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科研必備6大類圖表:選對工具,效果事半功倍

2025-08-28

本(ben)文介紹六款分屬不(bu)同領域的分析圖(tu)表:

差(cha)異箱線圖(tu)(tu)用于統計(ji)比較;交互(hu)熱圖(tu)(tu)解析相關性;韋恩圖(tu)(tu)展示(shi)集合關系(xi);網絡熱圖(tu)(tu)展示(shi)組學(xue)內及組學(xue)間的(de)(de)關聯關系(xi);KEGG分析揭示(shi)功能富集;交互(hu)PCA圖(tu)(tu)實現(xian)數據降維。它(ta)們為您提供從(cong)基(ji)礎統計(ji)到生物信息(xi)學(xue)的(de)(de)多(duo)種分析場景。

一(yi)、差異檢驗箱線圖

用于比較兩組(zu)或多組(zu)數(shu)據的分布差異,并標注(zhu)統計顯著性(如P值)。

圖表顏色(se)

可(ke)切換不同(tong)的色卡(ka),運用在圖表(biao)上(shang)

面板設置

設置每個分組的面板(ban)的寬度(du)

二、交互熱(re)圖

展(zhan)示(shi)多個(ge)樣品之(zhi)間的關(guan)系或相(xiang)關(guan)性。顏色(紅色表(biao)示(shi)正值 / 藍(lan)色表(biao)示(shi)負值)越(yue)紅表(biao)示(shi)正相(xiang)關(guan)越(yue)強,越(yue)藍(lan)表(biao)示(shi)負相(xiang)關(guan)越(yue)強,可(ke)快速識別樣品間的相(xiang)似(si)性與(yu)差(cha)異性。

單(dan)元格樣式

支持正方形、顏色、橢圓(yuan)、數(shu)字

聚(ju)類顯示(shi)

支持對行和列、僅(jin)(jin)行、僅(jin)(jin)列進行聚(ju)類,也可選擇(ze)不(bu)聚(ju)類。

名(ming)稱(cheng)顯示(shi)

靈活控(kong)制行、列標簽的顯示方式

單元格寬高設置

根(gen)據需要調(diao)整單元格的寬高

衍生圖表類型:

  • 交互環形熱圖:節省空間,適合(he)展示多(duo)層級數據(如基因(yin)組環狀結構(gou))。

  • 交互熱圖柱(zhu)狀圖:整(zheng)合(he)熱圖與柱(zhu)狀圖,同時展(zhan)示矩(ju)陣(zhen)分布和(he)統計信息。

三(san)、韋恩圖

通過(guo)圓形的(de)(de)重(zhong)疊關系展示有限(xian)集合(通常為(wei)2–5個)之間的(de)(de)邏輯(ji)關系及共同元(yuan)素(su)數量。

圖表類型

經(jing)典韋(wei)恩圖、齒輪韋(wei)恩圖

圖表(biao)顏色

支(zhi)持按分組自定(ding)義(yi)配色

衍生圖表類型:

  • 花瓣圖:適用于5個(ge)以(yi)上數據(ju)集的交集關(guan)系,中心區域顯示所(suo)有集合(he)共(gong)有的元素數量,外圍(wei)花瓣代表各樣本獨(du)有的元素數量。

  • Upset圖:支持7組以(yi)上數(shu)據(ju),通過矩陣點圖(tu)(tu)與柱狀圖(tu)(tu)的(de)組合,量化展(zhan)示多組數據的(de)交(jiao)集關系。

四(si)、網(wang)絡熱圖

由熱圖(tu)和(he)網絡圖(tu)組成,其(qi)中(zhong)熱圖(tu)可展(zhan)示組學(xue)內的相(xiang)關性(xing),而(er)網絡圖(tu)可展(zhan)示組學(xue)間的關聯性(xing)

豐(feng)度數據(ju)

1.按(an)照需求(qiu)添加Node節點

2.提供距離算法:bray、manhattan、euclidean、canberra、bray等10種(zhong)方法

3.檢驗方法:mantel、mantel.randtest、mantel.rtest、mantel.partial

因(yin)子數據

1.標準化(hua):是否(fou)標準化(hua)

2.提供距離算法(fa)和相關性算法(fa)

熱(re)圖圖表

可設置(zhi)熱圖位置(zhi)(右上角(jiao)或是左下角(jiao)),通過(guo)格子大(da)小、顏色(se)等方式表示相關(guan)性

顯著性標簽設置

標簽類型:支(zhi)持(chi)星號+r值、星號、無;可調(diao)整標簽大小和顏(yan)色

五、KEGG富(fu)集(ji)分析

富集分析(xi)(xi)是(shi)生物(wu)信息學(xue)中用于解析(xi)(xi)基因功能、揭示生物(wu)學(xue)過(guo)程和通路(lu)的重要方(fang)法。

柱狀(zhuang)圖:縱(zong)坐標為GO Term,橫坐標默(mo)認為GO Term富集的-log10(p-value),可選擇(ze)p-adjust或差異基因(DEG)數目進行展示。

圖表顏色

下拉切(qie)換不同色卡(ka)(ka)運(yun)用(yong)圖表,還可編(bian)輯色卡(ka)(ka)顏色

圖表(biao)類(lei)型

垂直/水平柱狀圖

圖(tu)表寬高

可靈活調整寬高,用(yong)來滿(man)足繪圖需(xu)求

因(yin)子(zi)圖:橫坐標為富集因(yin)子(zi)(rich factor),縱坐標為GO Term,圖中點的大小表(biao)(biao)示(shi)相應(ying)Term中富集到的差(cha)異基(ji)因(yin)數目(mu),顏(yan)色(se)的深淺表(biao)(biao)示(shi)顯(xian)著性水平高低。

圖表(biao)顏色

可切換(huan)不同的色(se)卡,運(yun)用(yong)在圖表上

寬(kuan)高系數

對于(yu)有標簽遮擋的地方,可(ke)調整(zheng)圖(tu)表的寬(kuan)高(gao)進行(xing)合(he)理展示

檢驗方法

BH、Bonferroni、Holm

通路數(shu)目

根據提供的(de)參考范圍,合理的(de)輸(shu)入數值

六、交互PCA圖

對(dui)多(duo)個變(bian)量進行降維后(hou)提取(qu)幾個特征(zheng)變(bian)量。

圖表顏色

可切換不同的色卡,運(yun)用(yong)在圖(tu)表上

圖表樣式

添加(jia)網格線、原點(dian)輔助(zhu)線、添加(jia)中心點(dian)連線、添加(jia)邊框

圖表(biao)類型(xing)

散(san)點圖、按組連線、置(zhi)信橢圓

點(dian)的樣式(shi)

點的形狀與大小

衍生圖表類型:

  • 3D主成分圖:展示前(qian)三個主成分,信息更豐富。

  • 主成分(fen)圖:對多個變量進行降維后提取幾個特征變量。

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