Highlights

1.精選7個轉錄(lu)組測序研究(jiu)(jiu)高頻使(shi)用的(de)疾病數(shu)據庫，覆蓋鐵(tie)死(si)亡機制、藥物重定位、基(ji)因集(ji)富集(ji)、多組學分(fen)析等(deng)核心(xin)研究(jiu)(jiu)場景。

2.詳(xiang)解數據庫核心功能與實操價值，助力快速挖(wa)掘測(ce)序數據中的疾病關聯機制、潛(qian)在藥物靶點及臨床(chuang)轉化線索。

3.附官方鏈接與應用(yong)場(chang)景提示，零(ling)基礎也能輕松(song)上手，讓你的(de)轉錄(lu)組研究從(cong)數據到(dao)結論一步到(dao)位(wei)。

轉(zhuan)錄組(zu)測序(xu)作為解析(xi)疾(ji)(ji)(ji)病分子(zi)機(ji)制(zhi)(zhi)的黃(huang)金(jin)手(shou)段，能(neng)產出大(da)量差異表達基因(yin)數據。但如(ru)何從(cong)成百(bai)上千(qian)個差異基因(yin)中鎖定(ding)關(guan)鍵通路、挖掘(jue)潛在靶(ba)點、關(guan)聯臨床意(yi)義呢？答案就(jiu)藏在高質(zhi)量的疾(ji)(ji)(ji)病數據庫中。高分研究從(cong)不(bu)滿(man)足(zu)于簡單(dan)的差異基因(yin)羅(luo)列，而是通過數據庫將測序(xu)數據與疾(ji)(ji)(ji)病表型、分子(zi)機(ji)制(zhi)(zhi)、藥物信息(xi)等深度關(guan)聯，讓結果更具說服力和轉(zhuan)化價(jia)值。今天就(jiu)為大(da)家盤點7個轉(zhuan)錄組(zu)測序(xu)高分案例反復(fu)引用(yong)的疾(ji)(ji)(ji)病數據庫，從(cong)鐵死亡等熱門機(ji)制(zhi)(zhi)到藥物——基因(yin)關(guan)聯分析(xi)，一篇(pian)搞(gao)定(ding)核心工具！

一、鐵死亡數(shu)據(ju)庫-FerrDb數(shu)據(ju)庫

FerrDb是(shi)一(yi)個(ge)專門用于鐵死(si)亡（Ferroptosis）研究的(de)數(shu)據(ju)庫。由廣(guang)州醫科(ke)大(da)學(xue)附屬腦科(ke)醫院(yuan)、四川大(da)學(xue)生命科(ke)學(xue)學(xue)院(yuan)以及生物資(zi)源與(yu)生態環(huan)境教育部(bu)重(zhong)點實驗(yan)室的(de)研究團隊(dui)共(gong)同開發(fa)。鐵死(si)亡是(shi)一(yi)種依(yi)賴鐵的(de)細胞死(si)亡形式，近年來在生物醫學(xue)研究中備受關注。FerrDBV2是(shi)該數(shu)據(ju)庫的(de)最新版(ban)本，提供了豐富的(de)鐵死(si)亡相關數(shu)據(ju)和功能(neng)。

核心功能：

• 系統收(shou)錄鐵(tie)死亡相關基(ji)因（包括驅動基(ji)因、抑制基(ji)因、標記基(ji)因）、小分子化合物（誘導(dao)劑、抑制劑）及相關疾病案例。

• 提供基因功能注(zhu)釋、表達譜數據及文獻證據，支持按(an)基因名稱、疾病類型快(kuai)速(su)檢索。

研究(jiu)價值：

轉錄組測(ce)序篩(shai)選(xuan)出差異(yi)基(ji)因后，可通(tong)過(guo)FerrDb快速判斷是否(fou)涉及鐵死亡(wang)通(tong)路(lu)，結合數據庫中的基(ji)因互作關(guan)系，構(gou)建差異(yi)基(ji)因-鐵死亡(wang)-疾病(bing)調控網絡，為機制研究提供(gong)直(zhi)接證據。

