案(an)例1

英文標題：Single-cell Characterization of the Cellular Landscape of Acral Melanoma Identifies Novel Targets for Immunotherapy

發表期刊(kan)：Clinical Cancer Research

影響因(yin)子：10

發表日期：2022.05

物(wu)種(zhong)樣本：人，9例肢端黑色素瘤的臨床樣本，其中5例原(yuan)發，4例轉移

技術策(ce)略：scRNA seq

DOI：10.1158/1078-0432.CCR-21-3145

肢(zhi)端(duan)(duan)(duan)(duan)黑(hei)(hei)(hei)(hei)(hei)色(se)素瘤(liu)(liu)是一種(zhong)罕見的(de)(de)(de)(de)黑(hei)(hei)(hei)(hei)(hei)色(se)素瘤(liu)(liu)亞(ya)型，發生在手掌、腳底和指甲床的(de)(de)(de)(de)非帶毛皮膚上.研究使用單細胞RNA測序（scRNAseq）來繪制肢(zhi)端(duan)(duan)(duan)(duan)黑(hei)(hei)(hei)(hei)(hei)色(se)素瘤(liu)(liu)的(de)(de)(de)(de)轉(zhuan)錄(lu)景觀，并確定新的(de)(de)(de)(de)免(mian)疫(yi)(yi)治療靶點。發現(xian)(xian)與非肢(zhi)端(duan)(duan)(duan)(duan)皮膚黑(hei)(hei)(hei)(hei)(hei)色(se)素瘤(liu)(liu)相比，肢(zhi)端(duan)(duan)(duan)(duan)黑(hei)(hei)(hei)(hei)(hei)色(se)素瘤(liu)(liu)的(de)(de)(de)(de)特點是整體免(mian)疫(yi)(yi)浸潤(run)較低，效(xiao)應CD8 T細胞和NK細胞較少，γδT細胞幾乎完全缺失。與肢(zhi)端(duan)(duan)(duan)(duan)黑(hei)(hei)(hei)(hei)(hei)色(se)素瘤(liu)(liu)相關的(de)(de)(de)(de)免(mian)疫(yi)(yi)細胞表(biao)現(xian)(xian)出多個檢(jian)查點的(de)(de)(de)(de)表(biao)達，包括PD-1、lag3、CTLA-4、T細胞激活(huo)的(de)(de)(de)(de)v結構域免(mian)疫(yi)(yi)紅(hong)蛋白(bai)抑(yi)制因子（VISTA）、TIGIT和腺苷A2A受體（ADORA2）。與非肢(zhi)端(duan)(duan)(duan)(duan)皮膚黑(hei)(hei)(hei)(hei)(hei)色(se)素瘤(liu)(liu)相比，肢(zhi)端(duan)(duan)(duan)(duan)黑(hei)(hei)(hei)(hei)(hei)色(se)素瘤(liu)(liu)的(de)(de)(de)(de)免(mian)疫(yi)(yi)環境受到(dao)抑(yi)制。觀察到(dao)多個、治療上易于控制的(de)(de)(de)(de)免(mian)疫(yi)(yi)檢(jian)查點的(de)(de)(de)(de)表(biao)達，為臨(lin)床轉(zhuan)化提(ti)供了(le)新的(de)(de)(de)(de)選擇。

案例2

英文(wen)標題：A novel molecular classification method for osteosarcoma based on tumor cell differentiation trajectories

發表期(qi)刊：Bone Research

影(ying)響因子：14.3

發表日期：2023.02

物(wu)種樣(yang)本(ben)：人，9個正常(chang)的松質骨（CB）組織， 6個常(chang)規骨肉瘤(liu)（OS）樣(yang)本(ben)（來自GEO數據集(ji)）

