2024-07-12
上(shang)兩次(ci)（；）帶大家了解(jie)在cytoscape上PPI網(wang)絡的繪制、參(can)數的調整、以及MCODE、cytoHubba、iRegulon插件的使用。 由于軟(ruan)(ruan)件(jian)的更新，插(cha)件(jian)獲(huo)取(qu)方(fang)法有了改變(bian)。今天小派再(zai)給大(da)家來介紹插(cha)件(jian)的獲(huo)取(qu)以(yi)及(ji)其它幾個網絡圖的繪制(zhi)，助大(da)家都能(neng)夠玩轉cytoscape。 七(qi)、插件獲取 cytoscape軟件(jian)更新后（3_10后面版本(ben)）Apps里(li)的(de)App Manager...替換為了App Store。在App Store里(li)可以(yi)方便的(de)查看已安裝的(de)插(cha)件(jian)，以(yi)及對插(cha)件(jian)進行更新，但(dan)新插(cha)件(jian)的(de)獲(huo)取，需要(yao)鏈接到(dao)網站（App網站：//apps.cytoscape.org/）下載安裝。備注：網站可能(neng)需要(yao)科學上(shang)網才可以(yi)下載app。 cytoscape軟件舊(jiu)版（3_9_1）、新版（3_10_2）、java（jie）以(yi)及之前軟文提到的(de)MCODE、cytoHubba、iRegulon插件獲取如(ru)下： 網盤鏈接：//pan.baidu.com/s/1Jf-OgrzaCulGlA04PO-Ngg?pwd=3ub5 提取碼：3ub5 cytoscape官網下載：//cytoscape.org/ java官(guan)網下載：//www.java.com/zh-CN/ 從App網(wang)站下載需(xu)要的插件后，通過(guo)cytoscape軟件的Apps → App Store → Install Apps Form File安(an)裝即可。 八(ba)、通路網絡圖 做完組學分析后，可以得到比較組的(de)(de)富(fu)集(ji)(ji)結(jie)果，在(zai)富(fu)集(ji)(ji)結(jie)果中可能(neng)有些(xie)通路(lu)會是我們關(guan)注的(de)(de)重點(dian)，除了用熱圖(tu)展示通路(lu)里(li)差異(yi)（基(ji)因/蛋白/代謝物(wu)）的(de)(de)表達情(qing)況，還(huan)可以使用通路(lu)網絡圖(tu)來展示差異(yi)的(de)(de)歸屬情(qing)況。 以下示例以轉錄組為(wei)參考，其它組學(xue)同理： 1、首先基于(yu)富集結果選擇trem/通路(lu)(lu)（可以是顯著性top的，也可以是自己(ji)關注的），此次以顯著性top5通路(lu)(lu)為例； 2、選擇需要繪制的(de)(de)通(tong)路和基因，整理成網(wang)(wang)絡(luo)文件(jian)和屬性(xing)文件(jian)（網(wang)(wang)絡(luo)文件(jian)為(wei)通(tong)路和基因的(de)(de)對(dui)應關(guan)系，網(wang)(wang)絡(luo)圖里也可以(yi)加上(shang)作用對(dui)的(de)(de)描述；屬性(xing)文件(jian)為(wei)node節點的(de)(de)描述信息(xi)），步驟參考下圖； 3、打開cytoscape，導入網絡和屬性文(wen)件，然后對網絡進行調整(zheng)； 4、在style和(he)Layout里調整網絡（節(jie)點性狀大(da)小按照通路和(he)基因設(she)置(zhi)，改變(bian)字體大(da)小等）后，可以導出圖片。 備注：代(dai)謝(xie)物(wu)/蛋(dan)白-通(tong)路、基因(yin)-通(tong)路-代(dai)謝(xie)物(wu)、代(dai)謝(xie)-基因(yin)-通(tong)路+PPI等網絡(luo)都(dou)可(ke)以如此繪制。
