前言

基(ji)因(yin)組(zu)測(ce)序(xu)（Genome Sequencing）：是在全(quan)基(ji)因(yin)組(zu)層面(mian)對DNA進(jin)行測(ce)序(xu)的(de)一項(xiang)關鍵技(ji)術(shu)，能夠(gou)全(quan)面(mian)揭示生物體(ti)的(de)遺傳信(xin)息(xi)。通過這一技(ji)術(shu)，能夠(gou)深入(ru)了(le)(le)解個體(ti)基(ji)因(yin)組(zu)的(de)構成、變(bian)異及遺傳特(te)征(zheng)。基(ji)因(yin)組(zu)測(ce)序(xu)不僅推動了(le)(le)生命科學(xue)領域(yu)的(de)基(ji)礎(chu)研(yan)究，還(huan)為醫學(xue)、農業等多個領域(yu)帶來了(le)(le)革命性的(de)變(bian)化。隨著技(ji)術(shu)的(de)不斷進(jin)步和(he)研(yan)究的(de)深入(ru)，基(ji)因(yin)組(zu)學(xue)研(yan)究的(de)應用前景也更加廣闊。

回望過去一(yi)年(nian)(nian)，基(ji)因(yin)(yin)(yin)組項目研究的浪潮洶涌澎湃。在這(zhe)承上啟下的時刻，小派(pai)特地為大家呈上基(ji)因(yin)(yin)(yin)組項目文(wen)(wen)章(zhang)的精彩(cai)盤點。接下來，小派(pai)將從動植物基(ji)因(yin)(yin)(yin)組和微生物基(ji)因(yin)(yin)(yin)組兩(liang)大類，精選2024年(nian)(nian)的一(yi)些標桿性文(wen)(wen)章(zhang)，帶(dai)大家領略基(ji)因(yin)(yin)(yin)組項目文(wen)(wen)章(zhang)的精妙思(si)路，快(kuai)來與小派(pai)一(yi)同重溫這(zhe)些科研盛宴吧！

一、 動植物基因組(zu)

1.中國櫻桃的(de)逆襲之(zhi)路(lu)! De novo+比較(jiao)基(ji)因(yin)組+轉錄組深(shen)入解析(xi)助力(li)高(gao)分密(mi)鑰

發(fa)表期刊：Horticulture Research

測序平臺：Illumina、PacBio、Hi-C、ONT

分析內容：單倍型(xing)基(ji)因(yin)組(zu)(zu)組(zu)(zu)裝(zhuang)、比較基(ji)因(yin)組(zu)(zu)分析、TEM、轉(zhuan)錄組(zu)(zu)測序、亞(ya)細胞定(ding)位、轉(zhuan)基(ji)因(yin)等(deng)

結果(guo)展示(shi)：

中國櫻桃(tao)，又稱酸櫻桃(tao)或山櫻桃(tao)，是一(yi)種(zhong)重要的果(guo)(guo)樹(shu)作(zuo)(zuo)物，廣泛(fan)種(zhong)植于中國及亞洲(zhou)其他地區。本研究利用(yong)單(dan)體(ti)型基(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)組(zu)裝技(ji)術，成功(gong)組(zu)裝了高質(zhi)量(liang)的四倍(bei)體(ti)中國櫻桃(tao)基(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)。鑒定了多個與果(guo)(guo)實(shi)硬度相關(guan)的基(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)，特(te)別是細胞壁(bi)修飾酶基(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)。通(tong)過表達譜(pu)分析，揭示了這(zhe)些基(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)在果(guo)(guo)實(shi)發育過程中的動態(tai)變(bian)化。這(zhe)些成果(guo)(guo)不(bu)僅為(wei)理解果(guo)(guo)實(shi)硬度的遺傳機制提(ti)供了重要線(xian)索，還(huan)為(wei)未來(lai)的櫻桃(tao)育種(zhong)和改良(liang)工作(zuo)(zuo)帶來(lai)了巨(ju)大(da)的潛力。具(ju)體(ti)應用(yong)前景(jing)包括：分子標(biao)記輔助育種(zhong)、基(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)編輯技(ji)術、精準農業。

2.BSR測序解鎖(suo)黃油生(sheng)菜理想株(zhu)型的秘密(mi)

