2015-12-28
? 簡介(jie)
β-二(er)(er)酮(tong)(tong)類(lei)抗(kang)生(sheng)(sheng)素(su)（DKAs）被廣泛用(yong)于人類(lei)和(he)(he)動物疾病的(de)(de)(de)治(zhi)療和(he)(he)預防，但它的(de)(de)(de)殘留物會導(dao)致嚴重的(de)(de)(de)環(huan)境生(sheng)(sheng)物學(xue)(xue)效應，并(bing)具有(you)很(hen)強的(de)(de)(de)遺傳毒性，如DNA損傷。以前(qian)的(de)(de)(de)分子毒物學(xue)(xue)研究主要針對單個(ge)基(ji)因(yin)(yin)的(de)(de)(de)表達水平，在轉錄(lu)(lu)組(zu)水平對β-二(er)(er)酮(tong)(tong)類(lei)抗(kang)生(sheng)(sheng)素(su)處理(li)后的(de)(de)(de)斑(ban)馬(ma)魚基(ji)因(yin)(yin)表達量(liang)變化的(de)(de)(de)研究還不多(duo)。為探(tan)討斑(ban)馬(ma)魚受β-二(er)(er)酮(tong)(tong)類(lei)抗(kang)生(sheng)(sheng)素(su)脅迫后生(sheng)(sheng)長發(fa)育的(de)(de)(de)影響，溫(wen)州醫(yi)科大(da)學(xue)(xue)生(sheng)(sheng)命科學(xue)(xue)學(xue)(xue)院(yuan)王慧利老師和(he)(he)她(ta)的(de)(de)(de)團隊將斑(ban)馬(ma)魚胚胎暴露(lu)在β-二(er)(er)酮(tong)(tong)類(lei)抗(kang)生(sheng)(sheng)素(su)中6天，并(bing)用(yong)未處理(li)的(de)(de)(de)樣品(pin)作為對照(zhao)。斑(ban)馬(ma)魚幼體孵化90天后，提取斑(ban)馬(ma)魚全(quan)部(bu)RNA進(jin)行轉錄(lu)(lu)組(zu)測(ce)序(xu)。 結果顯(xian)示(shi)β-二(er)(er)酮(tong)(tong)類(lei)抗(kang)生(sheng)(sheng)素(su)處理(li)后實(shi)驗組(zu)和(he)(he)對照(zhao)組(zu)分別(bie)共(gong)檢測(ce)到(dao)23550和(he)(he)23129個(ge)基(ji)因(yin)(yin)，其中3238個(ge)基(ji)因(yin)(yin)有(you)差(cha)異表達，328個(ge)基(ji)因(yin)(yin)表達出現(xian)明顯(xian)差(cha)異。
此外，他們還對這些差異(yi)基(ji)(ji)因進行(xing)GO分類和(he)KEGG通路富集分析(xi)，發(fa)現77個(ge)差異(yi)表(biao)達(da)基(ji)(ji)因注釋(shi)到(dao)132個(ge)KEGG代謝通路上(shang)，并(bing)找到(dao)與(yu)肝組(zu)(zu)織(zhi)損傷所(suo)對應的差異(yi)表(biao)達(da)基(ji)(ji)因。 該研(yan)究成果Chronic Toxicological Effects ofb-Diketone Antibiotics on Zebrafish (Danio rerio) Using Transcriptome Profiling of Deep Sequencing于近日發(fa)表(biao)在Environmental Toxicology（影響(xiang)因子3.197）雜志上(shang)。斑(ban)馬魚(yu)(yu)的轉(zhuan)(zhuan)錄組(zu)(zu)測序及信息(xi)分析(xi)工作，由上(shang)海(hai)派森(sen)(sen)諾生(sheng)物科技股份有限公司(si)完(wan)成，這也是(shi)派森(sen)(sen)諾生(sheng)物繼武昌(chang)魚(yu)(yu)轉(zhuan)(zhuan)錄組(zu)(zu)、青海(hai)裸魚(yu)(yu)轉(zhuan)(zhuan)錄組(zu)(zu)測序、南極冰(bing)魚(yu)(yu)轉(zhuan)(zhuan)錄組(zu)(zu)測序、鱖魚(yu)(yu)轉(zhuan)(zhuan)錄組(zu)(zu)和(he)兩篇(pian)比目(mu)魚(yu)(yu)轉(zhuan)(zhuan)錄組(zu)(zu)測序后的第七篇(pian)魚(yu)(yu)類轉(zhuan)(zhuan)錄組(zu)(zu)測序文章。
? 實驗方(fang)法
對(dui)斑(ban)馬(ma)魚(yu)進(jin)(jin)行β-二酮類抗生素(su)處理，未處理組作為對(dui)照，取(qu)斑(ban)馬(ma)魚(yu)幼體提取(qu)RNA進(jin)(jin)行轉錄組測(ce)序
? 樣本(ben)量
2個樣本
? 測序平臺
Illumina Miseq平(ping)臺(tai)
? 分析內容(rong)
1. Unigene統(tong)計(ji)
2. 基因表達(da)差異分析
3. GO注釋(shi)
4. KEGG代(dai)謝通(tong)路(lu)分(fen)析
5. qPCR驗證
6. 肝(gan)臟組織病理學分析
? 結果展示
圖1. 斑馬魚轉錄組(zu)測序轉錄本豐(feng)度統計
圖(tu)2.斑(ban)馬魚轉錄組(zu)測(ce)序GO基(ji)因功(gong)能(neng)注釋
圖3. 斑馬魚轉錄組(zu)測序Notch信號(hao)通路分析
? 參(can)考文獻
Wang H, Xiaohan Yin, Li F, et al. Chronic toxicological effects of β-diketone antibiotics on Zebrafish ( Danio rerio ) using transcriptome profiling of deep sequencing[J]. Environmental Toxicology, 2015.
本文由派森諾RNA-Seq技(ji)術(shu)支持馬培(pei)培(pei)整理
