福爾(er)馬林固定(ding)石蠟包(bao)埋 (Formalin Fixation and Paraffin Embedding，FFPE）樣本是指使(shi)用福爾(er)馬林（甲醛的水溶液(ye)，具有較強(qiang)的交(jiao)聯作用）固定(ding)、石蠟包(bao)埋的組(zu)(zu)織(zhi)，可在(zai)常(chang)溫下較長時間保(bao)存，并(bing)且方(fang)便(bian)切成薄片(pian)，用于組(zu)(zu)織(zhi)學檢查、免疫(yi)組(zu)(zu)化、分(fen)子生物學等各種實(shi)驗(yan)和診斷。
FFPE是世界各地(di)病(bing)理實(shi)驗(yan)室(shi)保存臨床組(zu)(zu)織(zhi)樣(yang)本(ben)的(de)標準方法(fa)，在過去(qu)的(de)幾十(shi)年中，按照該方法(fa)，全世界已(yi)經存檔了大量生物樣(yang)品，涵蓋長(chang)期臨床診療(liao)歷史及隨訪數(shu)據，是病(bing)理科臨床研(yan)究(jiu)的(de)“沉睡寶(bao)藏”。目(mu)前(qian)，FFPE樣(yang)本(ben)已(yi)廣(guang)泛應用(yong)在基因組(zu)(zu)、轉錄(lu)組(zu)(zu)、表觀組(zu)(zu)、蛋白組(zu)(zu)及微生物組(zu)(zu)等多(duo)組(zu)(zu)學的(de)研(yan)究(jiu)中。研(yan)究(jiu)人員可以更好地(di)利用(yong)FFPE樣(yang)本(ben)，深(shen)入挖(wa)掘(jue)其中的(de)珍貴信息資源，為(wei)疾病(bing)研(yan)究(jiu)和個性化治療(liao)帶(dai)來更多(duo)的(de)可能(neng)和機會。
FFPE特點(dian)
1.易(yi)于制備(bei)，長(chang)期(qi)儲(chu)存：可(ke)以(yi)用于保(bao)存和處理大量的組織樣本，使得這些樣本可(ke)以(yi)長(chang)期(qi)保(bao)存，并且(qie)可(ke)以(yi)在需要時進行分析；
2.保存成(cheng)本低廉(lian)：和冷凍(dong)組織相比，FFPE樣(yang)本的保存成本低(di)廉，并且(qie)更加方便；
3.環境依賴性低(di)：可以在常溫下運輸和存儲，而不需要冷凍或其他特(te)殊條件；
4.支持多類型組(zu)織(zhi)：可以被廣泛應用于不同類(lei)型的(de)組織樣(yang)本，包括固體腫瘤、組織切片等(deng)，同時也(ye)可用于多(duo)種分子學檢測類(lei)的(de)分析研究。
5R 16S多(duo)樣(yang)性組成譜
5R 16S 微(wei)生(sheng)物(wu)多樣性測(ce)(ce)序是(shi)通過對(dui) 16S rRNA 基因上的(de)特(te)定區域 (V2、V3、V5、V6、V8)進行(xing)多重 PCR 擴(kuo)增和測(ce)(ce)序，搭(da)配SMURF算(suan)法,實現(xian)對(dui)微(wei)生(sheng)物(wu)物(wu)種的(de)高覆蓋(gai)率(lv)和高分辨率(lv)檢(jian)測(ce)(ce),尤其(qi)適合于低(di)微(wei)生(sheng)物(wu)載量(liang)樣本(ben)和存在部分 DNA 降解樣本(ben)(如(ru)FFPE樣本(ben))的(de)微(wei)生(sheng)物(wu)檢(jian)測(ce)(ce)。
研(yan)究流程
技術特點
1.覆(fu)蓋(gai)區域長：覆(fu)蓋(gai)16S rRNA基(ji)因的(de)5個區域，約68%的(de)16S全(quan)長序列
2.分(fen)辨(bian)率(lv)高：分(fen)辨(bian)率(lv)可以達到種水平
3.靈敏度高：適用(yong)于微生物低微量樣本的菌(jun)群(qun)檢(jian)測
4.樣本(ben)寬容度(du)高：適用于FFPE樣本(ben)的菌群檢測，核酸完(wan)整度(du)要求(qiu)寬容。
