2025-04-22
前言
單細胞測序技術的飛速發展，為生命科學帶來了前所未有的微觀視角，讓我們能夠深入探究細胞的異質性。隨著單細胞數據的海量涌現，自動化注釋和云平臺的應用就變得尤為重要，而派森諾基因云推出的全新單細胞測序數據云平臺，以“全流程智能化、多模塊覆蓋、零代碼操作”為核心優勢，化繁為簡，將復雜的生信流程簡化成“一鍵式”操作，助力用戶更加高效地處理和解讀海量的單細胞數據。本文將聚焦平臺三大核心功能——自動化(hua)注釋修正、細胞重命(ming)名和(he)細胞層級映(ying)射，解析細胞的異質性并精準標注每個細胞的“身份”。
第一模塊、自動化注釋修(xiu)正
在單細(xi)胞(bao)測序分析過程(cheng)中，細(xi)胞(bao)注釋一直都是(shi)難點和痛點。派(pai)森諾單細(xi)胞(bao)測序數(shu)(shu)據(ju)云(yun)平(ping)臺，會(hui)根據(ju)預先定(ding)義的參考數(shu)(shu)據(ju)集和細(xi)胞(bao)命名的規(gui)則，給用戶(hu)提供完善的自(zi)動化注釋的結(jie)果。
①在質控和數據集上傳分析后，用戶可以打開細胞注釋模塊，在頁面中選擇上傳分析的數據集，點擊更新后就能一鍵導入該數據集機械分群的結果。這(zhe)里可以(yi)看到(dao)數(shu)據集機(ji)械分群的cluster數(shu)和各種形(xing)式(shi)的圖（UMAP圖，Tsne和Barplot），各類(lei)型的圖片之間可以(yi)自行切換(huan)。
②右(you)側操作欄中(zhong)的(de)分(fen)析設置，選擇cell type，并(bing)(bing)點擊更新(xin)，并(bing)(bing)可(ke)一(yi)鍵(jian)導(dao)入該數據(ju)集(ji)的(de)自動化注釋的(de)結(jie)果。
③同(tong)時，云平臺(tai)會以用(yong)表格的(de)形式展(zhan)示(shi)細(xi)胞鑒定(ding)(ding)的(de)結果，UMAP圖(tu)往下(xia)拉，便(bian)能看(kan)到一(yi)個細(xi)胞鑒定(ding)(ding)的(de)結果表，可以讓用(yong)戶(hu)更方便(bian)直(zhi)接的(de)看(kan)到哪(na)個簇對(dui)應的(de)是什么細(xi)胞類型，方便(bian)對(dui)細(xi)胞標簽進(jin)行修改。
當然，有的用戶會(hui)想(xiang)要根(gen)據(ju)自(zi)己的marker基(ji)因結果確認并修改(gai)細胞(bao)的標簽，那要怎么操作呢？
④如果(guo)用(yong)戶需要(yao)修(xiu)改(gai)(gai)(gai)標(biao)簽，那么則需要(yao)回(hui)到(dao)細(xi)胞(bao)集(ji)分析模(mo)塊(kuai)(kuai)，選(xuan)(xuan)擇新建數(shu)據(ju)數(shu)據(ju)集(ji)，點擊后(hou)會再選(xuan)(xuan)擇細(xi)胞(bao)標(biao)簽修(xiu)改(gai)(gai)(gai)的(de)模(mo)塊(kuai)(kuai)。用(yong)戶選(xuan)(xuan)擇細(xi)胞(bao)類型(xing)注釋，可(ke)以對(dui)每(mei)個clsuter進行細(xi)胞(bao)標(biao)簽的(de)修(xiu)改(gai)(gai)(gai)。修(xiu)改(gai)(gai)(gai)完成后(hou)點擊創建數(shu)據(ju)集(ji)后(hou)，便可(ke)生(sheng)成修(xiu)改(gai)(gai)(gai)后(hou)新的(de)標(biao)簽結果(guo)，新結果(guo)可(ke)以在細(xi)胞(bao)注釋模(mo)塊(kuai)(kuai)查看。
第二模(mo)塊、細胞重命名(ming)
當然，由于各用戶(hu)的(de)研究(jiu)領(ling)域(yu)的(de)不同，對細(xi)(xi)胞類(lei)型(xing)的(de)理解和(he)劃分(fen)，也會有細(xi)(xi)微的(de)差別。當用戶(hu)想(xiang)要(yao)自主定義細(xi)(xi)胞類(lei)型(xing)的(de)名稱時，派森諾基因(yin)云(yun)單細(xi)(xi)胞測序云(yun)平臺(tai)也可以(yi)提供(gong)方便(bian)快捷的(de)修改方式(shi)。
①在(zai)數據集分析模塊，用戶可(ke)以(yi)選擇細胞標簽修改欄中的細胞類型重命名，這(zhe)里是(shi)可(ke)以(yi)對我們(men)已經注釋(shi)出來的細胞名稱進(jin)行個性化的修改；
②自定義新的數據集(ji)名稱(cheng)，方(fang)便(bian)后面查看(kan)數據集(ji)的結(jie)果(guo)；
