2025-02-24
簡(jian)介
STEM（Short Time-series Expression Miner）：是一種根(gen)據(ju)時間梯度(du)對(dui)基因表達數(shu)據(ju)進行聚類(lei)分析(xi)的(de)方(fang)法。其優勢在于將(jiang)大量的(de)基因數(shu)據(ju)進行歸類(lei)劃分成多個基因集，降低數(shu)據(ju)分析(xi)難度(du)，理論上有相(xiang)似變化(hua)趨(qu)勢的(de)基因可能(neng)行使相(xiang)似功能(neng)，有利于后期(qi)的(de)數(shu)據(ju)挖(wa)掘(jue)。
軟件適(shi)用范圍
STEM官方說明文(wen)件(jian)是建(jian)議分析小于8個時間點(dian)的數據。
Stem使用說明
1.首先需要下載STEM和(he)安裝JAVA，下載網址：//www.cs.cmu.edu/~jernst/stem/
2.準備數據文件，僅支持.txt文件，可在excle表格中準備好文件復制到文本中。多個重復需要先得出每組FPKM中位數median（不是平(ping)均數(shu)(shu)），如下圖所示在excle表格中輸入=MEDIAN（選擇需要求中位(wei)數(shu)(shu)的數(shu)(shu)據）。每組都獲(huo)取中位(wei)數(shu)(shu)后復制到(dao)txt文本中即可(ke)上傳(chuan)數(shu)(shu)據。
3.上(shang)傳數(shu)據，設(she)置參數(shu)，運行結果
4.結果說明
有顏(yan)色(se)填充的(de)模(mo)塊是滿足P值顯著性設置的(de)模(mo)塊；
點擊模塊可(ke)以查看基因簇的表達趨勢情(qing)況；
點擊Order Profiles，可以(yi)改變cluster排序(xu)模式；
點擊Profile Gene Table可以下(xia)載相(xiang)應趨勢(shi)的(de)基因列(lie)表；
也(ye)可點擊Main Gene Table下載(zai)所(suo)有趨勢(shi)基(ji)因根據Profile篩(shai)選每個cluster基(ji)因。
5.結果應用
Time-Series Expression Profile Analysis of Post-Traumatic Joint Contracture in Rats at the Early Stages of the Healing Process
發表雜志：Journal of Inflammation Research
發表日(ri)期(qi)：2023-03-15
原文(wen)鏈接(jie)：//doi.org/10.2147/JIR.S400557
文(wen)章簡介：作(zuo)者構建了12個(ge)創傷后關節攣(luan)縮（PTJC）模(mo)型，分(fen)(fen)別(bie)在0d、3d、7d、14d取樣做(zuo)RNA-seq，進(jin)行分(fen)(fen)析，文(wen)章主(zhu)要圍繞差異(yi)基(ji)因篩(shai)選、stem時序分(fen)(fen)析、蛋(dan)白網絡分(fen)(fen)析、通路分(fen)(fen)析等內(nei)容篩(shai)選了10個(ge)候選基(ji)因進(jin)行RT-PCR驗證(zheng)。
分(fen)析(xi)思路(lu)：根據venn圖篩選(xuan)3個(ge)(ge)比較組共(gong)有(you)差(cha)異(yi)基因(yin)，再進(jin)(jin)行(xing)富(fu)集分(fen)析(xi)，發現炎癥功(gong)能和(he)(he)通路(lu)顯著富(fu)集，又對這共(gong)有(you)的383個(ge)(ge)基因(yin)進(jin)(jin)行(xing)STEM分(fen)析(xi)，其中有(you)3個(ge)(ge)顯著的趨(qu)勢模塊，又對這3個(ge)(ge)模塊進(jin)(jin)行(xing)PPI分(fen)析(xi)和(he)(he)富(fu)集分(fen)析(xi)，最終篩選(xuan)出il-6、TlMP1、Cxcl1、Cxcl4、Mmp3、Serpine1、Thbs1、Cxcl2、Hmox1、Cxcl6 10個(ge)(ge)候選(xuan)基因(yin)進(jin)(jin)行(xing)PCR驗證。
