denovo測序常(chang)見問題(ti)

Q1: denovo基因組(zu)組(zu)裝一定要做Survey？

對于(yu)沒有參考(kao)基(ji)(ji)因(yin)組的物種，在啟(qi)動denovo項目之前，對基(ji)(ji)因(yin)組特征評估是十分必要的，基(ji)(ji)因(yin)組大小及復雜(za)狀況直接(jie)影響(xiang)到基(ji)(ji)因(yin)組組裝策(ce)略、測序數據量、完成周期等。

Q2：怎(zen)樣評估研究物種的基因組大小？

(1) 網站查(cha)詢：查(cha)詢植(zhi)物基因組(zu)大小的網站：//data.kew.org/cvalues；查(cha)詢動物基因組(zu)大小的網站：//www.genomesize.com；

(2) 流(liu)式(shi)細(xi)胞儀(yi)方法：流(liu)式(shi)細(xi)胞儀(yi)是目(mu)前比較常用(yong)的估計基(ji)因組大小(xiao)的實驗方法；

(3) Survey評(ping)估(gu)：即(ji)將測序得到的(de)(de)(de)reads打斷(duan)成(cheng)K-mer，通(tong)過(guo)K-mer分(fen)析，從數學的(de)(de)(de)角度評(ping)估(gu)基因組的(de)(de)(de)大小，雜(za)合(he)以及重復(fu)等(deng)(deng)信息(xi)。并進行初(chu)步組裝，從初(chu)步組裝的(de)(de)(de)Contig的(de)(de)(de)GC分(fen)布(bu)圖上，判斷(duan)該物種是否(fou)有污(wu)染等(deng)(deng)信息(xi)，從而為(wei)后續組裝策(ce)略的(de)(de)(de)制定提(ti)供可靠(kao)的(de)(de)(de)依(yi)據(ju)。

Q3：如(ru)何保證組裝(zhuang)結果(guo)的可靠性？

對于組(zu)(zu)裝(zhuang)的結果(guo)，除了(le)保(bao)證Contig N50和Scaffold N50兩項指標外(wai)，還需要對組(zu)(zu)裝(zhuang)質量(liang)進行評(ping)(ping)(ping)估(gu)。如(ru)利用(yong)EST數(shu)(shu)據和 RNA 數(shu)(shu)據進行完整性(xing)評(ping)(ping)(ping)估(gu)，即(ji)評(ping)(ping)(ping)估(gu)組(zu)(zu)裝(zhuang)出(chu)來(lai)的基(ji)因(yin)的完整性(xing)；利用(yong)BAC數(shu)(shu)據檢驗(yan)是否有裝(zhuang)斷或裝(zhuang)錯的情況，以(yi)及利用(yong)保(bao)守基(ji)因(yin)評(ping)(ping)(ping)估(gu)（CEGAM評(ping)(ping)(ping)估(gu)／BUSCO評(ping)(ping)(ping)估(gu)）基(ji)因(yin)組(zu)(zu)組(zu)(zu)裝(zhuang)的完整性(xing)。

Q4：Survey 和(he)基因組denovo所用DNA是否(fou)需要一樣的(de)？

原則上進行Survey和denovo使用的DNA是來自一(yi)(yi)(yi)個(ge)個(ge)體(ti)的。如果DNA量不足(zu)以(yi)滿足(zu)整個(ge)denovo項目，則建議(yi)小片(pian)(pian)段文(wen)庫的DNA必(bi)須來自同一(yi)(yi)(yi)個(ge)體(ti)，大(da)片(pian)(pian)段文(wen)庫使用同一(yi)(yi)(yi)群體(ti)的另一(yi)(yi)(yi)個(ge)個(ge)體(ti)。

