2025-01-13
拿(na)到(dao)轉錄(lu)組的(de)數(shu)據，辛(xin)辛(xin)苦苦數(shu)據挖掘后，該如何獲(huo)取(qu)目的(de)基因的(de)CDS信息去做qPCR驗證呢？今(jin)天小派就以項目為(wei)例，給大家介紹如何快速獲(huo)取(qu)參考基因組CDS信息。
章節目錄
1、轉(zhuan)錄(lu)組項(xiang)目參考基因(yin)組信息獲(huo)取
2、NCBI來源(yuan)基(ji)因組CDS信息獲取(qu)
3、ensembl來(lai)源基因組CDS信息(xi)獲取方式
4、近期轉錄組項目CDS信(xin)息獲取
一.轉錄(lu)組(zu)項(xiang)目參考基因組(zu)信息獲取
在(zai)接收到我(wo)們(men)的項(xiang)目分析結果后(hou)，根據不同項(xiang)目類型，分析結果分別在(zai)線(xian)上（云(yun)平臺(tai)）和(he)線(xian)下(xia)進行釋放。云(yun)平臺(tai)和(he)線(xian)下(xia)（網頁版報告或(huo)PDF版report）獲取(qu)基(ji)因組信息如下(xia)：
云平(ping)臺(tai)參考(kao)基因組信息獲取：
線(xian)下報告參考基因(yin)組信(xin)息獲取:
二．NCBI來源基因(yin)組CDS信(xin)息獲取(qu)方式
1.在獲取參考基因組信息后(hou)，可以直接(jie)復制(zhi)該(gai)網址在瀏覽器中打開。
2.例如NCBI來源的基因組打開對應鏈接后直接點擊下載(zai)“cds from genomic.fna”。
3.解(jie)壓后，用Visual Studio Code或是 Editseq等(deng)軟(ruan)件打開序列文件（實(shi)在沒有(you)對(dui)應(ying)軟(ruan)件，瀏覽器也可以打開），根據gene ID進(jin)行檢索(suo)，即可獲取基因對(dui)應(ying)的CDS信息。
4.此(ci)外如(ru)果基因組鏈(lian)接不(bu)是(shi)鏈(lian)接上(shang)圖頁(ye)面(mian)，也(ye)可以在NCBI直(zhi)接檢索GCF號/GCA號后，點擊FTP進入頁(ye)面(mian)。
三.Ensembl來源基因組CDS信息獲(huo)取方式
1.參考基因組是ensembl數據(ju)庫來源，我們同(tong)樣只需(xu)復制該網址(zhi)在瀏覽器中(zhong)打開。
2.打開鏈接后刪除dna返回上一級，點擊進入cds文(wen)件夾下載(zai)CDS序列即可。
3.后續同上(shang)述NCBI來源(yuan)基因組一(yi)樣，打開序列文件后，根據(ju)gene ID檢索基因獲取(qu)信息(xi)。
此外，ensembl數據庫可以直接(jie)(jie)根(gen)據gene ID檢索(suo)獲取(qu)CDS信(xin)息，如圖所示，可以直接(jie)(jie)在ensembl網址檢索(suo)框檢索(suo)gene ID（注意gene ID信(xin)息是唯(wei)一(yi)的，不建(jian)議用gene name檢索(suo)），然后(hou)點擊(ji)Sequence后(hou)，接(jie)(jie)著(zhu)選擇Download sequence，除(chu)了可以下載(zai)CDS外，轉錄本cDNA，3’UTR，5’UTR等信(xin)息也是可供下載(zai)的。
四.近期轉錄組項目快速(su)獲(huo)取CDS
12月交付的轉錄(lu)組(zu)項(xiang)目中，線下(xia)(xia)文件(jian)除了(le)交付Rawdata，Map文件(jian)夾外等信(xin)息，我(wo)們也直(zhi)接整理(li)了(le)基(ji)(ji)因組(zu)CDS信(xin)息放在(zai)了(le)annotation文件(jian)夾下(xia)(xia)（原(yuan)核轉錄(lu)組(zu)我(wo)們額外提供了(le)基(ji)(ji)因組(zu)序列信(xin)息fasta以(yi)及(ji)基(ji)(ji)因結構(gou)注(zhu)釋信(xin)息gff）。
此(ci)外咱們云平(ping)臺近(jin)期項目在云平(ping)臺也(ye)可以直(zhi)接查看CDS啦，老師們只需在云平(ping)臺下載“Result.tar.gz”，解壓后里(li)面(mian)的annotaion文件夾下是(shi)整理好的CDS，媽(ma)媽(ma)再(zai)也(ye)不(bu)用擔心我(wo)找不(bu)到了。
最后，如果(guo)大家對qPCR該如何挑選基因有選擇(ze)困難癥，可以看(kan)看(kan)我(wo)們往期“RNA-seq與qPCR，你不(bu)得不(bu)知道的那(nei)些(xie)事！！！”(點擊查看(kan))
