Highlights

1.轉錄組和代謝(xie)組聯合分析有什么優(you)勢？如何進行研(yan)究？

2.從疾(ji)病靶(ba)點挖掘到作物抗逆育種，從藥物機制解析(xi)到食品溯源打假，揭示(shi)轉錄組(zu)和代(dai)謝組(zu)聯合分(fen)析(xi)的通用(yong)生命密(mi)碼。

.3.轉(zhuan)錄(lu)組+代謝組研(yan)究案例豐富，覆蓋完整(zheng)的機制(zhi)鏈(lian)條，通過關聯(lian)分析解析密碼(ma)。

隨著科研領域的不(bu)斷深入，單(dan)一組學(xue)的數據(ju)已經很難(nan)系統(tong)、全面表征復雜的生理(li)或病理(li)調控分(fen)(fen)子機(ji)制(zhi)，因(yin)此需要借(jie)助于多個組學(xue)相互補充(chong)，從多個維度(du)(du)進(jin)行深度(du)(du)的數據(ju)挖(wa)掘。基(ji)(ji)(ji)因(yin)表達活(huo)躍，代謝(xie)(xie)(xie)(xie)物(wu)就一定積累多？單(dan)一組學(xue)研究如同“盲人摸(mo)象”，基(ji)(ji)(ji)因(yin)（轉錄組）與代謝(xie)(xie)(xie)(xie)物(wu)（代謝(xie)(xie)(xie)(xie)組）之(zhi)間(jian)的調控“黑箱”，讓尋找關鍵靶點、解(jie)析(xi)生命機(ji)制(zhi)困難(nan)重重。轉錄組+代謝(xie)(xie)(xie)(xie)組聯合(he)分(fen)(fen)析(xi)，正是(shi)破解(jie)這(zhe)一難(nan)題(ti)的“黃金鑰匙”！它像(xiang)一位高明的“偵探(tan)”，打通基(ji)(ji)(ji)因(yin)指令到代謝(xie)(xie)(xie)(xie)產物(wu)的通路，精準鎖定核(he)心調控基(ji)(ji)(ji)因(yin)與功能(neng)代謝(xie)(xie)(xie)(xie)物(wu)，揭示單(dan)一組學(xue)無法發現(xian)的深層機(ji)制(zhi)。無論您是(shi)深耕作物(wu)育(yu)種(zhong)、探(tan)索(suo)疾病奧秘，還(huan)是(shi)揭秘中藥(yao)功效、優化微生物(wu)發酵，這(zhe)篇推文都將帶您看(kan)懂聯合(he)分(fen)(fen)析(xi)如何(he)實(shi)現(xian) “1+1>2” 的突破。

一(yi)、轉錄(lu)組+代謝(xie)組應用場景(jing)

1.疾病機制解(jie)析(xi)：在(zai)癌癥(zheng)研(yan)究中，通過(guo)轉錄(lu)組分析(xi)可以(yi)(yi)發現腫瘤組織與正常(chang)組織相比差(cha)異表(biao)達(da)的(de)(de)(de)基(ji)因，這些基(ji)因可能參與細胞增殖、凋亡、轉移等(deng)過(guo)程。同時，代(dai)(dai)(dai)謝(xie)組分析(xi)能夠檢測(ce)到腫瘤細胞中代(dai)(dai)(dai)謝(xie)物的(de)(de)(de)異常(chang)變(bian)化，如糖酵解(jie)增強、氨基(ji)酸代(dai)(dai)(dai)謝(xie)紊亂等(deng)。聯(lian)合分析(xi)可以(yi)(yi)揭示這些差(cha)異表(biao)達(da)基(ji)因如何調控代(dai)(dai)(dai)謝(xie)通路，從而導(dao)致代(dai)(dai)(dai)謝(xie)物的(de)(de)(de)改變(bian)，進(jin)而深入理解(jie)癌癥(zheng)發生發展的(de)(de)(de)分子機制。例如，在(zai)乳腺(xian)癌研(yan)究中，發現某些基(ji)因的(de)(de)(de)過(guo)表(biao)達(da)與脂肪酸代(dai)(dai)(dai)謝(xie)異常(chang)相關，為尋(xun)找新(xin)的(de)(de)(de)治療靶(ba)點(dian)提供了(le)依據。

