)的致(zhi)病系統數據(ju)庫
毒力基(ji)因、耐(nai)藥(yao)基(ji)因（CARD ）、抗生素抗性基(ji)因、信號肽預測(ce)、分泌蛋白(bai)預測(ce)、轉運(yun)蛋白(bai)、雙(shuang)組分系(xi)統(tong)等分析(xi)，全面(mian)挖掘耐(nai)藥(yao)基(ji)因滿足對致病菌(jun)研究。
【圖(tu)】病原(yuan)與宿主互作數據庫
【圖(tu)】TCDB功能(neng)二級分類圖(tu)
三、派(pai)森諾部(bu)分細菌(jun)De novo高分文章
物種名 | 期刊名(ming) | 2024年(nian)影響因子(zi)/JCR分區 | 年份 | 文章題(ti)目 |
紅球菌 | Journal of Hazardous Materials | 12.2/Q1 | 2022 | An amidase and a novel phenol hydroxylase catalyze the degradation of the antibacterial agent triclocarban by Rhodococcus rhodochrous |
路氏腸桿菌 | GREEN CHEMISTRY | 9.3/Q1 | 2022 | Insights into the molecular mechanism of a new efficient whole-cell biocatalyst Enterobacter ludwigii YYP3 in 5-hydroxymethylfurfural reduction |
有益桿(gan)菌(jun) | ENVIRONMENTAL RESEARCH | 7.7/Q1 | 2022 | A novel Diaphorobacter sp. strain isolated from saponification wastewater shows highly efficient phenanthrene degradation |
海(hai)洋弧(hu)菌 | msystems | 5.0/Q1 | 2022 | A Polysaccharide Biosynthesis Locus in Vibrio parahaemolyticus Important for Biofilm Formation Has Homologs Widely Distributed in Aquatic Bacteria Mainly from Gammaproteobacteria |
氣單胞菌 | LWT-FOOD SCIENCE AND TECHNOLOGY | 6.0/Q1 | 2022 | Antibiotic resistance and polymyxin B resistance mechanism of Aeromonas spp. isolated from yellow catfish, hybrid snakeheads and associated water from intensive fish farms in Southern China |
索氏(shi)鯨桿菌 | Microbiome | 13.8/Q1 | 2023 | Vitamin B12 produced by Cetobacterium somerae improves host resistance against pathogen infection through strengthening the interactions within gut microbiota |
假單胞菌 | Nature communications | 14.7/Q1 | 2023 | The natural pyrazolotriazine pseudoiodinine from Pseudomonas mosselii 923 inhibits plant bacterial and fungal pathogens |
沙門(men)氏菌 | Science of the Total Environment | 8.2/Q1 | 2023 | 1A multiple PAHs-degrading Shinella sp. strain and its potential bioremediation in wastewater |
大腸桿(gan)菌 | Science of the Total Environment | 8.2/Q1 | 2023 | One global disseminated 193 kb high-risk hybrid plasmid harboring tet(X4), mcr or blaNDM threatening public health |
噬藍(lan)假單胞菌 | Environmental Microbiome | 6.2/Q1 | 2023 | Phylogenomics of fve Pseudanabaena cyanophages and evolutionary traces of horizontal gene transfer |
乳(ru)桿(gan)菌屬(shu) | LWT-FOOD SCIENCE AND TECHNOLOGY | 6.0/Q1 | 2024 | Whole genome sequencing and analysis of probiotic characteristics for Lactiplantibacillus plantarum EL2 isolated from yak yogurt |