發(fa)表(biao)期刊：Horticulture Research

測序平臺：Illumina

分析內(nei)容：BSR測序分析、CRISPR/Cas9敲除、轉基因互(hu)補、RNA-seq、電鏡、RT-PCR等

結果展(zhan)示：

本(ben)研究(jiu)將一個(ge)黃油生菜(cai)(cai)品(pin)種(zhong)（同(tong)(tong)樣(yang)攜帶(dai)Lskipk突變）與(yu)(yu)一個(ge)結(jie)球生菜(cai)(cai)品(pin)種(zhong)雜交，并進(jin)行了(le)(le)BSR遺(yi)傳定位分析，鑒(jian)定出(chu)一個(ge)新的(de)(de)(de)(de)編碼ATP酶的(de)(de)(de)(de)基因，該基因同(tong)(tong)樣(yang)對黃油生菜(cai)(cai)的(de)(de)(de)(de)株型有所(suo)貢獻(xian)。進(jin)一步通(tong)過敲除與(yu)(yu)互補實(shi)驗驗證(zheng)了(le)(le)LsATPase功能的(de)(de)(de)(de)缺失也(ye)是形(xing)成黃油生菜(cai)(cai)株型所(suo)必(bi)需的(de)(de)(de)(de)。本(ben)研究(jiu)結(jie)果不僅增進(jin)了(le)(le)對控制生菜(cai)(cai)等蔬菜(cai)(cai)作物(wu)(wu)特定性狀遺(yi)傳基礎的(de)(de)(de)(de)理解(jie)，也(ye)為(wei)實(shi)現作物(wu)(wu)品(pin)種(zhong)的(de)(de)(de)(de)精準設計和高效培育(yu)奠定了(le)(le)理論與(yu)(yu)實(shi)踐基礎，有望在未(wei)來的(de)(de)(de)(de)農業可(ke)持(chi)續發展(zhan)中發揮重要作用。

3.基因(yin)組(zu)+轉錄組(zu)測序揭(jie)示藏羊高原適應的(de)遺傳多樣性(xing)及(ji)機制

發(fa)表期(qi)刊(kan)：Journal of Animal Science and Biotechnology

測序平臺：Illumina

分(fen)析(xi)內(nei)容：全基因組(zu)測序(xu)、群體遺傳結構分(fen)(fen)析、遺傳多樣性分(fen)(fen)析、選擇性清(qing)除分(fen)(fen)析、轉(zhuan)錄(lu)組(zu)測序(xu)分(fen)(fen)析等

結果(guo)展示：

本研(yan)究對6個藏(zang)羊(yang)(yang)品(pin)種進行了(le)全基因組重(zhong)測(ce)序(xu)，利用其遺傳結構和群(qun)體多樣性(xing)(xing)進行分析(xi)(xi)。結果顯示(shi)，6個藏(zang)羊(yang)(yang)品(pin)種在(zai)系統(tong)樹上表現出明顯的(de)分離；但各品(pin)種間差(cha)異較小，存在(zai)廣泛的(de)基因流現象。聚(ju)類分析(xi)(xi)將這6個品(pin)種分為3種不同(tong)(tong)的(de)生態類型：高(gao)(gao)原型、谷地型和歐陸型。阿(a)爾泰野(ye)山羊(yang)(yang)與藏(zang)羊(yang)(yang)的(de)特有(you)單核苷酸多態性(xing)(xing)（SNP）及(ji)選擇性(xing)(xing)掃(sao)蕩分析(xi)(xi)表明，藏(zang)羊(yang)(yang)馴(xun)化(hua)主要與感官信號傳導、營養(yang)吸收代謝(xie)以(yi)及(ji)生長繁(fan)殖特性(xing)(xing)相關。最后，綜合分析(xi)(xi)選擇性(xing)(xing)掃(sao)蕩和轉錄組數據發現，在(zai)青(qing)藏(zang)高(gao)(gao)原不同(tong)(tong)海拔(ba)生活的(de)藏(zang)羊(yang)(yang)通(tong)過增強心肺功能、調(diao)節體液平(ping)衡并(bing)(bing)通(tong)過腎回吸收來(lai)適(shi)應環(huan)境，并(bing)(bing)且(qie)通(tong)過改(gai)變消化(hua)道中營養(yang)物質的(de)消化(hua)和吸收途徑以(yi)提(ti)高(gao)(gao)耐受力。該(gai)研(yan)究為極端環(huan)境條件下(xia)藏(zang)羊(yang)(yang)進化(hua)過程提(ti)供了(le)重(zhong)要啟(qi)示(shi)，并(bing)(bing)將有(you)助于藏(zang)羊(yang)(yang)遺傳多樣性(xing)(xing)的(de)保護以(yi)及(ji)青(qing)藏(zang)高(gao)(gao)原動物環(huan)境適(shi)應機制的(de)研(yan)究。

4.群體遺傳(chuan)學分析揭示了玉(yu)米胚性愈傷組(zu)織誘導能力的關鍵(jian)遺傳(chuan)變(bian)異和驅(qu)動因素(su)

