2025-04-09
您正在苦惱腫瘤組(zu)織等低微生物(wu)載量樣本挖(wa)掘(jue)微(wei)生物信息檢出困難嗎？
您正在苦惱 FFPE等存在 DNA降解的樣本 不容易擴(kuo)增(zeng)到微(wei)生物(wu)嗎？
不必再苦惱！
5R 16S rRNA基因微(wei)生物多樣性(xing)組成譜項目解決您的問(wen)題！
下面跟著小(xiao)派一起看看5R 16S rRNA基(ji)因微(wei)生物多樣性組成譜項目新品細節吧!
技術(shu)原理
5R 16S微(wei)生物多樣(yang)性(xing)測序(xu)是通過對16S rRNA基因(yin)上的(de)特定區域(V2、V3、V5、V6、V8)進行多重PCR擴增和測序(xu)，搭配Short MUltiple RegionsFramework (SMURF)算法[1]，實現對微(wei)生物物種的(de)高覆(fu)蓋率(lv)和高分(fen)辨(bian)率(lv)檢測，尤其適合于(yu)低微(wei)生物載(zai)量(liang)和存在(zai)部分(fen)DNA降解的(de)樣(yang)品微(wei)生物檢測[2]。
圖(tu)1 細菌16SrRNA基因的圖(tu)形表(biao)示及(ji)其保守(藍色(se))和(he)可變(bian)(黃色(se))區(qu)域(yu)[2]
圖2 16S單區(qu)測序(xu)、雙區(qu)測序(xu)、5R 16S測序(xu)覆蓋率與分辨率對比[1]
技術特點(dian)
覆蓋區域長
5R 16S測序(xu)可(ke)以覆蓋16S rRNA基(ji)因(yin)的(de)5個區(qu)域，約68%的(de)16S全長序(xu)列。
分辨率高
5R 16S測序(xu)的(de)分(fen)辨(bian)率可以到“種”水平。
靈敏度高
5R 16S測序(xu)可以適(shi)用于(yu)低微(wei)生物載量樣本（如臨床組織、血(xue)液等）的菌(jun)群檢(jian)測。
樣(yang)本寬容度(du)高(gao)
5R 16S測序可(ke)以適用于(yu)降解樣本(ben)（如FFPE樣本(ben)）的菌群(qun)檢測。
技術差異
表(biao)1 16SV3-V4測序(xu)(xu)與5R 16S測序(xu)(xu)技(ji)術差(cha)異(yi)
實測數據對比
我們對(dui)比了同一(yi)份小(xiao)鼠(shu)肺組(zu)織樣本(ben)分別用16S雙區測(ce)序(xu)和5R 16S測(ce)序(xu)的物種(zhong)組(zu)成結(jie)果(guo)。實(shi)測(ce)結(jie)果(guo)表(biao)明，豐度排名前6的物種(zhong)結(jie)果(guo)顯示(shi)，V3-V4結(jie)果(guo)中存(cun)在較(jiao)多環境污染菌，5R檢測(ce)能夠更加全面的檢測(ce)出小(xiao)鼠(shu)肺組(zu)織中的微生(sheng)物。
圖 16S雙(shuang)區(qu)測(ce)序與5R 16S測(ce)序實測(ce)結(jie)果(guo)對比（左(zuo)：16S V3-V4物(wu)種組成(cheng)(cheng)結(jie)果(guo)；右：5R 16S物(wu)種組成(cheng)(cheng)結(jie)果(guo)）
常(chang)見樣(yang)本送(song)樣(yang)要求(qiu)
參考文獻
[1] Nejman D, Livyatan I, Fuks G, Gavert N, Zwang Y, Geller LT, Rotter-Maskowitz A, Weiser R, Mallel G, Gigi E, Meltser A, Douglas GM, Kamer I, Gopalakrishnan V, Dadosh T, Levin-Zaidman S, Avnet S, Atlan T, Cooper ZA, Arora R, Cogdill AP, Khan MAW, Ologun G, Bussi Y, Weinberger A, Lotan-Pompan M, Golani O, Perry G, Rokah M, Bahar-Shany K, Rozeman EA, Blank CU, Ronai A, Shaoul R, Amit A, Dorfman T, Kremer R, Cohen ZR, Harnof S, Siegal T, Yehuda-Shnaidman E, Gal-Yam EN, Shapira H, Baldini N, Langille MGI, Ben-Nun A, Kaufman B, Nissan A, Golan T, Dadiani M, Levanon K, Bar J, Yust-Katz S, Barshack I, Peeper DS, Raz DJ, Segal E, Wargo JA, Sandbank J, Shental N, Straussman R. The human tumor microbiome is composed of tumor type-specific intracellular bacteria. Science. 2020 May 29;368(6494):973-980. doi: 10.1126/science.aay9189. PMID: 32467386; PMCID: PMC7757858.
[2] Fuks G, Elgart M, Amir A, Zeisel A, Turnbaugh PJ, Soen Y, Shental N. Combining 16S rRNA gene variable regions enables high-resolution microbial community profiling. Microbiome. 2018 Jan 26;6(1):17. doi: 10.1186/s40168-017-0396-x. PMID: 29373999; PMCID: PMC5787238