Q5：denovo分析的內容有哪些？

(1) 基因組概況：重復序列、轉座子、編碼基因、非編碼 RNA；

(2) 比較基(ji)因(yin)組學(xue)（包(bao)括(kuo)基(ji)因(yin)家(jia)族(zu)分析：venn圖、基(ji)因(yin)家(jia)族(zu)擴(kuo)張/收縮、擴(kuo)張基(ji)因(yin)家(jia)族(zu)功(gong)能富集分析；共線性(xing)(xing)分析；單(dan)拷貝基(ji)因(yin)蛋白序(xu)列一致性(xing)(xing)）

(3) 系(xi)統演化分析(xi)（包括系(xi)統發育(yu)地位、有效群體大小(xiao)估計、物種(zhong)(zhong)分化時間(jian)估算、全基因(yin)組(zu)復制分析(xi) (WGD)、新物種(zhong)(zhong)鑒定(ding)）

(4) 物種(zhong)特異性分(fen)析(xi)（例如榴蓮揮發性硫化(hua)物分(fen)析(xi)、大熊(xiong)貓小熊(xiong)貓協同進化(hua)分(fen)析(xi)等）。

BSA常(chang)見問題

Q1：做BSA需要哪些準備？

(1) 性(xing)狀差異明顯的親本；

(2) 分離群體（F2、RIL、BC 等）中能夠(gou)準確(que)的選出極端個體（表型(xing)鑒定一定要準確(que)）構建混池；

(3) 有合(he)適的參考(kao)基因組信息。

Q2：做 BSA 適合的群體類型有哪些？

遺(yi)傳群(qun)體(ti)(ti)的(de)(de)構建類(lei)型(xing)有很多種，其中F2、BC、RIL為常見的(de)(de)可做(zuo)BSA的(de)(de)群(qun)體(ti)(ti)，DH也可?于(yu)BSA性(xing)狀定位，但由于(yu)構建困難(nan)，不常見。RIL、DH等(deng)永久性(xing)分(fen)(fen)離群(qun)體(ti)(ti)優于(yu)F2、BC等(deng)暫時性(xing)分(fen)(fen)離群(qun)體(ti)(ti)。此外(wai)，F1代僅用于(yu)林木或魚類(lei)等(deng)親本(ben)雜(za)合度較高的(de)(de)物種中基因的(de)(de)定位。用F1群(qun)體(ti)(ti)進行BSA分(fen)(fen)析風險較高，可能(neng)出現較多的(de)(de)假陽性(xing)，甚至會(hui)出現無法定位出候選區域的(de)(de)情況。

Q3：BSA樣品準備時，DNA量(liang)需(xu)要多(duo)少，有什么質(zhi)量(liang)要求(qiu)？

每個樣(yang)(yang)本DNA要(yao)求：每次(ci)建庫需要(yao)準備(bei)樣(yang)(yang)品2μg，請(qing)提(ti)供2次(ci)制備(bei)的(de)量。樣(yang)(yang)品濃(nong)度>20ng/μl；OD260/280 介于1.8-2.0，無肉(rou)眼可見污染；基因組完整、無降解(jie)，電泳中DNA主(zhu)帶應大于23kb。樣(yang)(yang)品選擇：對于植物樣(yang)(yang)品建議選取黑暗培養(yang)的(de)黃化苗(miao)或嫩苗(miao)；動物樣(yang)(yang)品應選擇肌肉(rou)、血等脂肪含量較少的(de)組織進行取樣(yang)(yang)。

