2024-11-11
又見面(mian)啦(la)，本(ben)期小(xiao)(xiao)編繼續分享(xiang)NCBI上傳(chuan)的相關教(jiao)程(cheng)哦，上周小(xiao)(xiao)編更新(xin)了細菌基(ji)因組(zu)上傳(chuan)NCBI的流程(cheng)，本(ben)期小(xiao)(xiao)編將(jiang)分享(xiang)真(zhen)菌基(ji)因組(zu)上傳(chuan)NCBI的最新(xin)版流程(cheng)，絕對簡單易(yi)懂，操作(zuo)方便(bian)，一起動手學(xue)起來吧~
基本流程
一、NCBI注冊(ce)及上傳(chuan)
1、注冊網(wang)站：
//www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register/?back_url=http%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fhome%2Fsubmit.shtml&partners-uri=cms:/account/partners
打開NCBI注(zhu)冊網站，選(xuan)擇第三(san)方平臺進行(xing)注(zhu)冊登錄
2、進入提(ti)交頁面
打開(kai)NCBI官網(wang)//www.ncbi.nlm.nih.gov/，輸入賬號和密碼，點擊網(wang)頁上的Submit欄可(ke)進(jin)入GenBank界面，找(zhao)到真菌基因組提交(jiao)(jiao)欄，點擊進(jin)入即可(ke)開(kai)始(shi)本次的提交(jiao)(jiao)（或直(zhi)接點擊//submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/genome/進(jin)入提交(jiao)(jiao)界面）。
具體步驟如下：
3、點擊New submission進(jin)入，此步操(cao)作可以(yi)得到SUB號；
Part 01——單樣本(ben)基因組(zu)上傳
二、基本(ben)信息填寫
1、單個樣本基因組上傳——選擇Single genome，點擊(ji)continue；
2、進(jin)入SUBMITTER完善(shan)個(ge)人信(xin)息，帶(dai)*為必填項(xiang)，填寫完點擊continue。此處的郵箱不(bu)建(jian)議使(shi)用qq郵箱、163郵箱和foxmail郵箱；
3、General Information信息填寫(xie)（此(ci)處(chu)以未申請BioProject和(he)BioSample號(hao)為例，如果已經(jing)申請過可以直(zhi)接(jie)將對應的BioProject和(he)BioSample號(hao)直(zhi)接(jie)填寫(xie)即可）：
（1）BioProject和BioSample處選擇(ze)NO，釋(shi)放數據日期可根據自己(ji)的(de)需要來進行選擇(ze)；
（2）組(zu)裝和測序信息(xi)填寫（組(zu)裝軟件及版(ban)本可在結(jie)題報告附錄(lu)-軟件列(lie)表查看）：
真菌框(kuang)架圖項目的組(zu)裝軟件：spades，版本(ben)v3.12.0
真菌近完成圖項(xiang)目的組裝軟件：flye，版(ban)本(ben)(ben)v2.9.1；hifiasm，版(ban)本(ben)(ben)v0.18.5
（3）測序(xu)深度及測序(xu)平臺的選(xuan)擇:
測(ce)序(xu)深度=測(ce)序(xu)數據量(liang)/基因組大小；
測(ce)序平(ping)臺(tai)(tai)：二代(dai)一般為(wei)Illumina Novaseq平(ping)臺(tai)(tai)，三代(dai)一般為(wei)Pacbio/Nanopore平(ping)臺(tai)(tai)（可在結題報告-測(ce)序概述部分查(cha)看(kan)）；
（4）填寫基因(yin)組的組裝信(xin)息(xi)以及是否有(you)關聯(lian)的文章，填寫完(wan)成后點(dian)擊Continue進(jin)入下一步；
三、BioProject信(xin)息填寫(xie)
菌株英文(wen)描述(shu)（大(da)概100個左右(you)word ）：描述(shu)下該菌株進(jin)行全基因組測序的目的、意義及用途（工業/農(nong)業/醫療等等）等信息(xi)(共性\不(bu)同)，填寫完成后點擊(ji)Continue進(jin)入下一步；
四、BioSample信息填寫
1.選擇Microbe，點擊Continue進入下一(yi)步；
