前言

2025 年，派森諾持續秉承服務至上的理念，以多組學技術服務領跑者的姿態，在生命科學研究領域持續迸發活力，助力高分項目文章相繼發表，1-4月份共計發表項目文章758篇，累計影響因(yin)子4876分，超過10分文章66篇，涵蓋 Nature、Cell、iMetaOmics、Molecular Plant、Cell Metabolism、NC、Cell Host & Microbe、Advanced Science、JHM等領域頂刊。

微生物相關項目助力發表文章351篇(pian)，累計影響因子(zi)2614.4分，超過10分文章(zhang)35篇(pian)，涵蓋Nature、iMetaOmics、Cell Host & Microbe、Microbiome、Advanced Science、JHM、EST\BT\JEM等(deng)領域期(qi)刊(kan)，本(ben)期(qi)小編特(te)精選了部(bu)分(fen)微生物高分(fen)文章案例(li)，與大家分(fen)享，期(qi)許能為您(nin)的(de)科研(yan)探索(suo)或行業實踐注入新的(de)靈感(gan)源泉，在思維的(de)碰撞中激發出更富創造性的(de)火花。

項目文(wen)章一

基因工(gong)程改造后的需(xu)鈉弧菌對(dui)復雜有(you)機污染(ran)物的生物修復作用

發表期刊：Nature

影響因子(zi)：50.5

熱點(dian)技(ji)術(shu)：16S測序、基因組、代(dai)謝組、轉(zhuan)錄組、qRT-PCR驗證等

文章簡介：本研究成功(gong)開發了基于需鈉弧菌的(de)(de)復(fu)合(he)污染(ran)物(wu)工程菌構建(jian)平臺，實現了從(cong)代(dai)謝(xie)通(tong)路的(de)(de)挖掘、設計和合(he)成到單一(yi)、復(fu)合(he)污染(ran)物(wu)降(jiang)解(jie)菌株(zhu)的(de)(de)構建(jian)、測(ce)試、以及(ji)在實際(ji)工業廢(fei)水樣本處理應用的(de)(de)全(quan)流(liu)程，為(wei)(wei)(wei)石化、氯堿等(deng)高鹽廢(fei)水處理、海上石油泄(xie)漏、微塑(su)料污染(ran)等(deng)全(quan)球性挑(tiao)戰提供了生物(wu)解(jie)決方案(an)。同時(shi)，INTIMATE技(ji)術為(wei)(wei)(wei)多基因簇工程底盤的(de)(de)構建(jian)提供了通(tong)用技(ji)術平臺，使得同一(yi)菌株(zhu)中(zhong)多種(zhong)(zhong)代(dai)謝(xie)功(gong)能(neng)(neng)的(de)(de)整(zheng)合(he)以及(ji)優質(zhi)菌種(zhong)(zhong)的(de)(de)迭代(dai)功(gong)能(neng)(neng)拓(tuo)展(zhan)成為(wei)(wei)(wei)可能(neng)(neng)，可擴展(zhan)至其(qi)他污染(ran)物(wu)降(jiang)解(jie)體系(xi)的(de)(de)構建(jian)乃至天然產物(wu)合(he)成、高值化學(xue)品細胞工程構建(jian)等(deng)合(he)成生物(wu)學(xue)應用場(chang)景。

項目文章二

合成(cheng)微生物(wu)群落通過增強微生物(wu)的(de)(de)發(fa)酵(jiao)能力來提升(sheng)榨辣椒的(de)(de)品質

發表期(qi)刊：iMetaOmics

影響因子：23.7

熱點(dian)技術：16S測序(xu)、ITS測序(xu)、宏基因組等(deng)