Q4：只測 2 個(ge)子代池是否可(ke)行？

可以(yi)，但容(rong)易(yi)產生假陽(yang)性位(wei)點。如(ru)果研(yan)究(jiu)性狀為(wei)(wei)EMS誘變的(de)(de)質(zhi)量(liang)(liang)性狀，同時所研(yan)究(jiu)物種已有組(zu)(zu)裝質(zhi)量(liang)(liang)較(jiao)好的(de)(de)參考(kao)基(ji)因組(zu)(zu)，研(yan)究(jiu)品系親本為(wei)(wei)普通(tong)野生型，與參考(kao)基(ji)因組(zu)(zu)品系為(wei)(wei)相同生態型的(de)(de)情(qing)況下，是(shi)(shi)可以(yi)只(zhi)測(ce)2個子代池的(de)(de)。但是(shi)(shi)一(yi)般(ban)情(qing)況下，由于參考(kao)基(ji)因組(zu)(zu)和(he)所研(yan)究(jiu)品種之間原(yuan)本就可能(neng)存(cun)在較(jiao)大的(de)(de)差(cha)異，會(hui)導(dao)致出(chu)現大量(liang)(liang)假陽(yang)性SNP，還是(shi)(shi)推薦對(dui)2個親本和(he) 2 個子代池都進(jin)行(xing)測(ce)序，盡可能(neng)排除背景噪聲，減少假陽(yang)性位(wei)點。

Q5：如何確定子代池樣(yang)本數量以及測序深度？

在《User guide for mapping-by-sequencing in Arabidopsis》中，作(zuo)者對混池(chi)個(ge)體(ti)數以(yi)及測(ce)序(xu)深度對候選(xuan)基因(yin)數量的影響進行了(le)評估。結果(guo)顯示，當子(zi)代個(ge)數超過(guo)30個(ge)，測(ce)序(xu)深度大于(yu)30X之(zhi)后，定位出候選(xuan)基因(yin)的數量趨于(yu)穩定。同時基于(yu)多篇(pian)文獻的報導，推(tui)薦(jian)個(ge)體(ti)數≥ 30 個(ge)/池(chi)，測(ce)序(xu)深度：每個(ge)親本≥ 20X，每個(ge)子(zi)代池(chi)≥ 30X。

Q6：候選(xuan)基(ji)因如何確定(ding)？

在(zai)整(zheng)個基(ji)因組范圍內挑選(xuan)候(hou)選(xuan)SNP和InDel，挑選(xuan)?代池中SNP-index接(jie)近0的(de)(de)(de)位(wei)點(dian)或者接(jie)近1的(de)(de)(de)位(wei)點(dian)作為SNP、InDel候(hou)選(xuan)位(wei)點(dian)。根據(ju)候(hou)選(xuan)位(wei)點(dian)的(de)(de)(de)注釋信息，優(you)先挑選(xuan)引起?同義突(tu)變或者可變剪接(jie)位(wei)點(dian)或者移碼(ma)突(tu)變的(de)(de)(de)位(wei)點(dian)，這些位(wei)點(dian)所(suo)在(zai)的(de)(de)(de)基(ji)因作為候(hou)選(xuan)基(ji)因。

Q7：定位到的候(hou)選區(qu)間很大（大于幾兆），或出現多(duo)個候(hou)選區(qu)間，怎么辦？

沒測親本、目標性狀考察不準確或者目標性狀是由多基因或微效(xiao)QTL控制(zhi)的(de)數量性狀都會導致該(gai)結果。常(chang)見篩選(xuan)?法如下：

1）利(li)(li)用marker assistant SSR/InDel/SNP等分子標記輔助篩選(xuan)，利(li)(li)用雙親或兩個混(hun)池個體間基因型的多態(tai)性將候選(xuan)區間范圍進一步縮(suo)小(xiao)；

2）根據(ju)基(ji)因(yin)功能注釋(shi)結果篩選，找到的幾十個基(ji)因(yin)不一定都和研(yan)究的性狀相關，去(qu)除(chu)無關基(ji)因(yin)；

3）結合(he)已發表的遺傳圖譜QTL定位的結果，將候選區間縮小；

4）構建更大的(de)群(qun)體進行(xing)定(ding)位，增加取樣數，增加測(ce)序(xu)深度；

5）通過多組重復實驗，取(qu)交(jiao)集。

群體進化(hua)常見問題(ti)

