2024-10-29
號外(wai)~號外(wai)~細菌(jun)基因(yin)組數據NCBI上傳教程更新(xin)啦！ 上傳教程(cheng)千千萬(wan)，不如(ru)小派(pai)這一篇！ 單樣(yang)(yang)本(ben)、多樣(yang)(yang)本(ben)基因組數據(ju)上傳(chuan)全(quan)部輕(qing)松(song)拿捏~ 咱們廢(fei)話不(bu)多說，直接(jie)上(shang)超詳細干貨 基本流程(cheng)
一、NCBI注(zhu)冊及上傳
1、注冊網站： //www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register/?back_url=http%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fhome%2Fsubmit.shtml&partners-uri=cms:/account/partners 打(da)開NCBI注(zhu)冊網(wang)站，選擇(ze)第三方(fang)平臺進行注(zhu)冊登錄 2、進入提(ti)交頁面 打開NCBI官網//www.ncbi.nlm.nih.gov/，輸入賬號和密(mi)碼，點擊網頁上的(de)Submit欄可進入GenBank界(jie)面(mian)(mian)，找到細菌(jun)基因組(zu)提交(jiao)欄，點擊進入即(ji)可開始本次的(de)提交(jiao)（或直接點擊//submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/genome/進入提交(jiao)界(jie)面(mian)(mian)）。 具(ju)體(ti)步驟如(ru)下(xia)： 3、點擊New submission進入，此步操作可以得到SUB號(hao)；
Part 01、單樣本(ben)基(ji)因組上傳
二、基本信息填寫
1、單個(ge)樣本(ben)基因組上傳——選擇Single genome，點擊(ji)continue； 2、進(jin)入SUBMITTER完善個人信息，帶*為(wei)必填項，填寫完點擊(ji)continue。此處(chu)的郵箱不建議使用qq郵箱、163郵箱和foxmail郵箱； 3、General Information信息填寫（此處以未申請BioProject和BioSample號為例，如果已經申請過可以直接將對應的BioProject和BioSample號直接填寫即可）： （1）BioProject和BioSample處選擇(ze)NO，釋放數據日期可根據自己的需要來進行選擇(ze)； （2）組(zu)裝和測序信(xin)息填(tian)寫（組(zu)裝軟(ruan)件及版(ban)本可在結(jie)題報告附錄-軟(ruan)件列表查(cha)看）： 細(xi)菌框架圖項目的組裝軟(ruan)件：spades，版本v3.15.4 細菌完成圖項目的組裝軟件：Fyle，版(ban)本v2.9.1-b1781；Unicycler，版(ban)本 v0.5.0； （3）測序深度及測序平臺的選擇: 測序深度=測序數(shu)據量/基(ji)因組(zu)大小（可在結題(ti)報告-二代(dai)測序數(shu)據過濾部(bu)分查(cha)看）； 測序平(ping)臺：二代一般為(wei)Illumina Novaseq平(ping)臺，三代一般為(wei)Pacbio/Nanopore平(ping)臺（可在結題報告(gao)-文(wen)庫信息部分(fen)查看）； （4）填(tian)寫(xie)基因(yin)組(zu)(zu)的組(zu)(zu)裝信息以(yi)及是(shi)否有(you)關聯的文章，填(tian)寫(xie)完成后點擊Continue進(jin)入下一(yi)步；
三、BioProject信(xin)息填寫
菌株英文描述（大概100個左(zuo)右word ）：描述下該菌株進(jin)(jin)行全基因組(zu)測序的(de)目的(de)、意義及用(yong)途（工業(ye)/農業(ye)/醫療等(deng)等(deng)）等(deng)信息(共性(xing)\不(bu)同)，填寫完成(cheng)后點(dian)擊Continue進(jin)(jin)入(ru)下一步；
四、BioSample信息填寫
1.選(xuan)擇Microbe，點(dian)擊Continue進(jin)入(ru)下(xia)一步； 2.BioSample Attributes:填(tian)寫物種拉丁(ding)名(ming)稱及菌(jun)株名(ming)；菌(jun)株的來源，保(bao)存單(dan)位（xxx單(dan)位分離(li)(li)及分離(li)(li)信息 xxx單(dan)位保(bao)存或 xxx保(bao)藏中心保(bao)存）和樣本收集時間； 3.source：是否需要NCBI注釋——選擇Yes；
五(wu)、Sequence上傳，信息填寫
