2016-02-15
簡介
中(zhong)華(hua)絨螯(ao)蟹(xie)(xie)（Eriocheir sinensis ）是(shi)一種(zhong)經濟(ji)蟹(xie)(xie)類，又稱(cheng)河蟹(xie)(xie)、毛蟹(xie)(xie)、清(qing)水蟹(xie)(xie)、大閘蟹(xie)(xie)。中(zhong)華(hua)絨螯(ao)蟹(xie)(xie)在幼(you)(you)蟹(xie)(xie)時期(qi)，存在一個明顯(xian)的(de)形(xing)態學(xue)變(bian)化(hua)的(de)過(guo)(guo)程(cheng)，即從第五(wu)幼(you)(you)體（Z5）發(fa)育為(wei)大眼幼(you)(you)體（M），該過(guo)(guo)程(cheng)有較高(gao)的(de)死亡率。中(zhong)華(hua)絨螯(ao)蟹(xie)(xie)轉錄(lu)組(zu)測序是(shi)怎(zen)樣的(de)呢？中(zhong)國(guo)科學(xue)院海洋研(yan)究所(suo)劉媛教授和她的(de)團隊用這(zhe)兩個時期(qi)的(de)中(zhong)華(hua)絨鰲蟹(xie)(xie)幼(you)(you)體為(wei)實(shi)驗樣品，通過(guo)(guo)轉錄(lu)組(zu)測序探究這(zhe)個過(guo)(guo)程(cheng)中(zhong)基因表達差異變(bian)化(hua)。
測序分析結(jie)果(guo)共發現652個差(cha)異表(biao)(biao)達基(ji)因(yin)(yin)（DEGs），這些差(cha)異基(ji)因(yin)(yin)富集(ji)的代(dai)(dai)謝(xie)(xie)通(tong)路(lu)主要分布(bu)在(zai)(zai)外(wai)源性物質生物降解(jie)和(he)代(dai)(dai)謝(xie)(xie)（8.16%）、輔酶因(yin)(yin)子和(he)維生素代(dai)(dai)謝(xie)(xie)（6.7%）、酯(zhi)類(lei)代(dai)(dai)謝(xie)(xie)（6.36%）和(he)氨基(ji)酸(suan)代(dai)(dai)謝(xie)(xie)（6.28%）。其中，有(you)19個差(cha)異基(ji)因(yin)(yin)與(yu)幼(you)蟹的形態特(te)征和(he)感觀(guan)變(bian)化(hua)有(you)關(guan)；62個差(cha)異基(ji)因(yin)(yin)與(yu)碳水化(hua)合物、酯(zhi)類(lei)和(he)蛋白質消化(hua)和(he)代(dai)(dai)謝(xie)(xie)有(you)關(guan)。在(zai)(zai)這些差(cha)異基(ji)因(yin)(yin)中，與(yu)物質代(dai)(dai)謝(xie)(xie)有(you)關(guan)的基(ji)因(yin)(yin)表(biao)(biao)達在(zai)(zai)Z5樣(yang)品中是上調的，推測從第五(wu)幼(you)體到(dao)大眼幼(you)體時期需(xu)要釋(shi)放大量(liang)的能量(liang)，實時定量(liang)PCR進一步驗證了(le)這個結(jie)果(guo)。
該研(yan)究成(cheng)果(guo)Comparative transcriptomic analysis provides insights into the molecular basis of the metamorphosis and nutrition metabolism change from zoeae to megalopae in Eriocheir sinensis于近日(ri)發表在Comparative Biochemistry and Physiology, Part D（影響因子2.055）雜志上。
中(zhong)(zhong)華(hua)絨鰲(ao)蟹(xie)(xie)的轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄組測序及信(xin)息分析工(gong)作，由(you)上海(hai)派(pai)森(sen)諾生物科技股份有限公司完成，這也是派(pai)森(sen)諾生物繼兩篇(pian)中(zhong)(zhong)華(hua)絨鰲(ao)蟹(xie)(xie)轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄組測序后(hou)的第三篇(pian)中(zhong)(zhong)華(hua)絨鰲(ao)蟹(xie)(xie)轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄組測序文章(zhang)。
方法(fa)
取不同生長階段的(de)中華絨鰲蟹幼體(ti)Z5和(he)M進行(xing)轉錄組測序
樣本(ben)量
2個樣本(ben)
測序(xu)平臺
Illumina HiSeq 2000平臺
分析內容
1. 基因表(biao)達差異(yi)分析
2. 聚類分析
3. eggNOG注釋
4. KEGG注釋
5. qPCR驗證(zheng)
結果展示
圖1 中(zhong)華絨螯蟹轉錄組測序eggNOG基因(yin)功能注(zhu)釋
圖2 KEGG基因功能注釋
圖(tu)3 GO中華絨螯蟹(xie)轉(zhuan)錄組測(ce)序基因功能注釋(shi)析
圖(tu)4 中華絨螯蟹轉(zhuan)錄組測(ce)序基因(yin)表達差異分(fen)析
圖5 qPCR驗證
參考(kao)文獻(xian)
Li Y, Min H, Cui Z, et al. Comparative transcriptomic analysis provides insights into the molecular basis of the metamorphosis and nutrition metabolism change from zoeae to megalopae in Eriocheir sinensis [J]. Comparative Biochemistry & Physiology Part D Genomics & Proteomics, 2015, 13(13C):1-9. doi:10.1016/j.cbd.2014.10.002
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