Q1：群體進(jin)化研究的群體選(xuan)擇標(biao)準？

對(dui)所研(yan)究(jiu)物種(zhong)的(de)各個(ge)(ge)(ge)亞群(qun)(qun)，要(yao)求盡量亞群(qun)(qun)間劃分明顯，同(tong)一(yi)(yi)亞群(qun)(qun)內的(de)個(ge)(ge)(ge)體要(yao)有一(yi)(yi)定代(dai)表性(xing)。如(ru)研(yan)究(jiu)馴化(hua)機制，則需要(yao)選(xuan)取野生型、馴化(hua)型樣本(ben)；如(ru)研(yan)究(jiu)適應性(xing)進(jin)化(hua)，則需要(yao)選(xuan)取不同(tong)地理(li)環境、不同(tong)海拔高度的(de)樣本(ben)；如(ru)研(yan)究(jiu)種(zhong)群(qun)(qun)歷史，需要(yao)在(zai)物種(zhong)的(de)可能起(qi)源(yuan)地以及各個(ge)(ge)(ge)分布(bu)區域進(jin)行選(xuan)材。

Q2：群體大小選擇(ze)有(you)什么要求(qiu)？

通常至(zhi)少需(xu)要三個亞群/亞種(zhong)(zhong)，每(mei)個亞群選取10個樣(yang)本左右（推薦動物(wu)(wu)≥10個，植物(wu)(wu)≥ 15個，珍(zhen)稀物(wu)(wu)種(zhong)(zhong)可適當減少個體(ti)），總體(ti)建議不少于 30 個樣(yang)本。

Q3：每個群體取 10 個樣本與每個群體取 15 個樣本的區(qu)別有(you)多大？

一般認為群(qun)體的(de)(de)個(ge)(ge)數(shu)越(yue)(yue)多越(yue)(yue)能代表(biao)這(zhe)個(ge)(ge)群(qun)體的(de)(de)全部信(xin)(xin)息(xi)。15 個(ge)(ge)樣(yang)本的(de)(de)群(qun)體所代表(biao)的(de)(de)群(qun)體信(xin)(xin)息(xi)肯定是大(da)于10個(ge)(ge)樣(yang)品。綜合考(kao)慮項目(mu)成(cheng)本和分析(xi)效(xiao)果(guo)，建議動物(wu)取10個(ge)(ge)以上，植物(wu)取15個(ge)(ge)以上，這(zhe)樣(yang)的(de)(de)性(xing)價(jia)比應(ying)該(gai)是最高(gao)的(de)(de)。

Q4：針(zhen)對(dui)群體遺傳進化，測序深度一般有什么要求？

綜合考(kao)慮項目成(cheng)本(ben)(ben)及(ji)結果準(zhun)確性(xing)，建(jian)議群(qun)(qun)體進(jin)(jin)化(hua)研究的(de)(de)測序(xu)(xu)(xu)(xu)深(shen)(shen)度(du)(du)不低于(yu)(yu)10X。隨(sui)著測序(xu)(xu)(xu)(xu)成(cheng)本(ben)(ben)降(jiang)低及(ji)分析方(fang)法成(cheng)熟，高深(shen)(shen)度(du)(du)測序(xu)(xu)(xu)(xu)應用越(yue)來越(yue)普遍：對于(yu)(yu)某些亞群(qun)(qun)的(de)(de)關鍵個體可以進(jin)(jin)行(xing) 50X高深(shen)(shen)度(du)(du)測序(xu)(xu)(xu)(xu)，建(jian)立該(gai)群(qun)(qun)體高質量(liang)變異(yi)數據庫(ku)，進(jin)(jin)行(xing)CNV等大結構(gou)變異(yi)檢測及(ji)差(cha)異(yi)比較；或者(zhe)對群(qun)(qun)體的(de)(de)每(mei)個個體加深(shen)(shen)測序(xu)(xu)(xu)(xu)深(shen)(shen)度(du)(du)進(jin)(jin)行(xing)基(ji)于(yu)(yu)CNV的(de)(de)選擇消除(chu)分析等，來挖掘大結構(gou)變異(yi)導致的(de)(de)進(jin)(jin)化(hua)及(ji)性(xing)狀形成(cheng)機制。

