2024-12-20
上(shang)(shang)期小(xiao)(xiao)編(bian)分享(xiang)了《真菌基因(yin)組(zu)(zu)數據(ju)NCBI上(shang)(shang)傳(chuan)流(liu)程(cheng)2.0》（點擊(ji)查(cha)看），你get了嗎(ma)？上(shang)(shang)傳(chuan)過程(cheng)中有任何問題都可(ke)以與小(xiao)(xiao)編(bian)溝通(tong)哦(e)。本期小(xiao)(xiao)編(bian)將(jiang)分享(xiang)關于小(xiao)(xiao)基因(yin)組(zu)(zu)數據(ju)NCBI上(shang)(shang)傳(chuan)流(liu)程(cheng)，小(xiao)(xiao)基因(yin)組(zu)(zu)主要包括線(xian)粒體(ti)、葉綠體(ti)、病毒(du)、質粒等(deng)，由(you)于這些(xie)基因(yin)組(zu)(zu)大小(xiao)(xiao)通(tong)常小(xiao)(xiao)于1M，因(yin)此統稱為小(xiao)(xiao)基因(yin)組(zu)(zu)。
本次教(jiao)程以葉綠體基因(yin)組上(shang)傳(chuan)到NCBI為例，其余的小基因(yin)組上(shang)傳(chuan)步(bu)驟和它一(yi)樣哦。
基本流程
一、NCBI注冊及上傳
1、注冊網站：
//www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register/?back_url=http%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fhome%2Fsubmit.shtml&partners-uri=cms:/account/partners
打(da)開NCBI注(zhu)冊(ce)網(wang)站，選擇第(di)三方平臺進行注(zhu)冊(ce)登錄(lu)
2、進入提交頁面
打開NCBI官網//www.ncbi.nlm.nih.gov/，輸入(ru)賬號和密碼，點(dian)(dian)擊網頁(ye)上的Submit欄可(ke)進(jin)入(ru)GenBank界(jie)面，找到真菌基(ji)因組提交(jiao)欄，點(dian)(dian)擊進(jin)入(ru)即(ji)可(ke)開始本次的提交(jiao)（或直(zhi)接點(dian)(dian)擊//submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/genome/進(jin)入(ru)提交(jiao)界(jie)面）。
具體步驟如下：
3、點擊(ji)Start BankIt Submission進入；
二、基本(ben)信(xin)息填寫
1、進(jin)(jin)入Contact Information完(wan)善(shan)個人信(xin)息（此處的郵(you)(you)箱仍然不建議使(shi)用qq郵(you)(you)箱、163郵(you)(you)箱和(he)foxmail郵(you)(you)箱），然后(hou)點擊Continue進(jin)(jin)行下一(yi)步；
2、進入Reference界面，按照順序(xu)填寫作者姓名，如(ru)果有參(can)考的題目在此處也可以(yi)附上，點擊Continue進入下一(yi)步(bu)；
三、Sequence上傳，信息填(tian)寫
1、Sequencing Technology填寫完(wan)全后，點擊Continute進入下一步；
必填項：需(xu)要填寫測序平臺、基因組組裝軟(ruan)件及版(ban)本；其中不同(tong)的(de)(de)小基因組的(de)(de)組裝軟(ruan)件也會一些差異，具體的(de)(de)可(ke)根據(ju)我司交付的(de)(de)結(jie)題報告上的(de)(de)軟(ruan)件及版(ban)本進行填寫；
選填項(xiang)：Assembly name和測(ce)序深(shen)度；
2、進(jin)(jin)入Nucleotide界面(mian)，需要填寫釋(shi)放(fang)數據日期，序(xu)列(lie)的分(fen)子類型是(shi)環(huan)狀or線(xian)(xian)性（完整的質粒/線(xian)(xian)粒體/葉綠體基(ji)因(yin)組(zu)(zu)一般為環(huan)狀，病毒基(ji)因(yin)組(zu)(zu)既有(you)線(xian)(xian)性的也有(you)環(huan)狀的），以及是(shi)否為完整的基(ji)因(yin)組(zu)(zu)，然(ran)后上傳(chuan)(chuan)基(ji)因(yin)組(zu)(zu)的核苷酸序(xu)列(lie)（fasta格式文件），上傳(chuan)(chuan)后點擊(ji)Continue進(jin)(jin)入下(xia)一步；
3、進入(ru)Organism界(jie)面，填寫上傳物(wu)種的(de)拉丁名后(hou)，點擊Continue進入(ru)下一步；
4、進(jin)入Submission Categeory界面(mian)，提交類別選擇Original，點擊Continue進(jin)入下(xia)一步；
5、進(jin)入Source Modifiers界(jie)面(mian)，選擇(ze)樣(yang)本(ben)類(lei)型：線粒(li)體、葉綠體或其他(ta)類(lei)型；另外(wai)需要(yao)選填(tian)物種的來源，保(bao)存(cun)單(dan)位(wei)（xxx單(dan)位(wei)分離(li)及分離(li)信息(xi) xxx單(dan)位(wei)保(bao)存(cun)或 xxx保(bao)藏(zang)中心(xin)保(bao)存(cun)）和樣(yang)本(ben)收集(ji)時間等(deng)信息(xi)，填(tian)寫結束后點擊Continue進(jin)入下一步；
6、進入Feature界面(mian)，上傳tbl格式文件(jian)，點擊Upload File生成注釋(shi)信息；確(que)認無誤后點擊Continue進入下(xia)一(yi)步（Continue在Feature文件(jian)的下(xia)方，拖動界面(mian)很長哦，堅持住）；
四、數(shu)據提交
核查已填入的(de)(de)信息是否(fou)有誤(wu)，有問題(ti)的(de)(de)話返回對應的(de)(de)界面進(jin)行(xing)修改(gai)，確認無誤(wu)后點擊Finish Submission完成(cheng)本次NCBI上(shang)傳。一般(ban)上(shang)傳1-2周(zhou)NCBI會發郵(you)件到郵(you)箱，給出相應的(de)(de)登(deng)錄號，這(zhe)個登(deng)錄號可直接用于(yu)后續的(de)(de)文章中。
以(yi)上就是(shi)小(xiao)(xiao)(xiao)基因(yin)組(zu)數據(ju)上傳NCBI的詳細步驟，是(shi)不是(shi)很簡單？研究小(xiao)(xiao)(xiao)基因(yin)組(zu)的家人(ren)們趕(gan)快動起你的手指，跟(gen)隨小(xiao)(xiao)(xiao)編的步驟練(lian)習一下吧！如果大(da)家在(zai)上傳過程中有任何疑(yi)問，歡迎隨時和我們一起探討，可在(zai)文末留言或者郵件交(jiao)流（microsupport@doudin.cn）。
