2025-03-25
Highlights
1.泛轉錄組是什么？為什么要做？高分案(an)例的實(shi)驗(yan)設計有哪些(xie)？本文帶您(nin)一網打盡！
2.泛轉錄組可以解析基因表達(da)模式(shi)的(de)群(qun)體差異(yi)，挖掘(jue)可變剪切、融合(he)基因等復雜轉錄(lu)事件，揭示環境適應(ying)或性狀形成的(de)動態分子機(ji)制(zhi)。
3.派森諾特別推出開學季限時活動，泛轉錄組(zu)只分析8折優惠(hui)，結合(he)2+3代全長轉(zhuan)錄組，助力解析生命全景式動態圖譜。
簡 介
泛轉錄(lu)組(zu)（Pan-Transcriptome）是指通過整合同(tong)一物(wu)(wu)種(zhong)多個組(zu)織、品種(zhong)或環境條件下(xia)的轉錄(lu)組(zu)數據，構(gou)建覆蓋物(wu)(wu)種(zhong)遺傳多樣性的全轉錄(lu)本表(biao)達圖譜。全面解析物(wu)(wu)種(zhong)基因(yin)型特異(yi)的轉錄(lu)調控(kong)網絡(luo)，為(wei)基因(yin)功(gong)能解析、環境適應性研究和(he)精準育種(zhong)提供(gong)重(zhong)要(yao)的數據資源。
應 用
1.解析基因(yin)表達模式的群體差異
2.挖掘(jue)可變剪切、融合基因等(deng)復雜轉錄事件
3.揭示環(huan)境(jing)適應或性狀形成的動(dong)態分(fen)子(zi)機制(zhi)
泛(fan)轉錄組常見實(shi)驗設計(ji)
泛轉(zhuan)錄(lu)組需(xu)求分析(xi)
1.突破傳統(tong)轉錄(lu)組局限
問(wen)題(ti)：單一參考(kao)基因組無法覆蓋群體多樣性
解決：泛轉錄組整合多樣本數據，捕獲稀(xi)有轉錄本和個體特異性表達
2.精準(zhun)醫學(xue)與個性化治(zhi)療(liao)
需求：解析(xi)患者特(te)異性轉錄變異（如RNA剪接(jie)異常），指導(dao)靶向治(zhi)療
案例：肺癌中EGFR基因不(bu)同剪(jian)接(jie)體對藥物的(de)響應差異
3.復雜性狀遺(yi)傳基礎解析
需求：關聯(lian)轉錄本多樣性與(yu)表型(xing)變(bian)異
應用：作(zuo)物產量相關可變剪接事(shi)件的挖掘(jue)
4.動態調控網絡構建
需求：研究轉(zhuan)錄本在不同發育階(jie)段、環境(jing)條件下的動態變化
案例(li)：植物開花過程中長鏈非編(bian)碼RNA的時(shi)序(xu)表達(da)模式
泛轉錄組(zu)高頻分析
1.SMRT測序及數據分析
2.全長轉錄本的去冗余和表征
3.lncRNA的鑒定與ORF的預測
4.泛轉錄組構(gou)建及AS分析(xi)
5.定量相對表(biao)達(da)分(fen)析
6.共表達網絡分(fen)析及hub基因鑒定
經典高分案例
1、泛轉錄組揭示作物冷脅迫(po)響應(ying)調控新(xin)機制(zhi)
Pan-transcriptomic analysis reveals alternative splicing control of cold tolerance in rice
發表期(qi)刊：The Plant Cell
影響因子：10
通訊單位：廣西大學
