1、什(shen)么是轉錄組富集分析？
轉(zhuan)錄組富集(ji)分析是通過生(sheng)物(wu)信(xin)息學(xue)方法，從海量基因中挖掘(jue)出顯著富集(ji)的生(sheng)物(wu)學(xue)功能(neng)、信(xin)號(hao)通路或調控(kong)網絡的過程。簡單(dan)來說，富集(ji)分析可以(yi)幫(bang)助解釋這(zhe)些(xie)基因究(jiu)竟(jing)在細胞中做什么。
分(fen)析(xi)類型：
GO富(fu)集(ji)(ji)分(fen)(fen)析｜KEGG富(fu)集(ji)(ji)分(fen)(fen)析｜DO富(fu)集(ji)(ji)分(fen)(fen)析｜Reactome富(fu)集(ji)(ji)分(fen)(fen)析｜DisGeNET富(fu)集(ji)(ji)分(fen)(fen)析｜GSEA分(fen)(fen)析
2、為什(shen)么(me)要(yao)做(zuo)富(fu)集分析？
從數據到生物學意(yi)義的轉變：差異基因列表(biao)無法解(jie)釋(shi)機(ji)制，富集分析可以揭示其潛在(zai)的生物學功(gong)能。
縮(suo)小(xiao)研究范圍，助力潛在靶(ba)點挖掘：基因數(shu)量較多，可以通過富(fu)集分(fen)析找到關鍵通路，通路中關鍵分(fen)子可能是潛在的(de)生物(wu)標志物(wu)。
提出假說：為后(hou)續實(shi)驗(yan)指明方向，指導進(jin)一(yi)步實(shi)驗(yan)設計。
3、富集分(fen)析結果怎(zen)么(me)用？（派森諾項(xiang)目文章應用）
(1)氣泡圖
（原文鏈接：//doi.org/10.1128/spectrum.02438-22）
文章通(tong)過(guo)kegg和(he)GO富集分析氣泡圖展示了差異(yi)基因(yin)最顯著富集的(de)top30 pathway和(he)term，并(bing)且這些pathway和(he)term與白色念珠菌的(de)核(he)糖(tang)體生物(wu)合(he)成、代(dai)謝等(deng)相(xiang)關，RNA測序結果表明HAL-ES通(tong)過(guo)破壞白色念珠菌中(zhong)鋅的(de)穩態來抑制核(he)糖(tang)體生物(wu)合(he)成，從而減(jian)少蛋(dan)白質合(he)成過(guo)程中(zhong)的(de)翻譯過(guo)程。
(2)柱狀(zhuang)圖(tu)
（原文鏈接：//doi.org/10.1016/j.foodchem.2022.134655）
文章通(tong)過GO富(fu)集分(fen)析(xi)發(fa)現各(ge)比較(jiao)組中顯著富(fu)集term高度相似(si)，kegg富(fu)集分(fen)析(xi)結果表(biao)明DEGs主(zhu)要與(yu)氧化應激和凋亡有關，進(jin)一(yi)步探索其機制，發(fa)現HMG對氧化損傷細胞的保(bao)護作用可能(neng)與(yu)Keap 1-Nrf 2-ARE信號通(tong)路有關。
雙向條形圖(tu)
（原(yuan)文鏈接：//doi.org/10.1038/s41564-023-01379-x）
文章(zhang)分別對上(shang)下調基(ji)因(yin)(yin)做富集(ji)分析選擇top10 term繪(hui)制雙(shuang)向條(tiao)形圖，上(shang)調基(ji)因(yin)(yin)主要(yao)(yao)富集(ji)到(dao)丙酮酸代謝、抗氧化劑等(deng)條(tiao)目上(shang)，而下調基(ji)因(yin)(yin)主要(yao)(yao)富集(ji)到(dao)跨膜轉(zhuan)運(yun)、轉(zhuan)運(yun)體活性(xing)等(deng)條(tiao)目上(shang)，進(jin)一(yi)步分析表明(ming)被抑制的轉(zhuan)錄本(ben)主要(yao)(yao)與(yu)真菌毒素生物(wu)合成、效(xiao)應子、病原-宿主相(xiang)互作用(yong)等(deng)過程相(xiang)關。
(3)圈圖(tu)
（原文鏈(lian)接(jie)：//doi.org/10.1016/j.psj.2024.104347）