技(ji)術策略：scRNA seq

DOI：10.1038/s41413-022-00233-w

骨肉(rou)瘤（OS）是最常見的(de)(de)原發(fa)性(xing)骨惡性(xing)腫瘤，全(quan)球每年的(de)(de)發(fa)病率為(wei)百萬分(fen)之4.8。研究分(fen)析了6個常規OS和(he)9個松質(zhi)骨（CB）樣(yang)本(ben)的(de)(de)scRNA-seq數(shu)據，從癌癥(zheng)干細胞（CSC）中(zhong)發(fa)現了3種分(fen)化軌(gui)跡，將OS樣(yang)本(ben)分(fen)為(wei)三(san)組。每個OS亞組都(dou)有不(bu)同(tong)的(de)(de)預(yu)后和(he)可能的(de)(de)藥物敏感(gan)性(xing)，三(san)個分(fen)化分(fen)支中(zhong)的(de)(de)OS細胞與OS微(wei)(wei)環境中(zhong)的(de)(de)其他細胞表現出不(bu)同(tong)的(de)(de)相(xiang)互作用。描述了CSCs的(de)(de)新(xin)的(de)(de)轉(zhuan)錄程序(xu)，強(qiang)調EZH2在OS的(de)(de)CSCs中(zhong)的(de)(de)激活。這些發(fa)現為(wei)OS中(zhong)CSCs的(de)(de)分(fen)子特征提(ti)供了新(xin)的(de)(de)思路，并可能為(wei)精確治療和(he)治療提(ti)供有價值的(de)(de)參(can)考。

案例3

英文(wen)標題：A longitudinal single-cell atlas of anti-tumour necrosis factor treatment in inflammatory bowel disease

發(fa)表期刊：Nature Immunology

影響因子(zi)：27.7

發表日(ri)期：2024.10

物種樣本(ben)(ben)：人(ren)，41個(ge)受試者的216個(ge)腸(chang)道活檢樣本(ben)(ben)

技(ji)術(shu)策略：scRNA seq

DOI：10.1038/s41590-024-01994-8

對免疫介導的(de)(de)(de)炎(yan)癥性(xing)疾病（IMIDs）的(de)(de)(de)精(jing)確醫療(liao)(liao)需要細(xi)胞(bao)對治療(liao)(liao)反應的(de)(de)(de)理解。研究(jiu)描述了一個治療(liao)(liao)克羅(luo)恩病（CD）和潰瘍性(xing)結(jie)腸(chang)炎(yan)（UC）的(de)(de)(de)治療(liao)(liao)圖譜。分析發現CD和干擾素（IFN）反應信(xin)號(hao)中的(de)(de)(de)肉芽(ya)腫(zhong)瘤信(xin)號(hao)，它們定位于CD和UC中的(de)(de)(de)T細(xi)胞(bao)聚集(ji)和上皮(pi)損傷。上皮(pi)細(xi)胞(bao)和髓(sui)系(xi)的(de)(de)(de)預(yu)(yu)處(chu)理差異(yi)與(yu)兩種疾病的(de)(de)(de)緩解結(jie)果相(xiang)關(guan)。縱向比較顯示，CD中髓(sui)系(xi)和T細(xi)胞(bao)擾動(dong)，UC中多(duo)細(xi)胞(bao)IFN信(xin)號(hao)通路(lu)增加。上皮(pi)細(xi)胞(bao)和髓(sui)系(xi)的(de)(de)(de)預(yu)(yu)處(chu)理差異(yi)與(yu)兩種疾病的(de)(de)(de)緩解結(jie)果相(xiang)關(guan)。

案(an)例4

英文標題(ti)：Targeting BCL9/BCL9L enhances antigen presentation by promoting conventional type 1 dendritic cell (cDC1) activation and tumor infiltration