九、相關性網絡圖 做完組(zu)(zu)學后，我們會得到基因/蛋白/代謝物(wu)的(de)表(biao)達量(liang)數(shu)據，在單個組(zu)(zu)學中我們能夠篩(shai)到差異的(de)結(jie)果，進一(yi)步我們可(ke)(ke)以進行(xing)關(guan)聯(lian)分(fen)析(xi)。通過相關(guan)性(xing)分(fen)析(xi)，可(ke)(ke)以得到差異基因/蛋白/代謝物(wu)之(zhi)間的(de)關(guan)聯(lian)性(xing)，或者得到其和表(biao)型指標的(de)關(guan)聯(lian)性(xing)，隨后根(gen)據關(guan)聯(lian)情況構建(jian)相關(guan)性(xing)網絡。 以(yi)下示例(li)以(yi)轉錄(lu)和代謝為例(li)： 1、在(zai)(zai)我們(men)這里(li)做完(wan)聯合分(fen)析(xi)后，在(zai)(zai)04文件(jian)夾里(li)會(hui)得到(dao)基因(yin)(yin)(yin)和代(dai)謝(xie)物(wu)的(de)(de)相(xiang)(xiang)關(guan)(guan)性(xing)(xing)矩陣1（Cor），以及相(xiang)(xiang)關(guan)(guan)性(xing)(xing)系(xi)數在(zai)(zai)0.8以上的(de)(de)矩陣（mRNA_mete_diffrence_log2_dotplot）。由于(yu)差(cha)異(yi)分(fen)組中基因(yin)(yin)(yin)和代(dai)謝(xie)物(wu)的(de)(de)相(xiang)(xiang)關(guan)(guan)性(xing)(xing)較多，因(yin)(yin)(yin)此在(zai)(zai)標準分(fen)析(xi)中網絡圖(tu)我們(men)選取相(xiang)(xiang)關(guan)(guan)性(xing)(xing)結果前(qian)100個關(guan)(guan)系(xi)對進行(xing)作圖(tu)。有些(xie)時候(hou)老師關(guan)(guan)注(zhu)的(de)(de)代(dai)謝(xie)物(wu)或基因(yin)(yin)(yin)不在(zai)(zai)網絡圖(tu)中，這樣的(de)(de)話，我們(men)可以基因(yin)(yin)(yin)這個矩陣2篩選我們(men)關(guan)(guan)注(zhu)的(de)(de)基因(yin)(yin)(yin)和代(dai)謝(xie)物(wu)，再繪(hui)制相(xiang)(xiang)關(guan)(guan)性(xing)(xing)網絡圖(tu)； 備注：其它組學(xue)也一(yi)樣(yang)，需要(yao)得(de)到相(xiang)關(guan)性矩(ju)陣(zhen)后，繪(hui)制網絡圖。相(xiang)關(guan)性矩(ju)陣(zhen)可以用一(yi)些在線小(xiao)工(gong)具(ju)或R的(de)cor()函數(shu)(shu)等得(de)到，一(yi)般輸入文件(jian)為2個(ge)表達矩(ju)陣(zhen)（基(ji)因(yin)/蛋白/代(dai)謝物在樣(yang)品里(li)的(de)表達矩(ju)陣(zhen)，表型(xing)在樣(yang)品里(li)的(de)數(shu)(shu)值(zhi)矩(ju)陣(zhen)，且(qie)樣(yang)品需要(yao)一(yi)一(yi)對(dui)應）。 