文(wen)章簡(jian)介(jie)：本研究以榨(zha)(zha)辣椒(jiao)為模(mo)型，設計并(bing)構(gou)建了(le)(le)(le)(le)由兩種細菌(jun)和三(san)種真菌(jun)組(zu)成的(de)SynComs。利(li)用高(gao)(gao)通量(liang)(liang)測序技術，研究了(le)(le)(le)(le)發(fa)(fa)酵(jiao)過(guo)(guo)程(cheng)中微(wei)生物(wu)的(de)動態變(bian)(bian)化，并(bing)評估(gu)了(le)(le)(le)(le)SynComs對發(fa)(fa)酵(jiao)過(guo)(guo)程(cheng)的(de)影響。SynComs將(jiang)發(fa)(fa)酵(jiao)時(shi)間縮短了(le)(le)(le)(le)約15天，提(ti)高(gao)(gao)了(le)(le)(le)(le)風(feng)(feng)(feng)味(wei)物(wu)質的(de)產(chan)量(liang)(liang)（乳(ru)酸乙(yi)(yi)酯(zhi)和乙(yi)(yi)酸乙(yi)(yi)酯(zhi)分(fen)別提(ti)高(gao)(gao)了(le)(le)(le)(le)8%），并(bing)顯著(zhu)(zhu)提(ti)升了(le)(le)(le)(le)榨(zha)(zha)辣椒(jiao)的(de)質量(liang)(liang)。同時(shi)，SynComs改變(bian)(bian)了(le)(le)(le)(le)真菌(jun)群(qun)(qun)落(luo)(luo)的(de)演替(ti)模(mo)式，使得(de)畢赤酵(jiao)母在整個發(fa)(fa)酵(jiao)過(guo)(guo)程(cheng)中成為優勢菌(jun)種，真菌(jun)群(qun)(qun)落(luo)(luo)演替(ti)模(mo)式也更接近于(yu)零模(mo)型。宏(hong)基(ji)(ji)因組(zu)注釋結果表明功能基(ji)(ji)因，尤其是糖苷水解酶家族發(fa)(fa)生了(le)(le)(le)(le)顯著(zhu)(zhu)變(bian)(bian)化。合成菌(jun)群(qun)(qun)增強了(le)(le)(le)(le)土著(zhu)(zhu)微(wei)生物(wu)與(yu)風(feng)(feng)(feng)味(wei)化合物(wu)之間的(de)正相關性(xing)，同時(shi)增加了(le)(le)(le)(le)其他群(qun)(qun)落(luo)(luo)微(wei)生物(wu)對風(feng)(feng)(feng)味(wei)產(chan)生的(de)貢獻。這些發(fa)(fa)現(xian)為通過(guo)(guo)自(zi)然發(fa)(fa)酵(jiao)提(ti)高(gao)(gao)榨(zha)(zha)辣椒(jiao)和其他傳(chuan)統發(fa)(fa)酵(jiao)食品(pin)的(de)質量(liang)(liang)提(ti)供了(le)(le)(le)(le)新途徑。

項(xiang)目文章三(san)

卵形(xing)擬桿菌代謝物吲哚-3-乙酸通過恢復(fu)M1/M2巨(ju)噬細(xi)胞的極化平(ping)衡和抑制炎癥改善動脈粥樣(yang)硬化

發(fa)表期刊：ADVANCE SCIENCE

影響(xiang)因子(zi)：14.3

熱點(dian)技術(shu)：16S全長、代謝組、轉錄組、qRT-PCR驗證等

文章(zhang)簡介：在(zai)本(ben)研究中，通過使用(yong)動(dong)脈(mo)粥樣硬(ying)化性心血管疾病患者以及有冠(guan)心病風險(xian)因素(su)的(de)志愿者的(de)糞(fen)便(bian)和血清樣本(ben)進(jin)(jin)行了(le)(le)(le)全面的(de)微生(sheng)物(wu)組(zu)和代(dai)謝(xie)物(wu)分析，并結合培養組(zu)織學(xue)，確(que)定了(le)(le)(le)核心菌(jun)株擬(ni)桿菌(jun)屬卵形(xing)擬(ni)桿菌(jun)（B. ovatus）。糞(fen)便(bian)微生(sheng)物(wu)群移(yi)植實(shi)驗進(jin)(jin)一步(bu)表明(ming)，腸道微生(sheng)物(wu)群顯(xian)著影響動(dong)脈(mo)粥硬(ying)化（AS）的(de)進(jin)(jin)展。值(zhi)得注(zhu)意的(de)是，B. ovatus 主要通過恢復(fu)腸道屏障和增強膽汁酸(suan)代(dai)謝(xie)來緩解 AS，特別是通過產生(sheng)吲哚(duo)-3-乙酸(suan)（IAA），這(zhe)是一種色氨酸(suan)衍(yan)生(sheng)代(dai)謝(xie)物(wu)。IAA 抑制 M1 巨(ju)噬細胞中的(de) TLR4/MyD88/NF-kB通路，促進(jin)(jin) M2 巨(ju)噬細胞極化，并恢復(fu)了(le)(le)(le) M1/M2 極化平(ping)衡，最終減(jian)輕(qing)(qing)了(le)(le)(le)主動(dong)脈(mo)炎(yan)癥。這(zhe)些發(fa)現闡(chan)明(ming)了(le)(le)(le)腸道微生(sheng)物(wu)群與動(dong)脈(mo)粥樣硬(ying)化之間的(de)機制相(xiang)互作用(yong)，首次證(zheng)明(ming)了(le)(le)(le)第二代(dai)益(yi)生(sheng)菌(jun)卵形(xing)擬(ni)桿菌(jun)能夠(gou)改善膽汁酸(suan)代(dai)謝(xie)并減(jian)輕(qing)(qing)炎(yan)癥，為(wei)未來涉及該菌(jun)株的(de)動(dong)脈(mo)粥樣硬(ying)化治療應用(yong)提供了(le)(le)(le)理(li)論基礎(chu)。