2.藥物研發與療(liao)效評(ping)估：在新藥(yao)(yao)(yao)研發(fa)過(guo)程(cheng)中，轉(zhuan)錄(lu)(lu)組(zu)和(he)代(dai)謝(xie)組(zu)聯合分析可用于評估藥(yao)(yao)(yao)物的作用機制和(he)療(liao)效(xiao)。給藥(yao)(yao)(yao)后，觀察藥(yao)(yao)(yao)物對基因表達譜和(he)代(dai)謝(xie)物譜的影響，確定藥(yao)(yao)(yao)物作用的靶(ba)點通路和(he)相關(guan)代(dai)謝(xie)過(guo)程(cheng)。同時，通過(guo)比較(jiao)治療(liao)前后患(huan)者的轉(zhuan)錄(lu)(lu)組(zu)和(he)代(dai)謝(xie)組(zu)數(shu)據變化(hua)(hua)，可以客(ke)觀評價藥(yao)(yao)(yao)物的療(liao)效(xiao)，為藥(yao)(yao)(yao)物的優化(hua)(hua)和(he)個(ge)性(xing)化(hua)(hua)治療(liao)提供指(zhi)導。

3.植物與(yu)微生(sheng)物互作研究(jiu)：在植(zhi)物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)與(yu)根際微(wei)生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)或病原(yuan)微(wei)生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)的(de)(de)互(hu)作研究中，轉錄組分析可揭示植(zhi)物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)在微(wei)生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)侵染下的(de)(de)基因(yin)表達變(bian)(bian)化(hua)，包括防御(yu)基因(yin)的(de)(de)激活和信號通(tong)路的(de)(de)調控。代(dai)謝(xie)組分析能夠(gou)檢(jian)測到植(zhi)物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)體內(nei)防御(yu)相關(guan)代(dai)謝(xie)物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)（如植(zhi)保素、酚類物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)質等(deng)）的(de)(de)產生(sheng)(sheng)和變(bian)(bian)化(hua)。聯合分析有助于深入理解植(zhi)物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)與(yu)微(wei)生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)互(hu)作的(de)(de)分子機(ji)制，為開發新型(xing)的(de)(de)生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)防治(zhi)策略提供基礎(chu)。

4.食(shi)品營養成分與功(gong)能研(yan)究：對于食品的(de)研究，轉錄組(zu)和(he)(he)代謝組(zu)聯合分析(xi)可(ke)以揭示食品中的(de)成分。例如，區分不同品種的(de)葡(pu)萄酒或(huo)檢(jian)測食品中是否摻假，通過(guo)比較樣(yang)品的(de)基(ji)因(yin)表(biao)達譜和(he)(he)代謝物譜與數據(ju)庫(ku)中的(de)標(biao)準數據(ju)，可(ke)以準確(que)判斷食品的(de)來源和(he)(he)真實性，為提高(gao)食品風味質量提供了(le)有價值的(de)見解。

二、轉(zhuan)錄組+代謝組優勢

單一維度的(de)(de)轉錄組(zu)或代(dai)(dai)謝組(zu)分(fen)析難以全面(mian)揭示(shi)復(fu)雜(za)調控機(ji)制(zhi)(zhi)：轉錄組(zu)僅反映基因表達的(de)(de)“中間狀態”，無(wu)(wu)法直接關(guan)聯表型；代(dai)(dai)謝組(zu)雖(sui)為(wei)功能(neng)終端，卻缺乏上游分(fen)子驅(qu)動的(de)(de)因果解析。例如(ru)，在植物逆(ni)境響(xiang)應研(yan)究(jiu)中，單一轉錄組(zu)分(fen)析可能(neng)篩選出大(da)量差(cha)異(yi)基因，但無(wu)(wu)法明(ming)確哪些基因真正驅(qu)動了抗逆(ni)代(dai)(dai)謝物（如(ru)脯氨酸、ABA）的(de)(de)積累；單一代(dai)(dai)謝組(zu)分(fen)析雖(sui)能(neng)定位(wei)關(guan)鍵(jian)代(dai)(dai)謝物，卻難以追溯其合(he)成通路的(de)(de)轉錄調控節(jie)點。因此(ci)，轉錄組(zu)與代(dai)(dai)謝組(zu)的(de)(de)聯合(he)分(fen)析已(yi)成為(wei)系統解析生物分(fen)子機(ji)制(zhi)(zhi)的(de)(de)核心策略(lve)。

