2016-09-21
研究背景
外顯子組測序可以幫助識別人類癌癥發病過程中的基因突變。研究人員可以利用外顯子組測序技術檢測到傾向于讓細胞癌變的生殖細胞遺傳變異，利用測序信息結合臨床特征可對相關遺傳病做出正確的診斷。今天小編和大家分享一篇利用外顯子組測序技術檢測SV突變在癌癥檢測分析中的應用。哈佛大學醫學院的Peter J. Park和韓國成均館大學醫學院Yoon-La Choi及他們(men)的研究(jiu)團(tuan)隊，利用外顯(xian)子組(zu)測序(xu)技術檢測基(ji)因組(zu)的結構變(bian)異（SVs）。通(tong)常全(quan)基因組(zu)測(ce)序比全(quan)外顯子組(zu)測(ce)序對(dui)SV的(de)(de)檢測(ce)更為(wei)敏感，但是(shi)基于全(quan)外顯子組(zu)測(ce)序更大的(de)(de)數據量，使得通(tong)過全(quan)外顯子組(zu)測(ce)序分(fen)析SV變(bian)得有價值。
研究思路
外顯(xian)(xian)子組測序(xu)過(guo)(guo)程(cheng)中，探針特異(yi)性結(jie)合(he)在外顯(xian)(xian)子或(huo)者外顯(xian)(xian)子與內含子的(de)(de)邊(bian)界(jie)處。因此當SV斷點發生在外顯(xian)(xian)子區域或(huo)者靠近外顯(xian)(xian)子區域的(de)(de)時候，且DNA和探針具有足夠多(duo)的(de)(de)重(zhong)疊區域時，包(bao)含有SV斷點的(de)(de)DNA即可被捕捉測序(xu)，過(guo)(guo)程(cheng)如圖1:
圖1：外顯子組(zu)測序工作流(liu)程
研究結果
研究(jiu)者檢測(ce)了(le)15種腫瘤共(gong)4609個(ge)(ge)樣(yang)本，檢測(ce)到(dao)9171個(ge)(ge)高可信度的SV變異，并注釋了(le)多種相關(guan)的融合基因和驅動基因，示(shi)例如圖2：
圖(tu)2：基因融合的檢測
并選取了兩個融合基因CEP85L-ROS1和ROR1-DNAJC6進行了體內和體外的實驗驗證。
圖3：CEP85L-ROS1和ROR1-DNAJC6基因的功能(neng)驗證
同時發現，大量的SV變異和致癌(ai)基(ji)因上(shang)調(diao)突變相關。
圖4：基因結構變異(yi)和致癌基因上(shang)調(diao)關系(xi)
結論
本(ben)研究開發了新的(de)(de)外(wai)顯(xian)(xian)子組數據測(ce)序(xu)的(de)(de)分析方(fang)法，挖掘了外(wai)顯(xian)(xian)子組測(ce)序(xu)的(de)(de)潛力，驗證了外(wai)顯(xian)(xian)子組測(ce)序(xu)技術(shu)在腫瘤基因診(zhen)斷方(fang)面的(de)(de)強(qiang)大能力和廣(guang)泛(fan)應用。
參考文獻
Yang, Lixing et al. Analyzing Somatic Genome Rearrangements in Human Cancers by Using Whole-Exome Sequencing. The American Journal of Human Genetics , Volume 98 , Issue 5 , 843 - 856.