網址：//www.zhounan.org/ferrdb/current/

二、基因(yin)集富集分析“金標準”：MSigDB數據庫

分子特征(zheng)數(shu)據(ju)庫(ku)(Molecular Signatures Database, MSigDB)是(shi)一(yi)個(ge)(ge)(ge)(ge)包(bao)含數(shu)萬個(ge)(ge)(ge)(ge)注釋(shi)基(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)集的(de)(de)資源庫(ku)，這(zhe)個(ge)(ge)(ge)(ge)數(shu)據(ju)庫(ku)是(shi)專門(men)為了GSEA設(she)計(ji)的(de)(de)。基(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)集富集分析(GSEA)是(shi)一(yi)種計(ji)算方法，用于確定(ding)預先定(ding)義的(de)(de)基(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)集在兩(liang)個(ge)(ge)(ge)(ge)生物(wu)狀態(如表(biao)型)之間是(shi)否具有(you)(you)(you)統計(ji)學顯(xian)著(zhu)且一(yi)致的(de)(de)差(cha)異。簡單來說就是(shi)根據(ju)兩(liang)個(ge)(ge)(ge)(ge)條件下(xia)（實驗(yan)組(zu)(zu)和對(dui)(dui)照組(zu)(zu)）下(xia)，基(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)表(biao)達在同一(yi)個(ge)(ge)(ge)(ge)預先定(ding)義的(de)(de)基(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)集合中有(you)(you)(you)沒(mei)(mei)有(you)(you)(you)顯(xian)著(zhu)性差(cha)異，這(zhe)個(ge)(ge)(ge)(ge)基(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)集都是(shi)根據(ju)某一(yi)個(ge)(ge)(ge)(ge)特征(zheng)對(dui)(dui)基(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)進行分組(zu)(zu)歸類(lei)，有(you)(you)(you)利于探索(suo)我們的(de)(de)數(shu)據(ju)有(you)(you)(you)沒(mei)(mei)有(you)(you)(you)此(ci)類(lei)功能(neng)的(de)(de)變化。

核心功能：

• 包含上萬個(ge)人類基(ji)因(yin)集，涵蓋hallmark通(tong)路(lu)（如細胞凋亡(wang)、氧(yang)化磷酸(suan)化）、GO功能(neng)注釋、KEGG通(tong)路(lu)、癌(ai)癥特征基(ji)因(yin)集等。

• 支(zhi)持(chi)與GSEA軟件(jian)聯動，對轉(zhuan)錄組數據進行基因集富集分(fen)析，揭示差異基因背后(hou)的生物學(xue)功(gong)能。

研究價值(zhi)：

告別單一基因(yin)(yin)分析(xi)(xi)，通過MSigDB將差(cha)異基因(yin)(yin)富集到(dao)特定通路或生物學過程，明確轉錄(lu)組(zu)數(shu)據的功(gong)能(neng)方向（如免疫應答、代謝紊亂），是解析(xi)(xi)測序數(shu)據機制的必經(jing)之路。

網址：//www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb

三(san)、癌癥(zheng)多組(zu)學分析平臺：cBioPortal數(shu)據庫(ku)

聚(ju)焦癌(ai)癥研(yan)究的(de)小伙伴，cBioPortal絕對是(shi)繞不開的(de)核心工(gong)具(ju)，尤其(qi)適合結合轉錄(lu)組(zu)數(shu)據(ju)進行(xing)多維度分析(xi)(xi)。cBioPortal是(shi)一(yi)個開源(yuan)的(de)綜合性癌(ai)癥基因(yin)組(zu)學(xue)數(shu)據(ju)庫和分析(xi)(xi)平臺，由Memorial Sloan Kettering Cancer Center（MSK）開發并維護(hu)。它(ta)整合了來自TCGA、ICGC等大型項目以及已發表研(yan)究的(de)癌(ai)癥基因(yin)組(zu)數(shu)據(ju)，為研(yan)究人員(yuan)提供可視化(hua)和分析(xi)(xi)工(gong)具(ju)。

核心功能(neng)：

• 整合TCGA、ICGC等大型癌癥項(xiang)目的(de)多組學數(shu)據(ju)（基因突變、拷(kao)貝數(shu)變異(yi)、mRNA/蛋白質表達）及臨床信息。

• 支持查(cha)詢特(te)定基因在癌癥中(zhong)的表達變化、共突(tu)變模式(shi)及與(yu)患者生存率的關聯。

研究價值：

將轉錄組測序發現的差(cha)異(yi)基因在cBioPortal中驗證，查看其在大規模(mo)癌癥隊列(lie)中的表(biao)達趨(qu)勢及臨床預后價值，讓研究結論更(geng)具普適性，輕松提升文(wen)章說服(fu)力。

網(wang)址：//www.cbioportal.org

四(si)、藥物重定位神器：CMap數據庫

CMAP（Connectivity Map）數(shu)據庫(ku)，是由Broad研究所開(kai)發建構，該(gai)數(shu)據庫(ku)基(ji)于164種藥(yao)物(wu)/小分子化合(he)物(wu)和過表(biao)達或基(ji)因(yin)敲除工具處理(li)的(de)細胞表(biao)達譜數(shu)據，借助L1000分析平臺，探討藥(yao)物(wu)/小分子化合(he)物(wu)、基(ji)因(yin)和疾病狀態之(zhi)間(jian)的(de)交互(hu)網絡關系(xi)。