發表期刊：Signal Transduction and Targeted Therapy

影響因子：40.8

發表日期(qi)：2024.05

物(wu)種樣本：小(xiao)鼠腫(zhong)瘤

技術策略：scRNA seq + Bulk RNA-seq

DOI：10.1038/s41392-024-01838-9

傳統的(de)(de)1型樹突狀(zhuang)細胞（cDC1）是抗(kang)(kang)腫瘤(liu)(liu)免疫(yi)(yi)中(zhong)必不可少的(de)(de)抗(kang)(kang)原(yuan)(yuan)呈(cheng)(cheng)遞(di)DC亞群。抑(yi)制b細胞淋(lin)巴瘤(liu)(liu)9和(he)b細胞淋(lin)巴瘤(liu)(liu)9樣（BCL9/BCL9L）可抑(yi)制腫瘤(liu)(liu)生(sheng)長，增強(qiang)對癌癥(zheng)的(de)(de)免疫(yi)(yi)反(fan)應(ying)。研究發現靶(ba)向(xiang)(xiang)BCL9/BCL9L可以通(tong)過刺激cDC1的(de)(de)激活(huo)和(he)對腫瘤(liu)(liu)的(de)(de)浸潤(run)來增強(qiang)抗(kang)(kang)原(yuan)(yuan)呈(cheng)(cheng)遞(di)。用新型抑(yi)制劑hsBCL9z96或BCL9/BCL9L敲除小鼠對BCL9/BCL9L的(de)(de)藥理抑(yi)制可顯著(zhu)延遲腫瘤(liu)(liu)生(sheng)長并(bing)促進抗(kang)(kang)腫瘤(liu)(liu)CD8+ T細胞反(fan)應(ying)。在機(ji)制上，靶(ba)向(xiang)(xiang)BCL9/BCL9L促進了腫瘤(liu)(liu)中(zhong)的(de)(de)抗(kang)(kang)原(yuan)(yuan)呈(cheng)(cheng)遞(di)。這是由于cDC1激活(huo)的(de)(de)增加(jia)和(he)XCL1-XCR1軸的(de)(de)腫瘤(liu)(liu)浸潤(run)。重要的(de)(de)是，通(tong)過單細胞轉錄組學分析發現BclκB/Bcl9l缺(que)陷的(de)(de)cDC1在激活(huo)NF-κB/IRF1信號通(tong)路(lu)和(he)抗(kang)(kang)原(yuan)(yuan)呈(cheng)(cheng)遞(di)方面優(you)于野(ye)生(sheng)型（WT）cDC1。總之，靶(ba)向(xiang)(xiang)BCL9/BCL9L調(diao)控cDC1功能，并(bing)直接協調(diao)一個最佳抗(kang)(kang)腫瘤(liu)(liu)免疫(yi)(yi)所需的(de)(de)正反(fan)饋回路(lu)，可作為對抗(kang)(kang)免疫(yi)(yi)抑(yi)制和(he)增強(qiang)癌癥(zheng)免疫(yi)(yi)治療的(de)(de)潛在策略。

案例5

英(ying)文標題：Single-cell functional genomics reveals determinants of sensitivity and resistance to natural killer cells in blood cancers

發表期(qi)刊：Immunity

影響因(yin)子：25.5

發表(biao)日期(qi)：2023.12

物(wu)種樣(yang)本：26個培養的代表不同(tong)血液(ye)腫瘤的細胞系

技術策略：scRNA seq

DOI：10.1016/j.immuni.2023.11.008

癌(ai)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)可以(yi)逃避自然(ran)殺傷（NK）細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)活(huo)(huo)(huo)性(xing)(xing)，從而限制(zhi)了(le)(le)(le)(le)抗(kang)腫瘤免疫。為了(le)(le)(le)(le)揭示(shi)NK細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)活(huo)(huo)(huo)性(xing)(xing)易(yi)感(gan)(gan)性(xing)(xing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)遺傳(chuan)決定(ding)因(yin)素，研究使用(yong)單細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)和(he)(he)基(ji)(ji)因(yin)組規模的(de)(de)(de)(de)(de)(de)功能基(ji)(ji)因(yin)組學(xue)篩選(xuan)(xuan)檢測了(le)(le)(le)(le)NK細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)和(he)(he)血(xue)癌(ai)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)相(xiang)互(hu)作用(yong)。NK和(he)(he)癌(ai)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)相(xiang)互(hu)作用(yong)在兩種(zhong)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)類(lei)型中(zhong)誘導了(le)(le)(le)(le)不(bu)同(tong)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)激(ji)(ji)活(huo)(huo)(huo)和(he)(he)I型干(gan)擾(rao)素（IFN）狀態，這取決于癌(ai)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)譜系和(he)(he)分子表(biao)型，從更(geng)敏感(gan)(gan)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)髓系到更(geng)不(bu)敏感(gan)(gan)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)b淋(lin)巴細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)癌(ai)癥(zheng)。通(tong)過對(dui)癌(ai)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)CRISPR篩選(xuan)(xuan)，除了(le)(le)(le)(le)證實了(le)(le)(le)(le)抗(kang)原呈遞和(he)(he)死亡(wang)受體信號通(tong)路的(de)(de)(de)(de)(de)(de)重(zhong)要性(xing)(xing)外，還(huan)發(fa)現了(le)(le)(le)(le)調(diao)節NK細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)介導的(de)(de)(de)(de)(de)(de)殺傷的(de)(de)(de)(de)(de)(de)敏感(gan)(gan)性(xing)(xing)和(he)(he)抗(kang)性(xing)(xing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)，包(bao)括(kuo)(kuo)粘附相(xiang)關糖(tang)蛋白(bai)、蛋白(bai)聚焦基(ji)(ji)因(yin)和(he)(he)死亡(wang)受體轉(zhuan)錄(lu)調(diao)控因(yin)子。通(tong)過單細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)轉(zhuan)錄(lu)組讀出的(de)(de)(de)(de)(de)(de)CRISPR篩選(xuan)(xuan)提供了(le)(le)(le)(le)深入(ru)了(le)(le)(le)(le)解潛在的(de)(de)(de)(de)(de)(de)機制(zhi)，包(bao)括(kuo)(kuo)癌(ai)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)中(zhong)IFN-g信號的(de)(de)(de)(de)(de)(de)調(diao)節和(he)(he)NK細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)激(ji)(ji)活(huo)(huo)(huo)狀態。我們的(de)(de)(de)(de)(de)(de)發(fa)現強(qiang)調(diao)了(le)(le)(le)(le)在不(bu)同(tong)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)中(zhong)影(ying)響NK細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)易(yi)感(gan)(gan)性(xing)(xing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)機制(zhi)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)多樣性(xing)(xing)。

