2016-02-24
簡介
大黃魚（Larimichthys crocea）是中國南部海(hai)洋經濟魚類之一。隨著水(shui)產養殖業的(de)(de)迅(xun)速(su)發(fa)展(zhan)，大(da)黃魚遭受(shou)帶有(you)纖毛的(de)(de)體外(wai)寄生蟲(chong)—海(hai)水(shui)白點蟲(chong)的(de)(de)感染日益嚴(yan)重(zhong)。因此(ci)，了解大(da)黃魚寄主防御海(hai)水(shui)白點蟲(chong)的(de)(de)機制是迫切和必(bi)不可少的(de)(de)。
在目前的(de)(de)(de)研(yan)究(jiu)(jiu)中(zhong)(zhong)，已經(jing)實現(xian)了基(ji)(ji)于(yu)轉錄(lu)組水平分(fen)析(xi)大黃(huang)魚體內(nei)的(de)(de)(de)海水白點蟲(chong)對(dui)寄主的(de)(de)(de)影響，中(zhong)(zhong)國水產科學研(yan)究(jiu)(jiu)院東海水產研(yan)究(jiu)(jiu)所的(de)(de)(de)尹飛副研(yan)究(jiu)(jiu)員和(he)他的(de)(de)(de)團隊(dui)通過取三條不同(tong)處(chu)理大黃(huang)魚（A為對(dui)照，B、C為不同(tong)濃(nong)度(du)處(chu)理）的(de)(de)(de)免疫(yi)相關(guan)組織樣品進行測序，分(fen)別得(de)到(dao)(dao)15,826,911, 16,462,921,和(he)15,625,433條clean reads，拼接總共(gong)得(de)到(dao)(dao)30,509個(ge)unigenes。B/A, C/A, and C/B 之間兩(liang)兩(liang)比較(jiao)發現(xian)分(fen)別有(you)972、900和(he)1126個(ge)差(cha)異基(ji)(ji)因(yin)。 對(dui)差(cha)異基(ji)(ji)因(yin)中(zhong)(zhong)與免疫(yi)相關(guan)基(ji)(ji)因(yin)的(de)(de)(de)統計發現(xian)， B/A 兩(liang)兩(liang)比較(jiao)有(you)48個(ge)差(cha)異基(ji)(ji)因(yin)，其中(zhong)(zhong)B中(zhong)(zhong)26個(ge)上調(diao)基(ji)(ji)因(yin)和(he)22個(ge)下(xia)調(diao)基(ji)(ji)因(yin)；C/A兩(liang)兩(liang)比較(jiao)發現(xian)C中(zhong)(zhong)7個(ge)上調(diao)基(ji)(ji)因(yin)和(he)32個(ge)下(xia)調(diao)基(ji)(ji)因(yin)；C/B 兩(liang)組中(zhong)(zhong)C中(zhong)(zhong)11個(ge)基(ji)(ji)因(yin)表達上調(diao)，29個(ge)基(ji)(ji)因(yin)表達下(xia)調(diao)。用非致死濃(nong)度(du)的(de)(de)(de)海水白點蟲(chong)感(gan)染(ran)后發現(xian)凝血和(he)纖溶(rong)系統處(chu)于(yu)高度(du)活躍狀態；在感(gan)染(ran)早期階段補體旁路可能發揮了重要作用。這些結果表明(ming)，低濃(nong)度(du)的(de)(de)(de)感(gan)染(ran)可以顯著誘導(dao)魚類(lei)免疫(yi)學反應(ying)，然而，若魚類(lei)處(chu)在致命的(de)(de)(de)濃(nong)度(du)下(xia)時，免疫(yi)力則被抑制。
該研究(jiu)成果Transcriptome and analysis on the complement and coagulation cascades pathway of large yellow croaker (Larimichthys crocea) to ciliate ectoparasite Cryptocaryon irritans infection于2016年1月(yue)19日發表在(zai)Fish and Shellfish Immunology（影響因子2.674）雜志上(shang)。大黃魚(yu)的轉錄組(zu)測(ce)序及(ji)信息分析工(gong)作(zuo)，由上(shang)海(hai)派森諾(nuo)生物科技(ji)股份(fen)有限公(gong)司(si)完成，這也是派森諾(nuo)生物第八篇(pian)魚(yu)類轉錄組(zu)測(ce)序文章。
實驗方法
對大(da)黃魚分別進(jin)行不同寄生蟲濃(nong)度處理，取脾臟、腎臟、肝(gan)臟和鰓(sai)、魚皮進(jin)行轉錄組測序。
樣本量
3個樣本
測序平臺
Illumina MiSeq 平臺
分析內容
共有基因和特有基因分析
基因表達差異分析(xi)
eggNOG注釋
KEGG注釋
qPCR驗(yan)證
實驗結果
三個樣品(pin)分(fen)別(bie)得到15,826,911, 16,462,921, and 15,625,433條clean reads，拼接(jie)總共得到30509個unigenes，B/A，C/A，and C/B 之(zhi)間兩(liang)兩(liang)比(bi)較發現分(fen)別(bie)有 972, 900, 和 1126 個差異基(ji)因(yin)。
結果表明，低濃度的感染可以顯著誘導魚類免疫學反應，然而，若魚類處在致命的濃度下時，免疫力則被抑制。為獲得更多寄生蟲與宿主之間相互作用的信息提供分子生物學基礎，也為水產養殖業提供參考和依據。
結果展示
圖(tu)1 eggNOG基(ji)因功(gong)能注釋
圖(tu)2 差異基因的GO富集分析(xi)
圖3 火山圖和MA圖
圖(tu)4 差異基因的KEGG富集分析
參考文獻
Fei Yin, Quanxin Gao, el. Transcriptome and analysis on the complement and coagulation cascades pathway of large yellow croaker (Larimichthys crocea) to ciliate ectoparasite Cryptocaryon irritans infection. Fish and Shellfish Immunology. 2016: 1-15
DOI: 10.1016/j.fsi.2016.01.022
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