2024-07-22
時(shi)光(guang)流轉，年復一年。 小(xiao)派(pai)在高(gao)通(tong)量測(ce)序(xu)知(zhi)識與經驗的海(hai)洋中茁壯(zhuang)成長(chang)的同時(shi)，更是積累了滿滿的數(shu)據分析(xi)與挖掘的筆記與干貨(huo)。繼上(shang)次給大家分享微生物的重磅干貨(huo)之后（），今天，小派與您再度揚帆(fan)起航(hang)，開啟一(yi)段轉錄(lu)組(zu)學之旅。 （點擊藍色(se)標題即可跳轉軟文(wen)，云平臺視頻(pin)需要復制鏈接到瀏覽器打開(kai)哦)
一(yi)、實驗前的準備：明確目標(biao)，整理(li)行囊
當您申請到一(yi)個轉(zhuan)錄組(zu)(zu)課題，或者分(fen)配了轉(zhuan)錄組(zu)(zu)的(de)(de)研究任務時，首要(yao)之舉就(jiu)是(shi)確(que)認實(shi)驗(yan)設計(ji)，明確(que)想要(yao)達成的(de)(de)結(jie)果(guo)。也就(jiu)是(shi)整理行囊(nang)，確(que)認好旅行的(de)(de)大致(zhi)目的(de)(de)地。但您是(shi)否還苦(ku)惱(nao)于什(shen)么是(shi)轉(zhuan)錄組(zu)(zu)？怎么去(qu)研究轉(zhuan)錄組(zu)(zu)？轉(zhuan)錄組(zu)(zu)的(de)(de)實(shi)驗(yan)該如(ru)何設計(ji)嗎？小派在轉(zhuan)錄組(zu)(zu)迷霧中為您鋪設了清(qing)晰(xi)的(de)(de)路徑指引(yin)，一(yi)起來看(kan)(kan)看(kan)(kan)吧！
1、首(shou)先小派給您準備好了各式各樣的研究思路與(yu)研究領域，總有(you)一(yi)種(zhong)能(neng)滿足(zu)您需求。
③全(quan)轉錄組思路解析
//www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/f077b8ff58904adbb0bd88d66c09f2ba
④CircRNA 在醫(yi)學研究中的應用
//www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/8ff1a5a82a134868b51333ede45343c0
⑤轉錄組(zu)+代謝組(zu)在植(zhi)物發育中的應用和案(an)例解讀
//www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/2b0f3666ee9e4cadab441317af295b98
⑥轉(zhuan)錄組多(duo)組學聯合(he)分析思路解讀
轉(zhuan)錄組多組學聯合(he)分析(xi)思(si)路解讀(du)1
//www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/a484a8be558d445b8b6541cf788840ae
轉錄組多組學聯合分析思路解讀2
//www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/251d7b49a5454426bc46e90f7a5b16df
轉錄組多組學聯合(he)分(fen)析思路解(jie)讀3
//www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/44414acc94cf4b589c565a9b0561e13b
2、研究的(de)物種是(shi)否有(you)參(can)考(kao)基(ji)(ji)因組是(shi)做(zuo)轉錄(lu)組測(ce)(ce)序(xu)(xu)之前(qian)首先(xian)要確認的(de)一(yi)(yi)個問(wen)題，這(zhe)決(jue)定了(le)我(wo)們是(shi)做(zuo)有(you)參(can)轉錄(lu)組測(ce)(ce)序(xu)(xu)還是(shi)無參(can)轉錄(lu)組測(ce)(ce)序(xu)(xu)。不(bu)同(tong)的(de)項目對應的(de)分析方法不(bu)同(tong)，接下來在這(zhe)兩篇文章里給(gei)大(da)家(jia)詳細的(de)介(jie)紹了(le)如何在一(yi)(yi)些主(zhu)流(liu)數(shu)據庫（Ensembl數(shu)據庫、NCBI數(shu)據庫）和特殊(shu)物種的(de)數(shu)據庫（UCSC數(shu)據庫、JGI基(ji)(ji)因組數(shu)據庫、柑橘類基(ji)(ji)因組數(shu)據庫、 薔薇科基(ji)(ji)因組數(shu)據庫等）找參(can)考(kao)基(ji)(ji)因組。
