2025-01-17
上期為大(da)(da)家介(jie)紹了科研(yan)中的(de)(de)(de)(de)提取(qu)實(shi)驗,本期小編(bian)繼(ji)續帶大(da)(da)家走(zou)進RNA提取(qu),RNA(核(he)糖核(he)酸)主要功(gong)能是(shi)作(zuo)為遺(yi)傳(chuan)信息從 DNA 傳(chuan)遞到(dao)蛋(dan)(dan)白(bai)質(zhi)的(de)(de)(de)(de)媒介(jie),參(can)與(yu)蛋(dan)(dan)白(bai)質(zhi)的(de)(de)(de)(de)合(he)成、調(diao)控以及其它多種細(xi)胞功(gong)能,從遺(yi)傳(chuan)信息的(de)(de)(de)(de)傳(chuan)遞、蛋(dan)(dan)白(bai)質(zhi)的(de)(de)(de)(de)合(he)成到(dao)細(xi)胞代謝(xie)的(de)(de)(de)(de)調(diao)節等(deng)各個(ge)方面(mian)都有涉及。對(dui)于咱們科研(yan)人(ren)來(lai)說(shuo),提取(qu) RNA 是(shi)開啟諸(zhu)多研(yan)究大(da)(da)門的(de)(de)(de)(de)鑰匙。不(bu)(bu)管是(shi)探索基(ji)(ji)因的(de)(de)(de)(de)奧秘、了解疾病(bing)的(de)(de)(de)(de)發病(bing)機制,還是(shi)開發新的(de)(de)(de)(de)藥物,高(gao)質(zhi)量(liang)的(de)(de)(de)(de) RNA 樣(yang)本都是(shi)不(bu)(bu)可或缺的(de)(de)(de)(de)。像(xiang)在(zai)基(ji)(ji)因表(biao)達(da)分析中,通過實(shi)時定量(liang) PCR(qRT-PCR )、數字 PCR(dPCR)、微陣(zhen)列(Microarray)和 RNA 測序(RNA-seq)等(deng)技術(shu),研(yan)究人(ren)員可以利(li)用提取(qu)的(de)(de)(de)(de) RNA 來(lai)量(liang)化特定基(ji)(ji)因或整個(ge)轉錄組的(de)(de)(de)(de)表(biao)達(da)水平,這有助于理解基(ji)(ji)因在(zai)不(bu)(bu)同條(tiao)件下的(de)(de)(de)(de)活(huo)性變化。
一、RNA 提取的常用(yong)方(fang)法
(一)Trizol 提(ti)取(qu)法
在(zai)眾多 RNA 提取方法中,Trizol 提取法堪稱(cheng) “明(ming)星選(xuan)手”。它的(de)原理是利用異(yi)硫氰酸胍等(deng)強力蛋(dan)白(bai)質變(bian)性(xing)劑,迅(xun)速破(po)碎(sui)細胞,讓核蛋(dan)白(bai)復合(he)體解(jie)離(li),把 RNA 釋放出(chu)來(lai)。同時,試劑中的(de)酚可以裂解(jie)細胞,使蛋(dan)白(bai)質和核酸解(jie)聚(ju),再加(jia)上氯仿的(de)助力,促(cu)使溶液分層(ceng),RNA 就乖(guai)乖(guai)地(di)跑到上層(ceng)水相去啦(la),后續通(tong)過異(yi)丙醇沉(chen)淀、乙醇洗滌,就能得到純凈的(de) RNA。
Trizol 法的(de)優點:
1、適用性廣泛,不管(guan)是動物組(zu)織、植(zhi)物組(zu)織,還(huan)是微生物,統(tong)統(tong)不在話下;
2、操作簡單易上手(shou),無需(xu)高(gao)端復雜的(de)儀器,新手(shou)小白也能快速掌握;
3、提取(qu)效率高,能在短時(shi)間內收(shou)獲高質量、高純度的(de) RNA,還(huan)沒有 DNA 和蛋白質的(de)污染。
不過呢,它也(ye)有個小缺點,就是試劑里(li)的(de)酚(fen)和異硫氰(qing)酸胍有一定(ding)毒性,使用時(shi)得小心防護,通風(feng)櫥里(li)操(cao)作才安全。
(二)其他方法