案(an)例6

英文(wen)標(biao)題：APC and P53 mutations synergise to create a therapeutic vulnerability to NOTUM inhibition in advanced colorectal cancer

發表期刊：Gut 

影響因子(zi)：23

發(fa)表日(ri)期：2023.12

物種樣(yang)(yang)本：人結腸腺癌樣(yang)(yang)本

技(ji)術策略(lve)：scRNA seq + bulk RNA seq

DOI：10.1136/gutjnl-2022-329140

結直腸癌(ai)（CRC）是導致(zhi)(zhi)癌(ai)癥相關死亡的(de)(de)主要原(yuan)因(yin)，大(da)多數病例是由APC腫瘤抑制因(yin)子失(shi)活(huo)引起的(de)(de)。研究采(cai)用體外(wai)分析、體內(nei)內(nei)窺鏡(jing)引導下(xia)的(de)(de)原(yuan)位類器官(guan)植(zhi)入試驗(yan)和轉錄組學分析來表征Notum活(huo)性(xing)的(de)(de)影響。Notum活(huo)性(xing)的(de)(de)小(xiao)分子抑制劑被用于靶向(xiang)致(zhi)(zhi)癌(ai)Notum活(huo)性(xing)的(de)(de)臨床前(qian)治療(liao)。發現(xian)在(zai)apc缺失(shi)的(de)(de)腺(xian)瘤中，NOTUM保留了腫瘤抑制活(huo)性(xing)，盡管構成(cheng)型?-連環蛋白(bai)活(huo)性(xing)。在(zai)進展(zhan)為P53缺失(shi)的(de)(de)腺(xian)癌(ai)時，NOTUM成(cheng)為一(yi)種專(zhuan)性(xing)致(zhi)(zhi)癌(ai)基因(yin)。最(zui)終，臨床前(qian)小(xiao)鼠模(mo)型和人類類器官(guan)培(pei)養表明，對(dui)NOTUM的(de)(de)藥理抑制對(dui)于抑制原(yuan)發性(xing)腺(xian)癌(ai)的(de)(de)生長和抑制遠端器官(guan)的(de)(de)轉移性(xing)定植(zhi)是非常有效的(de)(de)。

案例7

英(ying)文標題：Hypoxic niches attract and sequester tumor-associated macrophages and cytotoxic T cells and reprogram them for immunosuppression

發表期刊：Immunity

影響(xiang)因子：25.5

發表日期：2023.07

物種樣本(ben)：小(xiao)鼠(shu)，膠質母細胞瘤樣本(ben)