3、待(dai)確定好自(zi)己的(de)項目是做有參(can)轉錄(lu)組(zu)還是無(wu)參(can)轉錄(lu)組(zu)之(zhi)后就可以準備(bei)樣品送檢測(ce)序了。測(ce)序又(you)涉(she)及一個新的(de)問題，我是建(jian)鏈(lian)特異性文庫還是非鏈(lian)特異性文庫呢(ni)？兩者有何區(qu)別(bie)呢(ni)？下面的(de)文章也許能解決您的(de)煩惱(nao)。
4、質(zhi)檢是(shi)轉錄組測序的(de)一個關鍵環(huan)節，質(zhi)檢結果的(de)好壞直接影(ying)響著測序質(zhi)量(liang)的(de)高低。而(er)質(zhi)檢報(bao)告最難讀(du)懂的(de)部分(fen)莫過(guo)于膠圖和峰圖，RNA提取是(shi)否合格(ge)？樣本有無污(wu)染？在(zai)質(zhi)檢報(bao)告中(zhong)一般(ban)都會體(ti)現。
二、數據挖掘(jue)階段(duan)：享受探(tan)索之旅
1、在滿懷欣喜的(de)拿到轉錄組(zu)測試結(jie)題報(bao)告(gao)時，有很多(duo)(duo)初接觸的(de)小伙伴會產生滿腦子的(de)問號？這是(shi)什么(me)(me)？我應該怎么(me)(me)看？這么(me)(me)多(duo)(duo)數據哪個才是(shi)重(zhong)點？以(yi)下軟文以(yi)及報(bao)告(gao)解(jie)讀視頻將帶您了解(jie)轉錄組(zu)測序(xu)結(jie)果，解(jie)決您以(yi)上的(de)疑問。
真核(he)有參轉(zhuan)錄組云(yun)分析(xi)解讀
//www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/3073962528a071ef80055017e1e90102
原核轉(zhuan)錄組云分析解讀
//www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/b050ddc6384071ef80164531959d0102
2、轉(zhuan)錄組測(ce)序是出圖的(de)利(li)器，寫(xie)文章的(de)話也會涉及很多圖片和分析(xi)，這些圖片都有什么含義(yi)呢(ni)？又該如何使用介(jie)紹呢(ni)？可以參考下面這篇文章的(de)詳(xiang)細說明。
3、表達量(liang)標準化(hua)、相關(guan)性和PCA分(fen)析(xi)、差異(yi)分(fen)析(xi)、火山圖、熱(re)圖、趨勢分(fen)析(xi)、韋恩圖、富集分(fen)析(xi)、蛋白互作(zuo)網(wang)絡分(fen)析(xi)。以上的(de)常見(jian)圖片(pian)是否(fou)也想自己繪(hui)制(zhi)呢？手(shou)把手(shou)教學讓您秒變(bian)分(fen)析(xi)小(xiao)能手(shou)！！！
4、到底選擇Basemean還(huan)是FPKM？差異(yi)(yi)分析(xi)，是做轉錄組測序永遠也繞不開的(de)一個話題，而差異(yi)(yi)分析(xi)中用于比(bi)較的(de)兩個數值Basemean和FPKM同樣也是大家比(bi)較容易(yi)混(hun)淆的(de)概念。下面(mian)兩篇(pian)文章從計算方(fang)法(fa)演示(shi)以及概念解讀方(fang)面(mian)來介紹了他們兩者的(de)區別，還(huan)沒弄(nong)明白的(de)小伙伴可以猛戳下文學習。
5、看(kan)懂結果是(shi)解讀數(shu)據的(de)(de)開始，而(er)如何把(ba)結果和最終(zhong)的(de)(de)課(ke)題相(xiang)關聯(lian)才(cai)是(shi)我們的(de)(de)最終(zhong)目的(de)(de)，且看(kan)這篇(pian)文章是(shi)如何挖掘關鍵基因(yin)的(de)(de)。
6、在挖掘分析的過(guo)程中(zhong)，會發現(xian)每(mei)個(ge)分析版塊的注釋(shi)內容都有些許差異，那(nei)么怎(zen)么才能把它們對(dui)應的表達量、差異結(jie)果和注釋(shi)信息等(deng)放到一(yi)張表里呢？其實只需(xu)要EXCEL表里的一(yi)個(ge)小小函數(shu)（VLOOKUP），就可(ke)以輕輕松(song)(song)松(song)(song)幫您(nin)把所有的信息整合到一(yi)起(qi)了(le)。
7、找到關鍵基因，想看其具體(ti)轉錄(lu)本的(de)表達情況以及mapping可(ke)視(shi)(shi)化？IGV助(zhu)手來幫您。只(zhi)需導入(ru)參(can)考基因組文件(jian)以及bam文件(jian)，即(ji)可(ke)對轉錄(lu)組的(de)比對結果(guo)進行可(ke)視(shi)(shi)化瀏(liu)覽！
