2017-03-29
紅鰭東方鲀（Takifugu rubripes）為重要的海水養殖經濟魚類，肉質細嫩、味道鮮美，蛋白質含量高，營養含量豐富。地理位置多分布于黃海、渤海和日本海域。是一種可以進行養殖的鲀科魚類中的優良品種。紅鰭東方鲀為研究魚類受精、性別決定、性發育的經典模式生物。關于紅鰭東方鲀性腺分子機制的報道較少，尚未通過組學的手段對性腺的分子機制進行研究。
今年2月，大連海洋大學仇雪梅教授課題組在Comparative Biochemistry and Physiology, Part D雜志發表一篇題為Comparative RNA-Seq analysis of differentially expressed genes in the testis and ovary of Takifugu rubripes的文章，通過轉錄組學的方法，探討性腺發育的分子機制。
1. 研究(jiu)目的
本文(wen)分別對(dui)紅鰭(qi)東方鲀(tun)的(de)精巢(chao)和卵(luan)巢(chao)開展轉錄組(zu)學研究，探(tan)討(tao)紅鰭(qi)東方鲀(tun)精巢(chao)和卵(luan)巢(chao)的(de)RNA層面的(de)差(cha)異，并(bing)關注(zhu)差(cha)異表達基因(yin)的(de)分子功能。本研究也為紅鰭(qi)東方鲀(tun)的(de)基因(yin)組(zu)學數據庫提供了寶貴的(de)資源。
2. 研究方法(fa)
分別收(shou)集紅鰭東方鲀精巢和卵巢做為供試樣本，各為一(yi)組，采用Illumina Nextseq500測序(xu)平(ping)臺。對(dui)經過質量控制的(de)數(shu)據首先基因功能注釋，并進行差異表達富集分析，熒(ying)光定量PCR驗證及cSNP分析。
3. 分析結果
本(ben)研究共有18,523個基(ji)因(yin)被注(zhu)釋，精巢(chao)(chao)和(he)(he)卵(luan)巢(chao)(chao)兩組相(xiang)比(bi)，共有680個差異表達(da)基(ji)因(yin)。在(zai)精巢(chao)(chao)中(zhong)，發現(xian)(xian)556個基(ji)因(yin)表達(da)量出(chu)現(xian)(xian)顯著上(shang)調；在(zai)卵(luan)巢(chao)(chao)中(zhong)，發現(xian)(xian)124個基(ji)因(yin)表達(da)量出(chu)現(xian)(xian)顯著上(shang)調。GO和(he)(he)KEGG代(dai)謝(xie)通路(lu)分析證(zheng)實這(zhe)些差異基(ji)因(yin)所翻譯的蛋白(bai)參與信號轉導和(he)(he)性腺發育。轉錄組測序的基(ji)因(yin)變(bian)化(hua)(hua)與qPCR的基(ji)因(yin)變(bian)化(hua)(hua)關系基(ji)本(ben)一致。在(zai)精巢(chao)(chao)中(zhong)，作(zuo)者(zhe)發現(xian)(xian)23,879個cSNP位點，卵(luan)巢(chao)(chao)中(zhong)有55,675個。
該研究轉錄組測(ce)序(xu)及信息分析(xi)工作由上(shang)海派森諾(nuo)生物科(ke)技(ji)股份有限公司完成。