除了 Trizol 法(fa)(fa),還(huan)有一些其(qi)他的 RNA 提(ti)取(qu)方(fang)法(fa)(fa)。鹽(yan)酸(suan)胍(gua) - 有機溶劑(ji)法(fa)(fa),利用鹽(yan)酸(suan)胍(gua)抑(yi)制 RNA 酶,勻漿裂解(jie)細胞后,用有機溶劑(ji)抽提(ti)去除蛋白質,再(zai)選擇性沉(chen)淀 RNA 分子,不過操作(zuo)過程有點(dian)繁雜(za)費時。氯化(hua)鋰 - 尿(niao)素法(fa)(fa),靠高濃度尿(niao)素變性蛋白質、抑(yi)制 RNA 酶,氯化(hua)鋰選擇性沉(chen)淀 RNA,速(su)度倒是(shi)挺快(kuai),就是(shi)偶爾(er)會(hui)出(chu)現 DNA 污染,還(huan)容易弄(nong)丟一些小分子量的 RNA,像 5S RNA 等(deng)。這些方(fang)法(fa)(fa)各有優劣,大(da)家(jia)在選擇的時候得根據樣(yang)本特點(dian)、實驗(yan)要求和自身條件來(lai)綜合考量。
二、 Trizol 法提取 RNA詳細步驟(zou)
(一)樣(yang)本采集
工(gong)欲善其(qi)事,必先利其(qi)器。首先,樣(yang)(yang)本的新鮮度至(zhi)關重要(yao),剛采(cai)集(ji)的樣(yang)(yang)本 RNA 完整(zheng)性最佳(jia),要(yao)是沒法立(li)刻(ke)提取,務(wu)必液氮速凍后(hou)存于 -80℃冰(bing)箱。
其次,無酶(mei)耗材得備齊,像(xiang) RNase-free 的(de)離心管、槍(qiang)頭,還有(you)處理(li)過(guo)的(de)玻璃器(qi)皿等,這(zhe)能(neng)(neng)(neng)有(you)效避免(mian) RNA 酶(mei)污(wu)染。最后,冰(bing)盒也不(bu)能(neng)(neng)(neng)少(shao),大(da)部分操作(zuo)都得在冰(bing)上(shang)進行,低溫能(neng)(neng)(neng)抑制 RNA 酶(mei)活(huo)性(xing),讓 RNA 更穩定(ding)。試劑方面,無水乙醇(chun)(chun)、氯仿、異丙醇(chun)(chun)、RNase-free 水等都要提(ti)(ti)前準備好,這(zhe)些都是提(ti)(ti)取過(guo)程中(zhong)必不(bu)可少(shao)的(de)提(ti)(ti)取工具。
(二)詳細步驟
樣本處理:如果(guo)是組(zu)織(zhi)樣本,像動物組(zu)織(zhi)得先用(yong)液(ye)氮(dan)速(su)凍,再放到(dao)研(yan)(yan)缽(bo)里,加液(ye)氮(dan)研(yan)(yan)磨成粉末狀,動作(zuo)要(yao)快(kuai),防止 RNA 降解,一般 50 - 100mg 組(zu)織(zhi)加 1mL Trizol。要(yao)是植物組(zu)織(zhi),可(ke)能還得考慮細胞壁(bi)比較厚的問題,多研(yan)(yan)磨幾次確保細胞破碎充分(fen)。對(dui)于細胞樣本,貼壁(bi)細胞就先用(yong)胰酶消化下來(lai),離心收(shou)集沉淀(dian),棄(qi)掉培養基(ji),按 1mL Trizol/10cm2 培養皿的量加入 Trizol,吹打混勻;懸浮細胞直(zhi)接離心,棄(qi)上清后加 Trizol 吹打裂解。
裂解(jie):把處理好的(de)樣(yang)(yang)本(ben)轉(zhuan)移(yi)到 RNase-free 的(de)離心管里,按比(bi)例加入 Trizol,細(xi)(xi)胞樣(yang)(yang)本(ben)一般每(mei) 5~10×106個細(xi)(xi)胞加 1mL Trizol,組織樣(yang)(yang)本(ben) 50 - 100mg 加 1mL Trizol,加的(de)時候要精準,然后室(shi)溫靜置 5 - 10 分鐘,讓細(xi)(xi)胞充分裂解,核酸酶被(bei)抑制,RNA 釋放出來。