因(yin)(yin)此，轉(zhuan)錄組(zu)與代(dai)(dai)謝組(zu)的(de)聯合分析已成為系統解析生(sheng)(sheng)物(wu)分子(zi)機制(zhi)的(de)核(he)心策略。通過整合基(ji)因(yin)(yin)表達的(de) “調控藍圖(tu)” 與代(dai)(dai)謝物(wu)的(de) “功能表型”，不僅能從(cong)“轉(zhuan)錄 - 代(dai)(dai)謝”級聯通路(lu)中挖掘關鍵調控節(jie)點（如限速酶基(ji)因(yin)(yin)與產物(wu)代(dai)(dai)謝物(wu)的(de)共變化），還能揭示非編(bian)碼 RNA、轉(zhuan)錄因(yin)(yin)子(zi)等對代(dai)(dai)謝網絡的(de)間接調控效應，為解析疾病(bing)發生(sheng)(sheng)、作(zuo)物(wu)育(yu)種(zhong)、微生(sheng)(sheng)物(wu)工程等領(ling)域的(de)復雜機制(zhi)提供多(duo)維度證據鏈(lian)。

三、轉錄組+代謝組聯合分析(xi)內容

基因(yin)表達作為生命活(huo)動(dong)的(de)(de)分子(zi)基礎(chu)，其(qi)調控網絡不僅(jin)依(yi)賴于轉錄水平的(de)(de)動(dong)態變(bian)(bian)化，更與(yu)(yu)代(dai)(dai)(dai)(dai)謝(xie)(xie)(xie)產物(wu)的(de)(de)實時響應密(mi)切相關。轉錄組通(tong)過解析mRNA的(de)(de)豐度(du)與(yu)(yu)差異，揭示基因(yin)“是否表達”及(ji)“表達強(qiang)弱”，而代(dai)(dai)(dai)(dai)謝(xie)(xie)(xie)組則通(tong)過捕捉(zhuo)小分子(zi)代(dai)(dai)(dai)(dai)謝(xie)(xie)(xie)物(wu)（如糖類、脂類、有機酸等(deng)）的(de)(de)動(dong)態波動(dong)，呈現(xian)基因(yin)表達的(de)(de)最終“功(gong)能(neng)輸出”。兩者在代(dai)(dai)(dai)(dai)謝(xie)(xie)(xie)通(tong)路調控、生理狀(zhuang)態維持、環境響應等(deng)生物(wu)過程中(zhong)形成(cheng)雙(shuang)向調節網絡：例如，某些(xie)基因(yin)的(de)(de)轉錄水平未發(fa)生顯(xian)著改變(bian)(bian)，但其(qi)下游代(dai)(dai)(dai)(dai)謝(xie)(xie)(xie)物(wu)可(ke)能(neng)因(yin)酶活(huo)性(xing)、底(di)物(wu)可(ke)用性(xing)等(deng)因(yin)素出現(xian)顯(xian)著變(bian)(bian)化，進(jin)而重塑(su)細胞代(dai)(dai)(dai)(dai)謝(xie)(xie)(xie)表型。

代謝物和相關轉錄本(ben)的(de)差(cha)異表達結果

差(cha)異基因和代謝物(wu)相關(guan)性(xing)分析聚(ju)類熱圖

關聯(lian)網(wang)絡圖(tu)

差異代謝物和相關轉(zhuan)錄本的代謝通路分析結果

四、案例分享(xiang)

案(an)例一

英文(wen)名稱：Integrated transcriptomics and metabolomics to explore the varied hepatic toxicity induced by aged- and pristine-microplastics: in vivo and human-originated liver organoids-based in vitro study