Q5：群體進(jin)化分(fen)析，需要知道哪(na)些樣品信息？

需(xu)要(yao)(yao)知道(dao)目標物種有(you)無參考基(ji)因組，樣(yang)本分為哪(na)些群(qun)體(ti)（種/亞種/變種/變型/居群(qun)/品(pin)種/品(pin)系）；主要(yao)(yao)研究(jiu)目的(de)（適應性(xing)研究(jiu)/種群(qun)歷史研究(jiu)/種群(qun)遷(qian)移研究(jiu)/種間雜交(jiao)研究(jiu)等(deng)）。此(ci)外還有(you)樣(yang)品(pin)取樣(yang)地信息(xi)（經緯度、海(hai)拔、地區等(deng)）。在進行(xing)選(xuan)擇性(xing)消(xiao)除時，可(ke)能需(xu)要(yao)(yao)提供樣(yang)品(pin)的(de)表(biao)型性(xing)狀信息(xi)。

Q6：如(ru)何理解選擇性清除(chu)分(fen)析？

選(xuan)擇(ze)(ze)消除現象(xiang)（Selective sweep）是由于某一(yi)點(dian)(dian)(dian)受到(dao)強選(xuan)擇(ze)(ze)后(hou)，其(qi)周圍(wei)位(wei)點(dian)(dian)(dian)的多(duo)(duo)態性(xing)(xing)因(yin)受該位(wei)點(dian)(dian)(dian)牽連(lian)而發生多(duo)(duo)態性(xing)(xing)降低(di)的現象(xiang)。當某個位(wei)點(dian)(dian)(dian)發生突(tu)變，突(tu)變后(hou)的位(wei)點(dian)(dian)(dian)因(yin)對物種在(zai)特定(ding)的情況(kuang)下有利或者(zhe)受到(dao)了(le)人為的選(xuan)擇(ze)(ze)，那(nei)么該突(tu)變位(wei)點(dian)(dian)(dian)在(zai)群體(ti)中的頻率(lv)必然提(ti)高，但是其(qi)附近和它處在(zai)同一(yi)個單體(ti)型或者(zhe)block的其(qi)他多(duo)(duo)態性(xing)(xing)位(wei)點(dian)(dian)(dian)同樣(yang)跟著受到(dao)了(le)選(xuan)擇(ze)(ze)，頻率(lv)提(ti)高，也就是該單體(ti)型內其(qi)他多(duo)(duo)態位(wei)點(dian)(dian)(dian)的某一(yi)多(duo)(duo)肽(tai)型大(da)大(da)提(ti)高，從而降低(di)了(le)周圍(wei)區(qu)域的多(duo)(duo)態性(xing)(xing)。

Q7：群(qun)體進化(hua)怎(zen)樣與其他(ta)項目聯合分析？

群體進(jin)(jin)化(hua)可以與(yu)全(quan)基因組(zu)關聯分析結合，研(yan)究(jiu)進(jin)(jin)化(hua)中受選擇位(wei)點與(yu)表型性狀的關聯；群體進(jin)(jin)化(hua)與(yu)地質環境分析結合，研(yan)究(jiu)種(zhong)群演化(hua)歷史與(yu)古氣候變化(hua)的關系；群體進(jin)(jin)化(hua)與(yu)比(bi)較基因組(zu)學分析結合，從宏觀(guan)和微觀(guan)的尺度研(yan)究(jiu)物種(zhong)形成及其種(zhong)群分化(hua)。