2、在篩(shai)(shai)選(xuan)的(de)(de)時候，可以先整(zheng)理(li)個(ge)關(guan)注的(de)(de)基因(yin)(yin)和(he)(he)代(dai)謝物的(de)(de)列表，用excel的(de)(de)vlookup函數篩(shai)(shai)選(xuan)，保(bao)留基因(yin)(yin)列和(he)(he)代(dai)謝物列都是關(guan)注的(de)(de)作(zuo)(zuo)用對，將基因(yin)(yin)和(he)(he)代(dai)謝物列分別作(zuo)(zuo)為(wei)(wei)node1和(he)(he)node2，cor和(he)(he)p值可以作(zuo)(zuo)為(wei)(wei)網(wang)絡的(de)(de)篩(shai)(shai)選(xuan)文(wen)件(jian)(jian)，另存為(wei)(wei)制表符分隔的(de)(de)txt作(zuo)(zuo)為(wei)(wei)網(wang)絡文(wen)件(jian)(jian)，然后對基因(yin)(yin)和(he)(he)代(dai)謝物整(zheng)理(li)屬(shu)性文(wen)件(jian)(jian)； 備(bei)注：基(ji)因(yin)ID如果(guo)需要用基(ji)因(yin)名字替換的話，也可以用vlookup查(cha)找替換。vlookup使用可以參考：//mp.weixin.qq.com/s/KxxtA9rR1P_mV3Q6-aslEQ 3、打開cytoscape，導入網絡(luo)和(he)屬(shu)性文件，然后(hou)可以(yi)在style和(he)Layout里對網絡(luo)進行調整（根(gen)據屬(shu)性區分節點(dian)，根(gen)據相關(guan)性系數展示連線的顏色等），完成后(hou)可以(yi)導出圖片(pian)。
十、RNA調控網絡圖 在生物體(ti)內除了(le)(le)作(zuo)為遺(yi)傳信(xin)息(xi)傳遞的(de)mRNA外(wai)，還有(you)多(duo)種(zhong)不同類型的(de)RNA（lncRNA、miRNA等）參與復雜的(de)基因表(biao)達(da)(da)調控(kong)網(wang)絡。為了(le)(le)更(geng)全面的(de)獲得(de)不同處理下，生物體(ti)內的(de)RNA表(biao)達(da)(da)情況，我們可以通(tong)過全轉(zhuan)錄組測序(xu)(xu)、mRNA+miRNA測序(xu)(xu)、lncRNA+miRNA測序(xu)(xu)等技(ji)術，同時獲得(de)樣(yang)品里多(duo)種(zhong)不同RNA的(de)表(biao)達(da)(da)及差異(yi)情況。根據不同RNA之間(jian)的(de)靶向(xiang)關(guan)系，我們可以進一步構建差異(yi)RNA調控(kong)網(wang)絡。 以(yi)下示例(li)以(yi)lncRNA+miRNA測序(xu)為例(li)： 1、在lncRNA測序結果中有(you)lncRNA和miRNA互作分(fen)析(xi)（結果為(wei)：report→result→LncRNA→6_miRNA_LncRNA→mirna_target表），在miRNA測序結果中有(you)miRNA的靶基因分(fen)析(xi)（結果為(wei)：report→result→miRNA→4_miRNA_target→miRNA_target.txt壓縮包里(li)的表）； 2、然后在(zai)兩(liang)個表中(zhong)可以(yi)通過(guo)vlookup將(jiang)(jiang)比較組的差異結果(guo)查找(zhao)過(guo)來，然后將(jiang)(jiang)差異的作用對(dui)拿出來構建網絡(luo)文(wen)件，以(yi)及可以(yi)將(jiang)(jiang)這些RNA的類別和上(shang)下(xia)調作為屬性文(wen)件； 備(bei)注：可(ke)以篩選(xuan)mi-lnc和mi-m里共有差異(yi)miRNA的(de)(de)(de)互作對(dui)；可(ke)以將lnc和m的(de)(de)(de)靶向(xiang)也加(jia)進去(qu)；還可(ke)以篩選(xuan)關注的(de)(de)(de)RNA的(de)(de)(de)作用對(dui)等。 3、打開(kai)cytoscape，導入網絡和屬(shu)性文(wen)件，然后可以在style和Layout里對網絡進行(xing)調整，完成后可以導出圖(tu)片。
小派用了三(san)期來介(jie)紹cytoscape，希望大家(jia)都能有所收獲哈！！