項目文章四

瘤胃微生(sheng)物組與奶牛產后(hou)酮病(bing)的發生(sheng)有關：一項前瞻性(xing)嵌(qian)套病(bing)例對照研究

發表期刊：Microbiome

影響因子：13.8

熱點技術：16S測(ce)序(xu)、宏基因組、代謝(xie)組等

文章簡(jian)介：該研(yan)究(jiu)是第一個縱向評估(gu)圍產期碳水化合物(wu)(wu)和(he)脂質代(dai)(dai)謝紊亂奶(nai)牛瘤胃微(wei)(wei)生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)(wu)群(qun)的研(yan)究(jiu)。研(yan)究(jiu)證明奶(nai)牛產犢后(hou)表現出(chu)瘤胃微(wei)(wei)生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)(wu)群(qun)破壞，與(yu)改變參與(yu)丙酸鹽和(he)生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)糖氨基(ji)酸代(dai)(dai)謝的微(wei)(wei)生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)(wu)群(qun)基(ji)因(yin)有關，研(yan)究(jiu)結果對(dui)瘤胃微(wei)(wei)生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)(wu)群(qun)動態與(yu)宿(su)主能(neng)量(liang)代(dai)(dai)謝的關系(xi)具有重要意義，通過調節瘤胃微(wei)(wei)生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)(wu)群(qun)或提供特(te)殊(shu)的生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)糖前體為(wei)預防(fang)酮病的潛在(zai)策略。