核心功(gong)能：

• 收錄數(shu)(shu)千種(zhong)小分子化合(he)物處(chu)理細胞后的(de)基(ji)(ji)因(yin)表達譜(pu)變化，構(gou)建化合(he)物-基(ji)(ji)因(yin)表達特征關(guan)聯數(shu)(shu)據庫。

• 輸入差異基因列表，可匹配出能逆轉該表達(da)特征的(de)化(hua)合物（如抑(yi)制疾病相關通路的(de)藥物）。

研(yan)究價值(zhi)：

轉(zhuan)錄組測序得到疾病(bing)相關(guan)差異表達譜后，通過Cmap篩選潛在干預藥(yao)物，無需(xu)從零開始進行藥(yao)物篩選，大幅縮短從基礎研究到臨床轉(zhuan)化的距離，是高分文章臨床意義部(bu)分的常用工(gong)具。

網址：//portals.broadinstitute.org/cmap/

五、藥(yao)物信息(xi)“百科全書”：DrugBank數(shu)據庫

從藥物化學(xue)結構到靶點信息，DrugBank堪稱藥物研究(jiu)的全能數據庫。

DrugBank是(shi)一個綜(zong)合(he)性的(de)(de)生物(wu)(wu)信息(xi)(xi)學(xue)和化(hua)學(xue)信息(xi)(xi)學(xue)數據(ju)庫，由(you)加拿大阿爾伯塔(ta)大學(xue)創(chuang)建(jian)。它提供了(le)詳細的(de)(de)藥(yao)(yao)物(wu)(wu)信息(xi)(xi)和全面的(de)(de)藥(yao)(yao)物(wu)(wu)目標(biao)數據(ju)，結合(he)了(le)藥(yao)(yao)物(wu)(wu)化(hua)學(xue)、生物(wu)(wu)學(xue)和藥(yao)(yao)理學(xue)信息(xi)(xi)。DrugBank數據(ju)庫不(bu)僅為科研人員提供了(le)豐富的(de)(de)數據(ju)資源(yuan)，也為臨床醫(yi)學(xue)和藥(yao)(yao)物(wu)(wu)研發領域提供了(le)重要的(de)(de)參(can)考。

核(he)心功(gong)能：

• 收錄超(chao)10000種藥物(wu)信息，包括批準上市(shi)藥物(wu)、實(shi)驗藥物(wu)及(ji)天然(ran)產(chan)物(wu)，詳細標注藥物(wu)靶點、作用機(ji)制、藥代動力學(xue)參數。

• 關聯藥物對應的基因信息，支(zhi)持按(an)靶點基因、疾病類型(xing)檢索相(xiang)關藥物。

研究價(jia)值：

當轉錄(lu)組測(ce)序鎖定潛在(zai)靶點基(ji)因(yin)后(hou)，通(tong)過DrugBank查詢靶向該(gai)基(ji)因(yin)的已上市(shi)或在(zai)研藥物(wu)，為(wei)后(hou)續功能(neng)驗(yan)證提供藥物(wu)選(xuan)擇依據，加(jia)速從基(ji)因(yin)到藥物(wu)的機制研究(jiu)。

網址：//go.drugbank.com/

六(liu)、藥物(wu)-基因相互作用利器：DGIdb數(shu)據庫

DGIdb數據庫（Drug-Gene Interaction Database），是(shi)一個(ge)藥(yao)(yao)(yao)物(wu)(wu)(wu)-基(ji)(ji)(ji)因相互作用數據庫，提供了基(ji)(ji)(ji)因與其(qi)已知或潛在藥(yao)(yao)(yao)物(wu)(wu)(wu)關(guan)聯信息，目前已經更新到4.0版本(ben)。里面的(de)(de)基(ji)(ji)(ji)因主要是(shi)癌基(ji)(ji)(ji)因，但是(shi)也(ye)有一些(xie)其(qi)他疾病（例如阿爾茲海默病、心臟病、糖(tang)尿病等）的(de)(de)相關(guan)基(ji)(ji)(ji)因。DGIdb一共有超過14000種藥(yao)(yao)(yao)物(wu)(wu)(wu)-基(ji)(ji)(ji)因的(de)(de)相互作用，涉(she)及2600個(ge)基(ji)(ji)(ji)因和6300中靶(ba)向這(zhe)些(xie)基(ji)(ji)(ji)因的(de)(de)藥(yao)(yao)(yao)物(wu)(wu)(wu)，還(huan)包括了6700個(ge)其(qi)他的(de)(de)基(ji)(ji)(ji)因，這(zhe)些(xie)基(ji)(ji)(ji)因很有可能(neng)成為未(wei)來藥(yao)(yao)(yao)物(wu)(wu)(wu)的(de)(de)靶(ba)標。