分層:接(jie)著往(wang)裂解液里加(jia)氯(lv)仿(fang),氯(lv)仿(fang)和 Trizol 的體積比大概是(shi)(shi) 1:5,蓋(gai)緊蓋(gai)子,使勁渦旋振(zhen)蕩(dang) 15 - 30 秒,讓(rang)溶(rong)(rong)液充分混合,然后(hou)室溫靜置 2 - 3 分鐘(zhong)。這時候溶(rong)(rong)液會(hui)分層,底層是(shi)(shi)酚 - 氯(lv)仿(fang)相(xiang),里面(mian)有(you)蛋白質和 DNA,中(zhong)間可能有(you)少(shao)量雜(za)質,上(shang)層透明水(shui)相(xiang)就是(shi)(shi)咱們心(xin)心(xin)念(nian)念(nian)的 RNA 啦。之(zhi)后(hou) 12000g、4℃ 離心(xin) 15 分鐘(zhong),讓(rang)分層更徹(che)底,吸取上(shang)層水(shui)相(xiang)的時候可得小心(xin),千萬別吸到中(zhong)間層,不然 RNA 純度就大打折(zhe)扣了。
沉淀(dian):把上層水相轉(zhuan)移到(dao)新管子里,加(jia)入(ru)等體積異丙醇,輕輕顛倒混勻,這時候 RNA 就會慢(man)慢(man)聚集沉(chen)(chen)淀(dian)下來。要(yao)是(shi)預期 RNA 量少,還(huan)可以加(jia)點(dian)糖原助(zhu)沉(chen)(chen)淀(dian),然(ran)后(hou)室(shi)溫靜置 10 分鐘,或者 -20℃ 放久一點(dian),像過(guo)夜沉(chen)(chen)淀(dian)得率會更高,之(zhi)后(hou) 12000g、4℃ 離心 10 分鐘,棄掉上清(qing),底(di)部白色沉(chen)(chen)淀(dian)就是(shi) RNA 啦。
洗滌:用 1mL 75% 乙醇(用 DEPC 水(shui)配的)洗(xi)滌(di)沉淀,渦(wo)旋或顛(dian)倒混勻,把(ba)殘留(liu)的雜質洗(xi)掉,7500g、4℃ 離(li)心(xin) 5 分鐘,棄上清,再(zai)重(zhong)復(fu)一次,確保洗(xi)干(gan)凈,最后盡量吸干(gan)殘留(liu)液體(ti)。
溶解:沉(chen)淀(dian)晾(liang)干一(yi)會兒(er),看(kan)到有點半透明了,就(jiu)用適量 RNase-free 水溶(rong)解 RNA,一(yi)般 30 - 50μL,具體看(kan)沉(chen)淀(dian)量,溶(rong)解后(hou)室溫靜(jing)置 10 分(fen)鐘,讓 RNA 充(chong)分(fen)溶(rong)解,測個(ge)濃度,合格的就(jiu)分(fen)裝保存,-80℃ 冰(bing)箱是它的 “長期住所(suo)”,避免(mian)反復凍融(rong)降(jiang)解 RNA。
三、RNA 提取常見(jian)問題及對策
(一(yi))RNA 產量低
1、樣本量不足
背景(jing):如(ru)果起始樣本中的細(xi)胞或組(zu)織(zhi)量太少,能夠提(ti)取(qu)到的 RNA 總量自(zi)然(ran)就會比較低(di)。例如(ru),在從少量血液樣本中提(ti)取(qu) RNA 時,白細(xi)胞數量有限,導致 RNA 產(chan)量受限。
解決(jue)方案(an):增(zeng)加起始樣本(ben)量。對于細胞樣本(ben),可以(yi)擴大培養(yang)規模后再收集(ji)細胞;對于組織(zhi)樣本(ben),可以(yi)適當增(zeng)加組織(zhi)的(de)重(zhong)量或體積,但(dan)要注意不能超出(chu)提取試劑盒的(de)處理范圍(wei)。
2、RNA 降解
背景:RNA 是一種不穩定(ding)的(de)分子(zi),很容易被 RNA 酶(RNase)降(jiang)解(jie)。RNase 存(cun)在(zai)于幾乎(hu)所有的(de)環境中,包括(kuo)實(shi)驗(yan)人員的(de)手(shou)上、空氣中的(de)灰塵等。如(ru)果在(zai)提取過程(cheng)中沒有有效抑制 RNase 的(de)活性,RNA 就會被降(jiang)解(jie),導致產量(liang)降(jiang)低(di)和(he)質量(liang)下(xia)降(jiang)。例如(ru),在(zai)研磨組織(zhi)樣本時,如(ru)果沒有在(zai)含有 RNase 抑制劑的(de)緩(huan)沖液(ye)中進行,RNA 酶就會迅速降(jiang)解(jie) RNA。