研究對象(xiang)：人類肝臟器官

研究方法：轉錄組、代謝組

發表(biao)期(qi)刊：Environmental Research

發表時間：2025年

影響因(yin)子(zi)：7.7

微(wei)(wei)塑料（MP）無處(chu)不(bu)在，并成為人(ren)類的重大健康風(feng)險。當(dang)濃(nong)度與(yu)人(ren)類內部暴露水平相(xiang)(xiang)當(dang)時(shi)，老(lao)化(hua)(hua)的MP引起(qi)的不(bu)利影(ying)響引起(qi)了特(te)別(bie)關(guan)注，但目前尚不(bu)清(qing)楚。在現實環境條件和(he)人(ren)體(ti)器官(guan)中，原始 MP 并不(bu)完全存在。塑料的老(lao)化(hua)(hua)過程是(shi)由于物(wu)理(li)(li)因素(su)、化(hua)(hua)學因素(su)和(he)生物(wu)因素(su)而(er)發生的，改變(bian)了 MPS 的物(wu)理(li)(li)化(hua)(hua)學性(xing)質(zhi)，包(bao)括(kuo)表面形態、官(guan)能團組成的顯著(zhu)變(bian)化(hua)(hua)，這(zhe)些變(bian)化(hua)(hua)可能會調節微(wei)(wei)塑料的生物(wu)相(xiang)(xiang)互作(zuo)用和(he)毒(du)理(li)(li)學結果。從理(li)(li)論上講，在探(tan)(tan)究微(wei)(wei)塑料誘導的毒(du)性(xing)時(shi)，這(zhe)是(shi)一個關(guan)鍵(jian)但尚未(wei)充(chong)分(fen)探(tan)(tan)索的因素(su)。

在(zai)本研(yan)究中，人(ren)(ren)胚(pei)胎干(gan)細胞來(lai)源(yuan)的(de)(de)(de)肝臟類器官（LOs），一種新的(de)(de)(de)三維體外模(mo)型，分(fen)(fen)別暴露于75 ng/mL自制聚丙烯（PP）和(he)(he)老化PP（aPP），分(fen)(fen)別在(zai)紫外線光老化0和(he)(he)500小時后，單(dan)獨(du)和(he)(he)聯合進行轉(zhuan)錄組學和(he)(he)代謝組學分(fen)(fen)析，以(yi)探討PP 和(he)(he) aPP 對(dui)人(ren)(ren)體肝臟的(de)(de)(de)潛在(zai)不(bu)利影響。PP 和(he)(he) aPP 的(de)(de)(de)平均尺寸為 7.60 μm 和(he)(he) 6.91 μm，表面粗糙不(bu)規(gui)則，羰基指(zhi)數 （CI） 不(bu)同(tong) （分(fen)(fen)別為 0.08 和(he)(he) 0.25），表明具有顯著的(de)(de)(de)理化性質。

轉錄組(zu)(zu)學分(fen)析表(biao)明，線粒(li)體復合(he)物(wu)(wu)和 ATP 合(he)成處的 NADH 脫氫酶(mei)可(ke)能對 aPP 比 PP 更(geng)敏感。代(dai)謝(xie)組(zu)(zu)學分(fen)析顯著豐富(fu)了 KEGG 通路(lu)，包括半(ban)(ban)胱(guang)(guang)氨(an)(an)酸(suan)(suan)(suan)(suan)和蛋氨(an)(an)酸(suan)(suan)(suan)(suan)代(dai)謝(xie)。同型(xing)半(ban)(ban)胱(guang)(guang)氨(an)(an)酸(suan)(suan)(suan)(suan)代(dai)謝(xie)以(yi)綜合(he)分(fen)析為(wei)(wei)基(ji)礎。為(wei)(wei)了驗證(zheng)，在體外和體內檢測(ce)了 NADH 脫氫酶(mei)編(bian)碼基(ji)因、復合(he)物(wu)(wu)活性、線粒(li)體膜電(dian)位、同型(xing)半(ban)(ban)胱(guang)(guang)氨(an)(an)酸(suan)(suan)(suan)(suan)和半(ban)(ban)胱(guang)(guang)氨(an)(an)酸(suan)(suan)(suan)(suan)含量以(yi)及胱(guang)(guang)硫醚 β-合(he)酶(mei) （CBS） 和胱(guang)(guang)硫醚 γ-裂解(jie)酶(mei) （CSE） 的變化。最后(hou)，證(zheng)實血清半(ban)(ban)胱(guang)(guang)氨(an)(an)酸(suan)(suan)(suan)(suan)升高(gao)和肝臟半(ban)(ban)胱(guang)(guang)氨(an)(an)酸(suan)(suan)(suan)(suan)降低，肝臟無炎癥(zheng)。由(you)于肝臟同型(xing)半(ban)(ban)胱(guang)(guang)氨(an)(an)酸(suan)(suan)(suan)(suan)代(dai)謝(xie)的紊亂，外周同型(xing)半(ban)(ban)胱(guang)(guang)氨(an)(an)酸(suan)(suan)(suan)(suan)可(ke)能作為(wei)(wei)指(zhi)示 MP 誘導的系統性不良健康結果的潛在生物(wu)(wu)標志物(wu)(wu)。