核心功(gong)能(neng)：

• 整合(he)多(duo)個(ge)權(quan)威數據庫的藥物-基因(yin)(yin)相互作用數據，涵蓋小(xiao)分(fen)子(zi)藥物、生(sheng)物制劑與基因(yin)(yin)的激活(huo)/抑(yi)制關(guan)系。

• 支持輸(shu)(shu)入(ru)基(ji)因列表，批量輸(shu)(shu)出靶(ba)向這些基(ji)因的所有已知(zhi)藥物及作用類型(xing)（如抑制(zhi)劑(ji)(ji)、激(ji)動劑(ji)(ji)）。

研(yan)究價值：

轉錄(lu)組差異(yi)基(ji)因篩選(xuan)后(hou)，通過DGIdb快速構建(jian)基(ji)因-藥物(wu)(wu)調控網(wang)絡，篩選(xuan)出可(ke)干預核心靶點的藥物(wu)(wu)，為后(hou)續細胞實驗、動物(wu)(wu)實驗的藥物(wu)(wu)選(xuan)擇提(ti)供(gong)直(zhi)接參考。

網址：//www.dgidb.org

七、化學物(wu)-基(ji)因-疾(ji)病(bing)關聯數(shu)據庫：CTD數(shu)據庫

CTD數(shu)(shu)(shu)據(ju)(ju)庫(ku)(ku)（Comparative Toxicogenomics Database）是(shi)(shi)一個(ge)集成了大(da)量化(hua)(hua)(hua)學物(wu)質、基(ji)(ji)因、功(gong)能表(biao)(biao)型和疾病(bing)之間相(xiang)(xiang)(xiang)(xiang)互(hu)作用(yong)數(shu)(shu)(shu)據(ju)(ju)的(de)(de)資源庫(ku)(ku)。CTD數(shu)(shu)(shu)據(ju)(ju)庫(ku)(ku)的(de)(de)主要目(mu)的(de)(de)是(shi)(shi)幫助科研人員了解化(hua)(hua)(hua)學物(wu)質的(de)(de)毒性和與之相(xiang)(xiang)(xiang)(xiang)關的(de)(de)基(ji)(ji)因和疾病(bing)，為研究疾病(bing)相(xiang)(xiang)(xiang)(xiang)關的(de)(de)環境暴露因素(su)和藥物(wu)潛在作用(yong)機制提供(gong)了極(ji)大(da)的(de)(de)便利。數(shu)(shu)(shu)據(ju)(ju)庫(ku)(ku)目(mu)前更新至2021年版(ban)本，包含超(chao)(chao)過4664萬條相(xiang)(xiang)(xiang)(xiang)互(hu)作用(yong)數(shu)(shu)(shu)據(ju)(ju)，涵(han)蓋了超(chao)(chao)過230萬種化(hua)(hua)(hua)學物(wu)質、46689個(ge)基(ji)(ji)因、4340個(ge)表(biao)(biao)型和7212種疾病(bing)信息。

核心功能：

• 收(shou)錄化學(xue)物質、基因(yin)、疾病(bing)三者間的相互作用(yong)，包括化學(xue)物如何通過調控基因(yin)表(biao)達影響疾病(bing)發生發展(zhan)。

• 提供(gong)基因表達譜、通路富(fu)集等分析工具，支持挖掘環境因素(su)與轉錄(lu)組數據的潛在關聯。

研究價值：

在環境(jing)相關(guan)疾病（如職業(ye)病、環境(jing)污染導(dao)致的(de)疾病）的(de)轉錄組研究(jiu)中，通(tong)過CTD分(fen)析差異基(ji)因與特定化學物(wu)的(de)關(guan)聯，揭示環境(jing)暴露的(de)分(fen)子機(ji)制，拓展研究(jiu)的(de)深度(du)和廣(guang)度(du)。

網址：//ctdbase.org/

用好數(shu)據庫(ku)(ku)是轉錄組(zu)測(ce)序研(yan)(yan)究(jiu)從(cong)數(shu)據堆積到機制(zhi)深(shen)挖的關鍵一步。上(shang)述7個數(shu)據庫(ku)(ku)覆蓋了從(cong)機制(zhi)解析到靶點挖掘再到藥物關聯的全(quan)流程需求。下期我們將繼續盤點更多(duo)高分必備的疾病數(shu)據庫(ku)(ku)，助力你(ni)的研(yan)(yan)究(jiu)快速(su)突破！