FFPE全轉錄組(zu)（不含(han)miRNA）
FFPE樣本由于RNA降解嚴重(zhong)，無法利用(yong)poly(A)尾捕獲mRNA。通過去除(chu)核糖體(ti)RNA的(de)(de)方式(shi)建庫，可在(zai)FFPE樣本中發現大(da)量的(de)(de)mRNA、lncRNA和(he)circRNA。大(da)多(duo)數lncRNA和(he)circRNA能在(zai)轉(zhuan)錄及(ji)轉(zhuan)錄后水平上調控基(ji)因表達(da)，在(zai)多(duo)種生物(wu)過程中發揮了重(zhong)要作用(yong)，并與疾病的(de)(de)發生密(mi)切(qie)相(xiang)關。
研究流(liu)程
技術(shu)特點
提取端
1.高效裂解與去交聯，釋放(fang)更(geng)多完整RNA片段
2.石蠟殘留(liu)去除效(xiao)果好，避免殘留(liu)影響下游實驗
3.針對(dui)FFPE中RNA片段化(hua)特(te)點優化(hua)，RNA純度高(gao)、完整性(xing)好
建(jian)庫端
1.高效(xiao)去除rRNA，提升RNA檢測靈敏度；
2.兼容降(jiang)解RNA，適合FFPE樣本
3.高特異(yi)性與數(shu)據利(li)用率(lv)
4.針對FFPE樣本抗干(gan)擾能力、穩(wen)定性、數(shu)據(ju)一致性強
935K DNA甲(jia)基化芯片
Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip Kit（935K）是一種全基因(yin)組(zu)甲(jia)基化(hua)篩選(xuan)(xuan)工具，靶向人類甲(jia)基化(hua)組(zu)具有生物(wu)學意義的(de)區(qu)域中超(chao)過 935,000 個 CpG 位點(dian)。該芯片保留了以單核苷酸分(fen)(fen)辨率定量分(fen)(fen)析(xi)全基因(yin)組(zu)CpG位點(dian)的(de)能力，同時提供高度(du)精(jing)準的(de)甲(jia)基化(hua)檢測，不受(shou)測序深(shen)度(du)的(de)影(ying)響。可使用Infinium 甲(jia)基化(hua)檢測分(fen)(fen)析(xi)多(duo)種 DNA 樣(yang)本類型，包(bao)括從(cong) FFPE 分(fen)(fen)離的(de) DNA 樣(yang)本，因(yin)此可用于(yu)探究疾病機制和生物(wu)標志物(wu)的(de)篩選(xuan)(xuan)。
WGBS全(quan)基因組甲(jia)基化測序(xu)
全基(ji)(ji)(ji)(ji)因組(zu)重亞硫(liu)酸鹽甲(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)化測(ce)(ce)序（WGBS）是(shi)一種用于(yu)檢(jian)測(ce)(ce)生物體基(ji)(ji)(ji)(ji)因組(zu)中DNA甲(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)化位點(dian)（CpG、CHG、CHH）的技術。通(tong)過高(gao)通(tong)量測(ce)(ce)序平(ping)臺，對(dui)基(ji)(ji)(ji)(ji)因組(zu)DNA進行全覆蓋(gai)的甲(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)化分析，以揭示DNA甲(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)化在(zai)不同組(zu)織、發育(yu)(yu)階段和(he)疾病(bing)狀態下(xia)的變化。廣(guang)泛應用于(yu)細(xi)胞(bao)分化、組(zu)織發育(yu)(yu)、動植物育(yu)(yu)種及(ji)人類健康與疾病(bing)研究(jiu)等領域。
人基因組(zu)重測序(xu)/全外顯子(zi)測序(xu)