發表期刊：Journal of Integrative Agriculture

測序平臺：Illumina

分析內容：全基(ji)因組測序、遺(yi)(yi)傳(chuan)多樣性(xing)(xing)分(fen)(fen)析(xi)、群體遺(yi)(yi)傳(chuan)結構分(fen)(fen)析(xi)、選擇性(xing)(xing)清除分(fen)(fen)析(xi)等

結果(guo)展示：

本(ben)研究對(dui)(dui)80份核心種(zhong)質(zhi)進(jin)行了(le)全(quan)基(ji)(ji)因組(zu)測序，并利用我們開發(fa)的(de)(de)新(xin)一代高密度變(bian)異圖(tu)譜構建(jian)管(guan)道（MQ2Gpipe），建(jian)立(li)了(le)基(ji)(ji)于(yu)誘導(dao)率（REC）的(de)(de)分類(lei)體系。低REC種(zhong)質(zhi)具有更豐富的(de)(de)遺傳多(duo)樣性；通過整合全(quan)基(ji)(ji)因組(zu)選(xuan)(xuan)擇性標記篩(shai)選(xuan)(xuan)和(he)區域關(guan)(guan)聯(lian)分析，揭(jie)示了(le)95.23Mb的(de)(de)選(xuan)(xuan)擇性區域以及43個REC相(xiang)關(guan)(guan)位(wei)點(dian)。這些位(wei)點(dian)的(de)(de)表型(xing)方差解釋(shi)值(zhi)在(zai)21.46%到(dao)49.46%之間(jian)。總共鑒(jian)定(ding)出103個候選(xuan)(xuan)基(ji)(ji)因位(wei)于(yu)這些REC相(xiang)關(guan)(guan)位(wei)點(dian)的(de)(de)連鎖不平衡區域內(nei)。這些基(ji)(ji)因主要參與細(xi)胞周(zhou)期調(diao)控(kong)、細(xi)胞分裂調(diao)控(kong)和(he)其(qi)他功(gong)能，在(zai)其(qi)中(zhong)(zhong)MYB15和(he)EMB2745位(wei)于(yu)先前報道過的(de)(de)EC誘導(dao)QTL內(nei)。許多(duo)與葉面積相(xiang)關(guan)(guan)的(de)(de)大型(xing)效應變(bian)異緊密地(di)連接到(dao)多(duo)個REC相(xiang)關(guan)(guan)位(wei)點(dian)上，暗示現代玉米(mi)(mi)育(yu)種(zhong)中(zhong)(zhong)可能存(cun)在(zai)著REC和(he)葉片大小協同選(xuan)(xuan)擇的(de)(de)現象。這項研究不僅(jin)增加了(le)我們對(dui)(dui)玉米(mi)(mi)胚胎培養誘導(dao)能力(li)遺傳基(ji)(ji)礎的(de)(de)理解，也為(wei)培育(yu)具有高REC能力(li)的(de)(de)玉米(mi)(mi)品種(zhong)提(ti)供了(le)理論和(he)實(shi)踐指導(dao)。

二(er)、 微生物基因(yin)組(zu)

1、細(xi)菌基因組

（1）細菌(jun)基(ji)(ji)因組(zu)完成圖+比較基(ji)(ji)因組(zu)助力ST1049-KL5肺炎克雷伯菌(jun)的雙重耐藥機制探索(suo)

發表(biao)期刊：communications biology

測(ce)序平臺：Illumina+Pacbio

分(fen)析內容：細菌(jun)基因組完成圖測序、比較(jiao)基因組圈圖、easyfig遺傳環境分析(xi)、cgMLST分析(xi)、質(zhi)粒(li)復制(zhi)子(zi)分析(xi)、系統(tong)進化樹構建等

結果展(zhan)示：

本(ben)研究在4個ST1049-KL5肺炎(yan)克雷(lei)伯菌(jun)分離株中鑒定(ding)了(le)(le)一個結合的(de)IncM1質粒pKPC_NDM，它(ta)共(gong)同攜帶blaKPC-2和(he)blaNDM-1基因。該(gai)質粒表(biao)現出較高的(de)種(zhong)內和(he)種(zhong)間(jian)可(ke)轉移(yi)性，并增強(qiang)(qiang)了(le)(le)碳青霉烯類耐藥(yao)性，ST1049-KL5型CRKP的(de)出現及(ji)(ji)克隆傳播對(dui)公共(gong)衛生構成了(le)(le)嚴峻挑戰。本(ben)研究凸顯(xian)了(le)(le)ST1049型菌(jun)株作為(wei)高毒性及(ji)(ji)多(duo)重(zhong)耐藥(yao)質粒攜帶者(zhe)的(de)潛力，強(qiang)(qiang)調了(le)(le)持續監測和(he)實施有效感染(ran)控(kong)制策(ce)略的(de)重(zhong)要(yao)性。這些發現不僅增進對(dui)復(fu)雜(za)耐藥(yao)機制和(he)病原體傳播動態的(de)理解，而且為(wei)未來針(zhen)對(dui)性的(de)治療干預和(he)防(fang)控(kong)措(cuo)施提供了(le)(le)科學(xue)依據(ju)。

