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空間轉錄組技術選型指南:五大平臺全面解析

2025-08-18


一、技術演(yan)進(jin):從全局圖譜到單細(xi)胞精度

空間轉錄組技術(shu)(shu)(空轉)已成為生(sheng)命科學(xue)研究的"明(ming)星工具",能夠在保(bao)留(liu)組織原位信息的同時解析基因表(biao)達空間異質性。目前主流平臺包(bao)括10× Visium系列、10× Xenium 及華大(da)Stereo-seq,各具技術(shu)(shu)特色與適用(yong)場景。

二、五大平臺核(he)心技(ji)術特點對比

三、關鍵技術突破解析

Visium V2 + Cytassist:FFPE樣(yang)本的(de)革命性解放

自(zi)動(dong)化轉(zhuan)(zhuan)移技(ji)術:將普通玻片(pian)上的(de)樣本轉(zhuan)(zhuan)錄組自(zi)動(dong)轉(zhuan)(zhuan)移到Visium芯片(pian);

探針升級:90%基因設(she)計三對探針,靈敏度提升10倍;

大視野(ye)支持:11×11mm2捕獲區域覆蓋完整病理結(jie)構。

Xenium:亞細胞精度(du)的"顯微CT"

可精(jing)準定位單分子RNA,尤(you)其適合神經突觸(chu)、腫瘤微(wei)環境等(deng)精(jing)細結構研究。

華大Stereo-seq:全景成像

厘(li)米(mi)級視(shi)野(最(zui)大13cm×13cm)+500nm分辨率,兼顧宏觀(guan)組(zu)織與細胞級精度(du),適用于胚胎發育(yu)、植物(wu)整體器官等大尺度(du)研究。

四、如(ru)何選擇(ze)平臺?四大(da)場景推薦

臨床回顧性研究(FFPE樣本)

首選10× Visium V2 Cytassist

支持石蠟(la)包(bao)埋、染色切片,質檢(jian)門檻(jian)低(di)(DV200>30%)。

案例:人(ren)腦膠質(zhi)瘤研究成功解(jie)析5年(nian)存檔樣本。

高分(fen)辨率需求(單(dan)細(xi)胞(bao)/亞細(xi)胞(bao)級)

選Xenium

適(shi)用場(chang)景:腫瘤異(yi)質性、神經元網絡。

大組(zu)織塊全景分(fen)析

選華大(da)Stereo-seq

案例(li):小鼠胚胎發育圖譜、植物光合作用空間(jian)模型。

五(wu)、未來趨勢

華大時(shi)空轉錄(lu)組FFPE產品方(fang)案(an)重(zhong)磅發(fa)布(bu):編碼及非編碼RNA共捕獲(huo)!

  • 利用“隨機探針(zhen)”對FFPE樣本中(zhong)組織(zhi)細胞內的Total RNA分子進(jin)行原位捕獲,并通(tong)過空(kong)間(jian)條形碼(Coordinate ID,CID)還原回空(kong)間(jian)位置(zhi),可實現全(quan)物種全(quan)轉錄組空(kong)間(jian)表達圖(tu)譜的構建。

  • 利用(yong)StereoMap可視化分(fen)析工(gong)(gong)具,用(yong)戶可進行真(zhen)正的空間單細胞(bao)水平(ping)分(fen)析。同(tong)時(shi),全新的StereoMap還支持(chi)第(di)三(san)方細胞(bao)分(fen)割工(gong)(gong)具,以滿足復雜且(qie)多(duo)樣化的科學研究(jiu)需求。

結 語(yu)

空轉技術的選擇需緊扣科(ke)學問題本質:

問"細胞如何互作(zuo)"? → 選高分辨(bian)率(lv)(HD/Xenium)

問"組織區域功能"? → 選大視野(Visium V2/Stereo-seq)

問"臨床樣本怎(zen)么辦"? → Cytassist解鎖FFPE無(wu)限可能

精準匹配技術優勢與生物問題,揭開空間生物學的新維度!