③對細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)名(ming)稱(cheng)進(jin)行(xing)重新的(de)定義，比如B細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)中有少(shao)量的(de)漿細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)，根據派森諾的(de)命(ming)名(ming)規則(ze)，如果B細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)和(he)漿細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)在(zai)同一個(ge)簇中，會(hui)將(jiang)漿細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)優(you)先(xian)歸到B細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)中，后(hou)續再進(jin)行(xing)細(xi)(xi)(xi)分。但是有些用戶(hu)就需要再大類上體現出(chu)漿細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)的(de)存在(zai)，那么就可(ke)以將(jiang)BCells的(de)標簽重新命(ming)名(ming)成B_Plasma。
④細胞重命名完成后，點擊創建數據集(ji)，此時就(jiu)會(hui)生成新(xin)的數據集(ji)的注釋結果。
第三模塊(kuai)、細胞層級映(ying)射
在單細(xi)胞分析過程(cheng)中(zhong)，用(yong)戶經常會遇(yu)到(dao)大(da)類細(xi)胞類型單一，或(huo)者(zhe)用(yong)戶想要在大(da)類的(de)UMAP圖中(zhong)展示(shi)出(chu)某(mou)個(ge)細(xi)胞細(xi)分的(de)結(jie)果。那這個(ge)時候就(jiu)需要我們將細(xi)分的(de)結(jie)果映(ying)射到(dao)大(da)類的(de)UMAP圖中(zhong)，以達(da)到(dao)用(yong)戶的(de)需求。
首先，如何對某種細(xi)胞類型進行細(xi)分注釋，以(yi)T細(xi)胞細(xi)分為例。
①-②數據集(ji)分析模塊(kuai)，選擇細(xi)胞分群與鑒定欄，細(xi)胞集(ji)名稱(cheng)可以命名為我們需(xu)要細(xi)分的細(xi)胞類型；
③選擇我們需(xu)要(yao)細分的細胞類型(xing)，對(dui)其進行勾選，這里選擇對(dui)T細胞進行勾選；
④選擇去批次(ci)的方式(shi)，一般默認是(shi)用harmony去批次(ci)；
⑤分(fen)辨(bian)(bian)率可以根據細(xi)胞(bao)的數(shu)量進(jin)行調整(zheng)，細(xi)胞(bao)的亞群細(xi)分(fen)，建議分(fen)辨(bian)(bian)率調整(zheng)到0.3左(zuo)右(you)；
⑥-⑦最后還(huan)需要確認細(xi)胞注釋等級為亞群注釋，并且完成以上的(de)操作后，可點擊創(chuang)建數(shu)據集(ji)，生成T細(xi)胞細(xi)分的(de)數(shu)據集(ji)結(jie)果(guo)。
當(dang)T細(xi)(xi)胞細(xi)(xi)分的數據集成(cheng)功生成(cheng)后，用(yong)戶想把T細(xi)(xi)胞細(xi)(xi)分的結(jie)果映射回大類中，那么需要如何操作呢(ni)？
①當T細(xi)胞的結(jie)果運行完(wan)成(cheng)以后，并且細(xi)胞標簽無需(xu)再進行修改后，用戶需(xu)要再次回到數(shu)據(ju)集分析模塊，選擇細(xi)胞標簽修改欄中的細(xi)胞亞群映射；
②再(zai)次(ci)創建新的數據(ju)集并對其命名，主細(xi)胞集選擇(ze)(ze)需要(yao)展示映射亞群的細(xi)胞集名稱，子細(xi)胞集選擇(ze)(ze)我們(men)需要(yao)映射的亞群細(xi)胞集。
③選(xuan)擇完成后，點擊(ji)創(chuang)建細胞集(ji)，再次運行(xing)結(jie)果(guo)。
當映射任務完(wan)成以后，用戶可以繼續在細胞注(zhu)釋模塊(kuai)，選擇映射的數據集(ji)查看(kan)結(jie)果。
總(zong) 結
派森諾基因云單細胞測序云平臺中的自動化注釋修(xiu)正、細胞重命名和細胞層(ceng)級映(ying)射功能(neng)為用(yong)(yong)戶提供強大的分析工具，能夠快(kuai)速準確(que)地對細胞(bao)類(lei)型進(jin)行分類(lei)和注釋。在實際的操作中，用(yong)(yong)戶需要根據具體的研(yan)究(jiu)需求和各自數據的特點，靈活運用(yong)(yong)這些工作，以獲得準確(que)細胞(bao)注釋的結果(guo)。
