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微生物組學研究"三劍客"核心功能到底有哪些?

2025-03-06

Highlights

1. 微生物組學研(yan)究(jiu)“三劍客”包(bao)含:新(xin)版(ban)微生物多樣性組成(cheng)譜(pu)分(fen)(fen)析(xi)、宏(hong)基因組Binning分(fen)(fen)析(xi)(單樣 / 混樣)、微生物宏(hong)基因組分(fen)(fen)析(xi)。

2. “三劍客(ke)”用于:測序數(shu)據的(de)多樣(yang)(yang)性、物種組(zu)成及組(zu)間差(cha)異(yi)分析(xi);宏基因(yin)組(zu)分箱評估與優(you)化;以及功(gong)能(neng)(neng)注釋、代謝(xie)通路及跨樣(yang)(yang)本功(gong)能(neng)(neng)比較。

3. 派森諾基因云提供“三劍客”分析,零代碼操作云分析產品,分析進度實時更新,分析結果實時(shi)保存(cun),生成報告一鍵導出(chu)

01、新版微(wei)生(sheng)物多(duo)樣(yang)性組成譜分(fen)析

功能特點:

對樣(yang)品中的特定(ding)微生物(wu)群落進行(xing)整體研究(jiu),分(fen)析(xi)微生物(wu)群落的多(duo)樣(yang)性(xing)(xing)和(he)分(fen)布規律(lv)。支持從原始測(ce)序(xu)數(shu)據到多(duo)樣(yang)性(xing)(xing)分(fen)析(xi)和(he)可(ke)視化(hua)的全流(liu)程。可(ke)生成物(wu)種組成桑基圖、PCoA圖、隨機(ji)森(sen)林分(fen)析(xi)、Micropita分(fen)析(xi)、關聯網絡分(fen)析(xi)等,支持出(chu)版級圖表(biao)導出(chu)。

適用場景:

適用于16S rRNA或ITS測序數據的多樣(yang)性(xing)分(fen)析(Alpha / Beta多樣(yang)性(xing))、物(wu)種組成分(fen)布及組間差異比較。

派(pai)森諾云平臺(tai)新(xin)版(ban)微生物(wu)多樣性組成譜(pu)分析系統(tong)優勢:

聯合(he)分析:與表型 / 理化因(yin)子(zi)聯合分析,深(shen)入挖掘微生(sheng)物組數據。

數據集創建:基于物種豐度、出現頻率等(deng)信息,自定義數據集,定向挖掘(jue)小(xiao)群落。

分析內容豐富:群落模(mo)型(xing)構(gou)建、生(sheng)態位(wei)分析(xi)、Micropita、菌(jun)群分型(xing)等(deng),滿足全方位(wei)數據挖掘需求。

機(ji)器學習(xi):集成(cheng)多種機(ji)器(qi)學(xue)習算法(fa),提高(gao)標志物(wu)種挖(wa)掘的可靠性。

? 時間序列分析:支持(chi)時間(jian)序列和配對分析,揭示微生物(wu)組隨時間(jian)和空間(jian)的變化。

自定(ding)義名稱:分組(zu)方案與樣本名稱(cheng)任意修改,豐(feng)富圖(tu)(tu)表實(shi)時交互展示,讓您的結果(guo)圖(tu)(tu)片調整更加靈活。

02、宏基(ji)因組Binning分(fen)析(單樣 / 混樣)

功(gong)能特點(dian):

宏(hong)基(ji)因組(zu)分箱(Binning)是將宏(hong)基(ji)因組(zu)測序(xu)組(zu)裝(zhuang)得到的(de)(de) contigs 按照其組(zu)成、覆(fu)蓋(gai)深度(du)的(de)(de)相似性等進行(xing)歸類(lei),以獲得完(wan)整或幾乎(hu)完(wan)整的(de)(de)基(ji)因組(zu),特(te)別是不可培養微生物(wu)的(de)(de)全基(ji)因的(de)(de)分析方法。

適用場景:

用(yong)于單(dan)樣本宏基(ji)因組(zu)數據的(de)分箱結果(guo)評估(gu)與優化,尤其適(shi)合復雜微生物群(qun)落的(de)基(ji)因組(zu)重構。

派森(sen)諾云平臺宏(hong)基因組Binning分析系統優勢:

個性化MAG集:輕松創建非冗余、種水平、高質(zhi)量(liang)及自定義(yi)MAG集。

實時(shi)注(zhu)釋:MAGs的結構與(yu)功能(neng)注釋實時呈現,無需等待。

全(quan)新內容:生長速率(lv)、選擇壓力及比較(jiao)基(ji)因組分(fen)析,帶來全新體驗。

出(chu)版級繪圖(tu):基因組圈圖(tu)、進化樹圖(tu)等(deng),品質卓(zhuo)越(yue),省心省力(li)。

兼(jian)容多種方法:與線下binning個性方案無縫銜接,靈活高效。

03、微生物宏基因組分(fen)析

功(gong)能特點

從(cong)環境(jing)(jing)樣品中(zhong)提取全部微生物的(de)(de)DNA,構建(jian)宏基因(yin)組文庫,利用(yong)基因(yin)組學的(de)(de)研究(jiu)策略研究(jiu)環境(jing)(jing)樣品所包含的(de)(de)全部微生物的(de)(de)遺傳組成及(ji)其群落功能。

適用場(chang)景(jing)

適用于宏基因組功能注釋、代謝通路(lu)分析(xi)及跨樣本功能組成比較(jiao)。

派森諾云平臺微(wei)生物宏基因組(zu)分析系(xi)統(tong)優勢:

多維度解析:涵蓋14大主流功能(neng)數據(ju)庫(ku),多維度數據(ju)解析(xi)。

雙模式:集成基(ji)于Reads集和Genes集數據,兩種模式(shi)各取所長。

創新(xin):GTDB數(shu)據(ju)庫(ku)(細菌古菌微生物(wu))+NCBI數(shu)據(ju)庫(ku)(真(zhen)核微生物(wu))+RVDB數(shu)據(ju)庫(ku)(病毒),創新整合物(wu)種注釋數(shu)據(ju)庫(ku)。

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