（2）細菌完成圖(tu)+轉錄組(zu)+代謝組(zu)學(xue)揭秘高效菲降解(jie)菌的(de)超能力(li)

發表期刊：Journal of Hazardous Materials

測序平臺：Illumina+PacBio

分析內容：細菌完(wan)成圖、降解效(xiao)率分析、HPLC、LC-MS、GC-MS、基因(yin)表達分析等

結果展示：

本研究中，分離(li)并鑒定(ding)了(le)一株(zhu)(zhu)具有(you)高效降解(jie)(jie)菲能(neng)力的(de)(de)菌(jun)株(zhu)(zhu)，即Pseudarthrobacter sp. L1SW。該菌(jun)株(zhu)(zhu)展現出在多種(zhong)環境條件下穩定(ding)降解(jie)(jie)菲的(de)(de)能(neng)力，包括不(bu)同的(de)(de)鹽度和堿(jian)度、重(zhong)金(jin)屬暴露以及表面(mian)活性(xing)劑(ji)存(cun)在的(de)(de)情況(kuang)。它主要(yao)通過(guo)鄰(lin)苯二甲(jia)酸途徑(jing)降解(jie)(jie)菲，并形成了(le)一個新穎的(de)(de)中間代謝(xie)產(chan)物(wu)(wu)(wu)。在L1SW中鑒定(ding)了(le)三個涉(she)及菲降解(jie)(jie)的(de)(de)基因簇，并據此(ci)提出了(le)菲的(de)(de)代謝(xie)途徑(jing)。此(ci)項(xiang)工作(zuo)加深了(le)我們對革蘭氏陽性(xing)菌(jun)及植物(wu)(wu)(wu)生長促進根(gen)際細(xi)菌(jun)（PGPR）中菲降解(jie)(jie)機制的(de)(de)理解(jie)(jie)，為利用微生物(wu)(wu)(wu)進行多環芳(fang)烴（PAHs）生物(wu)(wu)(wu)修復提供了(le)更多潛在菌(jun)株(zhu)(zhu)資源。

（3）肥胖(pang)兒童中培養的腸球菌B6通過(guo)生物(wu)活性代謝物(wu)酪胺促進非酒(jiu)精性脂肪肝病的發展(zhan)

發表期刊：Gut Microbes

測(ce)序平(ping)臺：Illumina+Nanopore

分析內容：細菌基因組完(wan)成圖(tu)、16S多樣性分析、代謝組和(he)轉錄組測序分析、小鼠實驗(yan)等(deng)

分析結果：

本研(yan)究鑒定了(le)Enterococcus faecium B6作(zuo)為(wei)一種潛在的(de)(de)新(xin)型致病(bing)(bing)菌株，它可能促進(jin)(jin)兒童非酒精(jing)性脂肪(fang)(fang)肝(gan)病(bing)(bing)（NAFLD）的(de)(de)發(fa)展(zhan)。E. faecium B6衍(yan)生(sheng)的(de)(de)生(sheng)物活性代謝物——酪胺，可能對肝(gan)臟脂肪(fang)(fang)變性、炎(yan)癥(zheng)和(he)(he)纖維化進(jin)(jin)展(zhan)產(chan)生(sheng)影響，這(zhe)些(xie)因素促進(jin)(jin)了(le)NAFLD的(de)(de)發(fa)展(zhan)。這(zhe)些(xie)結(jie)果表明E. faecium B6和(he)(he)酪胺與NAFLD之間存在因果關聯。這(zhe)項研(yan)究強調了(le)宿主-微生(sheng)物的(de)(de)相(xiang)互作(zuo)用，并(bing)為(wei)NAFLD或相(xiang)關代謝性疾病(bing)(bing)的(de)(de)腸道微生(sheng)物群(qun)管理提供了(le)新(xin)的(de)(de)見解(jie)。