解決(jue)方案:操作過程中(zhong)(zhong)使(shi)用 RNase 抑(yi)制劑(ji),如焦碳酸(suan)二乙酯(zhi)(DEPC)處理(li)水來配(pei)制試劑(ji),DEPC 可以(yi)使(shi) RNase 失活。同時,在(zai)提取試劑(ji)中(zhong)(zhong)添加(jia) RNase 抑(yi)制劑(ji)蛋白,如 RNasin 等。保(bao)持低(di)溫(wen)環境(jing),因為 RNase 的(de)(de)活性在(zai)低(di)溫(wen)下會(hui)降低(di)。在(zai)研磨組(zu)織(zhi)或(huo)裂解細胞后,應(ying)盡快(kuai)將樣本(ben)置(zhi)于冰上(shang)或(huo)者在(zai)低(di)溫(wen)離心(xin)機中(zhong)(zhong)離心(xin)。盡量縮短操作時間(jian),減少 RNA 暴露在(zai)可能含有 RNase 的(de)(de)環境(jing)中(zhong)(zhong)的(de)(de)時間(jian)。
3、提取試劑(ji)效率(lv)低(di)
背景:不同品牌或批次的(de) RNA 提(ti)取試劑(ji)盒可(ke)(ke)能存在差(cha)異(yi),某些(xie)試劑(ji)可(ke)(ke)能對特定(ding)樣(yang)本類(lei)型的(de)提(ti)取效率不高。例如,一(yi)些(xie)基于硅膠膜(mo)吸附(fu)的(de)試劑(ji)盒可(ke)(ke)能對富含多糖的(de)植(zhi)物組織提(ti)取效果不佳(jia)。
解決方案:嘗試(shi)更換不同品牌或類型(xing)的(de)提取試(shi)劑(ji)盒(he)。對(dui)于植物組織,可以(yi)選擇專門針(zhen)對(dui)植物的(de) RNA 提取試(shi)劑(ji)盒(he),這些試(shi)劑(ji)盒(he)通(tong)常含有(you)去除多糖和多酚等雜質的(de)成(cheng)分,能夠(gou)提高 RNA 的(de)提取效率。同時(shi),確(que)保按照試(shi)劑(ji)盒(he)的(de)說(shuo)明書正確(que)操作(zuo),包(bao)括試(shi)劑(ji)的(de)用量、孵育時(shi)間等。
4、細胞或組織類(lei)型(xing)特殊
背景:某(mou)些細胞或組織具(ju)有(you)特殊的(de)結(jie)構(gou)或成(cheng)分,會影響 RNA 的(de)提取。例如,脂(zhi)肪組織中含有(you)大(da)量(liang)的(de)脂(zhi)類物質,這些脂(zhi)類可(ke)能會干擾 RNA 與(yu)提取試劑的(de)結(jie)合,導致提取效(xiao)率降低。
解(jie)決方案:對(dui)于(yu)脂肪組織,可以(yi)(yi)在提(ti)取前先采用適當(dang)的方法去(qu)除脂類(lei),如用有機溶劑(如氯仿)進行(xing)脫脂處理。對(dui)于(yu)其他特(te)殊組織,如骨骼組織,可能需要(yao)先進行(xing)脫鈣等預處理,以(yi)(yi)提(ti)高 RNA 的可提(ti)取性(xing)。
(二)RNA 純度低
1、蛋(dan)白質(zhi)污染:
背(bei)景:在(zai)(zai) RNA 提取過程(cheng)中,如(ru)果細胞裂(lie)解不(bu)充分(fen)或者蛋(dan)(dan)白(bai)去除步驟(zou)效(xiao)果不(bu)好(hao),就會(hui)導(dao)致蛋(dan)(dan)白(bai)質污染。例如(ru),在(zai)(zai)使用酚 - 氯(lv)仿抽提 RNA 時,如(ru)果沒有(you)充分(fen)振蕩使蛋(dan)(dan)白(bai)質變(bian)性并(bing)進入有(you)機相(xiang),蛋(dan)(dan)白(bai)質就會(hui)殘留(liu)在(zai)(zai)水相(xiang)RNA 溶(rong)液中。