遺傳圖譜常見問題

Q1：影響遺傳圖譜上圖標(biao)記數的因素有哪些？

遺傳圖譜(pu)項目最(zui)終(zhong)上圖標(biao)記數(shu)受各種因素影響，如基因組大(da)小，測序策略，分(fen)離群(qun)體類(lei)型，親(qin)本(ben)純合度，SNP 密度，SNP 標(biao)記過濾參數(shu)等。根據相應的測序方案和過濾標(biao)準，可以歸結(jie)為以下幾點：

(1) 親(qin)本間多態(tai)(tai)性 SNP 數量（即要(yao)求親(qin)本間要(yao)有一定的多態(tai)(tai)性）；

(2) 符合(he)分(fen)(fen)離群(qun)(qun)體(ti)(ti)(ti)類(lei)型的標(biao)記比例（與親(qin)本(ben)純(chun)合(he)度(du)有關(guan)）：BC1、F2、RILs 分(fen)(fen)離群(qun)(qun)體(ti)(ti)(ti)多在(zai) 70% 以上(shang)；高(gao)雜合(he)的親(qin)本(ben)（純(chun)合(he)度(du)低于 50% 的親(qin)本(ben)）一般用 F1 分(fen)(fen)離群(qun)(qun)體(ti)(ti)(ti)構圖；

(3) SNP 過濾(lv)(lv)標準：一(yi)般為(wei)SNP的缺失率不大(da)于(yu)(yu)25%，偏(pian)分離(li)檢測 p＜0.05，標記(ji)質量(liang)一(yi)般大(da)于(yu)(yu)5X。過濾(lv)(lv)標準可以根據(ju)項目具體(ti)情況(kuang)調節。

Q2：構建(jian)遺傳圖(tu)譜，如何選(xuan)擇作圖(tu)親本(ben)及(ji)所需群體大小？

首先(xian)，親(qin)本(ben)間基因組(zu)多態(tai)性要(yao)高，一般異交作(zuo)物的(de)(de)多態(tai)性高于自交作(zuo)物；其(qi)次，親(qin)本(ben)盡可能為(wei)純(chun)度(du)(du)高的(de)(de)材料，若親(qin)本(ben)雜合度(du)(du)高（如(ru)林(lin)木類），要(yao)采用F1群體(ti)構(gou)圖方案；最后，親(qin)本(ben)雜交后代需具有可育性，并且群體(ti)大小決(jue)定著遺傳圖譜(pu)的(de)(de)檢測(ce)效率，群體(ti)越大，檢測(ce)效果越好。一般情況(kuang)，樣本(ben)數≥200個(ge)時，能構(gou)建較(jiao)為(wei)精(jing)確的(de)(de)遺傳圖譜(pu)。

Q3：構(gou)建遺傳圖譜，對(dui)親本及子代測(ce)序深度有何(he)要求？

參考測序(xu)深度(du)是(shi)衡(heng)量分子標記可(ke)靠性的一個標準。一般情(qing)況下，親本推薦(jian)各測10-20×，子代(dai)測序(xu)深度(du)與(yu)測序(xu)方式有關，一般重(zhong)測序(xu)要(yao)求5X以上。

Q4：親(qin)本(ben)和(he)參考基(ji)因(yin)組是一(yi)個品種(zhong)，是否需要(yao)重(zhong)新對親(qin)本(ben)進(jin)行測序？

需要。即(ji)使(shi)是同(tong)一(yi)個品(pin)種(zhong)(zhong)，不同(tong)來源(yuan)的種(zhong)(zhong)質(zhi)可能存在很多未知(zhi)的差異。如(ru)水稻品(pin)種(zhong)(zhong)9311，不同(tong)來源(yuan)的 9311 表現出明顯不一(yi)致的表型，比(bi)如(ru)有(you)的有(you)芒，有(you)的無芒。所以(yi)(yi)這種(zhong)(zhong)情況下(xia)，建(jian)議老(lao)師重測，但(dan)是測序深(shen)度(du)可以(yi)(yi)稍微降低些。