技術策略：scRNA seq

DOI：10.1016/j.immuni.2023.06.017

膠質母(mu)細(xi)(xi)胞(bao)瘤（GBM）是(shi)一種高(gao)度致命的腦癌(ai)，其機制(zhi)(zhi)尚不清(qing)楚。研究記錄了(le)腫瘤相(xiang)關髓(sui)系細(xi)(xi)胞(bao)（TAMs）的時空模(mo)(mo)式，與GBM進展過程中的血管(guan)變化(hua)相(xiang)對應。隨(sui)著(zhu)腫瘤血管(guan)從(cong)最初(chu)的致密規(gui)則網絡過渡(du)到后來的缺(que)(que)(que)乏和充(chong)盈的血管(guan)系統，TAMs從(cong)血管(guan)周(zhou)圍區(qu)域轉(zhuan)移到血管(guan)缺(que)(que)(que)乏區(qu)域。這一過程受到宿主(zhu)免(mian)疫能力狀(zhuang)態的嚴重影(ying)響。利用敏感的熒光UnaG報告基因(yin)來跟蹤腫瘤缺(que)(que)(que)氧，加上單細(xi)(xi)胞(bao)轉(zhuan)錄組(zu)學，我們(men)發現缺(que)(que)(que)氧生(sheng)態位吸引并隔離TAMs和細(xi)(xi)胞(bao)毒性T淋(lin)巴(ba)細(xi)(xi)胞(bao)（ctl），在那里它(ta)們(men)被重編程為免(mian)疫抑制(zhi)(zhi)狀(zhuang)態。在機制(zhi)(zhi)上，發現趨化(hua)因(yin)子CCL8和細(xi)(xi)胞(bao)因(yin)子IL-1beta是(shi)兩個(ge)缺(que)(que)(que)氧生(sheng)態位因(yin)子，對TAM運輸(shu)和缺(que)(que)(que)氧區(qu)共同進化(hua)為假化(hua)模(mo)(mo)式至關重要。因(yin)此，在缺(que)(que)(que)氧區(qu)干擾(rao)TAM模(mo)(mo)式可以改(gai)善腫瘤的控制(zhi)(zhi)。

案例8

英(ying)文標題：Spatial transcriptomics reveals niche-specific enrichment and vulnerabilities of radial glial stem-like cells in malignant gliomas

發表期刊(kan)：Nature communications

影(ying)響因子：14.7

發表日期：2023.02

物種樣(yang)本：人，5例(li)(li)彌(mi)漫性(xing)中線(xian)膠質瘤(liu)-h3k27m突變(bian)體（DMG）、3例(li)(li)原發性(xing)膠質母細胞瘤(liu)（GBM）、2例(li)(li)異檸(ning)檬酸脫(tuo)氫(qing)酶（IDH）突變(bian)次(ci)級GBM和1例(li)(li)瘤(liu)周樣(yang)本

技術策略(lve)：scRNA seq+10x Visium stRNA-seq

DOI：10.1038/s41467-023-36707-6

彌(mi)漫性中線(xian)膠(jiao)質(zhi)瘤-h3k27m突變體（DMG）和(he)(he)膠(jiao)質(zhi)母(mu)細(xi)(xi)(xi)胞瘤（GBM）是最致命的(de)(de)(de)(de)(de)(de)腦腫(zhong)瘤，主(zhu)要(yao)發生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)在(zai)兒童(tong)和(he)(he)成(cheng)人(ren)(ren)患(huan)者中。這(zhe)兩種腫(zhong)瘤都表(biao)現出顯(xian)著的(de)(de)(de)(de)(de)(de)異質(zhi)性，這(zhe)是由不同的(de)(de)(de)(de)(de)(de)遺傳/表(biao)觀遺傳驅動因(yin)素、包括RNA剪(jian)接在(zai)內的(de)(de)(de)(de)(de)(de)轉錄程序和(he)(he)膠(jiao)質(zhi)瘤生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)態(tai)位(wei)(wei)中的(de)(de)(de)(de)(de)(de)微環境(jing)線(xian)索形成(cheng)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)。本研究中通過短(duan)讀和(he)(he)長讀空(kong)間(jian)轉錄組學對(dui)DMG和(he)(he)GBM進(jin)行了(le)(le)空(kong)間(jian)圖譜分析，確定(ding)了(le)(le)臨床相關的(de)(de)(de)(de)(de)(de)轉錄程序、RNA亞型多樣性和(he)(he)跨不同膠(jiao)質(zhi)瘤生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)態(tai)位(wei)(wei)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)多細(xi)(xi)(xi)胞生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)態(tai)系統以解碼生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)態(tai)系統，發現放射性膠(jiao)質(zhi)干(gan)細(xi)(xi)(xi)胞樣（rg樣）細(xi)(xi)(xi)胞在(zai)DMG和(he)(he)GBM中富(fu)含神(shen)經(jing)元(yuan)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)侵襲性生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)態(tai)位(wei)(wei)中。在(zai)功能(neng)上證實了(le)(le)高爾基(ji)定(ding)位(wei)(wei)激(ji)酶(mei)基(ji)因(yin)FAM20C在(zai)人(ren)(ren)類神(shen)經(jing)干(gan)細(xi)(xi)(xi)胞來源的(de)(de)(de)(de)(de)(de)原位(wei)(wei)DMG模型中介(jie)導了(le)(le)在(zai)神(shen)經(jing)元(yuan)豐富(fu)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)微環境(jing)中rg樣細(xi)(xi)(xi)胞的(de)(de)(de)(de)(de)(de)侵襲性生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)長。研究結(jie)果為理解DMG和(he)(he)GBM的(de)(de)(de)(de)(de)(de)空(kong)間(jian)結(jie)構和(he)(he)生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)態(tai)位(wei)(wei)特定(ding)漏洞提供了(le)(le)藍圖。