基(ji)(ji)(ji)于(yu)11種秈粳稻(dao)材料在(zai)(zai)冷(leng)(leng)脅(xie)迫下(xia)(xia)的(de)轉(zhuan)錄(lu)組(zu)(zu)數據（Iso-Seq和RNA-Seq）構建了水(shui)稻(dao)泛轉(zhuan)錄(lu)組(zu)(zu)，表征不同(tong)水(shui)稻(dao)品種的(de)冷(leng)(leng)響(xiang)應(ying)(ying)轉(zhuan)錄(lu)調(diao)控景觀，發(fa)現秈稻(dao)和粳稻(dao)的(de)轉(zhuan)錄(lu)組(zu)(zu)在(zai)(zai)冷(leng)(leng)處理后期表現出明顯(xian)的(de)差異。進一步利用水(shui)稻(dao)冷(leng)(leng)脅(xie)迫泛轉(zhuan)錄(lu)組(zu)(zu)數據，構建了冷(leng)(leng)脅(xie)迫下(xia)(xia)水(shui)稻(dao)基(ji)(ji)(ji)因的(de)共表達網絡，確認了OsCATC和Os03g0701200兩個基(ji)(ji)(ji)因可作(zuo)為(wei)增強水(shui)稻(dao)耐(nai)寒性工程改良的(de)新候(hou)選基(ji)(ji)(ji)因，同(tong)時(shi)發(fa)現低(di)溫觸發(fa)了水(shui)稻(dao)大規模AS事件(jian)響(xiang)應(ying)(ying)，AS是水(shui)稻(dao)應(ying)(ying)對冷(leng)(leng)脅(xie)迫的(de)重要調(diao)控機制。
2、泛(fan)轉錄(lu)組解析(xi)大(da)麥(mai)基因型特(te)異的轉錄(lu)調控(kong)網絡
A barley pan-transcriptome reveals layers of genotype-dependent transcriptional complexity
發表(biao)期刊：Nature Genetics
影響因子：31.8
通訊單位：詹(zhan)姆斯(si)·赫頓(dun)研究所(suo)
大(da)麥(mai)是全球重要(yao)的(de)糧食作物和(he)(he)飼料來(lai)源，具有廣泛的(de)適(shi)應性(xing)(xing)和(he)(he)遺傳多(duo)樣性(xing)(xing)。深入理解大(da)麥(mai)的(de)轉(zhuan)錄(lu)(lu)調(diao)控(kong)機制，對于解析(xi)其環境(jing)適(shi)應性(xing)(xing)和(he)(he)改良農(nong)藝性(xing)(xing)狀(zhuang)具有重要(yao)意義。該(gai)研究揭示(shi)了(le)大(da)麥(mai)基(ji)因(yin)型依賴性(xing)(xing)轉(zhuan)錄(lu)(lu)復雜性(xing)(xing)的(de)多(duo)層調(diao)控(kong)機制。該(gai)研究構(gou)建(jian)了(le)包(bao)含(han)20個代表性(xing)(xing)大(da)麥(mai)品種(zhong)的(de)泛轉(zhuan)錄(lu)(lu)組(zu)，并結合多(duo)種(zhong)生(sheng)物信息學分析(xi)方法，揭示(shi)了(le)基(ji)因(yin)組(zu)變異、RNA可變剪切(qie)、拷貝數變異等因(yin)素對轉(zhuan)錄(lu)(lu)調(diao)控(kong)的(de)影響，為大(da)麥(mai)遺傳改良和(he)(he)精準(zhun)育種(zhong)提(ti)供了(le)新的(de)見解。
大(da)麥是(shi)全(quan)球重要(yao)的糧食作物和飼(si)料來(lai)源，具(ju)有廣泛(fan)的適(shi)應性(xing)和遺(yi)傳(chuan)多樣性(xing)。該(gai)研究(jiu)揭示(shi)大(da)麥基因型依賴性(xing)轉(zhuan)錄(lu)復雜性(xing)的多層(ceng)調(diao)控(kong)機制，構(gou)建包含20個代表性(xing)大(da)麥品種的泛(fan)轉(zhuan)錄(lu)組，揭示(shi)了RNA可變剪切、拷貝數變異等因素(su)對轉(zhuan)錄(lu)調(diao)控(kong)的影響，為大(da)麥遺(yi)傳(chuan)改良與(yu)育種提供新的見(jian)解。