項目文章五

果(guo)膠結構多樣性對腸(chang)道微生物群(qun)的影響(xiang)：通過體外發酵的機(ji)理探索

發(fa)表期刊：Carbohydrate Polymers

影響因子：10.7

熱點(dian)技術：16S全長、代(dai)謝組檢(jian)測等

文章(zhang)簡介：果(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)膠在調(diao)(diao)節腸(chang)(chang)道(dao)菌(jun)群(qun)(qun)和增強微生(sheng)物(wu)(wu)代(dai)(dai)謝(xie)功(gong)能(neng)方(fang)面具(ju)有顯著的(de)益生(sheng)元潛力。然而，果(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)膠結(jie)構與相關(guan)特性對(dui)腸(chang)(chang)道(dao)菌(jun)群(qun)(qun)調(diao)(diao)節的(de)確切(qie)關(guan)系尚未(wei)完全闡明(ming)(ming)(ming)。為此(ci)，我們通(tong)過體外(wai)糞便發(fa)酵，對(dui)四種具(ju)有特定結(jie)構特征(zheng)的(de)純(chun)化果(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)膠與腸(chang)(chang)道(dao)微生(sheng)物(wu)(wu)群(qun)(qun)的(de)相互作用進行(xing)了(le)檢測(ce)和比較，隨(sui)后進行(xing)了(le)16S rRNA全長基(ji)因(yin)測(ce)序、代(dai)(dai)謝(xie)組學和生(sheng)物(wu)(wu)信(xin)息(xi)學分(fen)析(xi)(xi)。結(jie)果(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)表(biao)明(ming)(ming)(ming)，果(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)膠在降解成(cheng)不同水(shui)平的(de)SCFA的(de)同時，選擇(ze)性地調(diao)(diao)節了(le)腸(chang)(chang)道(dao)菌(jun)群(qun)(qun)的(de)組成(cheng)。此(ci)外(wai)，果(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)膠組的(de)代(dai)(dai)謝(xie)物(wu)(wu)譜在質量(liang)和數量(liang)上也存在差異，這表(biao)明(ming)(ming)(ming)果(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)膠的(de)結(jie)構變化進一步影響了(le)腸(chang)(chang)道(dao)微生(sheng)物(wu)(wu)群(qun)(qun)的(de)代(dai)(dai)謝(xie)功(gong)能(neng)。生(sheng)物(wu)(wu)信(xin)息(xi)學分(fen)析(xi)(xi)表(biao)明(ming)(ming)(ming)，果(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)膠光滑區(qu)a-（1→4）鏈半乳糖(tang)醛酸組成(cheng)的(de)線性鏈、阿(a)拉伯糖(tang)殘基(ji)決定毛區(qu)貢獻、共(gong)軛(e)蛋白含量(liang)和分(fen)子(zi)量(liang)等結(jie)構參數是控制果(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)膠與腸(chang)(chang)道(dao)菌(jun)群(qun)(qun)相互作用、細菌(jun)交叉取食以及最終微生(sheng)物(wu)(wu)代(dai)(dai)謝(xie)結(jie)果(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)的(de)關(guan)鍵因(yin)素(su)。本(ben)研究在純(chun)化果(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)膠分(fen)子(zi)水(shui)平上推進了(le)我們目前對(dui)果(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)膠結(jie)構及其對(dui)腸(chang)(chang)道(dao)微生(sheng)物(wu)(wu)群(qun)(qun)調(diao)(diao)節特性之間(jian)聯系的(de)理解。

項目文章六

多組學(xue)揭示堆肥細菌生物合成誘(you)導硫化氫(qing)產生的一條被忽視的途徑

發表期刊：Journal of Hazardous Materials

影(ying)響因子：12.2

熱(re)點技術(shu)：16S測序(xu)、宏(hong)基因組、宏(hong)蛋白組等

文章簡介(jie)：本研究使(shi)用(yong) DL-丙炔基(ji)甘氨(an)酸（PAG）這(zhe)種(zhong)半胱氨(an)酸裂解酶(mei)的(de)(de)抑制(zhi)劑，來(lai)探(tan)究在(zai)(zai)不同(tong)通(tong)氣(qi)速率(lv)(lv)下(xia)(xia)堆(dui)肥過(guo)(guo)程(cheng)中生(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)生(sheng)(sheng)(sheng)成(cheng)(cheng)途(tu)(tu)徑(jing)對硫(liu)(liu)化(hua)氫(qing)生(sheng)(sheng)(sheng)成(cheng)(cheng)的(de)(de)貢獻。結(jie)果表(biao)(biao)(biao)明(ming)PAG 的(de)(de)添(tian)加分別顯著抑制(zhi)了(le)(le)(le)高通(tong)氣(qi)率(lv)(lv)和(he)低(di)通(tong)氣(qi)率(lv)(lv)下(xia)(xia)的(de)(de)硫(liu)(liu)化(hua)氫(qing)排(pai)放(fang)，幅度分別為(wei)(wei) 45.52% 和(he) 19.74%。PAG 的(de)(de)添(tian)加降低(di)了(le)(le)(le)與(yu)硫(liu)(liu)化(hua)氫(qing)生(sheng)(sheng)(sheng)成(cheng)(cheng)相關的(de)(de)核心細菌(jun)的(de)(de)多樣性。宏(hong)基(ji)因組(zu)和(he)宏(hong)蛋白(bai)(bai)質組(zu)分析進一步表(biao)(biao)(biao)明(ming)，PAG 降低(di)了(le)(le)(le)硫(liu)(liu)酸鹽還原基(ji)因的(de)(de)豐度，下(xia)(xia)調(diao)了(le)(le)(le)半胱氨(an)酸裂解酶(mei)的(de)(de)表(biao)(biao)(biao)達(da)，并上調(diao)了(le)(le)(le)過(guo)(guo)氧化(hua)氫(qing)酶(mei)的(de)(de)表(biao)(biao)(biao)達(da)。因此，硫(liu)(liu)酸鹽還原和(he)生(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)合成(cheng)(cheng)都對硫(liu)(liu)化(hua)氫(qing)的(de)(de)生(sheng)(sheng)(sheng)成(cheng)(cheng)起到了(le)(le)(le)貢獻作用(yong)，而 PAG 也抑制(zhi)了(le)(le)(le)這(zhe)兩種(zhong)途(tu)(tu)徑(jing)。最后(hou)，微生(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)純培養(yang)實驗進一步證實了(le)(le)(le) PAG 在(zai)(zai)減少堆(dui)肥過(guo)(guo)程(cheng)中硫(liu)(liu)化(hua)氫(qing)排(pai)放(fang)方面的(de)(de)有效(xiao)性。這(zhe)項研究揭示了(le)(le)(le)堆(dui)肥過(guo)(guo)程(cheng)中硫(liu)(liu)化(hua)氫(qing)生(sheng)(sheng)(sheng)成(cheng)(cheng)的(de)(de)一個被忽視的(de)(de)途(tu)(tu)徑(jing)，填補了(le)(le)(le)生(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)生(sheng)(sheng)(sheng)成(cheng)(cheng)途(tu)(tu)徑(jing)在(zai)(zai)堆(dui)肥硫(liu)(liu)化(hua)氫(qing)排(pai)放(fang)中的(de)(de)作用(yong)方面的(de)(de)研究空白(bai)(bai)。這(zhe)為(wei)(wei)未(wei)來(lai)的(de)(de)環境管(guan)理和(he)源(yuan)頭污(wu)染控制(zhi)提供了(le)(le)(le)突(tu)破性的(de)(de)指導(dao)。