人全(quan)基(ji)(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)重測(ce)序（Whole-genome sequencing，WGS）是基(ji)(ji)(ji)于(yu)人基(ji)(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)參考序列對個(ge)體(ti)或(huo)群體(ti)進行(xing)全(quan)基(ji)(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)測(ce)序（resequencing），并(bing)在個(ge)體(ti)或(huo)群體(ti)水平(ping)篩選出(chu)基(ji)(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)范圍(wei)內的遺(yi)傳(chuan)(chuan)變異，實現基(ji)(ji)(ji)因(yin)型多(duo)樣性(xing)分析、遺(yi)傳(chuan)(chuan)進化分析，致病和易感性(xing)基(ji)(ji)(ji)因(yin)，單基(ji)(ji)(ji)因(yin)病篩查以(yi)及癌(ai)癥篩查等的篩選。
全(quan)外(wai)顯(xian)(xian)子組(zu)測序（Whole Exome Sequencing，WES）就(jiu)是利(li)用序列捕獲技術(shu)或者靶向(xiang)技術(shu)將全(quan)基因(yin)組(zu)外(wai)顯(xian)(xian)子區域DNA捕獲富(fu)集后進行高(gao)通量(liang)測序，外(wai)顯(xian)(xian)子只(zhi)(zhi)占基因(yin)組(zu)的比(bi)例低，全(quan)外(wai)顯(xian)(xian)子組(zu)測序只(zhi)(zhi)需針對(dui)外(wai)顯(xian)(xian)子區域的基因(yin)序列測序，只(zhi)(zhi)測少量(liang)數(shu)據即可實現(xian)更高(gao)的測序深度，變(bian)異檢(jian)測更加準確。
產(chan)品優勢
1.高分辨率(lv)和精確定(ding)位：WGS覆(fu)蓋多(duo)種變(bian)異類型(xing)檢測，得(de)到與(yu)疾病、腫(zhong)瘤等密切相(xiang)關的(de)單(dan)核苷酸變(bian)異（SNP）、插入/缺失（INDEL）、拷貝數變(bian)異（CNV）、結構變(bian)異（SV）等多(duo)種類型(xing)的(de)變(bian)異。
2.疾病分析針對性強：WES可減少大量(liang)冗余序(xu)列(lie)，對于疾病分析更有針對性；研究(jiu)SNP、InDel變異更有優勢。
3.低成本、高準確性：WES用更少的數據(ju)(ju)量，得到更多的高準確(que)和高覆(fu)蓋(gai)度的比對數據(ju)(ju)，發現更多變(bian)異位點，有助于(yu)挖掘(jue)疾(ji)病的低(di)頻和罕見突變(bian)，獲取(qu)更加(jia)全面的基因組變(bian)異信息(xi)。
4.專屬高級(ji)分析：體(ti)細胞變(bian)異檢測、突變(bian)頻譜分析(xi)、HLA 分型、突變(bian)頻譜分析(xi)、NMF突變(bian)特(te)征(zheng)分析(xi)、高頻突變(bian)基因(yin)統計及富集分析(xi)、已知驅(qu)動基因(yin)篩(shai)選、易感基因(yin)篩(shai)查等(deng)。
FFPE DIA蛋白(bai)質組
FFPE樣(yang)本的(de)(de)蛋白(bai)質(zhi)組(zu)學(xue)分(fen)析(xi)對(dui)于理解疾病機制、發(fa)現(xian)生物標志物以及指導(dao)臨床治(zhi)療決(jue)策具有重要價值。但是，FFPE樣(yang)本的(de)(de)蛋白(bai)質(zhi)組(zu)學(xue)分(fen)析(xi)面臨一些挑戰，主(zhu)要是因(yin)為(wei)固(gu)定和包埋過程中可能導(dao)致的(de)(de)蛋白(bai)質(zhi)變性(xing)和交聯(lian)。然(ran)而，隨(sui)著技術的(de)(de)發(fa)展，已(yi)有方(fang)法(fa)能夠從FFPE組(zu)織中提取肽和蛋白(bai)質(zhi)，并進行蛋白(bai)質(zhi)組(zu)學(xue)分(fen)析(xi)。