（4）通過碳(tan)離子束輻照誘導的(de)高產納豆激酶活性突變體(ti)——枯草芽孢桿菌的(de)表型和基因組洞察

發表期刊：International Journal of Biological Macromolecules

測序平(ping)臺：Illumina

分(fen)析內容(rong)：細菌基因組完成圖、重測序等

結果展示：

在(zai)本(ben)研(yan)究中(zhong)，我們首次使用12C6+重(zhong)離子(zi)束誘變(bian)技術獲得了(le)一(yi)種高產NK活(huo)性(xing)的(de)突變(bian)菌(jun)(jun)株（枯(ku)草(cao)芽孢(bao)桿菌(jun)(jun)ZT-S1）。重(zhong)離子(zi)束還改(gai)變(bian)了(le)枯(ku)草(cao)芽孢(bao)桿菌(jun)(jun)的(de)表面形態，這是由于(yu)功(gong)能團的(de)變(bian)化所致。此外，枯(ku)草(cao)芽孢(bao)桿菌(jun)(jun)ZT-S1需(xu)要更(geng)多的(de)碳和氮源(yuan)，并(bing)且達到(dao)穩定(ding)期的(de)時間更(geng)晚。比(bi)較基因(yin)組分(fen)析揭示，大多數與突變(bian)相(xiang)關的(de)基因(yin)（oppA、appA、kinA、spoIIP）與孢(bao)子(zi)形成(cheng)有關。受影(ying)響的(de)rpoA基因(yin)與編(bian)碼(ma)NK的(de)基因(yin)aprE的(de)合成(cheng)有關。此外，通過誘變(bian)獲得的(de)枯(ku)草(cao)芽孢(bao)桿菌(jun)(jun)ZT-S1具(ju)有良好(hao)的(de)遺(yi)傳穩定(ding)性(xing)。本(ben)研(yan)究進一(yi)步探討了(le)影(ying)響NK活(huo)性(xing)的(de)因(yin)素，并(bing)為(wei)商(shang)業應用中(zhong)NK的(de)生(sheng)產提(ti)供了(le)有前(qian)景的(de)微生(sheng)物資源(yuan)。

2、真(zhen)菌基因組

（1）多組學(xue)分析揭示野生型釀酒酵母WY319高效苯乙(yi)醇轉化(hua)機(ji)制

發表期刊：Biotechnology Journal

測序平臺：Illumina+Nanopore

分析內(nei)容：真菌(jun)重測(ce)序、轉錄組測(ce)序、比較(jiao)基因組分析等(deng)

結果展(zhan)示：

本研(yan)究對(dui)高(gao)、低(di)產2-PE菌(jun)株進(jin)行(xing)了系統性(xing)的(de)(de)代(dai)謝特(te)征比較分析，結果表明(ming)高(gao)產菌(jun)株可能(neng)(neng)得益于(yu)呼(hu)吸代(dai)謝增強(qiang)及耐受性(xing)提高(gao)而(er)(er)具有更(geng)高(gao)的(de)(de)產量潛力；同(tong)時，通過對(dui)關(guan)(guan)鍵生長(chang)速率下的(de)(de)轉錄(lu)組(zu)進(jin)行(xing)分析發現，線(xian)粒體功能(neng)(neng)基因簇的(de)(de)整體上(shang)調在(zai)2-PE的(de)(de)合成(cheng)過程(cheng)中(zhong)發揮(hui)著(zhu)更(geng)為(wei)突出的(de)(de)作(zuo)用。此外，無靶向代(dai)謝組(zu)學的(de)(de)結果顯(xian)示，在(zai)提高(gao)呼(hu)吸代(dai)謝的(de)(de)同(tong)時降低(di)Crabtree效應(ying)，可促進(jin)內源氨基酸和嘌呤(ling)等抗逆物質的(de)(de)積累，從而(er)(er)為(wei)2-PE的(de)(de)合成(cheng)提供(gong)更(geng)豐富的(de)(de)前(qian)體和輔因子來源。綜上(shang)所述，該策(ce)略為(wei)后續針對(dui)相關(guan)(guan)合成(cheng)途徑(jing)的(de)(de)強(qiang)化提供(gong)了研(yan)究基礎，并且也為(wei)S. cerevisiae非酒精產品的(de)(de)合成(cheng)提供(gong)了思路。

（2）IF=8.4！探索耐藥真菌(jun)的進化之路：FKS1突變在(zai)棘(ji)白菌(jun)素耐藥耳(er)念珠菌(jun)中的進化積累

發表期刊(kan)：Emerging Microbes & Infections

測序平臺(tai)：Illumina

分(fen)析內容(rong)：藥敏試驗、真菌(jun)重測(ce)序(xu)、系(xi)統發(fa)育分(fen)析、蛋(dan)白(bai)-蛋(dan)白(bai)互作網絡分(fen)析等(deng)