Q5：遺傳圖(tu)譜中的QTL定(ding)位(wei)(wei)與BSA定(ding)位(wei)(wei)，二者區別是什么？

遺傳圖(tu)譜需(xu)要對每個(ge)個(ge)體(ti)測(ce)序(xu)，可(ke)以檢(jian)測(ce)到(dao)所有的(de)QTL位(wei)點(dian)；BSA是挑選(xuan)極端(duan)性狀(zhuang)的(de)樣(yang)本進行混池測(ce)序(xu)，僅(jin)能(neng)檢(jian)測(ce)到(dao)主效的(de)QTL位(wei)點(dian)。

Q6：用于(yu)QTL定位的表型(xing)數(shu)據是否必須滿足正態分布嗎？

大部分(fen)(fen)QTL定位方(fang)法只是要(yao)求(qiu)表(biao)(biao)型數(shu)(shu)(shu)據(ju)中的隨機誤差項服(fu)從正態分(fen)(fen)布，并沒有要(yao)求(qiu)表(biao)(biao)型數(shu)(shu)(shu)據(ju)滿足正態分(fen)(fen)布。數(shu)(shu)(shu)量性(xing)狀(zhuang)只有在多基因假(jia)說(shuo)下才真正符合正態分(fen)(fen)布，一般情(qing)況(kuang)下，表(biao)(biao)型數(shu)(shu)(shu)據(ju)呈(cheng)非正態分(fen)(fen)布并不(bu)影響QTL定位。

GWAS常(chang)見問(wen)題

Q1：對于多(duo)年多(duo)點(dian)重復實驗材(cai)料(liao)，需要提取所(suo)有(you)材(cai)料(liao)的DNA嗎？

對于作物(wu)材料存在自(zi)交種(zhong)和雜(za)交種(zhong)：（1）自(zi)交種(zhong)一(yi)(yi)(yi)般接近(jin)純合，已經非常穩定，一(yi)(yi)(yi)個樣本(ben)就(jiu)可以(yi)代表(biao)一(yi)(yi)(yi)個品(pin)種(zhong)的(de)(de)遺傳(chuan)信(xin)息，所(suo)以(yi)自(zi)交種(zhong)的(de)(de)樣本(ben)只(zhi)需(xu)選擇(ze)一(yi)(yi)(yi)個地點的(de)(de)一(yi)(yi)(yi)株材料進行(xing) DNA提(ti)取即可；（2）雜(za)交種(zhong)也(ye)是如此，品(pin)種(zhong)都具有特異(yi)性 (Distinctness)、一(yi)(yi)(yi)致性 (Uniformity) 和穩定性(Stability)，所(suo)選的(de)(de)材料如果(guo)是品(pin)種(zhong)，則具有一(yi)(yi)(yi)致性和穩定性，即一(yi)(yi)(yi)株材料可以(yi)代表(biao)該品(pin)種(zhong)的(de)(de)遺傳(chuan)信(xin)息，所(suo)以(yi)雜(za)交種(zhong)也(ye)只(zhi)需(xu)選擇(ze)提(ti)取一(yi)(yi)(yi)個地點的(de)(de)一(yi)(yi)(yi)株材料進行(xing)DNA提(ti)取即可。

Q2：GWAS所需(xu)的最(zui)低樣(yang)本(ben)數和測序(xu)深(shen)度是(shi)多少？

全基因組(zu)關聯分析主要針對的是自然群體(ti)，群體(ti)越(yue)大，檢(jian)測效率(lv)越(yue)高。目前 GWAS 產品建議樣本數在200個以上，測序深(shen)度至(zhi)少(shao)10X以上。

