2025-01-21
好消(xiao)息！
PacBio旗艦單分子測序平臺Revio迎(ying)來重大升(sheng)級！
北(bei)京時間2024年(nian)10月30日凌(ling)晨，PacBio推出了(le)SPRQ化學技(ji)術，這是(shi)HiFi測序自2019年(nian)發(fa)布(bu)以來(lai)的最重大(da)更新。派森(sen)諾生物秉持(chi)緊跟科學發(fa)展前沿的原則(ze)，并在(zai)近期完成了(le)第一(yi)(yi)批數據測試，接下來(lai)讓(rang)我(wo)們一(yi)(yi)起(qi)來(lai)看一(yi)(yi)下SPRQ聚合酶(mei)的亮(liang)眼表現(xian)吧(ba)！
亮點1：數據量產出(chu)高且穩定
圖 SPRQ升級前（左(zuo)）后（右）單(dan)cell數據量產出
據統計，升級前PacBio Revio平臺單cell平均產出90.69G數據，使用SPRQ試劑后單cell產出數據達到了驚人的135.49G，增長(chang)49.4%！
亮點2：數(shu)據準確性(xing)高
圖 SPRQ升級前（左）后（右）Q值統計
升級前，大多數reads平均質量值(Q值)集中在30左右，使用SPRQ試劑后reads平均質量值集中在35-40，高質量reads占比明顯增多，Q值達到38.56。
亮點3：長讀(du)長特點突出
圖 升級后HiFi Reads長(chang)度分布部分統計(ji)結果
使用SPRQ試劑之后，PB長讀長的特點依然比較突出，平均讀(du)長(chang)為17893bp。
亮點4：甲(jia)基(ji)化檢測效果提升
圖 SPRQ升級(ji)前（左(zuo)）后（右）5mC檢測的準(zhun)確率(lv)統計(ji)
通過機載分析(xi)流程的(de)算(suan)法升級，提升了5mC檢測(ce)的(de)準確率(lv)并新增(zeng)了6mA檢測(ce)。
亮點(dian)5：起始量低(di)
據PacBio官方消息，SPRQ技術對樣本(ben)的(de)需(xu)求(qiu)量(liang)不高，我(wo)們后續(xu)也將大幅下調(diao)HiFi測序(xu)的(de)樣本(ben)起(qi)始量(liang)，大家可以(yi)狠狠期待一波。
總結(jie)
實測(ce)數據(ju)表明，新試劑在保證了(le)PacBio HiFi測(ce)序(xu)高(gao)精度(du)和長(chang)讀(du)長(chang)特點的(de)(de)基礎上，大幅度(du)提(ti)高(gao)了(le)通量，且同步提(ti)高(gao)了(le)甲基化檢測(ce)的(de)(de)準確(que)率(lv)。
注：針(zhen)對(dui)哺(bu)乳動物和常規作物等樣(yang)本類(lei)型，派森諾(nuo)承諾(nuo)三代HiFi數據產出達110G以上(shang)。
派森諾(nuo)三代(dai)全長適用產品(pin)：
基因組(zu)de novo ：針對基(ji)因(yin)組(zu)序(xu)列(lie)(lie)未知或(huo)參考基(ji)因(yin)組(zu)組(zu)裝不理想(xiang)的(de)物(wu)種，構建不同(tong)類(lei)型的(de)基(ji)因(yin)組(zu)DNA文庫，并進(jin)行序(xu)列(lie)(lie)測定。然后使用生物(wu)信息學方法對序(xu)列(lie)(lie)進(jin)行拼接、組(zu)裝和(he)注釋，從而繪(hui)制該(gai)物(wu)種完整的(de)基(ji)因(yin)組(zu)序(xu)列(lie)(lie)信息。
全長轉錄組：基(ji)于PacBio三代測(ce)(ce)序平(ping)臺(tai)的(de)(de)全(quan)長轉(zhuan)錄(lu)組(zu)測(ce)(ce)序，可直(zhi)接(jie)獲得mRNA的(de)(de)全(quan)長序列，更為(wei)準確地解讀(du)mRNA的(de)(de)結構信(xin)息。通過全(quan)長轉(zhuan)錄(lu)組(zu)測(ce)(ce)序，可克服(fu)無參考基(ji)因組(zu)物種轉(zhuan)錄(lu)本拼接(jie)短、信(xin)息不(bu)完整的(de)(de)難題，獲取全(quan)長mRNA序列，實(shi)現同源異構體分析(xi)，單(dan)堿(jian)基(ji)變(bian)異檢(jian)測(ce)(ce)， 可變(bian)剪接(jie)分析(xi)，同源基(ji)因識(shi)別及等位基(ji)因識(shi)別。
菌(jun)群(qun)多(duo)樣性組成(cheng)譜全長測(ce)序：基(ji)于(yu)PacBio三代測(ce)序(xu)平臺，能夠(gou)讀取群落(luo)微生態(tai)系(xi)統中(zhong)微生物的(de)rRNA基(ji)因/ITS全長序(xu)列，不(bu)受制于(yu)短序(xu)列的(de)局限性，并(bing)確保全長序(xu)列的(de)測(ce)序(xu)，從(cong)而在種(zhong)甚至菌(jun)株等精細水平，解析(xi)菌(jun)群多樣性和組成譜。
三代宏(hong)基因(yin)組測序：三代宏基因(yin)(yin)組測(ce)序技術以其(qi)長讀(du)長、高(gao)準確性、低豐度(du)微生物(wu)檢測(ce)能力和高(gao)物(wu)種(zhong)鑒(jian)定分辨率等特(te)點，在多個領域展(zhan)現出(chu)廣泛的(de)(de)(de)應用前(qian)景和重要的(de)(de)(de)研(yan)究(jiu)價值。基于(yu)PacBio HiFi測(ce)序技術的(de)(de)(de)宏基因(yin)(yin)組測(ce)序，憑(ping)借長讀(du)長及(ji)Q30+的(de)(de)(de)高(gao)測(ce)序準確度(du)，可以輕(qing)松覆蓋基因(yin)(yin)區間(jian)或基因(yin)(yin)特(te)異性區域，大(da)大(da)降低了拼(pin)接錯誤，能快(kuai)速精(jing)準的(de)(de)(de)獲(huo)得微生物(wu)信息，提高(gao)組裝的(de)(de)(de)完(wan)整度(du)和注釋的(de)(de)(de)精(jing)確度(du)。