結(jie)果展示：

本(ben)研究收集并分析(xi)(xi)了4例(li)臨床病例(li)和(he)29株(zhu)與(yu)棘(ji)白(bai)(bai)菌(jun)(jun)(jun)(jun)素(su)(su)(su)耐(nai)(nai)(nai)(nai)藥(yao)(yao)(yao)性(xing)逐(zhu)步發(fa)展相(xiang)關的(de)(de)分離(li)株(zhu)，通過(guo)抗真菌(jun)(jun)(jun)(jun)藥(yao)(yao)(yao)物敏感性(xing)測試和(he)基(ji)因組測序(xu)來評(ping)估(gu)棘(ji)白(bai)(bai)菌(jun)(jun)(jun)(jun)素(su)(su)(su)耐(nai)(nai)(nai)(nai)藥(yao)(yao)(yao)性(xing)的(de)(de)演變(bian)。結果發(fa)現從接受棘(ji)白(bai)(bai)菌(jun)(jun)(jun)(jun)素(su)(su)(su)治(zhi)療的(de)(de)患(huan)者的(de)(de)泌尿系統中(zhong)分離(li)出6株(zhu)棘(ji)白(bai)(bai)菌(jun)(jun)(jun)(jun)素(su)(su)(su)最(zui)低抑菌(jun)(jun)(jun)(jun)濃度（MIC）升高的(de)(de)耳(er)念珠(zhu)菌(jun)(jun)(jun)(jun)菌(jun)(jun)(jun)(jun)株(zhu)和(he)7株(zhu)耐(nai)(nai)(nai)(nai)藥(yao)(yao)(yao)菌(jun)(jun)(jun)(jun)株(zhu)。同(tong)時(shi)，系統發(fa)育分析(xi)(xi)表(biao)明，這些(xie)棘(ji)白(bai)(bai)菌(jun)(jun)(jun)(jun)素(su)(su)(su)耐(nai)(nai)(nai)(nai)藥(yao)(yao)(yao)菌(jun)(jun)(jun)(jun)株(zhu)與(yu)同(tong)一患(huan)者中(zhong)的(de)(de)其他(ta)菌(jun)(jun)(jun)(jun)株(zhu)密切(qie)相(xiang)關。基(ji)因組數據顯示(shi)，這些(xie)棘(ji)白(bai)(bai)菌(jun)(jun)(jun)(jun)素(su)(su)(su)耐(nai)(nai)(nai)(nai)藥(yao)(yao)(yao)菌(jun)(jun)(jun)(jun)株(zhu)具有FKS1突(tu)變(bian)。此外，耳(er)念珠(zhu)菌(jun)(jun)(jun)(jun)中(zhong)的(de)(de)三類非同(tong)義突(tu)變(bian)SNP基(ji)因（如RBR3、IFF6、MKC1、MPH1、RAD2和(he)MYO1）似乎與(yu)光滑(hua)念珠(zhu)菌(jun)(jun)(jun)(jun)棘(ji)白(bai)(bai)菌(jun)(jun)(jun)(jun)素(su)(su)(su)耐(nai)(nai)(nai)(nai)藥(yao)(yao)(yao)性(xing)的(de)(de)三階段進(jin)化(hua)模型相(xiang)關：細(xi)胞(bao)壁應激、藥(yao)(yao)(yao)物適應和(he)遺傳逃逸（FKS突(tu)變(bian)）。本(ben)研究通過(guo)分析(xi)(xi)耳(er)念珠(zhu)菌(jun)(jun)(jun)(jun)分離(li)株(zhu)的(de)(de)全(quan)基(ji)因組微進(jin)化(hua)特征，獲得(de)對(dui)棘(ji)白(bai)(bai)菌(jun)(jun)(jun)(jun)素(su)(su)(su)耐(nai)(nai)(nai)(nai)藥(yao)(yao)(yao)性(xing)機(ji)制(zhi)的(de)(de)深入理解。

3、小基因組

（1）多功能藥(yao)用植物金(jin)盞(zhan)花(hua)的葉綠體基(ji)因組分析與進化研究

發表期刊：scientific report

測序(xu)平臺：Illumina

分析內容(rong)：葉綠體基因組denovo測序、系統發育分析、分化時間(jian)分析、IR邊界區(qu)分析等(deng)