案例9

英(ying)文標題：Single-cell and spatial transcriptomics analysis of non-small cell lung cancer

發表期(qi)刊：Nature communications

影(ying)響因子：14.7

發表日期：2024.05

物種樣(yang)本(ben)(ben)：人，未接(jie)受治療的腺癌（LUAD）樣(yang)本(ben)(ben)(n=13)、鱗狀細胞癌（LUSC）樣(yang)本(ben)(ben)(n=8)、未確定類(lei)型肺癌（LC）樣(yang)本(ben)(ben)(n=4)、健康對照(zhao)(n=2)的肺組織

技術策略：scRNA seq+10x Visium 

DOI：10.1038/s41467-024-48700-8

肺癌是(shi)(shi)全球第二大(da)最(zui)常(chang)見(jian)的(de)(de)(de)癌癥，也是(shi)(shi)導(dao)致癌癥相關(guan)(guan)死亡(wang)的(de)(de)(de)主(zhu)要原因(yin)。腫(zhong)(zhong)瘤(liu)生態系統(tong)具(ju)有不同的(de)(de)(de)免疫(yi)(yi)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)類型，特別(bie)是(shi)(shi)髓(sui)系細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)，在促進(jin)(jin)疾病方(fang)面有明確(que)的(de)(de)(de)作(zuo)用。研究通過單細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)和(he)空間轉(zhuan)(zhuan)錄(lu)(lu)(lu)組(zu)學(xue)對(dui)25例未接受治療的(de)(de)(de)腺(xian)(xian)癌和(he)鱗(lin)狀(zhuang)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)癌患者的(de)(de)(de)約(yue)90萬個(ge)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)進(jin)(jin)行了分(fen)析。發現抗炎巨噬(shi)(shi)(shi)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)和(he)NK細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)/T細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)之間的(de)(de)(de)反比關(guan)(guan)系，并且與腫(zhong)(zhong)瘤(liu)內NK細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)的(de)(de)(de)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)毒性降(jiang)低。雖然在腺(xian)(xian)癌和(he)鱗(lin)狀(zhuang)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)癌中觀察到相似的(de)(de)(de)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)類型組(zu)成(cheng)，但檢測到各種免疫(yi)(yi)檢查點抑(yi)制劑的(de)(de)(de)共同表達存在顯(xian)著差異。此外(wai)，還(huan)揭示了腫(zhong)(zhong)瘤(liu)中巨噬(shi)(shi)(shi)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)的(de)(de)(de)轉(zhuan)(zhuan)錄(lu)(lu)(lu)“重(zhong)編程(cheng)”的(de)(de)(de)證據(ju)，將它們(men)轉(zhuan)(zhuan)向(xiang)膽固醇(chun)輸出，并采用一種類似胎(tai)兒的(de)(de)(de)轉(zhuan)(zhuan)錄(lu)(lu)(lu)特征，促進(jin)(jin)鐵外(wai)排。多組(zu)學(xue)資(zi)源提供了腫(zhong)(zhong)瘤(liu)相關(guan)(guan)巨噬(shi)(shi)(shi)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)的(de)(de)(de)高(gao)分(fen)辨率分(fen)子圖譜，增強了對(dui)它們(men)在腫(zhong)(zhong)瘤(liu)微環境中的(de)(de)(de)作(zuo)用的(de)(de)(de)理解(jie)。