2.BioSample Attributes:填寫物(wu)種拉丁名稱及菌(jun)株名；菌(jun)株的來源，保(bao)存(cun)單(dan)位(wei)（xxx單(dan)位(wei)分離及分離信(xin)息 xxx單(dan)位(wei)保(bao)存(cun)或(huo) xxx保(bao)藏中心保(bao)存(cun)）和樣本收集時間(jian)；
五、Sequence上傳，信息填寫
1.Files填寫
（1）真菌(jun)框架(jia)圖(tu)(tu)和近完(wan)成(cheng)圖(tu)(tu)組(zu)裝的都不是(shi)完(wan)整的基因組(zu)，選擇選項2；
（2）選(xuan)擇網頁版上(shang)傳(chuan)，并將(jiang)基因組的scaffold序列(lie)全部上(shang)傳(chuan)，如果真菌框架圖(tu)項目(mu)N數較(jiao)多的話可以(yi)選(xuan)擇上(shang)傳(chuan)contig序列(lie)，基因組序列(lie)上(shang)傳(chuan)Assembly\AssemblyResult\*.scaffolds.fna 文(wen)件；
（3）AGP文(wen)件上傳：該(gai)文(wen)件在組裝結(jie)果文(wen)件夾中；
2.填(tian)寫作者名字及排序，以及該(gai)基因組是否有相(xiang)關(guan)聯的文章，填(tian)寫結束后，點擊Continue進入下一步；
六、數(shu)據提交(jiao)
核(he)查(cha)已填入的信息是否(fou)有(you)誤(wu)，有(you)問題的話(hua)返(fan)回對應(ying)的界面進行修改(gai)，確認無(wu)誤(wu)后(hou)點擊Submit完成(cheng)本次NCBI上傳(chuan)。一般上傳(chuan)1-2周NCBI會發郵件到郵箱(xiang)，給(gei)出相應(ying)的登錄號，這個登錄號可(ke)直接用于后(hou)續(xu)的文章(zhang)中。
Part 02——多樣本基因組(zu)上傳
1.多個樣本基因組上傳——選擇Batch/multiple genomes，點擊continue；
2.個人信(xin)息(xi)及General Information信(xin)息(xi)填寫(xie)
此部分內容(rong)參照Part 01，需要申(shen)請BioProject和BioSample號(hao)，后(hou)續信息填寫會(hui)用到
3.Gap信息填寫
4.BioProject General Info
5.Publications
6.Genome Info
(1)填(tian)寫基因組信息
（2）組裝和測序(xu)信息填(tian)寫(xie)（組裝軟(ruan)件及版(ban)本可在結(jie)題報告(gao)附錄-軟(ruan)件列(lie)表查看）
7.選擇網頁版上(shang)傳，并將基(ji)因(yin)組的scaffold序列(lie)全部(bu)上(shang)傳，如(ru)果(guo)真菌框架圖項目N數較多的話可以選擇上(shang)傳contig序列(lie)，基(ji)因(yin)組序列(lie)上(shang)傳Assembly\AssemblyResult\*.scaffolds.fna 文件；
8.References：填寫作者(zhe)名字及排(pai)序，以及該基(ji)因(yin)組是否有相關聯的文章，點擊Continue進入(ru)下一步；
核查已填入的(de)(de)信息(xi)是否有誤(wu)，有問題的(de)(de)話返回(hui)對應(ying)(ying)的(de)(de)界(jie)面進行修改，確認無(wu)誤(wu)后(hou)點擊Submit完成本次NCBI上傳。一般上傳1-2周NCBI會(hui)發郵(you)(you)件到郵(you)(you)箱(xiang)，給出(chu)相應(ying)(ying)的(de)(de)登錄號(hao)，這個登錄號(hao)可直接用于后(hou)續(xu)的(de)(de)文章中。
以上就是真菌(jun)基(ji)因(yin)組(zu)(zu)數(shu)據上傳NCBI的(de)(de)詳細步(bu)驟(zou)，是不是很簡單？研究真菌(jun)基(ji)因(yin)組(zu)(zu)的(de)(de)小伙(huo)伴們趕(gan)快動起(qi)你的(de)(de)手指，跟隨小編的(de)(de)步(bu)驟(zou)練習(xi)一下吧！如果大(da)家(jia)在上傳過程中有(you)任何疑問，歡(huan)迎隨時和我們一起(qi)探討，可在文(wen)末(mo)留言或者郵件交(jiao)流(liu)（microsupport@doudin.cn）。