結(jie)果展示(shi)：

本(ben)研(yan)究對金(jin)盞(zhan)花的(de)(de)(de)葉綠體基(ji)(ji)因組、系統發育關(guan)系、密碼子偏好性和(he)(he)分化(hua)(hua)時間進(jin)(jin)行全面分析(xi)，結果表明，這(zhe)些金(jin)盞(zhan)花、歐洲(zhou)金(jin)盞(zhan)花和(he)(he)南非萬壽菊(ju)之間存(cun)在密切的(de)(de)(de)進(jin)(jin)化(hua)(hua)關(guan)系，并且它們在共同環境選擇壓力的(de)(de)(de)作(zuo)用下發生了相似的(de)(de)(de)基(ji)(ji)因表達模式和(he)(he)遺傳(chuan)變(bian)異。此外(wai)，該研(yan)究還發現了某些特定(ding)(ding)基(ji)(ji)因的(de)(de)(de)進(jin)(jin)化(hua)(hua)特點，這(zhe)可(ke)能與金(jin)盞(zhan)花的(de)(de)(de)藥用價值有關(guan)。本(ben)研(yan)究不僅(jin)提高了對金(jin)盞(zhan)花基(ji)(ji)因組的(de)(de)(de)認識(shi)，還為探索其(qi)遺傳(chuan)多(duo)樣性和(he)(he)挖掘其(qi)巨大的(de)(de)(de)藥用潛力奠定(ding)(ding)了基(ji)(ji)礎。

（2）線粒(li)體基因(yin)組比(bi)較基因(yin)組分析揭秘癭螨(man)高級分類群的演(yan)化關系

發(fa)表期刊：BMC Biology

測序(xu)平臺(tai)：Illumina NovaSeq

分析內容：線(xian)粒體(ti)基因(yin)組測序、系(xi)統發育分析、分化(hua)時間估(gu)算(suan)、基因(yin)排列等

結果展(zhan)示：

本研究對(dui)153種癭(ying)螨的(de)(de)線(xian)粒(li)體(ti)基因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)進(jin)行了測序和(he)比較，研究結果首次證(zheng)明線(xian)粒(li)體(ti)基因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)變化(hua)的(de)(de)基因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)可以解(jie)決癭(ying)螨總科(ke)(ke)內(nei)部(bu)高級階元的(de)(de)分(fen)類系(xi)統(tong)。同(tong)時發現蛛形綱中多(duo)(duo)樣(yang)化(hua)的(de)(de)線(xian)粒(li)體(ti)基因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)排列模式(shi)與各個(ge)類群的(de)(de)進(jin)化(hua)速率(lv)呈正相關。本研究進(jin)一步推測癭(ying)螨總科(ke)(ke)起源于三疊紀，多(duo)(duo)樣(yang)性(xing)形成(cheng)于白堊(e)紀，與被子植物多(duo)(duo)樣(yang)性(xing)的(de)(de)形成(cheng)相吻合。該研究為(wei)利用線(xian)粒(li)體(ti)共享基因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)簇解(jie)決存在爭議(yi)的(de)(de)節(jie)肢(zhi)動物分(fen)類系(xi)統(tong)提供了直接證(zheng)據，為(wei)理解(jie)多(duo)(duo)樣(yang)化(hua)的(de)(de)線(xian)粒(li)體(ti)排列模式(shi)的(de)(de)誘因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)提供了嶄新的(de)(de)思路(lu)。

（3）短尾噬菌體(ti)A1432的基因組分析揭(jie)示Mesyanzhinovviridae新屬(shu)