解決(jue)方案:優化細胞(bao)裂解條件,如增(zeng)加裂解液的用量或者延長裂解時(shi)間,確保(bao)細胞(bao)完全裂解,使(shi) RNA 充分釋放。改進(jin)蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白去除步(bu)驟,在酚 - 氯仿抽提(ti)時(shi)充分振(zhen)蕩,使(shi)蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白質與(yu)有(you)機相更好地結合。也可以增(zeng)加蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白酶 K 處理步(bu)驟,將蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白質降解后再進(jin)行后續提(ti)取。使(shi)用 RNA 清潔試劑盒(he)進(jin)一(yi)步(bu)去除蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白質雜質,這些試劑盒(he)通常基于柱層析等原(yuan)理,可以有(you)效地去除蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白質等污染物(wu)。
2、DNA 污(wu)染
背景:如(ru)果(guo)(guo)在提(ti)(ti)取(qu)過程中沒有有效去除基因組(zu) DNA,就會導致 RNA 樣本中存(cun)在 DNA 污染。這在使用某(mou)些提(ti)(ti)取(qu)方法時比較常(chang)見(jian),例如(ru),如(ru)果(guo)(guo)在裂解細(xi)胞后沒有使用 DNase(脫氧核(he)糖核(he)酸酶)處理,基因組(zu) DNA 就會和 RNA 一起被提(ti)(ti)取(qu)出來。
解決方案:在(zai)(zai)(zai)提(ti)取過程中加(jia)入 DNase 處理步驟,將 DNA 降解。一般在(zai)(zai)(zai)提(ti)取的(de)適(shi)當階段,如在(zai)(zai)(zai) RNA 初步分離后(hou),加(jia)入適(shi)量的(de)無(wu) RNase 的(de) DNase,在(zai)(zai)(zai)合(he)(he)適(shi)的(de)溫度和(he)緩(huan)沖條件下孵育一段時間,然后(hou)再通過酚(fen) - 氯仿(fang)抽提(ti)或柱層(ceng)析(xi)等(deng)方法去除 DNase 和(he)降解的(de) DNA 片段。對于一些有 DNA 殘留風險較高(gao)的(de)提(ti)取方法,可(ke)以在(zai)(zai)(zai)提(ti)取后(hou)使用專(zhuan)門的(de) DNA 去除試劑盒(he),這些試劑盒(he)可(ke)以特異性(xing)地(di)結(jie)合(he)(he) DNA 并將其去除,而不(bu)影(ying)響 RNA 的(de)完整性(xing)。
3、有機溶劑殘留(liu)
背景(jing):在(zai)使用(yong)有(you)機(ji)溶劑(如(ru)(ru)酚、氯仿等)進行提取時,如(ru)(ru)果有(you)機(ji)溶劑去除不徹(che)底,就會(hui)殘留下來影(ying)響 RNA 的(de)純度。這(zhe)些有(you)機(ji)溶劑可能會(hui)干擾后(hou)續(xu)的(de) RNA 分析(xi)實(shi)驗,如(ru)(ru)逆轉(zhuan)錄和 PCR 等。