1.Files：細菌(jun)完成(cheng)圖如果只(zhi)組裝出一條染色(se)體，沒有(you)質粒(li)可選(xuan)擇選(xuan)項1；細菌(jun)框架圖組裝出多(duo)條scaffold或細菌(jun)完成(cheng)圖組裝出了多(duo)條完整的染色(se)體/質粒(li)可選(xuan)擇選(xuan)項2； 2.選擇網(wang)頁版上(shang)(shang)(shang)傳，并將基因組中的(de)染色體和質粒(li)的(de)fasta文(wen)件全部上(shang)(shang)(shang)傳（細菌(jun)完成圖上(shang)(shang)(shang)傳Assembly文(wen)件夾*.fasta文(wen)件，細菌(jun)框架(jia)圖上(shang)(shang)(shang)傳Assembly文(wen)件夾*.scaffolds.fna文(wen)件），上(shang)(shang)(shang)傳后點擊(ji)Continue進入下一步； 3.Assignment：需要確認(ren)組裝得到(dao)的(de)染色體有幾條(tiao)、是否含有質(zhi)粒(li)，染色體和質(zhi)粒(li)是否為(wei)完整(zheng)的(de)環狀的(de)，以(yi)及Sequence ID需要與fasta文(wen)件中(zhong)>后名字一致。在提交質(zhi)粒(li)信息的(de)時候，質(zhi)粒(li)的(de)命(ming)名為(wei)以(yi)“P”開頭(tou)的(de)名字或(huo)者命(ming)名為(wei)unnamed、unnamed1...... 4.填寫作(zuo)者名字及(ji)(ji)排序，以及(ji)(ji)該(gai)基因組(zu)是否有(you)相關聯(lian)的文章，點擊Continue進入下一步；
六、數據(ju)提交(jiao)
核查已填入的信息(xi)是(shi)否(fou)有誤，有問(wen)題的話返回對(dui)應的界面進行修(xiu)改，確認無誤后(hou)點擊Submit完成本(ben)次NCBI上(shang)傳(chuan)。一(yi)般上(shang)傳(chuan)一(yi)個(ge)星期內NCBI會(hui)發郵件到(dao)郵箱，給出相應的登錄(lu)號，這個(ge)登錄(lu)號可直(zhi)接(jie)用于后(hou)續的文章中。
Part 02、多(duo)樣(yang)本(ben)(ben)基因組上傳(chuan)(針對于(yu)細菌框架圖樣(yang)本(ben)(ben))
1、多個樣本(ben)基(ji)因(yin)組上傳——選(xuan)擇Batch/multiple genomes，點擊continue； 2、Gap信息填寫 3、BioProject General Info 4、Publications 5、Biosample Type 6、Attributes 7、Genome Info (1)填寫基因組信息(xi) （2）組裝和測序信(xin)息填寫(xie)（組裝軟件及版本可在(zai)結題報告(gao)附錄-軟件列表查(cha)看） 8、Files：選擇網頁版上(shang)(shang)傳(chuan)(chuan)，并將基(ji)因(yin)組中的fasta文(wen)件全部上(shang)(shang)傳(chuan)(chuan)（細菌完成圖上(shang)(shang)傳(chuan)(chuan)Assembly文(wen)件夾*.fasta文(wen)件，細菌框架(jia)圖上(shang)(shang)傳(chuan)(chuan)Assembly文(wen)件夾*.scaffolds.fna文(wen)件），上(shang)(shang)傳(chuan)(chuan)后(hou)點擊Continue進入下一步； 9、References：填(tian)寫(xie)作(zuo)者名字(zi)及排序，以及該基因組(zu)是否有相關(guan)聯的文章，點擊Continue進(jin)入下一步(bu)； 核查(cha)已(yi)填入的(de)(de)信(xin)息是否有誤，有問(wen)題的(de)(de)話返回對應的(de)(de)界面進行修改(gai)，確認無誤后點擊(ji)Submit完成本次NCBI上傳。一(yi)般上傳一(yi)個星期內NCBI會發郵件到(dao)郵箱，給出相應的(de)(de)登錄號，這(zhe)個登錄號可直接(jie)用于后續的(de)(de)文章(zhang)中。
以上就(jiu)是(shi)細菌基因組上傳(chuan)至NCBI的詳細步驟，是(shi)不是(shi)已經學會了？趕快(kuai)用(yong)自己的數據(ju)來試試吧！如果(guo)大家在(zai)上傳(chuan)過程中有任(ren)何疑問，歡迎隨(sui)時和我們一起探討，可在(zai)文(wen)末留言或者郵件(jian)交流(liu)（microsupport@doudin.cn）。
