2017-03-22
以PacBio公司的(de)(de)SMRT單分子(zi)實時測(ce)序(xu)(xu)技(ji)(ji)術(shu)(shu)（Single molecule real-time sequencing）為代表的(de)(de)三代測(ce)序(xu)(xu)技(ji)(ji)術(shu)(shu)，通過其獨有的(de)(de)環形一(yi)致性測(ce)序(xu)(xu)模式（Circular-consensus sequence，CCS），極大(da)提高單堿基(ji)測(ce)序(xu)(xu)的(de)(de)準確率，遠超(chao)Illumina等二(er)代測(ce)序(xu)(xu)技(ji)(ji)術(shu)(shu)。與(yu)傳統轉(zhuan)(zhuan)錄組測(ce)序(xu)(xu)項目相(xiang)比，利用PacBio平臺的(de)(de)全(quan)長(chang)轉(zhuan)(zhuan)錄組測(ce)序(xu)(xu)技(ji)(ji)術(shu)(shu)可(ke)(ke)以直接獲(huo)得mRNA的(de)(de)全(quan)長(chang)，保證了mRNA序(xu)(xu)列(lie)的(de)(de)精(jing)確性。近(jin)期我們將陸(lu)續推(tui)出(chu)全(quan)長(chang)轉(zhuan)(zhuan)錄組測(ce)序(xu)(xu)技(ji)(ji)術(shu)(shu)相(xiang)關文(wen)章(zhang)，供討論和交流。我們在上一(yi)期向大(da)家(jia)介紹(shao)了全(quan)長(chang)轉(zhuan)(zhuan)錄組測(ce)序(xu)(xu)的(de)(de)可(ke)(ke)變(bian)剪切模型(xing)可(ke)(ke)視(shi)化，本期將為大(da)家(jia)對派森諾(nuo)特色分析(xi)內容——融合(he)基(ji)因染色體分布進行重點講解(jie)。
下面這張彩虹圖內圈以連線的形式展示了融合基因（融合基因是指將兩個或多個基因的編碼區首尾相連。置于同一套調控序列控制之下，構成的嵌合基因）的兩個組成基因在染色體上的分布位置，外圈則以散點圖的形式展示了各位點上的基因成為多少種融合基因的組成成分的情況，可以說以可視化的方式在一張圖上展示了滿滿的信息。那么這張(zhang)圖是如何繪(hui)制的呢(ni)？
我們所用的工具就是R語言的circlize包。
首先導入準備好的文件。這個文件中包含融合基因的兩個組成基因所屬染色體，起始位置，基因名字等信息。另外還需要導入各個染色體的長度，以便按比例畫出每個扇區所占角度。
扇區的范圍需要在(zai)開始時設置好，這里按染色體長度(du)設置每個扇區所占角(jiao)度(du)的大小(xiao)，我們會設置一(yi)個最小(xiao)角(jiao)度(du)，以免染色體太小(xiao)在(zai)圖(tu)上(shang)無法顯(xian)示出(chu)來(lai)，比(bi)如MT染色體。
然(ran)后從外至內畫每一個軌道（即圈圈）。首先畫第一個軌道，把染色體的名字依次放置在每個扇區的最外層軌道上。
接(jie)著畫第二個軌道，即以基因位點為橫坐標，該位點的基因被融合基因用上的頻率為縱坐標的散點圖，這里基因位點就是之前導入的基因起始位置，由于基因區域在染色體這么大的范圍內會被濃縮成一個點，所以我們這里直接采用基因的起始位置代表基因區域。絕大多數的基因僅被1種融合基因融合，但也有例外，從放大圖中可以看到1個基因竟成為了13種融合基因的組成基因之一，是不是難以置信呢？
在這個軌道上還加上了染色體的長度范圍坐(zuo)標，主刻度以100M bp為單位(wei)。
再接著畫第三個軌道，即代表染色體的色塊，填充顏色用的是五彩繽紛的彩虹色，更容易區分各染色體。
最后，用弧線連接融合基因的兩個組成基因即可，弧線的兩端分別連接至兩個組成基因的位點上，這里的基因位點與第二個軌道上的基因位點是對應的。連線的顏色是可以設置的，這里我們用第一個基因所在染色體的顏色。可以看到有的染色體上的基因多與同染色體上的基因融合，而有的染色體上的基因多與其他染色體上基因融合，這是否蘊含著某些染色體結構信息呢？
好(hao)了(le)，到這里圖就畫完(wan)了(le)，如果大家(jia)有(you)感興趣的基因，我們還可以(yi)將基因的名字在圖中標(biao)識出來。
