2016-01-29
簡介
中(zhong)(zhong)華(hua)絨螯蟹(xie)（Eriocheir sinensis）是一種經濟(ji)蟹(xie)類，又稱河蟹(xie)、毛蟹(xie)、清水蟹(xie)、大(da)閘蟹(xie)，為(wei)中(zhong)(zhong)國(guo)久(jiu)負盛名的(de)(de)美食。中(zhong)(zhong)國(guo)境內廣泛分布(bu)于南北(bei)沿海各地湖(hu)泊，其中(zhong)(zhong)以長江水系產量較大(da)，蟹(xie)中(zhong)(zhong)含有(you)較多的(de)(de)維生素A，對皮膚的(de)(de)角(jiao)化有(you)幫助；對兒(er)童的(de)(de)佝(gou)僂(lou)病(bing)，老年人的(de)(de)骨(gu)質疏(shu)松也能起(qi)到補(bu)充鈣質的(de)(de)作用。中(zhong)(zhong)華(hua)絨螯蟹(xie)中(zhong)(zhong)性(xing)(xing)別偏好(hao)基因在雌雄個體中(zhong)(zhong)基因表(biao)(biao)(biao)達存在差異(yi)(yi)，為(wei)了探(tan)索蟹(xie)的(de)(de)性(xing)(xing)別偏向型基因表(biao)(biao)(biao)達，對雌雄個體的(de)(de)中(zhong)(zhong)華(hua)絨螯蟹(xie)進(jin)行轉錄組測序，探(tan)究性(xing)(xing)別偏好(hao)基因的(de)(de)表(biao)(biao)(biao)達差異(yi)(yi)，探(tan)討兩性(xing)(xing)異(yi)(yi)形(xing)的(de)(de)分子機制。
以中(zhong)華(hua)絨螯(ao)蟹為(wei)例的(de)海洋生物轉錄組測(ce)序的(de)情況是怎么樣的(de)呢(ni)？中(zhong)科院(yuan)海洋研究(jiu)所的(de)劉媛教(jiao)授和她的(de)團(tuan)隊(dui)對(dui)雌雄中(zhong)華(hua)絨螯(ao)蟹的(de)樣本(ben)進行(xing)轉錄組測(ce)序，結果共驗證148個性別(bie)相關基(ji)(ji)因(yin)，檢測(ce)到29個性別(bie)決定通路；不同性別(bie)的(de)差異表達(da)基(ji)(ji)因(yin)與(yu)(yu)新陳代謝(xie)和免(mian)疫相關；并證實(shi)某些性別(bie)相關基(ji)(ji)因(yin)在雌雄個體(ti)中(zhong)表達(da)存(cun)在顯(xian)(xian)著差異，大多數差異基(ji)(ji)因(yin)參與(yu)(yu)新陳代謝(xie)和免(mian)疫等過程，而不是明顯(xian)(xian)與(yu)(yu)性功能(neng)相關。
免疫通路的差異基(ji)因(yin)(yin)中(zhong)，雌性(xing)個(ge)體(ti)中(zhong)18個(ge)上(shang)(shang)調(diao)基(ji)因(yin)(yin)由(you)體(ti)液免疫因(yin)(yin)素引起，雄性(xing)個(ge)體(ti)中(zhong)8個(ge)上(shang)(shang)調(diao)的差異基(ji)因(yin)(yin)是在(zai)模式(shi)識別(bie)受體(ti)上(shang)(shang)，這表明免疫防(fang)御的性(xing)別(bie)差異可能存(cun)在(zai)于中(zhong)華(hua)絨(rong)蝥(mao)蟹中(zhong)，本研究(jiu)(jiu)將(jiang)為進一步(bu)研究(jiu)(jiu)中(zhong)華(hua)絨(rong)螯蟹的雌雄異型提供分子機(ji)制。該研究(jiu)(jiu)成果Comparative Transcriptome Analysis Reveals Sex-Biased Gene Expression in Juvenile Chinese Mitten Crab Eriocheir sinensis于近日發(fa)表在(zai)PLoS ONE（影響(xiang)因(yin)(yin)子3.234）雜志上(shang)(shang)。
中華絨螯蟹的轉錄組測序及(ji)信(xin)息分析工作(zuo)，由上海派森諾生(sheng)物科技(ji)股份有限公(gong)(gong)司完成(cheng)，這也是我(wo)公(gong)(gong)司完成(cheng)的第(di)二(er)篇(pian)中華絨螯蟹文章(zhang)。
方(fang)法
雌雄中華絨(rong)螯(ao)蟹個體
樣本(ben)量
2個樣本
測序平臺
Proton平臺
分析內容
1、 SNP分析
2、 GO注釋
3、 特(te)定代謝通路(lu)分析
4、 qPCR驗證(zheng)
結果(guo)
共驗證(zheng)(zheng)148個性別相(xiang)關(guan)基因，檢測到29個性別決定通路；不同性別的(de)差異表(biao)達基因與(yu)新陳代謝和(he)免疫相(xiang)關(guan)；并證(zheng)(zheng)實某些性別相(xiang)關(guan)基因在雌雄個體(ti)中(zhong)表(biao)達存在顯(xian)著差異。
部分結果展示
圖1 SNP位點分析
圖2 溶(rong)酶體代謝通(tong)路(lu)基(ji)因表達差異分析(xi)
圖3差(cha)異表達基因GO注釋(shi)
Yuan Liu, Min Hui el.Comparative Transcriptome Analysis Reveals Sex-Biased Gene Expression in Juvenile Chinese Mitten Crab Eriocheir sinensis.PLoS One.(2015)1-21.
原文索(suo)引
DOI:10.1371/journal.pone.0133068
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