圖(tu)1.暴露于PP和(he)aPP的LOs的轉錄組學分(fen)析

圖2.暴露于PP和aPP的LOs的代謝組學分(fen)析

圖3.轉錄組(zu)學(xue)(xue)和(he)代謝組(zu)學(xue)(xue)的綜合分(fen)析

案例二

題目：Integration of metabolomics and transcriptomics unravels the molecular mechanisms underlying variations in flavor-related volatiles in Citrus reticulata ‘Chachi’ grafted onto different rootstocks

研究對象：茶枝柑

研究方法：轉錄組、代謝組

發表(biao)期(qi)刊：Food Research International

發表時間：2025年

影響因子：8.0

茶(cha)枝柑(gan)，通(tong)常(chang)被稱為陳(chen)(chen)皮(pi)，由蕓香科(ke)柑(gan)橘(ju)(ju)屬植物(wu)(wu)橘(ju)(ju)及(ji)其(qi)栽(zai)培(pei)變(bian)(bian)種的(de)(de)干燥果皮(pi)制成(cheng)，在(zai)(zai)中(zhong)國傳(chuan)統醫學(xue)和(he)烹飪中(zhong)占據重要地位(wei)。在(zai)(zai)橘(ju)(ju)的(de)(de)眾多栽(zai)培(pei)變(bian)(bian)種中(zhong)，茶(cha)枝柑(gan)被視(shi)為優質(zhi)品種，因其(qi)卓越的(de)(de)藥用和(he)烹飪特性(xing)(xing)在(zai)(zai)中(zhong)國廣受贊譽。陳(chen)(chen)皮(pi)的(de)(de)質(zhi)量(liang)很大程(cheng)度上取決于其(qi)生(sheng)物(wu)(wu)活(huo)性(xing)(xing)成(cheng)分，特別(bie)是(shi)黃酮類(lei)化(hua)合(he)(he)物(wu)(wu)和(he)揮發性(xing)(xing)有機化(hua)合(he)(he)物(wu)(wu)（VOCs），這些(xie)成(cheng)分不僅賦予了(le)陳(chen)(chen)皮(pi)治(zhi)療功(gong)效，還形成(cheng)了(le)其(qi)芳香特性(xing)(xing)。以往對(dui)陳(chen)(chen)皮(pi)的(de)(de)研究主要集中(zhong)在(zai)(zai)陳(chen)(chen)化(hua)過(guo)程(cheng)中(zhong)生(sheng)物(wu)(wu)活(huo)性(xing)(xing)化(hua)合(he)(he)物(wu)(wu)的(de)(de)代謝(xie)變(bian)(bian)化(hua)，探究黃酮類(lei)化(hua)合(he)(he)物(wu)(wu)和(he)揮發性(xing)(xing)有機化(hua)合(he)(he)物(wu)(wu)如何(he)隨時間積累或轉(zhuan)化(hua)。然而，在(zai)(zai)塑造陳(chen)(chen)皮(pi)生(sheng)物(wu)(wu)活(huo)性(xing)(xing)成(cheng)分特征方(fang)面，栽(zai)培(pei)方(fang)式，特別(bie)是(shi)嫁(jia)接，仍是(shi)一個未(wei)被充分探索的(de)(de)因素。

