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單細胞測序項目經驗合集-植物樣本抽核

2025-09-12

在植(zhi)物(wu)(wu)單(dan)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)測序研究中,獲取高質量的(de)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)核是后續實(shi)驗成功的(de)關鍵(jian)前提(ti)。相(xiang)較于原生質體分離,植(zhi)物(wu)(wu)樣(yang)(yang)本(ben)抽(chou)核技術能(neng)突破細(xi)(xi)(xi)胞(bao)壁堅韌、組(zu)織纖維化等限制,適用于更多難解(jie)離的(de)植(zhi)物(wu)(wu)組(zu)織(如木質化莖稈、成熟(shu)種子),且(qie)能(neng)有效保(bao)留細(xi)(xi)(xi)胞(bao)異(yi)質性。今天,我們就從抽(chou)核方法,常見問題與解(jie)決方案,全(quan)方位分享(xiang)植(zhi)物(wu)(wu)樣(yang)(yang)本(ben)抽(chou)核的(de)實(shi)戰經驗,幫你避開科研 “坑點”。

派森諾單(dan)細胞平臺(tai)已(yi)成功完成5000+單(dan)細胞樣本測(ce)序,有(you)著豐富的項目經驗,以下是部分派森諾曾做過的植(zhi)物組(zu)織抽核樣本類(lei)型:

一、抽核方案

1. 樣本(ben)處理

凍存的植物組織在液氮中研(yan)磨成粉末狀(zhuang),轉(zhuan)移(yi)至(zhi)5ml管中備用。

2. 細(xi)胞核釋放

加(jia)入3ml NIB裂解液(ye),使用組織研磨(mo)儀磨(mo)碎組織,使細(xi)胞核(he)釋放,DAPI觀察細(xi)胞核(he)釋放情(qing)況(kuang)。

3. 清洗(xi)

使用NB溶液終止細胞核裂解(jie),離(li)(li)心(xin)(根(gen)據不同組織類型(xing)調整離(li)(li)心(xin)力,范圍在(zai)500-1000g),5min。

4. 去雜質

通(tong)過流(liu)式分選DAPI陽性(xing)的細胞(bao)核,進(jin)行去(qu)雜質(zhi)處理(li)

5. 質檢

流式分選后(hou)的細(xi)胞核離心,合適體(ti)積(ji)重懸(xuan)后(hou)使用AOPI染料計(ji)數(shu),熒光顯微鏡觀察(cha)細(xi)胞核完整度。

二、常見問題與解決方案(an)

1. 細胞核破裂(lie)率超過 20%怎么辦?

  • 研磨時減少時間(如從(cong) 5min 縮短至(zhi) 3min),或更(geng)換為(wei)玻璃勻漿器(力度更(geng)溫和);

  • 降低離心(xin)(xin)轉速(如從 1000×g 降至 800×g),延(yan)長離心(xin)(xin)時間(從 10min 增至 15min)。

2. 細胞質(zhi) / 雜(za)質(zhi)污染(ran)嚴重怎么辦?

  • 增加過濾(lv)次數(shu)(如(ru)先用(yong) 70μm 篩(shai)網初濾(lv),再用(yong) 40μm 篩(shai)網精(jing)濾(lv)),并確保(bao)每次過濾(lv)后(hou)用(yong) NB 沖(chong)洗(xi)篩(shai)網;

  • 在 NIB 中加入(ru) 2% PVP(去除酚類(lei)雜(za)質(zhi))

三、部分結(jie)果展示

楊(yang)樹根尖

楊(yang)樹葉片

楊樹(shu)莖

棉花根

柳(liu)樹葉片