解決方(fang)案:在提取最后階段(duan),確保充分離心使(shi)(shi)有(you)(you)(you)機溶劑(ji)和水(shui)相(xiang)完(wan)全分離。例如,在使(shi)(shi)用(yong)酚 - 氯(lv)仿抽提后,增加離心時間和轉(zhuan)速,使(shi)(shi)有(you)(you)(you)機相(xiang)沉淀(dian)在底部(bu),小心吸取上(shang)層的水(shui)相(xiang) RNA 溶液,避免吸取到有(you)(you)(you)機相(xiang)。可(ke)以使(shi)(shi)用(yong)乙醇(chun)沉淀(dian)等方(fang)法進一步(bu)純(chun)化 RNA,乙醇(chun)可(ke)以使(shi)(shi) RNA 沉淀(dian)下來,而殘留(liu)(liu)的有(you)(you)(you)機溶劑(ji)則留(liu)(liu)在上(shang)清液中,離心后去除上(shang)清液即可(ke)減少有(you)(you)(you)機溶劑(ji)殘留(liu)(liu)。
(三(san))RNA 完整性差
1、過度(du)機械(xie)力作用
背景:在(zai)處理(li)樣(yang)本時,如(ru)(ru)研磨組(zu)織或(huo)劇烈渦旋(xuan)細胞裂解液,過(guo)度的機械力(li)可能會(hui)導(dao)致 RNA 斷裂。例(li)如(ru)(ru),在(zai)使用研缽研磨堅硬的植物組(zu)織時,如(ru)(ru)果用力(li)過(guo)猛,RNA 分子(zi)的長鏈(lian)結構(gou)可能會(hui)被破壞。
解決方案:對于組(zu)織(zhi)樣(yang)本,采用(yong)溫和(he)的(de)研(yan)磨(mo)方式,如(ru)使(shi)用(yong)液(ye)(ye)氮(dan)冷(leng)凍后在(zai)研(yan)缽中輕(qing)輕(qing)研(yan)磨(mo),避(bi)免過度用(yong)力。也可以(yi)使(shi)用(yong)組(zu)織(zhi)破碎儀,設置合(he)適的(de)參數,減少對 RNA 的(de)機(ji)械損傷。在(zai)處理細胞(bao)裂解液(ye)(ye)時(shi),避(bi)免劇(ju)烈渦旋,如(ru)需混合(he)可以(yi)輕(qing)輕(qing)顛倒(dao)離心管來(lai)達到目的(de)。
2、不合適的裂解(jie)條件
背景:裂解(jie)液(ye)的成分(fen)和裂解(jie)條件(jian)(如溫度、時(shi)間(jian)等(deng))如果不合適,可能會影響 RNA 的完整性。例如,某些裂解(jie)液(ye)中(zhong)的化學(xue)物質可能會對 RNA 產生化學(xue)損傷,或者過長(chang)時(shi)間(jian)的高溫裂解(jie)可能會導致 RNA 降解(jie)。
解(jie)決(jue)方案(an):根(gen)據樣本類型選擇合適的(de)裂(lie)解(jie)液,對(dui)于敏感的(de)樣本可以選擇溫和的(de)無毒性裂(lie)解(jie)液。嚴格按照推薦的(de)裂(lie)解(jie)條件操作,包括溫度和時間。一般來說,裂(lie)解(jie)溫度不宜(yi)過高,時間也不宜(yi)過長(chang),以避免 RNA 的(de)損傷。
3、反復凍融
背景:RNA 樣本(ben)如果經過多次凍(dong)融循環,會(hui)導致 RNA 的(de)降解和完整性受(shou)損(sun)。每次凍(dong)融過程中,冰(bing)晶的(de)形(xing)成(cheng)和融化可(ke)能會(hui)對 RNA 分子(zi)產生物理損(sun)傷。
解(jie)決方(fang)案:將 RNA 樣(yang)(yang)本(ben)分裝保存,每(mei)次只使(shi)用一份,避免反(fan)復(fu)凍融。可以(yi)將 RNA 樣(yang)(yang)本(ben)按照實驗需求分裝成(cheng)小(xiao)份,保存在(zai) - 80℃冰箱中。如果(guo)需要(yao)長(chang)期保存 RNA,也可以(yi)考慮將其(qi)制成(cheng) RNA 干(gan)粉,這樣(yang)(yang)可以(yi)更好(hao)地(di)保持 RNA 的完整性,在(zai)需要(yao)使(shi)用時再(zai)用適當的緩沖液溶解(jie)。
四(si)、RNA 質量檢(jian)測
(一)純度檢測