8、如果提名哪種(zhong)作圖方式同時兼顧直觀、美(mei)觀、應用范(fan)圍廣，網(wang)絡圖必須(xu)是優質種(zhong)子選(xuan)手！無論(lun)是蛋(dan)白互作分析(xi)，或(huo)是相關(guan)性分析(xi)，還是不同組學的關(guan)聯分析(xi)，網(wang)絡圖都隨處可(ke)見且(qie)舉(ju)足輕重。
但是為什么同樣是網(wang)(wang)絡圖，別人做出來的(de)超凡脫(tuo)俗，我做出來就(jiu)丑(chou)陋無比？？今(jin)天小(xiao)派就(jiu)以(yi)轉錄組結果(guo)(guo)中蛋白(bai)網(wang)(wang)絡互作分(fen)(fen)析（PPI）結果(guo)(guo)為例，帶你(ni)3分(fen)(fen)鐘快速上手(shou)網(wang)(wang)絡圖繪(hui)制，變身網(wang)(wang)絡圖屆(jie)米(mi)勒(le)。
9、我(wo)們(men)常規拿到的(de)(de)(de)分(fen)析結果(guo)(guo)都是標準(zhun)分(fen)析，有時候(hou)不(bu)能得(de)到符合我(wo)們(men)研究目的(de)(de)(de)的(de)(de)(de)結果(guo)(guo)，這時候(hou)就需(xu)要我(wo)們(men)進行進一步的(de)(de)(de)分(fen)析和篩(shai)選。轉錄(lu)組云分(fen)析是深受大家(jia)喜愛(ai)的(de)(de)(de)一個產品，在(zai)該平臺我(wo)們(men)可以隨心所欲的(de)(de)(de)按照需(xu)求(qiu)對樣本(ben)進行調整分(fen)析，只(zhi)需(xu)“一鍵”。
10、通(tong)過轉錄(lu)組分析結(jie)果和(he)自身專業(ye)知識(shi)的(de)結(jie)合，終(zhong)于挖出了自己想要的(de)基因集，又想對篩出的(de)基因集做一(yi)些表達豐度展(zhan)示或(huo)者功能分析該怎(zen)么辦呢？不用著急，派森諾云圖匯為大家提(ti)供了輕(qing)松處理基因集的(de)一(yi)站式平臺。
溫馨提示(shi)：圖(tu)片(pian)只(zhi)是(shi)數據的(de)一(yi)種(zhong)展示(shi)形式，圖(tu)片(pian)的(de)具體(ti)意義是(shi)由輸入(ru)數據的(de)性質(zhi)所(suo)決定的(de)，所(suo)以云(yun)圖(tu)匯有些小工(gong)具一(yi)樣也(ye)適用(yong)于其他組學(xue)（比如(ru)蛋(dan)白代謝）。
三(san)、結果驗證與(yu)數據上傳：組學之(zhi)旅收尾
1、分(fen)析挖掘完數據，找到(dao)了(le)自己關注的hub基因，下(xia)一步大(da)多就是要做(zuo)qPCR驗(yan)(yan)證。那么問題(ti)就來(lai)了(le)，有參(can)、無參(can)、CircRNA、LncRNA...？這么多類型我該(gai)如何找到(dao)它們的驗(yan)(yan)證序列(lie)呢(ni)？下(xia)方文(wen)章詳(xiang)細講解了(le)轉錄組(zu)各(ge)個項目(mu)的序列(lie)查找方法，歡迎有需(xu)求的小伙伴點擊查閱。
2、qPCR驗證完了(le)，但是結果總是與預期不(bu)太符合，驗證不(bu)上(shang)就很(hen)讓人苦(ku)惱了(le)。這篇文章就為(wei)大家詳細(xi)的(de)分析了(le)出現驗證不(bu)上(shang)的(de)幾種原因(yin)，可以(yi)針對這些原因(yin)來進行排查糾正。
3、如果想發高(gao)分(fen)文章，除了(le)qPCR之(zhi)外，還需要從多個角(jiao)度對實驗(yan)結果進行(xing)驗(yan)證(zheng)。對于轉錄組測序后的其他驗(yan)證(zheng)方法，這篇文章也給出了(le)詳細的答案。
4、數據(ju)分析和文(wen)章撰寫都完成了，接下(xia)來(lai)就是(shi)滿(man)(man)滿(man)(man)的(de)收獲季(ji)了。但(dan)是(shi)不要(yao)(yao)忘了轉錄組在文(wen)章發(fa)表(biao)前大(da)多(duo)都需要(yao)(yao)上傳(chuan)(chuan)數據(ju)到相關的(de)數據(ju)庫。在此(ci)小派也為大(da)家帶(dai)來(lai)了數據(ju)上傳(chuan)(chuan)教程(cheng)，真的(de)是(shi)超貼心超詳細的(de)保(bao)姆級教程(cheng)，不怕(pa)大(da)家學不會，需要(yao)(yao)的(de)老(lao)師可以點擊下(xia)方(fang)速速學習~
希望這些干貨滿滿的(de)教(jiao)程和秘籍助您在(zai)轉錄(lu)組學(xue)的(de)世界里游刃有余(yu)。讓我們(men)繼續(xu)前行(xing)，在(zai)轉錄(lu)組學(xue)的(de)廣闊天地中探索更多(duo)的(de)未知，創造(zao)更多(duo)的(de)可能(neng)。探索之旅，永遠在(zai)路上！
