2025-03-29
目錄
1.IGV軟件安裝(zhuang)和基本界面
2.轉錄組(zu)reads覆蓋查看
3 表觀組(zu)學peak峰圖(tu)查看(kan)
1、IGV軟件安裝(zhuang)和基本界(jie)面
IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款(kuan)本地即可使用的(de)(de)可視(shi)化(hua)工具，安裝簡單，操作便捷(jie)，支持(chi)多(duo)(duo)種格式的(de)(de)轉錄組(zu)(zu)、表(biao)觀組(zu)(zu)等(deng)數據的(de)(de)可視(shi)化(hua)分析！只需導入參考基因組(zu)(zu)文(wen)件(jian)以及(ji)bam/bw文(wen)件(jian)（IGV支持(chi)多(duo)(duo)種文(wen)件(jian)類型，這里我們主要以結(jie)果提(ti)供給老師的(de)(de)bam/bw文(wen)件(jian)為例），即可對轉錄組(zu)(zu)、表(biao)觀組(zu)(zu)的(de)(de)比對結(jie)果進行可視(shi)化(hua)瀏(liu)覽！
IGV官網：//igv.org/doc/desktop/
IGV下載：//igv.org/doc/desktop/#DownloadPage/
備注(zhu)：IGV軟件需要(yao)在安裝java的前提下(xia)打開，因此可以直接下(xia)載Java included的版本。
也可以通(tong)過網(wang)盤下載：//pan.baidu.com/s/1baZ9MF9wEVi4_eqhgl82zg?pwd=m5i7
基本界面：
重要菜單(dan)欄（File、Genome、Tools）：
File → Load from File → 加(jia)載文件（加(jia)載基(ji)因注釋(shi)gtf/gff文件、樣品bam/bw文件等）；
File → Save PNG/SVG Image → 導出PNG/SVG格式的(de)圖片；
Genome → Load Genome from File → 加載基因組(zu)文件；
Tools → Run igvtools → IGV生成索(suo)引的重要工(gong)具
選中Index工具，可以生成(cheng)fasta文件(jian)(jian)的索引fai文件(jian)(jian)，可以生成(cheng)bam文件(jian)(jian)的索引bai文件(jian)(jian)。
備注：部分原核的bam文(wen)件可能需要先選sort工(gong)具對(dui)bam文(wen)件進(jin)行排(pai)序(xu)，再對(dui)得到的sorted bam文(wen)件使(shi)用Index構建(jian)bai索引。
在Trace窗(chuang)口(kou)可(ke)以右鍵呼出如(ru)下(xia)菜單(dan)欄，進行調整（修(xiu)改顏色、數(shu)據范圍等）。
在基(ji)因(yin)組注(zhu)釋窗口可以(yi)右(you)鍵呼出(chu)如下菜(cai)單欄，選擇(ze)基(ji)因(yin)展示(shi)形(xing)式（可以(yi)展開多(duo)條(tiao)轉錄本）。
2、轉錄組reads覆(fu)蓋(gai)查看(kan)
a.文件準(zhun)備(bei)
參考基因組(zu)的序列文件和結構(gou)注釋gtf/gff文件、樣品(pin)對應的bam/bw文件。
參(can)考(kao)基(ji)(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)的(de)序列文件和(he)結(jie)構(gou)注釋(shi)gtf/gff文件：在(zai)參(can)考(kao)基(ji)(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)鏈(lian)接（報告參(can)考(kao)基(ji)(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)章節有(you)對應(ying)(ying)基(ji)(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)鏈(lian)接）里進(jin)入下載(zai)。備(bei)注：如果(guo)是人和(he)小鼠的(de)基(ji)(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)的(de)話，由于(yu)結(jie)構(gou)注釋(shi)文件太(tai)大，建議下載(zai)對應(ying)(ying)染色體(ti)的(de)gff文件查看。
如果分組表填寫(xie)的(de)參(can)考基因(yin)組為鏈接1（人）、3（小鼠(shu)）、5（大鼠(shu)）、11（綿羊）、99（水稻）的(de)話(hua)，可(ke)以(yi)在(zai)網盤下載對應的(de)序列和注釋文件：//pan.baidu.com/s/1COrNvnK35f3X9ZKPtItOag?pwd=ahrf
如(ru)果是原核的(de)項(xiang)目(mu)，參考基(ji)因組(zu)的(de)序列(lie)文(wen)件(jian)和結構(gou)注釋(shi)gtf/gff文(wen)件(jian)在原始數據annotation文(wen)件(jian)夾(jia)（云(yun)）或report→result→Ref_Genome文(wen)件(jian)夾(jia)（線下）獲取。