RNA純度(du)(du)一般用(yong)紫(zi)外分(fen)光(guang)光(guang)度(du)(du)計來檢測(ce),重點(dian)關注 OD260/OD280 和 OD260/OD230 這(zhe)兩個(ge)比值(zhi)。OD260 代表(biao)核(he)酸(suan)的吸光(guang)度(du)(du),OD280 代表(biao)蛋白(bai)質(zhi)的吸光(guang)度(du)(du),純RNA 的比值(zhi)理(li)論上是 2.0,在(zai)實際(ji)操作中,1.8 - 2.0 這(zhe)個(ge)范圍(wei)都(dou)還(huan)算(suan)能接受(shou),要是比值(zhi)小于(yu) 1.8,那很可能存在(zai)蛋白(bai)質(zhi)雜質(zhi);大于(yu) 2.2 的話,RNA 說不定(ding)已經水解成單(dan)核(he)酸(suan)了。而 OD260/OD230 比值(zhi)反映的是碳水化合物、鹽類等雜質(zhi)殘(can)留情(qing)況,一般要大于(yu) 2.0,比值(zhi)偏(pian)小,就提示可能有(you)異硫氰(qing)酸(suan)胍、β- 巰基乙(yi)醇或乙(yi)醇這(zhe)些家(jia)伙沒(mei)清理(li)干凈,得想(xiang)辦法補救,像是再沉淀一次(ci)、重復(fu)乙(yi)醇洗滌步(bu)驟之類的。
(二)完整(zheng)性鑒(jian)定
RNA完整(zheng)性(xing)鑒(jian)定,瓊脂糖(tang)凝膠電(dian)(dian)泳是(shi)(shi)常用手段,真核生物(wu)(wu)的(de) RNA 在電(dian)(dian)泳后,正常情況下(xia)會出現 5S、18S 和 28S 三條清(qing)晰(xi)條帶(dai),要是(shi)(shi) 28S 條帶(dai)亮度正好是(shi)(shi) 18S 的(de)兩倍(bei),還邊緣(yuan)銳利,那恭喜你,RNA 完整(zheng)性(xing)很棒;要是(shi)(shi)條帶(dai)模糊、彌散,或者比(bi)例不(bu)對(dui),那 RNA 可能降解得(de)有點慘,后續實驗(yan)得(de)小(xiao)心(xin)。除(chu)了(le)電(dian)(dian)泳,還有些(xie) “高(gao)科技(ji)武(wu)器”,像 Agilent 2100 生物(wu)(wu)分析儀,利用微流控芯片電(dian)(dian)泳技(ji)術,能給出 RNA 完整(zheng)性(xing)數值(RIN),RIN 值在 1 - 10 之間,大于 7 就是(shi)(shi)高(gao)質(zhi)量(liang) RNA,6 - 7 算(suan)部分降解但勉強能用,小(xiao)于 6 的(de)話(hua),這 RNA 質(zhi)量(liang)就不(bu)過關了(le)。
五、小結
隨(sui)著(zhu)科(ke)技的(de)(de)飛(fei)速發展(zhan),RNA 提(ti)(ti)(ti)取(qu)技術在不斷革新。新的(de)(de)試(shi)劑、試(shi)劑盒層出不窮,讓操(cao)作更(geng)簡便、效率更(geng)高;自動化(hua)設備嶄露頭角,減(jian)少人為(wei)誤差,實(shi)現高通(tong)量(liang)提(ti)(ti)(ti)取(qu);微流控技術等前沿科(ke)技也在 RNA 提(ti)(ti)(ti)取(qu)領(ling)域 “大(da)展(zhan)拳腳”,有望帶來革命性的(de)(de)變化(hua)。相信在這(zhe)些新技術的(de)(de)助力(li)下,咱們(men)的(de)(de) RNA 提(ti)(ti)(ti)取(qu)研(yan)究將更(geng)上一層樓,為(wei)生命科(ke)學的(de)(de)探索開辟更(geng)廣闊的(de)(de)天地!派(pai)森諾竭(jie)誠為(wei)大(da)家提(ti)(ti)(ti)供有關RNA提(ti)(ti)(ti)取(qu)實(shi)驗中(zhong)涉及的(de)(de)所有試(shi)劑、耗材和(he)設備,助力(li)每一位生命科(ke)學實(shi)驗室的(de)(de)科(ke)研(yan)人收獲屬于自己的(de)(de)完美實(shi)驗結果(guo),逐(zhu)夢(meng)高分文(wen)章~
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