為(wei)了(le)研(yan)究(jiu)嫁接(jie)對(dui)茶(cha)枝柑品質的(de)(de)(de)(de)影(ying)響，我們(men)分(fen)析了(le)嫁接(jie)到不同(tong)(tong)砧(zhen)木(mu)上的(de)(de)(de)(de)茶(cha)枝柑中(zhong)與(yu)(yu)風味(wei)相(xiang)關(guan)的(de)(de)(de)(de)揮發物(wu)(wu)和(he)(he)(he)基(ji)(ji)因表達(da)。通(tong)過(guo)相(xiang)對(dui)氣味(wei)活度值法共鑒定(ding)出(chu) 833 種揮發性(xing)有機化(hua)合(he)(he)物(wu)(wu)，主要(yao)是萜烯(xi)(xi)類(lei)，174 種氣味(wei)活性(xing)化(hua)合(he)(he)物(wu)(wu)。結果表明，氣味(wei)活性(xing)化(hua)合(he)(he)物(wu)(wu)的(de)(de)(de)(de)組成，包(bao)括萜烯(xi)(xi)、醛(quan)、醇和(he)(he)(he)酯，因砧(zhen)木(mu)而(er)異。與(yu)(yu)同(tong)(tong)嫁接(jie)植(zhi)物(wu)(wu)相(xiang)比，砧(zhen)木(mu)的(de)(de)(de)(de)黃果表現出(chu)相(xiang)當水平(ping)的(de)(de)(de)(de)氣味(wei)活性(xing)化(hua)合(he)(he)物(wu)(wu)，而(er)柑橘檸(ning)檬(meng)砧(zhen)木(mu)導致這些化(hua)合(he)(he)物(wu)(wu)的(de)(de)(de)(de)顯(xian)著減少。通(tong)過(guo)相(xiang)關(guan)性(xing)分(fen)析，鑒定(ding)出(chu)編(bian)碼與(yu)(yu)風味(wei)相(xiang)關(guan)醛(quan)、醇、酯和(he)(he)(he)萜烯(xi)(xi)水平(ping)相(xiang)關(guan)的(de)(de)(de)(de)關(guan)鍵生物(wu)(wu)合(he)(he)成酶(mei)的(de)(de)(de)(de)候(hou)選基(ji)(ji)因。此外，我們(men)在茶(cha)枝柑基(ji)(ji)因組中(zhong)鑒定(ding)了(le) 44 個不同(tong)(tong)的(de)(de)(de)(de)萜烯(xi)(xi)合(he)(he)酶(mei)基(ji)(ji)因。根據(ju)同(tong)(tong)源基(ji)(ji)因的(de)(de)(de)(de)相(xiang)關(guan)性(xing)分(fen)析和(he)(he)(he)功能預測。本研(yan)究(jiu)提供了(le)嫁接(jie)到各種砧(zhen)木(mu)上的(de)(de)(de)(de)茶(cha)枝柑中(zhong)風味(wei)揮發物(wu)(wu)的(de)(de)(de)(de)全面轉錄組學(xue)和(he)(he)(he)代謝組學(xue)特征，為(wei)提高茶(cha)枝柑的(de)(de)(de)(de)風味(wei)質量提供了(le)有價值的(de)(de)(de)(de)見解。

圖(tu)1.嫁接的茶枝柑(gan)果實中(zhong)揮發性代(dai)謝物分析

圖(tu)2.脂肪(fang)酸代謝示意圖(tu)

圖3.揮發性(xing)萜類代謝(xie)物(wu)生(sheng)物(wu)合成途徑(jing)的(de)差異(yi)基因分析

五、避(bi)坑指(zhi)南

常見問題提醒

1.樣(yang)本(ben)一(yi)致性：聯合分(fen)析需確保(bao)轉錄(lu)組與代(dai)謝組樣(yang)本(ben)(ben)源(yuan)自同(tong)(tong)一(yi)組織(zhi)部位(wei)、相同(tong)(tong)處理條件(jian)。若轉錄(lu)組采(cai)(cai)用葉片、代(dai)謝組采(cai)(cai)用根組織(zhi)，組織(zhi)特(te)異性(xing)將導致基因 - 代(dai)謝物關(guan)聯出(chu)現系統性(xing)偏差，需避免此類樣(yang)本(ben)(ben)異質性(xing)干(gan)擾。

2.數據標準化：由于(yu)轉錄組(zu)與代謝(xie)組(zu)數據(ju)的分(fen)布特征存在差異，聯(lian)合分(fen)析(xi)前需分(fen)別進行組(zu)內標準化。未標準化的數據(ju)直(zhi)接關(guan)聯(lian)會引(yin)入技術噪(zao)聲，導致假陽性/假陰性結果。

3.功(gong)能解讀別硬湊：基因(yin)(yin)與(yu)代謝物的統(tong)計學關(guan)聯(lian)不等(deng)同于直接(jie)調控關(guan)系(xi)。需結合 KEGG、GO等(deng)數據(ju)庫注釋(shi)，區分直接(jie)通(tong)路關(guan)聯(lian)（如酶(mei) - 底物關(guan)系(xi)）與(yu)間接(jie)共調控效(xiao)應；建議通(tong)過基因(yin)(yin)過表達(da)、沉默等(deng)實(shi)驗驗證因(yin)(yin)果(guo)關(guan)系(xi)，避(bi)免生物學意(yi)義的強行(xing)推導。