案例10

英(ying)文標(biao)題：Identification of hypoxic macrophages in glioblastoma with therapeutic potential for vasculature normalization

發表期(qi)刊：Cancer Cell

影響因子：48.8

發(fa)表日(ri)期：2024.04

物種(zhong)樣(yang)本：51個人類彌(mi)漫(man)性膠(jiao)質瘤樣(yang)本，12個小(xiao)鼠膠(jiao)質母(mu)細胞瘤（mGBM）樣(yang)本

技術策略(lve)：scRNA seq + 10x Visium RNA-seq

DOI：10.1016/j.ccell.2024.03.013

單核細(xi)胞(bao)來源的(de)(de)(de)(de)(de)腫(zhong)瘤(liu)相(xiang)關巨噬細(xi)胞(bao)（Mo-TAMs）強烈浸潤彌漫性(xing)膠(jiao)質(zhi)瘤(liu)，具(ju)有(you)顯著的(de)(de)(de)(de)(de)異質(zhi)性(xing)。研(yan)究(jiu)利用單細(xi)胞(bao)轉錄(lu)組學(xue)，繪制(zhi)了51例(li)(li)異檸檬酸(suan)脫氫酶（IDH）野生(sheng)(sheng)型膠(jiao)質(zhi)母(mu)細(xi)胞(bao)瘤(liu)或(huo)IDH突變型膠(jiao)質(zhi)瘤(liu)患者的(de)(de)(de)(de)(de)Mo-TAMs的(de)(de)(de)(de)(de)空間(jian)(jian)分(fen)辨轉錄(lu)景觀。研(yan)究(jiu)描述了一個(ge)Mo-TAM子集，它定(ding)位于(yu)壞死周圍(wei)的(de)(de)(de)(de)(de)生(sheng)(sheng)態(tai)(tai)位，并被缺氧(yang)(yang)的(de)(de)(de)(de)(de)生(sheng)(sheng)態(tai)(tai)位線索傾斜，以獲得缺氧(yang)(yang)反應(ying)特征。缺氧(yang)(yang)-tam通過激(ji)活腎(shen)上(shang)腺(xian)髓質(zhi)素旁分(fen)泌信號使(shi)(shi)內(nei)皮粘附(fu)連接不穩(wen)定(ding)，從而(er)刺激(ji)高滲透(tou)性(xing)新生(sheng)(sheng)血管，阻礙異種膠(jiao)質(zhi)母(mu)細(xi)胞(bao)瘤(liu)移植物的(de)(de)(de)(de)(de)藥物傳遞。因此，缺氧(yang)(yang)-tam產生(sheng)(sheng)的(de)(de)(de)(de)(de)腎(shen)上(shang)腺(xian)髓質(zhi)素的(de)(de)(de)(de)(de)基因消融(rong)或(huo)藥理(li)阻斷可以恢復血管的(de)(de)(de)(de)(de)完(wan)整性(xing)，提高抗腫(zhong)瘤(liu)藥物達(da)布拉(la)非(fei)尼的(de)(de)(de)(de)(de)瘤(liu)內(nei)濃度，并實現聯(lian)合治療效果。缺氧(yang)(yang)-tam或(huo)腎(shen)上(shang)腺(xian)髓質(zhi)素表達(da)比例(li)(li)的(de)(de)(de)(de)(de)增加預示著腫(zhong)瘤(liu)血管的(de)(de)(de)(de)(de)高通透(tou)性(xing)和膠(jiao)質(zhi)母(mu)細(xi)胞(bao)瘤(liu)較(jiao)差的(de)(de)(de)(de)(de)預后。研(yan)究(jiu)結果強調了彌漫性(xing)膠(jiao)質(zhi)瘤(liu)中Mo-TAM的(de)(de)(de)(de)(de)多樣性(xing)和空間(jian)(jian)生(sheng)(sheng)態(tai)(tai)位導向的(de)(de)(de)(de)(de)Mo-TAM重(zhong)編程，并提示了靶向缺氧(yang)(yang)-TAM使(shi)(shi)腫(zhong)瘤(liu)血管系統正常化的(de)(de)(de)(de)(de)潛在治療方法。