b.導入IGV
點(dian)擊 Genomes → Load Genome From File 導(dao)入基因組序列文(wen)件；點(dian)擊 File → Load from File 導(dao)入基因注釋gtf/gff和bam/bw文(wen)件。
導入(ru)成(cheng)功后如下。可以在(zai)bw文件(jian)里看(kan)到reads覆蓋情況(kuang)，在(zai)bam文件(jian)中查看(kan)reads覆蓋、剪(jian)切(qie)情況(kuang)、突變情況(kuang)：
Junctions里可以通過右鍵 → Sashimi Plot 來實現可變(bian)剪切可視化(hua)；
放大到一定程度可以查看到序列(lie)信(xin)息，同時也(ye)可以查看發生的(de)插入或突變(bian)(bian)的(de)具(ju)體情況(kuang)：每個堿(jian)(jian)基擁有特定的(de)顏(yan)色，可以看出(chu)從(cong)顏(yan)色和堿(jian)(jian)基上看到突變(bian)(bian)情況(kuang)；插入的(de)堿(jian)(jian)基用 Ⅰ 表示(shi)，缺失(shi)用 - 表示(shi)。
3、表觀組(zu)學peak峰圖(tu)查(cha)看
a.文件準備
參考基因組的序列文(wen)件和結(jie)構注(zhu)釋gtf/gff文(wen)件、樣(yang)品(pin)對應的bw文(wen)件（在report→Result→03_MapQC→IGV里）。
參考(kao)基(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)的序列文(wen)件(jian)(jian)和結構(gou)注(zhu)釋(shi)gtf/gff文(wen)件(jian)(jian)：在參考(kao)基(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)鏈(lian)接（報告(gao)參考(kao)基(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)章節有對(dui)應基(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)鏈(lian)接）里進入下載。備注(zhu)：如(ru)果是(shi)人(ren)和小(xiao)鼠(shu)的基(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)的話，由(you)于結構(gou)注(zhu)釋(shi)文(wen)件(jian)(jian)太大，建議下載對(dui)應染色體的gff文(wen)件(jian)(jian)查看。
如(ru)果(guo)分組表(biao)填寫的(de)參(can)考基因(yin)組為(wei)鏈(lian)接1（人）、3（小鼠）、5（大鼠）、11（綿羊）、99（水(shui)稻）的(de)話，可以(yi)在網盤下(xia)載(zai)對(dui)應(ying)的(de)序(xu)列(lie)和注釋(shi)文件：//pan.baidu.com/s/1COrNvnK35f3X9ZKPtItOag?pwd=ahrf
b.導入IGV
點擊(ji) Genomes → Load Genome From File 導(dao)入(ru)基因組序列文件；點擊(ji) File → Load from File 導(dao)入(ru)基因注釋gtf/gff和bw文件。
導入成功后如下(xia)。可以在bw文(wen)件(jian)里看到各個區域reads覆蓋情(qing)況(kuang)。
c.peak位置導入(ru)
因為peak位(wei)置(zhi)在樣品或合并結果中(zhong)并不是(shi)如基(ji)因一(yi)樣是(shi)固定的，因此我(wo)們可以將peak的位(wei)置(zhi)導入到IGV中(zhong)方便查看。
首先在(zai)樣品peak/合并后的peak/比較組差異peak表(biao)里，篩選關注的peak（或(huo)所(suo)有(you)的peak），整(zheng)理4項數(shu)據到新的表(biao)里（染(ran)色(se)體(ti)，peak起始位置，peak終止(zhi)位置，標(biao)注信息(xi)；標(biao)注信息(xi)可以(yi)是peak的名稱(cheng)，也可以(yi)整(zheng)合peak名稱(cheng)和loucus/nearest注釋；該表(biao)不需要表(biao)頭）。
然(ran)后將(jiang)這(zhe)4列信息復制到(dao)txt文(wen)(wen)(wen)件(jian)(jian)中(zhong)，在文(wen)(wen)(wen)件(jian)(jian)夾查看的(de)顯示里(li)打開文(wen)(wen)(wen)件(jian)(jian)擴展名，將(jiang)txt文(wen)(wen)(wen)件(jian)(jian)修改后綴為bed文(wen)(wen)(wen)件(jian)(jian)。
然后在IGV軟件(jian)中點擊(ji) File → Load from File 導(dao)入bed文件(jian)，通過查找(zhao)位置(zhi)，找(zhao)到關注peak的區域。