項目文章七

與 BTEX 和氯化脂肪(fang)烴共污染的地下土壤中原生微生物組的組成和分解(jie)代謝(xie)的異質性

發表期刊：Environmental Science & Technology

影響(xiang)因(yin)子：10.8

熱點技(ji)術(shu)：16S測(ce)序、宏(hong)基因組、代謝組等

文章簡介：本(ben)研(yan)究中(zhong)，從一個相對較(jiao)小(xiao)區(qu)域（20×20 平(ping)方米）內受苯(ben)、甲苯(ben)、乙苯(ben)和(he)(he)(he)二甲苯(ben)（BTEX）以及氯代脂肪(fang)族烴（CAHs）污染(ran)的多個位置(zhi)采集(ji)的樣本(ben)被進(jin)行比較(jiao)，以檢驗其物(wu)(wu)理化學和(he)(he)(he)微生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)特性。對 16S rRNA 基(ji)因擴增(zeng)子和(he)(he)(he)宏基(ji)因組測(ce)序數(shu)據(ju)(ju)進(jin)行的無監督聚類分(fen)析表(biao)明，原生(sheng)(sheng)群落(luo)分(fen)化為三種(zhong)不同(tong)的模(mo)式。在Cluster 1 中(zhong)，具(ju)有多種(zhong)單氧化酶(mei)和(he)(he)(he)谷(gu)胱(guang)甘肽 S-轉移(yi)酶(mei)（GST）的假單胞菌(jun)在受高濃度 BTEX 和(he)(he)(he) CAHs 污染(ran)的樣本(ben)中(zhong)富集(ji)；Cluster 2包含較(jiao)高比例的共代謝降(jiang)解(jie)者；Cluster 3 主(zhu)要由賴斯納(na)氏菌(jun)和(he)(he)(he)有機鹵化物(wu)(wu)呼吸菌(jun)（OHRBs）組成(cheng)(cheng)，它們(men)通過(guo)還(huan)原脫氯作(zuo)用對 CAHs 進(jin)行降(jiang)解(jie)。微生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)群落(luo)之間組成(cheng)(cheng)和(he)(he)(he)功能的顯著(zhu)差異歸因于(yu)有機污染(ran)物(wu)(wu)的分(fen)布差異，即使是在如此(ci)小(xiao)的區(qu)域內也是如此(ci)。將基(ji)因組特征與物(wu)(wu)理化學數(shu)據(ju)(ju)相結合，能夠顯著(zhu)加深對土壤中(zhong)異質性的理解(jie)，并(bing)揭示其對微生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)群落(luo)的影響，從而為優化生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)修復策略提供有價值的信息。

文章索引：

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