Q3：GWAS分析對表型選擇有什么要求？

選(xuan)擇遺(yi)(yi)傳力較(jiao)高的(de)表(biao)(biao)(biao)型，遺(yi)(yi)傳度低(di)(di)的(de)表(biao)(biao)(biao)型會降低(di)(di)遺(yi)(yi)傳學關聯研(yan)究的(de)準確度。性狀(zhuang)優于疾病(bing)（表(biao)(biao)(biao)型）：疾病(bing)（表(biao)(biao)(biao)型）的(de)狀(zhuang)態模糊不清(qing)，很難(nan)測量，有時則(ze)會出現(xian)多種(zhong)疾病(bing)（表(biao)(biao)(biao)型）混雜(za)在(zai)一(yi)起而難(nan)以判(pan)斷(duan)。數(shu)量性狀(zhuang)要(yao)選(xuan)擇測量簡單準確并(bing)且遺(yi)(yi)傳力相對較(jiao)高的(de)，以增加(jia)分析結(jie)果(guo)的(de)可信度。

Q4：如何(he)降低分(fen)析結果的假陽性？

在全(quan)基因(yin)組(zu)關聯分(fen)析(xi)中，前期對樣(yang)本(ben)的(de)(de)采集(ji)情況（表型(xing)分(fen)布均(jun)勻，環(huan)境一致）會對后續(xu)分(fen)析(xi)的(de)(de)假(jia)陽性(xing)結(jie)果(guo)(guo)存在最大的(de)(de)影響，在分(fen)析(xi)過(guo)程中會采用如下方法降低(di)分(fen)析(xi)結(jie)果(guo)(guo)的(de)(de)假(jia)陽性(xing)：

(1) 結合群體分(fen)層信息，利用混合線性(xing)模型(xing)，對結果(guo)進(jin)行校正；

(2) 必(bi)要時還會(hui)采(cai)取多種線性(xing)模(mo)型(xing)進行分(fen)析降低假陽性(xing)；

(3) 采用Bonferroni校正(zheng)(zheng)法來校正(zheng)(zheng)GWAS分(fen)析中多重(zhong)假(jia)(jia)設檢驗后的(de) P 值以降低假(jia)(jia)陽(yang)性(xing)的(de)概率。

Q5：研究不同性狀可在一個個體上交叉嗎？

不同性狀(zhuang)可在(zai)同一個(ge)個(ge)體上交叉，如以株高和顏色(se)性狀(zhuang)劃分(fen)群(qun)體，兩個(ge)群(qun)體間會有(you)重疊的個(ge)體存在(zai)，不影(ying)響分(fen)析的結果。

Q6：自然群體GWAS的一般研究策略有哪些？

(1) 復雜性狀定位到單基因(yin)水平，獲得目標性狀相關的功能標記(ji)；

(2) GWAS和(he)群體進(jin)化結(jie)合，對(dui)控制(zhi)目標(biao)性狀的候選基(ji)因進(jin)行(xing)精準定位；

(3) GWAS和QTL互補定位(wei)目標性狀的候(hou)選基(ji)因。

Q7：客戶(hu)提供(gong)代謝組數據，是否(fou)可以(yi)用來做關(guan)聯分析？

可以，基(ji)因表(biao)(biao)達 GWAS（eGWAS）、代謝(xie)組 GWAS（mGWAS）、蛋白組 GWAS （pGWAS ）等，是從表(biao)(biao)型(xing)(xing)(xing)的角度對 GWAS 方法進(jin)行(xing)的優化，通過(guo)將從基(ji)因到生態(tai)表(biao)(biao)型(xing)(xing)(xing)過(guo)程中的基(ji)因表(biao)(biao)達，代謝(xie)物作為分子表(biao)(biao)型(xing)(xing)(xing)與SNP等基(ji)因型(xing)(xing)(xing)進(jin)行(xing)關聯(lian)，這種方法和常規(gui)表(biao)(biao)型(xing)(xing)(xing)的GWAS分析方法原理(li)、軟(ruan)件模型(xing)(xing)(xing)都一樣。

更多相關問題可咨詢派森諾，全(quan)程專業服(fu)務！

派森諾動植物領域項(xiang)目經(jing)驗豐富(fu)