案例(li)11

英(ying)文標題：Pan-cancer spatially resolved single-cell analysis reveals the crosstalk between cancer-associated fibroblasts and tumor microenvironment

發(fa)表期刊：Molecular Cancer

影響因子：27.7

發表日期：2023.10

物種樣(yang)本：69個癌(ai)(ai)(ai)(ai)癥（包括6種癌(ai)(ai)(ai)(ai)癥類型：乳腺癌(ai)(ai)(ai)(ai)（BRCA）、結直(zhi)腸癌(ai)(ai)(ai)(ai)（CRC）、肝細胞(bao)癌(ai)(ai)(ai)(ai)（LIHC）、卵(luan)巢(chao)癌(ai)(ai)(ai)(ai)（OVCA）、前列腺腺癌(ai)(ai)(ai)(ai)（PRAD）和子宮體子宮內膜癌(ai)(ai)(ai)(ai)（UCEC））樣(yang)本做scRNA-seq，22個癌(ai)(ai)(ai)(ai)癥組織切片做10x Visium RNA-seq

技術策略：scRNA seq + 10x Visium RNA-seq

DOI：10.1186/s12943-023-01876-x

腫瘤(liu)相關(guan)成纖維細(xi)(xi)胞(bao)(bao)（CAFs）是(shi)一種異質(zhi)性細(xi)(xi)胞(bao)(bao)群，在(zai)(zai)腫瘤(liu)微(wei)環境(jing)(jing)（TME）的(de)(de)(de)重(zhong)構中起著(zhu)至關(guan)重(zhong)要的(de)(de)(de)作用(yong)。研究(jiu)對(dui)六種常見癌(ai)(ai)癥(zheng)類(lei)(lei)型(xing)的(de)(de)(de)空(kong)間(jian)和單細(xi)(xi)胞(bao)(bao)轉錄組數(shu)據的(de)(de)(de)綜合(he)分析(xi)(xi)，我(wo)們確定了四(si)個不同的(de)(de)(de)CAFs功能(neng)亞群，并描述了它們的(de)(de)(de)空(kong)間(jian)分布特征(zheng)。此外，對(dui)來自另(ling)外三種常見癌(ai)(ai)癥(zheng)類(lei)(lei)型(xing)的(de)(de)(de)單細(xi)(xi)胞(bao)(bao)RNA測序（scRNA-seq）數(shu)據，以及兩種新生成的(de)(de)(de)罕(han)見癌(ai)(ai)癥(zheng)類(lei)(lei)型(xing)的(de)(de)(de)scRNA-seq數(shu)據集，擴大對(dui)CAF異質(zhi)性的(de)(de)(de)理(li)解。在(zai)(zai)空(kong)間(jian)背景下進行的(de)(de)(de)細(xi)(xi)胞(bao)(bao)-細(xi)(xi)胞(bao)(bao)相互作用(yong)分析(xi)(xi)強調了基質(zhi)CAFs（mCAFs）在(zai)(zai)腫瘤(liu)血管生成和炎癥(zheng)性CAFs（iCAFs）在(zai)(zai)形成免(mian)疫(yi)(yi)抑制微(wei)環境(jing)(jing)中的(de)(de)(de)關(guan)鍵作用(yong)。在(zai)(zai)接受抗(kang)pd-1免(mian)疫(yi)(yi)治(zhi)療的(de)(de)(de)乳(ru)腺癌(ai)(ai)（BRCA）患(huan)者(zhe)中，iCAFs在(zai)(zai)促進癌(ai)(ai)細(xi)(xi)胞(bao)(bao)增殖、促進上皮-間(jian)充質(zhi)轉化（EMT）和有助(zhu)于建立免(mian)疫(yi)(yi)抑制微(wei)環境(jing)(jing)方面表現出(chu)了更高的(de)(de)(de)能(neng)力。此外，基于iCAFs的(de)(de)(de)評分系統顯示(shi)與黑色素(su)瘤(liu)患(huan)者(zhe)的(de)(de)(de)免(mian)疫(yi)(yi)治(zhi)療反應有顯著(zhu)相關(guan)性。