發表期刊：Frontiers in Microbiology

測序(xu)平臺：Illumina NovaSeq

分析內容：噬菌體基(ji)因(yin)(yin)組測序、系統發育分(fen)析、比較基(ji)因(yin)(yin)組分(fen)析等

結果展示：

本研(yan)(yan)(yan)究對一株感染S. maltophilia YCR3A-1的(de)溶原性(xing)噬菌(jun)體(ti)A1432進行了(le)表(biao)(biao)征。透射電鏡(jing)顯(xian)(xian)示噬菌(jun)體(ti)A1432具有(you)二十面體(ti)頭和較短的(de)尾(wei)部結(jie)構。BLASTn分(fen)(fen)析顯(xian)(xian)示，噬菌(jun)體(ti)A1432基(ji)因(yin)(yin)(yin)組與NCBI數據庫中(zhong)的(de)Xanthomonas phage Xoo-sp2共享(xiang)最高相似度（81.46%），但覆蓋(gai)率為(wei)37%。該(gai)噬菌(jun)體(ti)含(han)有(you)雙鏈DNA，基(ji)因(yin)(yin)(yin)組長度為(wei)61,660 bp，GC含(han)量為(wei)61.92%，預測(ce)包含(han)79個開放閱讀框(kuang)和一個tRNA，沒(mei)有(you)毒力(li)或抗藥性(xing)基(ji)因(yin)(yin)(yin)。系統(tong)發(fa)(fa)育分(fen)(fen)析表(biao)(biao)明(ming)，噬菌(jun)體(ti)A1432屬于Bradleyvirinae亞家族(zu)，但其進化(hua)分(fen)(fen)支與其他(ta)成員明(ming)顯(xian)(xian)不同(tong)。進一步(bu)使用平均核苷(gan)酸(suan)同(tong)源性(xing)、蛋白質譜系統(tong)發(fa)(fa)育分(fen)(fen)析以及基(ji)因(yin)(yin)(yin)組網絡分(fen)(fen)析比較了(le)已知分(fen)(fen)離的(de)S. maltophilia噬菌(jun)體(ti)，結(jie)果表(biao)(biao)明(ming)這些噬菌(jun)體(ti)之(zhi)間存在顯(xian)(xian)著的(de)遺傳多樣性(xing)。本研(yan)(yan)(yan)究將有(you)助于進一步(bu)了(le)解它(ta)們(men)的(de)形(xing)態學和遺傳多樣性(xing)的(de)研(yan)(yan)(yan)究，并闡明(ming)導致它(ta)們(men)進化(hua)的(de)演(yan)化(hua)機制。

文章索引：

1.Jiu, ST, et al. Haplotype-resolved genome assembly for tetraploid Chinese cherry (Prunus pseudocerasus) offers insights into fruit firmness.Hortic Res.2024 Jul 8;11(7):uhae142.

2.Xie, Sai, et al. Lskipk Lsatpase double mutants are necessary and sufficient for the compact plant architecture of butterhead lettuce.Horticulture Research, 2024, 11: uhad280.

3.Li, X., Han, B., Liu, D. et al. Whole-genome resequencing to investigate the genetic diversity and mechanisms of plateau adaptation in Tibetan sheep. J Animal Sci Biotechnol ,2024, 15: 164 .

4.Liu, P, et al. Population genomic analysis reveals key genetic variations and the driving force for embryonic callus induction capability in maize, Journal of Integrative Agriculture, 2024, 23(7): 2178-2195.

5.Liu, Hongmao, et al. Prevalence of ST1049-KL5 carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae with a bla KPC-2 and bla NDM-1 co-carrying hypertransmissible IncM1 plasmid. Communications Biology 7.1 (2024): 695.

6.Li, JL, et al. Identification of an efficient phenanthrene-degrading Pseudarthrobacter sp. L1SW and characterization of its metabolites and catabolic pathway .J Hazard Mater.2024 Mar 5:465:133138.

7.Wei J, Luo J, Yang F, et al. Cultivated Enterococcus faecium B6 from children with obesity promotes nonalcoholic fatty liver disease by the bioactive metabolite tyramine. Gut Microbes. 2024, 16(1):2351620.

8.Sheng Y, Zhang S, Li X, et al. Phenotypic and genomic insights into mutant with high nattokinase-producing activity induced by carbon ion beam irradiation of Bacillus subtilis. Int J Biol Macromol. 2024, 271:132398.

9.Yang, C.H. et al., Unveiling the mechanism of efficient β-phenylethyl alcohol conversion in wild-type Saccharomyces cerevisiae WY319 through multi-omics analysis. Biotechnology Journal, 2024.

10.Tian S, Wu Y, Li H, Rong C, Wu N, Chu Y, Jiang N, Zhang J, Shang H. Evolutionary accumulation of FKS1 mutations from clinical echinocandin-resistant Candida auris. Emerg Microbes Infect. 2024 Dec;13(1):2377584.

11.Zhang N, Huang K, Xie P, Deng A, Tang X, Jiang M, Mo P, Yin H, Huang R, Liang J, He F, Liu Y, Hu H, Wang Y. Chloroplast genome analysis and evolutionary insights in the versatile medicinal plant Calendula officinalis L. Sci Rep. 2024 Apr 26;14(1):9662.

12.Zhang Q, Lu YW, Liu XY, Li Y, Gao WN, Sun JT, Hong XY, Shao R, Xue XF. Phylogenomics resolves the higher-level phylogeny of herbivorous eriophyoid mites (Acariformes: Eriophyoidea). BMC Biol. 2024 Mar 22;22(1):70.

13.Li S, et al., Characterization and genomic analysis of a lytic Stenotrophomonas maltophilia short-tailed phage A1432 revealed a new genus of the family Mesyanzhinovviridae. Front. Microbiol, 2024, 15.