文章通(tong)過GO和(he)KEGG富集分析來分析DEG的(de)(de)生(sheng)物學(xue)功(gong)能(neng)，GO結果(guo)(guo)表明GAstV-2可以通(tong)過在感染的(de)(de)早期(qi)階段抑制宿主細(xi)胞內的(de)(de)細(xi)胞組分、分子(zi)功(gong)能(neng)和(he)生(sheng)物學(xue)過程來增強病毒(du)復制，KEGG富集分析結果(guo)(guo)表明與穩態(tai)和(he)獲得性(xing)免疫相關的(de)(de)基因上調多于下調。
(4)富集得分圖
GSEA單通路富集得分圖
（原文鏈接：//doi.org/10.1002/advs.202306428）
文章通過GSEA分析(xi)發現與(yu)動脈發育(yu)、骨(gu)發育(yu)和(he)骨(gu)重建相關的基因在P80/D10/M10中顯著(zhu)富集，結合(he)前期動物實(shi)驗證(zheng)實(shi)，P80/D10/M10能夠提供(gong)骨(gu)友好(hao)的微環(huan)(huan)境，以促(cu)進骨(gu)再生，總體而言(yan)骨(gu)微環(huan)(huan)境階段(duan)調(diao)節支(zhi)架(jia)為(wei)骨(gu)缺損修復提供(gong)了一(yi)種(zhong)有前途的治療方法。
GSEA多通路富(fu)集得分(fen)圖
（原文(wen)鏈接：//doi. org/10.1186/s12864-022-09100-8）
(5)弦圖
（原文鏈接(jie)：//doi.org/10.1016/j.scitotenv.2023.169302）
文章通過KEGG富集(ji)分析選擇最顯著的10條通路(lu)與DEG繪制弦圖(tu)，KEGG主要(yao)富集(ji)到鐵(tie)死(si)亡、視黃醇(chun)代謝(xie)、細(xi)胞粘附分子、程序性(xing)(xing)壞死(si)等通路(lu)上，另外顫藻和(he)銅綠(lv)微(wei)囊藻調控的特異(yi)性(xing)(xing)分子途徑(jing)存在差異(yi)，揭(jie)示了兩(liang)者不同的毒性(xing)(xing)機制。
(6)Ko通(tong)路圖(tu)
（原(yuan)文鏈接：//doi.org/10.1016/j.jphotobiol.2022.112573）
文章重點將(jiang)VEGF通(tong)路和精氨酸-細胞因子受體相(xiang)互作用通(tong)路用Ko通(tong)路圖(tu)(tu)重點展示出來，并且圖(tu)(tu)上可(ke)(ke)以標注(zhu)差異基因富集節點，可(ke)(ke)通(tong)過(guo)該圖(tu)(tu)展示通(tong)路中的(de)關(guan)鍵(jian)因子。
4、常(chang)規富集圖(tu)太單調？試試下面的(de)高級繪圖(tu)
多比較組氣泡圖
（原文(wen)鏈接： //doi.org/10.1038/s41392-024-01859-4）
（原文鏈接(jie)：//pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.est.3c00032.0）
柱(zhu)狀(zhuang)圖-氣泡圖組合圖
（原文鏈接(jie)：//pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.est.3c00032.0）
柱狀圖(tu)-折線圖(tu)組合圖(tu)
（原文鏈接：//doi.org/10.1016/j.scitotenv.2022.160222）
（原文鏈(lian)接(jie)：//doi.org/10.1186/s13054-023-04412-x）
散點氣(qi)泡圖
（原文(wen)鏈接：//doi.org/10.1016/j.scitotenv.2023.164844）
網(wang)絡圖
（原(yuan)文鏈接(jie)：//doi.org/10.1002/advs.202500032）
以上均為(wei)小(xiao)派項目(mu)文章結(jie)果圖，如老(lao)師有更加美膩(ni)的圖，也可帶圖來(lai)咨詢(xun)小(xiao)編，期待老(lao)師的“騷擾”。