產(chan)品(pin)優勢
1.用量低：FFPE切片低至1-2張，樣(yang)本處理得(de)率高，可(ke)滿足珍貴樣(yang)本的蛋白組研究所(suo)需(xu)。
2.通量高：不受(shou)樣品數量的(de)限制，適合臨床大(da)隊列研究(jiu)。
3.檢(jian)測(ce)深度高：搭配(pei)Orbitrap Astral質(zhi)譜儀采用DIA全景掃(sao)描，提升蛋白鑒定深度。
4.多重質控(kong)：iRT內標肽高(gao)精度校正+QC實時進行(xing)數據質量檢測，保障數據的穩定可靠。
經(jing)典高分案例
Cancer Cell：多組學(xue)+類器(qi)官揭示無(wu)功能胰腺神(shen)經內分泌(mi)腫瘤(liu)的四類分子亞(ya)型及其靶向治療策略
Proteogenomic characterization of non-functional pancreatic neuroendocrine tumors unravels clinically relevant subgroups
胰(yi)(yi)腺神(shen)經內(nei)分(fen)(fen)泌(mi)瘤(liu)(liu)（PanNETs）是胰(yi)(yi)腺第二大(da)常見腫瘤(liu)(liu)，其發病率和患(huan)病率在過(guo)去四十年中(zhong)顯著增加，其中(zhong)約(yue)有90%的(de)患(huan)者為無功能性(xing)（NF-PanNETs）。這類(lei)腫瘤(liu)(liu)患(huan)者大(da)約(yue)有一半在確(que)診(zhen)時(shi)已發生轉(zhuan)移(yi)（主要轉(zhuan)移(yi)到肝(gan)臟），中(zhong)位(wei)生存期僅為23個月。且根治術后，PanNET患(huan)者在胃腸(chang)胰(yi)(yi)神(shen)經內(nei)分(fen)(fen)泌(mi)瘤(liu)(liu)中(zhong)最早復發，在臨床(chuang)上(shang)缺(que)乏有效(xiao)預(yu)測(ce)預(yu)后的(de)分(fen)(fen)子標志(zhi)物。
樣本類型
發現集：108份胰腺神經內分泌(mi)瘤/癌樣(yang)本及其配對(dui)的正常組(zu)織(zhi)
驗證集(ji)：51份臨床FFPE樣本+小鼠(shu)類器官
組學(xue)技術
WES、RNA-seq、TMT蛋(dan)白組及(ji)TMT磷酸化蛋(dan)白組
研(yan)究步驟
步驟(zou)一
匯集(ji)癌(ai)組織、FFPE、類器官(guan)等(deng)作為發(fa)現集(ji)與(yu)驗證集(ji)隊(dui)列。
步(bu)驟二(er)
蛋白質基(ji)因組學分析NF-PanNETs的(de)基(ji)因組驅(qu)動變異并挖掘MEN1潛在機制(zhi)。
步驟三
基于機(ji)器學習的模型構建(jian)發現三(san)蛋(dan)白標(biao)志物并(bing)在獨立外部(bu)隊列(lie)中得到(dao)驗證(zheng)。
步驟四
基于蛋白質組(zu)和(he)磷(lin)酸(suan)化(hua)蛋白質組(zu)的分(fen)層分(fen)析鑒(jian)定出(chu)四種亞(ya)型，各具獨特分(fen)子特征、免疫微環境及臨床病(bing)理學特性。
步驟五
通過患(huan)者來源(yuan)腫(zhong)瘤(liu)類(lei)器官藥物篩選，發現CDK5和CACNA1D分(fen)別為(wei)廣譜性和亞型(xing)特異性治療靶(ba)點，且在小(xiao)鼠異種(zhong)移植模型(xing)中完(wan)成體內驗證。
